src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.BitSet;
  30 import java.util.Collection;
  31 import java.util.Collections;
  32 import java.util.Hashtable;
  33 import java.util.LinkedHashMap;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Objects;
  38 import java.util.SortedMap;
  39 import java.util.TreeMap;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.ButtonGroup;
  43 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  44 import javax.swing.JInternalFrame;
  45 import javax.swing.JLabel;
  46 import javax.swing.JMenu;
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52
  53 import jalview.analysis.AAFrequency;
  54 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  55 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  56 import jalview.analysis.Conservation;
  57 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  58 import jalview.api.AlignViewportI;
  59 import jalview.bin.Console;
  60 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  61 import jalview.commands.EditCommand;
  62 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  63 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  64 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  65 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  66 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  67 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  68 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  69 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  70 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  71 import jalview.datamodel.SequenceI;
  72 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  73 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  74 import jalview.io.FileFormatI;
  75 import jalview.io.FileFormats;
  76 import jalview.io.FormatAdapter;
  77 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  78 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  79 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  80 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  81 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  82 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  83 import jalview.util.Comparison;
  84 import jalview.util.GroupUrlLink;
  85 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  86 import jalview.util.MessageManager;
  87 import jalview.util.Platform;
  88 import jalview.util.StringUtils;
  89 import jalview.util.UrlLink;
  90 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  91 import jalview.workers.SecondaryStructureConsensusThread;
  92
  93 /**
  94  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  95  * sequence alignment.
  96  */
  97 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  98 {
  99   /*
 100    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
 101    */
 102   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
 103
 104   /*
 105    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
 106    */
 107   private final boolean forIdPanel;
 108
 109   private final AlignmentPanel ap;
 110
 111   /*
 112    * the sequence under the cursor when clicked
 113    * (additional sequences may be selected)
 114    */
 115   private final SequenceI sequence;
 116
 117   JMenu groupMenu = new JMenu();
 118
 119   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 120
 121   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 122
 123   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 124
 125   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 126
 127   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 128
 129   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 130
 131   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 132
 133   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 134
 135   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 136
 137   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 138
 139   JMenu colourMenu = new JMenu();
 140
 141   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 142
 143   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 144
 145   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 146
 147   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 148
 149   JMenu editMenu = new JMenu();
 150
 151   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 152
 153   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 154
 155   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 156
 157   JMenu outputMenu = new JMenu();
 158
 159   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 160
 161   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 162
 163   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 164           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 165
 166   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 167
 168   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 169
 170   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 171           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 172
 173   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 174
 175   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 176
 177   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 178
 179   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 180
 181   /**
 182    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 183    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 184    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 185    * preferences.
 186    *
 187    * @param seq
 188    * @param features
 189    * @return
 190    */
 191   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 192           List<SequenceFeature> features)
 193   {
 194     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 195
 196     List<String> nlinks = null;
 197     if (seq != null)
 198     {
 199       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 200       UrlLink.sort(nlinks);
 201     }
 202     else
 203     {
 204       nlinks = new ArrayList<>();
 205     }
 206
 207     if (features != null)
 208     {
 209       for (SequenceFeature sf : features)
 210       {
 211         if (sf.links != null)
 212         {
 213           for (String link : sf.links)
 214           {
 215             nlinks.add(link);
 216           }
 217         }
 218       }
 219     }
 220
 221     /*
 222      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 223      * note the order of the templates is preserved in the map
 224      */
 225     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 226     for (String link : nlinks)
 227     {
 228       UrlLink urlLink = null;
 229       try
 230       {
 231         urlLink = new UrlLink(link);
 232       } catch (Exception foo)
 233       {
 234         Console.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 235         continue;
 236       }
 237
 238       if (!urlLink.isValid())
 239       {
 240         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
 241         continue;
 242       }
 243
 244       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 245     }
 246
 247     /*
 248      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 249      * the order of the sorted templates)
 250      */
 251     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 252
 253     return linkMenu;
 254   }
 255
 256   /**
 257    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 258    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 259    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 260    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 261    *
 262    * @param linkMenu
 263    * @param linkset
 264    */
 265   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 266           Collection<List<String>> linkset)
 267   {
 268     for (List<String> linkstrset : linkset)
 269     {
 270       final String url = linkstrset.get(3);
 271       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 272       item.setToolTipText(MessageManager
 273               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 274               { url }));
 275       item.addActionListener(new ActionListener()
 276       {
 277         @Override
 278         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 279         {
 280           new Thread(new Runnable()
 281           {
 282             @Override
 283             public void run()
 284             {
 285               showLink(url);
 286             }
 287           }).start();
 288         }
 289       });
 290       linkMenu.add(item);
 291     }
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 296    * message if this fails
 297    *
 298    * @param url
 299    */
 300   static void showLink(String url)
 301   {
 302     try
 303     {
 304       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 305     } catch (Exception ex)
 306     {
 307       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 308               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 309               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 310               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 311
 312       ex.printStackTrace();
 313     }
 314   }
 315
 316   /**
 317    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 318    *
 319    * @param linkMenu
 320    * @param label
 321    *          - menu label string
 322    * @param urlgenerator
 323    *          GroupURLLink used to generate URL
 324    * @param urlstub
 325    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 326    */
 327   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 328           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 329   {
 330     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 331     item.setToolTipText(MessageManager
 332             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 333             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 334                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 335     // TODO: put in info about what is being sent.
