src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.Arrays;
  28 import java.util.BitSet;
  29 import java.util.Collection;
  30 import java.util.Collections;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.LinkedHashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Map;
  35 import java.util.Objects;
  36 import java.util.SortedMap;
  37 import java.util.TreeMap;
  38 import java.util.Vector;
  39
  40 import javax.swing.ButtonGroup;
  41 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  42 import javax.swing.JColorChooser;
  43 import javax.swing.JMenu;
  44 import javax.swing.JMenuItem;
  45 import javax.swing.JPopupMenu;
  46 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  47
  48 import jalview.analysis.AAFrequency;
  49 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  50 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  51 import jalview.analysis.Conservation;
  52 import jalview.api.AlignViewportI;
  53 import jalview.bin.Cache;
  54 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  55 import jalview.commands.EditCommand;
  56 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  57 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  58 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  59 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  60 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  61 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  62 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  63 import jalview.datamodel.ResidueCount;
  64 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  65 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  66 import jalview.datamodel.SequenceI;
  67 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  68 import jalview.io.CountReader;
  69 import jalview.io.FileFormatI;
  70 import jalview.io.FileFormats;
  71 import jalview.io.FormatAdapter;
  72 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  73 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  74 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  75 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  76 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  77 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  78 import jalview.util.Comparison;
  79 import jalview.util.GroupUrlLink;
  80 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  81 import jalview.util.MessageManager;
  82 import jalview.util.StringUtils;
  83 import jalview.util.UrlLink;
  84 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  85
  86 import java.io.IOException;
  87 import java.net.MalformedURLException;
  88
  89 /**
  90  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  91  * sequence alignment.
  92  */
  93 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  94 {
  95   /*
  96    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
  97    */
  98   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
  99
 100   /*
 101    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
 102    */
 103   private final boolean forIdPanel;
 104
 105   private final AlignmentPanel ap;
 106
 107   /*
 108    * the sequence under the cursor when clicked
 109    * (additional sequences may be selected)
 110    */
 111   private final SequenceI sequence;
 112
 113   JMenu groupMenu = new JMenu();
 114
 115   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 116
 117   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 118
 119   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 120
 121   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 122
 123   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 124
 125   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 126
 127   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 128
 129   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 130
 131   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 132
 133   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 134
 135   JMenu colourMenu = new JMenu();
 136
 137   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 138
 139   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 140
 141   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 142
 143   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 144
 145   JMenu editMenu = new JMenu();
 146
 147   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 148
 149   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 150
 151   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 152
 153   JMenu outputMenu = new JMenu();
 154
 155   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 156
 157   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 158
 159   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 160           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 161
 162   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 163
 164   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 165
 166   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 167           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 168
 169   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 170
 171   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 172
 173   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 174
 175   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 176
 177   /**
 178    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 179    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 180    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 181    * preferences.
