JAL-2668 fix broken factory method for colour scheme
[jalview.git] / src / jalview / gui / PairwiseAlignPanel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import jalview.analysis.AlignSeq;
24 import jalview.datamodel.Alignment;
25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
27 import jalview.datamodel.SequenceI;
28 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
29 import jalview.util.MessageManager;
30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
31
32 import java.awt.event.ActionEvent;
33 import java.util.Vector;
34
35 /**
36  * DOCUMENT ME!
37  * 
38  * @author $author$
39  * @version $Revision$
40  */
41 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
42 {
43
44   private static final String DASHES = "---------------------\n";
45
46   AlignmentViewport av;
47
48   Vector<SequenceI> sequences;
49
50   /**
51    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
52    * 
53    * @param viewport
54    *          DOCUMENT ME!
55    */
56   public PairwiseAlignPanel(AlignmentViewport viewport)
57   {
58     super();
59     this.av = viewport;
60
61     sequences = new Vector<SequenceI>();
62
63     SequenceGroup selectionGroup = viewport.getSelectionGroup();
64     boolean isSelection = selectionGroup != null
65             && selectionGroup.getSize() > 0;
66     AlignmentView view = viewport.getAlignmentView(isSelection);
67     // String[] seqStrings = viewport.getViewAsString(true);
68     String[] seqStrings = view.getSequenceStrings(viewport
69             .getGapCharacter());
70
71     SequenceI[] seqs;
72     if (isSelection)
73     {
74       seqs = (SequenceI[]) view.getAlignmentAndHiddenColumns(viewport
75               .getGapCharacter())[0];
76     }
77     else
78     {
79       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
80     }
81
82     String type = (viewport.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
83             : AlignSeq.PEP;
84
85     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
86     double totscore = 0D;
87     int count = seqs.length;
88     boolean first = true;
89
90     for (int i = 1; i < count; i++)
91     {
92       for (int j = 0; j < i; j++)
93       {
94         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
95                 seqStrings[j], type);
96
97         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
98         {
99           continue;
100         }
101
102         as.calcScoreMatrix();
103         as.traceAlignment();
104
105         if (!first)
106         {
107           System.out.println(DASHES);
108           textarea.append(DASHES);
109         }
110         first = false;
111         as.printAlignment(System.out);
112         scores[i][j] = as.getMaxScore()
113                 / as.getASeq1().length;
114         totscore = totscore + scores[i][j];
115
116         textarea.append(as.getOutput());
117         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
118         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
119       }
120     }
121
122     if (count > 2)
123     {
124       printScoreMatrix(seqs, scores, totscore);
125     }
126   }
127
128   /**
129    * Prints a matrix of seqi-seqj pairwise alignment scores to sysout
130    * 
131    * @param seqs
132    * @param scores
133    * @param totscore
134    */
135   protected void printScoreMatrix(SequenceI[] seqs, float[][] scores,
136           double totscore)
137   {
138     System.out
139             .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
140
141     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
142     {
143       System.out.println(String.format("%3d %s", i + 1,
144               seqs[i].getDisplayId(true)));
145     }
146
147     /*
148      * table heading columns for sequences 1, 2, 3...
149      */
150     System.out.print("\n ");
151     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
152     {
153       System.out.print(String.format("%7d", i + 1));
154     }
155     System.out.println();
156
157     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
158     {
159       System.out.print(String.format("%3d", i + 1));
160       for (int j = 0; j < i; j++)
161       {
162         /*
163          * as a fraction of tot score, outputs are 0 <= score <= 1
164          */
165         System.out.print(String.format("%7.3f", scores[i][j] / totscore));
166       }
167       System.out.println();
168     }
169
170     System.out.println("\n");
171   }
172
173   /**
174    * DOCUMENT ME!
175    * 
176    * @param e
177    *          DOCUMENT ME!
178    */
179   @Override
180   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
181   {
182     SequenceI[] seq = new SequenceI[sequences.size()];
183
184     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
185     {
186       seq[i] = sequences.elementAt(i);
187     }
188
189     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
190             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
191
192     Desktop.addInternalFrame(af,
193             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
194             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
195   }
196 }