 336     item.addActionListener(new ActionListener()
 337     {
 338       @Override
 339       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 340       {
 341         new Thread(new Runnable()
 342         {
 343
 344           @Override
 345           public void run()
 346           {
 347             try
 348             {
 349               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 350             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 351             {
 352             }
 353           }
 354
 355         }).start();
 356       }
 357     });
 358
 359     linkMenu.add(item);
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a
 364    * residue)
 365    *
 366    * @param ap
 367    *          the panel in which the mouse is clicked
 368    * @param seq
 369    *          the sequence under the mouse
 370    * @throws NullPointerException
 371    *           if seq is null
 372    */
 373   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 374   {
 375     this(false, ap, seq, column, null);
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 380    *
 381    * @param alignPanel
 382    *          the panel in which the mouse is clicked
 383    * @param seq
 384    *          the sequence under the mouse click
 385    * @param groupLinks
 386    *          templates for sequence external links
 387    * @throws NullPointerException
 388    *           if seq is null
 389    */
 390   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 391           List<String> groupLinks)
 392   {
 393     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 398    * Panel, or alignment context
 399    *
 400    * @param fromIdPanel
 401    * @param alignPanel
 402    * @param seq
 403    * @param column
 404    *          aligned column position (0...)
 405    * @param groupLinks
 406    */
 407   private PopupMenu(boolean fromIdPanel, final AlignmentPanel alignPanel,
 408           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 409   {
 410     Objects.requireNonNull(seq);
 411     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 412     this.ap = alignPanel;
 413     sequence = seq;
 414
 415     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 416     {
 417       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 418
 419       item.addActionListener(new ActionListener()
 420       {
 421         @Override
 422         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 423         {
 424           outputText_actionPerformed(e);
 425         }
 426       });
 427
 428       outputMenu.add(item);
 429     }
 430
 431     /*
 432      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 433      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 434      * currently selected sequence (if there is one):
 435      */
 436     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 437             ? Arrays.asList(seq)
 438             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 439     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 440             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 441     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 442             selectedSequence);
 443
 444     /*
 445      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 446      */
 447     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av
 448             .getSelectionGroup() == null
 449                     ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 450                     : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 451     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 452             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 453     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 454             selectedGroup);
 455
 456     try
 457     {
 458       jbInit();
 459     } catch (Exception e)
 460     {
 461       e.printStackTrace();
 462     }
 463
 464     if (forIdPanel)
 465     {
 466       JMenuItem menuItem;
 467       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 468       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 469       {
 470         makeReferenceSeq.setText(
 471                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 472       }
 473       else
 474       {
 475         makeReferenceSeq.setText(
 476                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 477       }
 478
 479       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 480       {
 481         remove(rnaStructureMenu);
 482       }
 483       else
 484       {
 485         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 486         /*
 487          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 488          * structure annotation
 489          */
 490         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 491                 .getAlignmentAnnotation();
 492         if (aas != null)
 493         {
 494           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 495           {
 496             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 497             {
 498               /*
 499                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 500                */
 501               menuItem = new JMenuItem();
 502               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 503                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 504                       { aa.label }));
 505               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 506               {
 507                 @Override
 508                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 509                 {
 510                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 511                 }
 512               });
 513               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 514             }
 515           }
 516         }
 517
 518         if (seq.getAnnotation() != null)
 519         {
 520           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 521           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 522           {
 523             if (aa.isValidStruc())
 524             {
 525               /*
 526                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 527                */
 528               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 529               menuItem = new JMenuItem();
 530               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 531                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 532                       { seq.getName() }));
 533               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 534               {
 535                 @Override
 536                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 537                 {
 538                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 539                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 540                 }
 541               });
 542               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 543             }
 544           }
 545         }
 546         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 547         {
 548           remove(rnaStructureMenu);
 549         }
 550       }
 551
 552       menuItem = new JMenuItem(
 553               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 554       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 555       {
 556         @Override
 557         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 558         {
 559           hideSequences(false);
 560         }
 561       });
 562       add(menuItem);
 563
 564       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 565               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 566       {
 567         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 568                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 569                 { seq.getName() }));
 570         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 571         {
 572           @Override
 573           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 574           {
 575             hideSequences(true);
 576           }
 577         });
 578         sequenceMenu.add(menuItem);
 579       }
 580
 581       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 582       {
 583         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 584
 585         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 586                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 587         {
 588           menuItem = new JMenuItem(
 589                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 590           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 591           {
 592             @Override
 593             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 594             {
 595               alignPanel.av.showSequence(index);
 596               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 597               {
 598                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 599               }
 600             }
 601           });
 602           add(menuItem);
 603         }
 604       }
 605     }
 606
 607     /*
 608      * offer 'Reveal All'
 609      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 610      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 611      */
 612     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 613     {
 614       boolean addOption = seq != null;
 615       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 616       {
 617         addOption = true;
 618       }
 619       if (addOption)
 620       {
 621         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 622                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 623         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 624         {
 625           @Override
 626           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 627           {
 628             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 629             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 630             {
 631               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 632             }
 633           }
 634         });
 635         add(menuItem);
 636       }
 637     }
 638
 639     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 640     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 641             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 642             : false;
 643
 644     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 645     {
 646       groupName.setText(MessageManager
 647               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 648
 649       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 650
 651       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 652
 653       if (sg.cs != null)
 654       {
 655         if (sg.cs.conservationApplied())
 656         {
 657           conservationMenuItem.setSelected(true);
 658         }
 659         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 660         {
 661           abovePIDColour.setSelected(true);
 662         }
 663       }
 664       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 665       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 666       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 667       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 668       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 669       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 670       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 671       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 672       {
 673         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 674       }
 675       // Add a 'show all structures' for the current selection
 676       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(),
 677               reppdb = new Hashtable<>();
 678
 679       SequenceI sqass = null;
 680       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 681       {
 682         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 683         if (pes != null && pes.size() > 0)
 684         {
 685           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 686           for (PDBEntry pe : pes)
 687           {
 688             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 689             if (sqass == null)
 690             {
 691               sqass = sq;
 692             }
 693           }
 694         }
 695       }
 696       if (pdbe.size() > 0)
 697       {
 698         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 699                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 700                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 701         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 702       }
 703     }
 704     else
 705     {
 706       groupMenu.setVisible(false);
 707       editMenu.setVisible(false);
 708     }
 709
 710     if (!isDefinedGroup)
 711     {
 712       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 713       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 714       editGroupMenu
 715               .setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 716     }
 717     else
 718     {
 719       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 720       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 721       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 722     }
 723
 724     if (!forIdPanel)
 725     {
 726       sequenceMenu.setVisible(false);
 727       chooseStructure.setVisible(false);
 728       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 729     }
 730
 731     addLinksAndFeatures(seq, column);
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Adds
 736    * <ul>
 737    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 738    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 739    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 740    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 741    * </ul>
 742    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then
 743    * links to their feature details are also added.