 182    *
 183    * @param seq
 184    * @param features
 185    * @return
 186    */
 187   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 188           List<SequenceFeature> features)
 189   {
 190     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 191
 192     List<String> nlinks = null;
 193     if (seq != null)
 194     {
 195       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 196       UrlLink.sort(nlinks);
 197     }
 198     else
 199     {
 200       nlinks = new ArrayList<>();
 201     }
 202
 203     if (features != null)
 204     {
 205       for (SequenceFeature sf : features)
 206       {
 207         if (sf.links != null)
 208         {
 209           for (String link : sf.links)
 210           {
 211             nlinks.add(link);
 212           }
 213         }
 214       }
 215     }
 216
 217     /*
 218      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 219      * note the order of the templates is preserved in the map
 220      */
 221     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 222     for (String link : nlinks)
 223     {
 224       UrlLink urlLink = null;
 225       try
 226       {
 227         urlLink = new UrlLink(link);
 228       } catch (Exception foo)
 229       {
 230         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 231         continue;
 232       }
 233
 234       if (!urlLink.isValid())
 235       {
 236         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 237         continue;
 238       }
 239
 240       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 241     }
 242
 243     /*
 244      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 245      * the order of the sorted templates)
 246      */
 247     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 248
 249     return linkMenu;
 250   }
 251
 252   /**
 253    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 254    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 255    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 256    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 257    *
 258    * @param linkMenu
 259    * @param linkset
 260    */
 261   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 262           Collection<List<String>> linkset)
 263   {
 264     for (List<String> linkstrset : linkset)
 265     {
 266       final String url = linkstrset.get(3);
 267       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 268       item.setToolTipText(MessageManager
 269               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 270               { url }));
 271       item.addActionListener(new ActionListener()
 272       {
 273         @Override
 274         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 275         {
 276           new Thread(new Runnable()
 277           {
 278             @Override
 279             public void run()
 280             {
 281               showLink(url);
 282             }
 283           }).start();
 284         }
 285       });
 286       linkMenu.add(item);
 287     }
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 292    * message if this fails
 293    *
 294    * @param url
 295    */
 296   static void showLink(String url)
 297   {
 298     try
 299     {
 300       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 301     } catch (Exception ex)
 302     {
 303       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 304               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 305               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 306               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 307
 308       ex.printStackTrace();
 309     }
 310   }
 311
 312   /**
 313    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 314    *
 315    * @param linkMenu
 316    * @param label
 317    *          - menu label string
 318    * @param urlgenerator
 319    *          GroupURLLink used to generate URL
 320    * @param urlstub
 321    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 322    */
 323   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 324           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 325   {
 326     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 327     item.setToolTipText(MessageManager
 328             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 329             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 330                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 331     // TODO: put in info about what is being sent.
 332     item.addActionListener(new ActionListener()
 333     {
 334       @Override
 335       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 336       {
 337         new Thread(new Runnable()
 338         {
 339
 340           @Override
 341           public void run()
 342           {
 343             try
 344             {
 345               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 346             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 347             {
 348             }
 349           }
 350
 351         }).start();
 352       }
 353     });
 354
 355     linkMenu.add(item);
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a residue)
 360    *
 361    * @param ap
 362    *              the panel in which the mouse is clicked
 363    * @param seq
 364    *              the sequence under the mouse
 365    * @throws NullPointerException
 366    *                                if seq is null
 367    */
 368   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 369   {
 370     this(false, ap, seq, column, null);
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 375    *
 376    * @param alignPanel
 377    *                     the panel in which the mouse is clicked
 378    * @param seq
 379    *                     the sequence under the mouse click
 380    * @param groupLinks
 381    *                     templates for sequence external links
 382    * @throws NullPointerException
 383    *                                if seq is null
 384    */
 385   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 386           List<String> groupLinks)
 387   {
 388     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 393    * Panel, or alignment context
 394    *
 395    * @param fromIdPanel
 396    * @param alignPanel
 397    * @param seq
 398    * @param column
 399    *                      aligned column position (0...)