 744    *
 745    * @param seq
 746    * @param column
 747    */
 748   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 749   {
 750     List<SequenceFeature> features = null;
 751     if (forIdPanel)
 752     {
 753       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 754     }
 755     else
 756     {
 757       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 758               column + 1);
 759     }
 760
 761     addLinks(seq, features);
 762
 763     if (!forIdPanel)
 764     {
 765       addFeatureDetails(features, seq, column);
 766     }
 767   }
 768
 769   /**
 770    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 771    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 772    * included.
 773    *
 774    * @param features
 775    * @param seq
 776    * @param column
 777    */
 778   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 779           final SequenceI seq, final int column)
 780   {
 781     /*
 782      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 783      * position if configured to do so
 784      */
 785     MappedFeatures mf = null;
 786     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 787     {
 788       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 789       {
 790         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 791                 .getCodingComplement();
 792         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 793         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 794         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 795         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 796       }
 797     }
 798
 799     if (features.isEmpty() && mf == null)
 800     {
 801       /*
 802        * no features to show at this position
 803        */
 804       return;
 805     }
 806
 807     JMenu details = new JMenu(
 808             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 809     add(details);
 810
 811     String name = seq.getName();
 812     for (final SequenceFeature sf : features)
 813     {
 814       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 815     }
 816
 817     if (mf != null)
 818     {
 819       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 820       {
 821         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 822       }
 823     }
 824   }
 825
 826   /**
 827    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 828    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 829    * truncated.
 830    *
 831    * @param details
 832    * @param seqName
 833    * @param sf
 834    * @param mf
 835    */
 836   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 837           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 838   {
 839     int start = sf.getBegin();
 840     int end = sf.getEnd();
 841     if (mf != null)
 842     {
 843       /*
 844        * show local rather than linked feature coordinates
 845        */
 846       int[] localRange = mf.getMappedPositions(start, end);
 847       if (localRange == null)
 848       {
 849         // e.g. variant extending to stop codon so not mappable
 850         return;
 851       }
 852       start = localRange[0];
 853       end = localRange[localRange.length - 1];
 854     }
 855     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 856     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 857     if (start != end)
 858     {
 859       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 860       desc.append(String.valueOf(end));
 861     }
 862     String description = sf.getDescription();
 863     if (description != null)
 864     {
 865       desc.append(" ");
 866       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 867
 868       /*
 869        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 870        * (as truncation could leave corrupted html)
 871        */
 872       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 873       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 874       {
 875         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 876       }
 877       desc.append(description);
 878     }
 879     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 880     if (featureGroup != null)
 881     {
 882       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 883     }
 884     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 885     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 886     item.addActionListener(new ActionListener()
 887     {
 888       @Override
 889       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 890       {
 891         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 892       }
 893     });
 894     details.add(item);
 895   }
 896
 897   /**
 898    * Opens a panel showing a text report of feature details
 899    *
 900    * @param sf
 901    * @param seqName
 902    * @param mf
 903    */
 904   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 905           MappedFeatures mf)
 906   {
 907     JInternalFrame details;
 908     if (Platform.isJS())
 909     {
 910       details = new JInternalFrame();
 911       details.setFrameIcon(null);
 912       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 913       panel.setOpaque(true);
 914       panel.setBackground(Color.white);
 915       // TODO JAL-3026 set style of table correctly for feature details
 916       JLabel reprt = new JLabel(MessageManager
 917               .formatMessage("label.html_content", new Object[]
 918               { sf.getDetailsReport(seqName, mf) }));
 919       reprt.setBackground(Color.WHITE);
 920       reprt.setOpaque(true);
 921       panel.add(reprt, BorderLayout.CENTER);
 922       details.setContentPane(panel);
 923       details.pack();
 924     }
 925     else
 926     /**
 927      * Java only
 928      *
 929      * @j2sIgnore
 930      */
 931     {
 932       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 933       // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 934       cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 935       cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 936       cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 937       details = cap;
 938     }
 939     Desktop.addInternalFrame(details,
 940             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 941   }
 942
 943   /**
 944    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 945    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 946    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 947    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 948    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 949    *
 950    * @param seq
 951    * @param features
 952    */
 953   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 954   {
 955     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 956
 957     // only add link menu if it has entries
 958     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 959     {
 960       if (forIdPanel)
 961       {
 962         sequenceMenu.add(linkMenu);
 963       }
 964       else
 965       {
 966         add(linkMenu);
 967       }
 968     }
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 973    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 974    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 975    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 976    * <p>
 977    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 978    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 979    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 980    * composite type name, e.g.
 981    * <p>
 982    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 983    *
 984    * @param seq
 985    */
 986   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 987           List<SequenceI> forSequences)
 988   {
 989     showMenu.removeAll();
 990     hideMenu.removeAll();
 991
 992     final List<String> all = Arrays
 993             .asList(new String[]
 994             { MessageManager.getString("label.all") });
 995     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 996             true);
 997     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 998             false);
 999     showMenu.addSeparator();
1000     hideMenu.addSeparator();
1001
1002     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1003             .getAlignmentAnnotation();
1004
1005     /*
1006      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1007      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1008      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1009      * alignment.
1010      */
1011     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
1012     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
1013     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1014             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1015
1016     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1017     {
1018       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1019       {
1020         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1021                 false, true);
1022       }
1023     }
1024     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1025     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1026
1027     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1028     {
1029       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1030       {
1031         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1032                 false, false);
1033       }
1034     }
1035     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1036     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1037   }
1038
1039   /**
1040    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
1041    * is one), else the specified single sequence.
1042    *
1043    * @param seq
1044    * @return
1045    */
1046   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1047   {
1048     List<SequenceI> forSequences = null;
1049     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1050     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1051     {
1052       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1053     }
1054     else
1055     {
1056       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1057               : Arrays.asList(seq);
1058     }
1059     return forSequences;
1060   }
1061
1062   /**
1063    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1064    * menus.
1065    *
1066    * @param showOrHideMenu
1067    *          the menu to add to
1068    * @param forSequences
1069    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1070    * @param calcId
1071    * @param types
1072    *          the label to add
1073    * @param allTypes
1074    *          if true this is a special label meaning 'All'
1075    * @param actionIsShow
1076    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1077    *          type, else hide
1078    */
1079   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1080           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1081           final List<String> types, final boolean allTypes,
1082           final boolean actionIsShow)
1083   {
1084     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1085     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1086     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1087     item.setToolTipText(calcId);
1088     item.addActionListener(new ActionListener()
1089     {
1090       @Override
1091       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1092       {
1093         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1094                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1095         refresh();
1096       }
1097     });
1098     showOrHideMenu.add(item);
1099   }
1100
1101   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1102   {
1103
1104     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1105     // menu appears asap
1106     // sequence only URLs
1107     // ID/regex match URLs
1108     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1109             MessageManager.getString("action.group_link"));
1110     // three types of url that might be created.
1111     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1112         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1113         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1114         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1115
1116     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1117     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1118     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1119     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1120     {
1121
1122       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1123               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1124       // just collect ids from dataset sequence
1125       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1126       // current selection, too
1127       SequenceI sqi = seqs[sq];
1128       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1129       {
1130         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1131       }
1132       List<DBRefEntry> dbr = sqi.getDBRefs();
1133       int nd;
1134       if (dbr != null && (nd = dbr.size()) > 0)
1135       {
1136         for (int d = 0; d < nd; d++)
1137         {
1138           DBRefEntry e = dbr.get(d);
1139           String src = e.getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase(Locale.ROOT);
1140           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1141           if (sarray == null)
1142           {
1143             sarray = new Object[2];
1144             sarray[0] = new int[] { 0 };
1145             sarray[1] = new String[seqs.length];
1146
1147             commonDbrefs.put(src, sarray);
1148           }
1149
1150           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1151           {
1152             if (!e.hasMap()
1153                     || (e.getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
1154             {
1155               ((String[]) sarray[1])[sq] = e.getAccessionId();
1156               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1157             }
1158           }
1159         }
1160       }
1161     }
1162     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1163     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1164                              // to user
1165     for (String link : groupLinks)
1166     {
1167       GroupUrlLink urlLink = null;
1168       try
1169       {
1170         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1171       } catch (Exception foo)
1172       {
1173         Console.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1174         continue;
1175       }
1176       if (!urlLink.isValid())
1177       {
1178         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
1179         continue;
1180       }
1181       final String label = urlLink.getLabel();
1182       boolean usingNames = false;
1183       // Now see which parts of the group apply for this URL
1184       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1185       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase(Locale.ROOT));
1186       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1187       if (idset != null)
1188       {
1189         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1190         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1191         seqstr = new String[numinput];
1192         ids = new String[numinput];
1193         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1194         {
1195           if (allids[sq] != null)
1196           {
1197             ids[idcount] = allids[sq];
1198             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1199           }
1200         }
1201       }
1202       else
1203       {
1204         // just use the id/seq set
1205         seqstr = idandseqs[1];
1206         ids = idandseqs[0];
1207         usingNames = true;
1208       }
1209       // and try and make the groupURL!
1210
1211       Object[] urlset = null;
1212       try
1213       {
1214         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1215                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1216       } catch (UrlStringTooLongException e)
1217       {
1218       }
1219       if (urlset != null)
1220       {
1221         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1222         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1223         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1224         addshowLink(linkMenus[type],
1225                 label + (((type & 1) == 1)
1226                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1227                         : ""),
1228                 urlLink, urlset);
1229         addMenu = true;
1230       }
1231     }
1232     if (addMenu)
1233     {
1234       groupLinksMenu = new JMenu(
1235               MessageManager.getString("action.group_link"));
1236       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1237       {
1238         if (linkMenus[m] != null
1239                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1240         {
1241           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1242         }
1243       }
1244
1245       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1246     }
1247   }
1248
1249   /**
1250    * DOCUMENT ME!