 400    * @param groupLinks
 401    */
 402   private PopupMenu(boolean fromIdPanel,
 403           final AlignmentPanel alignPanel,
 404           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 405   {
 406     Objects.requireNonNull(seq);
 407     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 408     this.ap = alignPanel;
 409     sequence = seq;
 410
 411     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 412     {
 413       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 414
 415       item.addActionListener(new ActionListener()
 416       {
 417         @Override
 418         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 419         {
 420           outputText_actionPerformed(e);
 421         }
 422       });
 423
 424       outputMenu.add(item);
 425     }
 426
 427     /*
 428      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 429      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 430      * currently selected sequence (if there is one):
 431      */
 432     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 433             ? Arrays.asList(seq)
 434             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 435     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 436             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 437     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 438             selectedSequence);
 439
 440     /*
 441      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 442      */
 443     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av.getSelectionGroup() == null
 444             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 445             : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 446     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 447             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 448     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 449             selectedGroup);
 450
 451     try
 452     {
 453       jbInit();
 454     } catch (Exception e)
 455     {
 456       e.printStackTrace();
 457     }
 458
 459     if (forIdPanel)
 460     {
 461       JMenuItem menuItem;
 462       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 463       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 464       {
 465         makeReferenceSeq.setText(
 466                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 467       }
 468       else
 469       {
 470         makeReferenceSeq.setText(
 471                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 472       }
 473
 474       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 475       {
 476         remove(rnaStructureMenu);
 477       }
 478       else
 479       {
 480         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 481         /*
 482          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 483          * structure annotation
 484          */
 485         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 486                 .getAlignmentAnnotation();
 487         if (aas != null)
 488         {
 489           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 490           {
 491             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 492             {
 493               /*
 494                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 495                */
 496               menuItem = new JMenuItem();
 497               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 498                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 499                       { aa.label }));
 500               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 501               {
 502                 @Override
 503                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 504                 {
 505                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 506                 }
 507               });
 508               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 509             }
 510           }
 511         }
 512
 513         if (seq.getAnnotation() != null)
 514         {
 515           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 516           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 517           {
 518             if (aa.isValidStruc())
 519             {
 520               /*
 521                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 522                */
 523               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 524               menuItem = new JMenuItem();
 525               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 526                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 527                       { seq.getName() }));
 528               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 529               {
 530                 @Override
 531                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 532                 {
 533                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 534                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 535                 }
 536               });
 537               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 538             }
 539           }
 540         }
 541         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 542         {
 543           remove(rnaStructureMenu);
 544         }
 545       }
 546
 547       if (seq.hasHMMProfile())
 548       {
 549         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 550                 .getString("action.add_background_frequencies"));
 551         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 552         {
 553           @Override
 554           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 555           {
 556             try
 557             {
 558               ResidueCount counts = CountReader.getBackgroundFrequencies(ap,
 559                       seq);
 560               if (counts != null)
 561               {
 562                 seq.getHMM().setBackgroundFrequencies(counts);
 563                 ap.alignFrame.buildColourMenu();
 564               }
 565             } catch (MalformedURLException e1)
 566             {
 567               e1.printStackTrace();
 568             } catch (IOException e1)
 569             {
 570               e1.printStackTrace();
 571             }
 572           }
 573         });
 574         add(menuItem);
 575       }
 576
 577       menuItem = new JMenuItem(
 578               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 579       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 580       {
 581         @Override
 582         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 583         {
 584           hideSequences(false);
 585         }
 586       });
 587       add(menuItem);
 588
 589       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 590               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 591       {
 592         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 593                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 594                 { seq.getName() }));
 595         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 596         {
 597           @Override
 598           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 599           {
 600             hideSequences(true);
 601           }
 602         });
 603         sequenceMenu.add(menuItem);
 604       }
 605
 606       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 607       {
 608         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 609
 610         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 611                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 612         {
 613           menuItem = new JMenuItem(
 614                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 615           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 616           {
 617             @Override
 618             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 619             {
 620               alignPanel.av.showSequence(index);
 621               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 622               {
 623                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 624               }
 625             }
 626           });
 627           add(menuItem);
 628         }
 629       }
 630     }
 631
 632     /*
 633      * offer 'Reveal All'
 634      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 635      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 636      */
 637     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 638     {
 639       boolean addOption = seq != null;
 640       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 641       {
 642         addOption = true;
 643       }
 644       if (addOption)
 645       {
 646         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 647                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 648         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 649         {
 650           @Override
 651           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 652           {
 653             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 654             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 655             {
 656               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 657             }
 658           }
 659         });
 660         add(menuItem);
 661       }
 662     }
 663
 664     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 665     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 666             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 667             : false;
 668
 669     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 670     {
 671       groupName.setText(MessageManager
 672               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 673
 674       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 675
 676       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 677
 678       if (sg.cs != null)
 679       {
 680         if (sg.cs.conservationApplied())
 681         {
 682           conservationMenuItem.setSelected(true);
 683         }
 684         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 685         {
 686           abovePIDColour.setSelected(true);
 687         }
 688       }
 689       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 690       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 691       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 692       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 693       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 694       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 695       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 696       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 697       {
 698         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 699       }
 700       // Add a 'show all structures' for the current selection
 701       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>();
 702       Hashtable<String, PDBEntry> reppdb = new Hashtable<>();
 703
 704       SequenceI sqass = null;
 705       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 706       {
 707         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 708         if (pes != null && pes.size() > 0)
 709         {
 710           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 711           for (PDBEntry pe : pes)
 712           {
 713             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 714             if (sqass == null)
 715             {
 716               sqass = sq;
 717             }
 718           }
 719         }
 720       }
 721       if (pdbe.size() > 0)
 722       {
 723         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 724                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 725                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 726         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 727       }
 728     }
 729     else
 730     {
 731       groupMenu.setVisible(false);
 732       editMenu.setVisible(false);
 733     }
 734
 735     if (!isDefinedGroup)
 736     {
 737       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 738       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 739       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 740     }
 741     else
 742     {
 743       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 744       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 745       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 746     }
 747
 748     if (!forIdPanel)
 749     {
 750       sequenceMenu.setVisible(false);
 751       chooseStructure.setVisible(false);
 752       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 753     }
 754
 755     addLinksAndFeatures(seq, column);
 756   }
 757
 758   /**
 759    * Adds
 760    * <ul>
 761    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 762    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 763    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 764    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 765    * </ul>
 766    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then links
 767    * to their feature details are also added.
 768    *
 769    * @param seq
 770    * @param column
 771    */
 772   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 773   {
 774     List<SequenceFeature> features = null;
 775     if (forIdPanel)
 776     {
 777       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 778     }
 779     else
 780     {
 781       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 782               column + 1);
 783     }
 784
 785     addLinks(seq, features);
 786
 787     if (!forIdPanel)
 788     {
 789       addFeatureDetails(features, seq, column);
 790     }
 791   }
 792
 793   /**
 794    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 795    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 796    * included.
 797    *
 798    * @param features
 799    * @param seq
 800    * @param column
 801    */
 802   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 803           final SequenceI seq, final int column)
 804   {
 805     /*
 806      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 807      * position if configured to do so
 808      */
 809     MappedFeatures mf = null;
 810     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 811     {
 812       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 813       {
 814         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 815                 .getCodingComplement();
 816         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 817         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 818         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 819         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 820       }
 821     }
 822
 823     if (features.isEmpty() && mf == null)
 824     {
 825       /*
 826        * no features to show at this position
 827        */
 828       return;
 829     }
 830
 831     JMenu details = new JMenu(
 832             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 833     add(details);
 834
 835     String name = seq.getName();
 836     for (final SequenceFeature sf : features)
 837     {
 838       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 839     }
 840
 841     if (mf != null)
 842     {
 843       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 844       {
 845         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 846       }
 847     }
 848   }
 849
 850   /**
 851    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 852    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 853    * truncated.