1251    *
1252    * @throws Exception
1253    *           DOCUMENT ME!
1254    */
1255   private void jbInit() throws Exception
1256   {
1257     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1258     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1259     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1260     {
1261       @Override
1262       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1263       {
1264         groupName_actionPerformed();
1265       }
1266     });
1267     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1268
1269     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1270             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1271     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1272     {
1273       @Override
1274       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1275       {
1276         sequenceName_actionPerformed();
1277       }
1278     });
1279     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1280             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1281     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1282     {
1283       @Override
1284       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1285       {
1286         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1287       }
1288     });
1289     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1290             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1291     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1292     {
1293       @Override
1294       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1295       {
1296         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1297       }
1298     });
1299     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1300             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1301     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1302     {
1303       @Override
1304       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1305       {
1306         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1307       }
1308     });
1309
1310     unGroupMenuItem
1311             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1312     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1313     {
1314       @Override
1315       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1316       {
1317         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1318       }
1319     });
1320     createGroupMenuItem
1321             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1322     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1323     {
1324       @Override
1325       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1326       {
1327         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1328       }
1329     });
1330
1331     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1332             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1333     outline.addActionListener(new ActionListener()
1334     {
1335       @Override
1336       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1337       {
1338         outline_actionPerformed();
1339       }
1340     });
1341     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1342     showBoxes.setState(true);
1343     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1344     {
1345       @Override
1346       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1347       {
1348         showBoxes_actionPerformed();
1349       }
1350     });
1351     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1352     showText.setState(true);
1353     showText.addActionListener(new ActionListener()
1354     {
1355       @Override
1356       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1357       {
1358         showText_actionPerformed();
1359       }
1360     });
1361     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1362     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1363     {
1364       @Override
1365       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1366       {
1367         showColourText_actionPerformed();
1368       }
1369     });
1370     displayNonconserved
1371             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1372     displayNonconserved.setState(true);
1373     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1374     {
1375       @Override
1376       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1377       {
1378         showNonconserved_actionPerformed();
1379       }
1380     });
1381     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1382     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1383     cut.addActionListener(new ActionListener()
1384     {
1385       @Override
1386       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1387       {
1388         cut_actionPerformed();
1389       }
1390     });
1391     JMenuItem justifyLeftMenuItem = new JMenuItem(
1392             MessageManager.getString("action.left_justify"));
1393     justifyLeftMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1394     {
1395
1396       @Override
1397       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1398       {
1399         ap.alignFrame.avc.justify_Region(true);
1400       }
1401     });
1402     JMenuItem justifyRightMenuItem = new JMenuItem(
1403             MessageManager.getString("action.right_justify"));
1404     justifyRightMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1405     {
1406
1407       @Override
1408       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1409       {
1410         ap.alignFrame.avc.justify_Region(false);
1411       }
1412     });
1413
1414     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1415     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1416     {
1417       @Override
1418       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1419       {
1420         changeCase(e);
1421       }
1422     });
1423     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1424     copy.addActionListener(new ActionListener()
1425     {
1426       @Override
1427       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1428       {
1429         copy_actionPerformed();
1430       }
1431     });
1432     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1433     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1434     {
1435       @Override
1436       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1437       {
1438         changeCase(e);
1439       }
1440     });
1441     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1442     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1443     {
1444       @Override
1445       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1446       {
1447         changeCase(e);
1448       }
1449     });
1450     outputMenu.setText(
1451             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1452     seqShowAnnotationsMenu
1453             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1454     seqHideAnnotationsMenu
1455             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1456     groupShowAnnotationsMenu
1457             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1458     groupHideAnnotationsMenu
1459             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1460     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1461             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1462     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1463     {
1464       @Override
1465       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1466       {
1467         sequenceFeature_actionPerformed();
1468       }
1469     });
1470     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1471     chooseStructure.setText(
1472             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1473     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1474     {
1475       @Override
1476       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1477       {
1478         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1479         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1480         {
1481           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1482         }
1483         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1484       }
1485     });
1486
1487     rnaStructureMenu
1488             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1489
1490     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1491     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1492             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1493     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1494     {
1495       @Override
1496       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1497       {
1498         editSequence_actionPerformed();
1499       }
1500     });
1501     makeReferenceSeq.setText(
1502             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1503     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1504     {
1505
1506       @Override
1507       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1508       {
1509         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1510
1511       }
1512     });
1513
1514     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1515     add(groupMenu);
1516     add(sequenceMenu);
1517     add(rnaStructureMenu);
1518     add(chooseStructure);
1519     if (forIdPanel)
1520     {
1521       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1522               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1523       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1524       {
1525
1526         @Override
1527         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1528         {
1529           hideInsertions_actionPerformed(e);
1530         }
1531       });
1532       add(hideInsertions);
1533     }
1534     // annotations configuration panel suppressed for now
1535     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1536
1537     /*
1538      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1539      * (if a selection group is in force).
1540      */
1541     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1542     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1543     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1544     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1545     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1546     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1547     groupMenu.add(editMenu);
1548     groupMenu.add(outputMenu);
1549     groupMenu.add(sequenceFeature);
1550     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1551     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1552     groupMenu.add(editGroupMenu);
1553     sequenceMenu.add(sequenceName);
1554     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1555     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1556
1557     initColourMenu();
1558     buildColourMenu();
1559
1560     editMenu.add(copy);
1561     editMenu.add(cut);
1562     editMenu.add(justifyLeftMenuItem);
1563     editMenu.add(justifyRightMenuItem);
1564     editMenu.add(editSequence);
1565     editMenu.add(upperCase);
1566     editMenu.add(lowerCase);
1567     editMenu.add(toggle);
1568     editGroupMenu.add(groupName);
1569     editGroupMenu.add(colourMenu);
1570     editGroupMenu.add(showBoxes);
1571     editGroupMenu.add(showText);
1572     editGroupMenu.add(showColourText);
1573     editGroupMenu.add(outline);
1574     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1575   }
1576
1577   /**
1578    * Constructs the entries for the colour menu
1579    */
1580   protected void initColourMenu()
1581   {
1582     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1583     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1584     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1585     {
1586       @Override
1587       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1588       {
1589         textColour_actionPerformed();
1590       }
1591     });
1592
1593     abovePIDColour.setText(
1594             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1595     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1596     {
1597       @Override
1598       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1599       {
1600         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1601       }
1602     });
1603
1604     modifyPID.setText(
1605             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1606     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1607     {
1608       @Override
1609       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1610       {
1611         modifyPID_actionPerformed();
1612       }
1613     });
1614
1615     conservationMenuItem
1616             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1617     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1618     {
1619       @Override
1620       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1621       {
1622         conservationMenuItem_actionPerformed(
1623                 conservationMenuItem.isSelected());
1624       }
1625     });
1626
1627     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1628             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1629     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1630     annotationColour.setEnabled(false);
1631     annotationColour.setToolTipText(
1632             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1633
1634     modifyConservation.setText(MessageManager
1635             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1636     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1637     {
1638       @Override
1639       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1640       {
1641         modifyConservation_actionPerformed();
1642       }
1643     });
1644   }
1645
1646   /**
1647    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1648    * were loaded at startup or during the Jalview session
1649    */
1650   protected void buildColourMenu()
1651   {
1652     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1653     if (sg == null)
1654     {
1655       /*
1656        * popup menu with no sequence group scope
1657        */
1658       return;
1659     }
1660     colourMenu.removeAll();
1661     colourMenu.add(textColour);
1662     colourMenu.addSeparator();
1663
1664     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1665             false);
1666     bg.add(annotationColour);
1667     colourMenu.add(annotationColour);
1668
1669     colourMenu.addSeparator();
1670     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1671     colourMenu.add(modifyConservation);
1672     colourMenu.add(abovePIDColour);
1673     colourMenu.add(modifyPID);
1674   }
1675
1676   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1677   {
1678     SequenceGroup sg = getGroup();
1679     if (sg.cs != null)
1680     {
1681       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1682       SliderPanel.showConservationSlider();
1683     }
1684   }
1685
1686   protected void modifyPID_actionPerformed()
1687   {
1688     SequenceGroup sg = getGroup();
1689     if (sg.cs != null)
1690     {
1691       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1692       // .getName());
1693       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1694       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1695       SliderPanel.showPIDSlider();
1696     }
1697   }
1698
1699   /**
1700    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1701    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1702    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1703    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1704    * calcId, label and sequenceRef.
1705    *
1706    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1707    * (label) of the annotations that can be added.
1708    *
1709    * @param menuItem
1710    * @param forSequences
1711    */
1712   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1713           List<SequenceI> forSequences)
1714   {
1715     menuItem.setEnabled(false);
1716
1717     /*
1718      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1719      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1720      */
1721     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1722     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1723     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1724     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1725             candidates, al);
1726     if (!candidates.isEmpty())
1727     {
1728       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1729       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1730
1731       /*
1732        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1733        * configure its tooltip and action.
1734        */
1735       menuItem.setEnabled(true);
1736       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1737       {
1738         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1739       }
1740       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1741               tooltip.toString());
1742       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1743
1744       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1745       {
1746         @Override
1747         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1748         {
1749           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1750         }
1751       });
1752     }
1753   }
1754
1755   /**
1756    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1757    *
1758    * @param candidates
1759    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1760    *          of annotations to add to each sequence
1761    */
1762   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1763           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1764   {
1765     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1766     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment, null);
1767
1768     if(AlignmentUtils.isSSAnnotationPresent(candidates)) {
1769       restartSSConsensusWorker();
1770     }
1771
1772     refresh();
1773   }
1774
1775
1776   private void restartSSConsensusWorker() {
1777
1778     List<AlignCalcWorkerI> workers = ap.alignFrame.getViewport().getCalcManager()
1779             .getRegisteredWorkersOfClass(SecondaryStructureConsensusThread.class);
1780     if (!workers.isEmpty()) {
1781
1782       ap.alignFrame.getViewport().getCalcManager().startWorker(workers.remove(0));
1783
1784     }
1785
1786   }
1787
1788
1789
1790   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1791   {
1792     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1793     {
1794       // initialise the display flags so the user sees something happen
1795       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1796       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1797       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1798     }
1799     else
1800     {
1801       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1802       {
1803         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1804       }
1805       else
1806       {
1807         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1808       }
1809     }
1810     refresh();
1811   }
1812
1813   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1814   {
1815     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1816     BitSet inserts = new BitSet();
1817
1818     boolean markedPopup = false;
1819     // mark inserts in current selection
1820     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1821     {
1822       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1823       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1824               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1825
1826       // now clear columns without gaps
1827       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1828       {
1829         if (sq == sequence)
1830         {
1831           markedPopup = true;
1832         }
1833         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1834       }
1835       hidden.clearAndHideColumns(inserts,
1836               ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1837               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1838     }
1839
1840     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1841     else if (!markedPopup && sequence != null)
1842     {
1843       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1844
1845       // and set hidden columns accordingly
1846       hidden.hideColumns(inserts);
1847     }
1848     refresh();
1849   }
1850
1851   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1852   {
1853     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1854   }
1855
1856   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1857   {
1858     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1859     contents.append("<html><body>");
1860     for (SequenceI seq : sequences)
1861     {
1862       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1863               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1864               new Object[]
1865               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p>\n<p>");
1866       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1867               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1868       contents.append("</p>");
1869     }
1870     contents.append("</body></html>");
1871     String report = contents.toString();
1872
1873     JInternalFrame frame;
1874     if (Platform.isJS())
1875     {
1876       JLabel textLabel = new JLabel();
1877       textLabel.setText(report);
1878       textLabel.setBackground(Color.WHITE);
1879       JPanel pane = new JPanel(new BorderLayout());
1880       pane.setOpaque(true);
1881       pane.setBackground(Color.WHITE);
1882       pane.add(textLabel, BorderLayout.NORTH);
1883       frame = new JInternalFrame();
1884       frame.setFrameIcon(null);
1885       frame.getContentPane().add(new JScrollPane(pane));
1886     }
1887     else
1888     /**
1889      * Java only
1890      *
1891      * @j2sIgnore
1892      */
1893     {
1894       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1895       cap.setText(report);
1896       frame = cap;
1897     }
1898
1899     Desktop.addInternalFrame(frame,
1900             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1901                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1902                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1903                             : new Object[]
1904                             { MessageManager
1905                                     .getString("label.selection") })),
1906             500, 400);
1907   }
1908
1909   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1910   {
1911     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1912     refresh();
1913   }
1914
1915   /**
1916    * call to refresh view after settings change
1917    */
1918   void refresh()
1919   {
1920     ap.updateAnnotation();
1921     // removed paintAlignment(true) here:
1922     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1923     // again
1924
1925     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1926   }
1927
1928   /*
1929    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1930    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1931    */
1932   /**
1933    * DOCUMENT ME!
1934    *
1935    * @param selected
1936    *
1937    * @param e
1938    *          DOCUMENT ME!
1939    */
1940   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1941   {
1942     SequenceGroup sg = getGroup();
1943     if (sg.cs == null)
1944     {
1945       return;
1946     }
1947
1948     if (selected)
1949     {
1950       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1951               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1952               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1953
1954       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1955               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1956
1957       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1958
1959       SliderPanel.showPIDSlider();
1960     }
1961     else
1962     // remove PIDColouring
1963     {
1964       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1965       SliderPanel.hidePIDSlider();
1966     }
1967     modifyPID.setEnabled(selected);
1968
1969     refresh();
1970   }
1971
1972   /**
1973    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1974    * to show or hide.
1975    *
1976    * @param e
1977    */
1978   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1979   {
1980     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1981     new AnnotationChooser(ap);
1982   }
1983
1984   /**
1985    * DOCUMENT ME!
1986    *
1987    * @param e
1988    *          DOCUMENT ME!
1989    */
1990   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1991   {
1992     SequenceGroup sg = getGroup();
1993     if (sg.cs == null)
1994     {
1995       return;
1996     }
1997
1998     if (selected)
1999     {
2000       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
2001       Conservation c = new Conservation("Group",
2002               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2003               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2004
2005       c.calculate();
2006       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
2007       sg.cs.setConservation(c);
2008
2009       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
2010               sg.getName());
2011       SliderPanel.showConservationSlider();
2012     }
2013     else
2014     // remove ConservationColouring
2015     {
2016       sg.cs.setConservation(null);
2017       SliderPanel.hideConservationSlider();
2018     }
2019     modifyConservation.setEnabled(selected);
2020
2021     refresh();
2022   }
2023
2024   /**
2025    * Shows a dialog where group name and description may be edited
2026    */
2027   protected void groupName_actionPerformed()
2028   {
2029     SequenceGroup sg = getGroup();
2030     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
2031             sg.getDescription(),
2032             MessageManager.getString("label.group_name"),
2033             MessageManager.getString("label.group_description"));
2034     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2035             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
2036             () -> {
2037               sg.setName(dialog.getName());
2038               sg.setDescription(dialog.getDescription());
2039               refresh();
2040             });
2041   }
2042
2043   /**
2044    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
2045    *
2046    * @return sequence group to operate on
2047    */
2048   SequenceGroup getGroup()
2049   {
2050     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2051     // this method won't add a new group if it already exists
2052     if (sg != null)
2053     {
2054       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
2055     }
2056
2057     return sg;
2058   }
2059
2060   /**
2061    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
2062    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with
2063    * a warning message.
2064    */
2065   void sequenceName_actionPerformed()
2066   {
2067     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
2068             sequence.getDescription(),
2069             MessageManager.getString("label.sequence_name"),
2070             MessageManager.getString("label.sequence_description"));
2071     dialog.showDialog(ap.alignFrame, MessageManager
2072             .getString("label.edit_sequence_name_description"), () -> {
2073               if (dialog.getName() != null)
2074               {
2075                 if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
2076                 {
2077                   String ok = MessageManager.getString("action.ok");
2078                   String cancel = MessageManager.getString("action.cancel");
2079                   String message = MessageManager.getString(
2080                           "label.spaces_converted_to_underscores");
2081                   String title = MessageManager.getString(
2082                           "label.no_spaces_allowed_sequence_name");
2083                   Object[] options = new Object[] { ok, cancel };
2084
2085                   JvOptionPane.frameDialog(message, title,
2086                           JvOptionPane.WARNING_MESSAGE, null, null, null,
2087                           false);
2088                 }
2089                 sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
2090                 ap.paintAlignment(false, false);
2091               }
2092               sequence.setDescription(dialog.getDescription());
2093               ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2094                       ap.av.getAlignment().getSequences());
2095             });
2096   }
2097
2098   /**
2099    * DOCUMENT ME!
2100    *
2101    * @param e
2102    *          DOCUMENT ME!
2103    */
2104   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2105   {
2106     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2107     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2108     ap.av.setSelectionGroup(null);
2109     refresh();
2110   }
2111
2112   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2113   {
2114     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2115                 // standard alignment window logic for this
2116     refresh();
2117   }
2118
2119   /**
2120    * Offers a colour chooser and sets the selected colour as the group outline
2121    */
2122   protected void outline_actionPerformed()
2123   {
2124     String title = MessageManager.getString("label.select_outline_colour");
2125     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
2126     {
2127       @Override
2128       public void colourSelected(Color c)
2129       {
2130         getGroup().setOutlineColour(c);
2131         refresh();
2132       }
2133     };
2134     JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(), title,
2135             Color.BLUE, listener);
2136   }
2137
2138   /**
2139    * DOCUMENT ME!
2140    *
2141    * @param e
2142    *          DOCUMENT ME!
2143    */
2144   public void showBoxes_actionPerformed()
2145   {
2146     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2147     refresh();
2148   }
2149
2150   /**
2151    * DOCUMENT ME!
2152    *
2153    * @param e
2154    *          DOCUMENT ME!
2155    */
2156   public void showText_actionPerformed()
2157   {
2158     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2159     refresh();
2160   }
2161
2162   /**
2163    * DOCUMENT ME!
2164    *
2165    * @param e
2166    *          DOCUMENT ME!
2167    */
2168   public void showColourText_actionPerformed()
2169   {
2170     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2171     refresh();
2172   }
2173
2174   void hideSequences(boolean representGroup)
2175   {
2176     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2177   }
2178
2179   public void copy_actionPerformed()
2180   {
2181     ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
2182   }
2183
2184   public void cut_actionPerformed()
2185   {
2186     ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
2187   }
2188
2189   void changeCase(ActionEvent e)
2190   {
2191     Object source = e.getSource();
2192     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2193
2194     if (sg != null)
2195     {
2196       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2197               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2198
2199       String description;
2200       int caseChange;
2201
2202       if (source == toggle)
2203       {
2204         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2205         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2206       }
2207       else if (source == upperCase)
2208       {
2209         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2210         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2211       }
2212       else
2213       {
2214         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2215         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2216       }
2217
2218       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2219               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2220               startEnd, caseChange);
2221
2222       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2223
2224       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2225               ap.av.getAlignment().getSequences());
2226
2227     }
2228   }
2229
2230   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2231   {
2232     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2233     cap.setForInput(null);
2234     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2235             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2236             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2237
2238     String[] omitHidden = null;
2239
2240     jalview.bin.Console.outPrintln("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a
2241                                                         // prompt happens
2242     // or we simply trust the user wants
2243     // wysiwig behaviour
2244
2245     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2246             .forName(e.getActionCommand());
2247     cap.setText(
2248             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2249   }
2250
2251   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2252   {
2253     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2254     if (sg == null)
2255     {
2256       return;
2257     }
2258
2259     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2260     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2261
2262     /*
2263      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2264      * for the amend features dialog
2265      */
2266     int gSize = sg.getSize();
2267     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2268     {
2269       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2270       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2271       if (start <= end)
2272       {
2273         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2274         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2275       }
2276     }
2277
2278     /*
2279      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2280      */
2281     if (!seqs.isEmpty())
2282     {
2283       new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
2284     }
2285   }
2286
2287   public void textColour_actionPerformed()
2288   {
2289     SequenceGroup sg = getGroup();
2290     if (sg != null)
2291     {
2292       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2293     }
2294   }
2295
2296   /**
2297    * Shows a dialog where sequence characters may be edited. Any changes are
2298    * applied, and added as an available 'Undo' item in the edit commands
2299    * history.
2300    */
2301   public void editSequence_actionPerformed()
2302   {
2303     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2304
2305     SequenceI seq = sequence;
2306     if (sg != null)
2307     {
2308       if (seq == null)
2309       {
2310         seq = sg.getSequenceAt(0);
2311       }
2312
2313       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2314               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),
2315               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null);
2316       dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2317               MessageManager.getString("label.edit_sequence"), () -> {
2318                 EditCommand editCommand = new EditCommand(
2319                         MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2320                         Action.REPLACE,
2321                         dialog.getName().replace(' ',
2322                                 ap.av.getGapCharacter()),
2323                         sg.getSequencesAsArray(
2324                                 ap.av.getHiddenRepSequences()),
2325                         sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
2326                         ap.av.getAlignment());
2327                 ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2328                 ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2329                         ap.av.getAlignment().getSequences());
2330               });
2331     }
2332   }
2333
2334   /**
2335    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2336    * its bespoke action handler)
2337    *
2338    * @return
2339    */
2340   @Override
2341   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2342   {
2343     SequenceGroup sg = getGroup();
2344     /*
2345      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2346      */
2347     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2348             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2349                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2350     sg.setColourScheme(colourScheme);
2351     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2352             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2353     {
2354       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2355               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2356               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2357     }
2358
2359     refresh();
2360   }
2361
2362 }