 854    *
 855    * @param details
 856    * @param seqName
 857    * @param sf
 858    * @param mf
 859    */
 860   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 861           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 862   {
 863     int start = sf.getBegin();
 864     int end = sf.getEnd();
 865     if (mf != null)
 866     {
 867       /*
 868        * show local rather than linked feature coordinates
 869        */
 870       int[] beginRange = mf.getMappedPositions(start, start);
 871       start = beginRange[0];
 872       int[] endRange = mf.getMappedPositions(end, end);
 873       end = endRange[endRange.length - 1];
 874     }
 875     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 876     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 877     if (start != end)
 878     {
 879       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 880       desc.append(String.valueOf(end));
 881     }
 882     String description = sf.getDescription();
 883     if (description != null)
 884     {
 885       desc.append(" ");
 886       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 887
 888       /*
 889        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 890        * (as truncation could leave corrupted html)
 891        */
 892       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 893       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 894       {
 895         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 896       }
 897       desc.append(description);
 898     }
 899     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 900     if (featureGroup != null)
 901     {
 902       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 903     }
 904     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 905     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 906     item.addActionListener(new ActionListener()
 907     {
 908       @Override
 909       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 910       {
 911         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 912       }
 913     });
 914     details.add(item);
 915   }
 916
 917   /**
 918    * Opens a panel showing a text report of feature details
 919    *
 920    * @param sf
 921    * @param seqName
 922    * @param mf
 923    */
 924   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 925           MappedFeatures mf)
 926   {
 927     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 928     // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 929     cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 930     cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 931     cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 932
 933     Desktop.addInternalFrame(cap,
 934             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 935   }
 936
 937   /**
 938    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 939    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 940    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 941    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 942    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 943    *
 944    * @param seq
 945    * @param features
 946    */
 947   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 948   {
 949     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 950
 951     // only add link menu if it has entries
 952     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 953     {
 954       if (forIdPanel)
 955       {
 956         sequenceMenu.add(linkMenu);
 957       }
 958       else
 959       {
 960         add(linkMenu);
 961       }
 962     }
 963   }
 964
 965   /**
 966    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 967    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 968    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 969    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 970    * <p>
 971    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 972    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 973    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 974    * composite type name, e.g.
 975    * <p>
 976    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 977    *
 978    * @param seq
 979    */
 980   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 981           List<SequenceI> forSequences)
 982   {
 983     showMenu.removeAll();
 984     hideMenu.removeAll();
 985
 986     final List<String> all = Arrays
 987             .asList(new String[]
 988             { MessageManager.getString("label.all") });
 989     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 990             true);
 991     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 992             false);
 993     showMenu.addSeparator();
 994     hideMenu.addSeparator();
 995
 996     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 997             .getAlignmentAnnotation();
 998
 999     /*
1000      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1001      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1002      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1003      * alignment.
1004      */
1005     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
1006     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
1007     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1008             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1009
1010     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1011     {
1012       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1013       {
1014         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1015                 false, true);
1016       }
1017     }
1018     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1019     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1020
1021     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1022     {
1023       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1024       {
1025         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1026                 false, false);
1027       }
1028     }
1029     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1030     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1031   }
1032
1033   /**
1034    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
1035    * is one), else the specified single sequence.
1036    *
1037    * @param seq
1038    * @return
1039    */
1040   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1041   {
1042     List<SequenceI> forSequences = null;
1043     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1044     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1045     {
1046       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1047     }
1048     else
1049     {
1050       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1051               : Arrays.asList(seq);
1052     }
1053     return forSequences;
1054   }
1055
1056   /**
1057    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1058    * menus.
1059    *
1060    * @param showOrHideMenu
1061    *          the menu to add to
1062    * @param forSequences
1063    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1064    * @param calcId
1065    * @param types
1066    *          the label to add
1067    * @param allTypes
1068    *          if true this is a special label meaning 'All'
1069    * @param actionIsShow
1070    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1071    *          type, else hide
1072    */
1073   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1074           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1075           final List<String> types, final boolean allTypes,
1076           final boolean actionIsShow)
1077   {
1078     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1079     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1080     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1081     item.setToolTipText(calcId);
1082     item.addActionListener(new ActionListener()
1083     {
1084       @Override
1085       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1086       {
1087         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1088                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1089         refresh();
1090       }
1091     });
1092     showOrHideMenu.add(item);
1093   }
1094
1095   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1096   {
1097
1098     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1099     // menu appears asap
1100     // sequence only URLs
1101     // ID/regex match URLs
1102     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1103             MessageManager.getString("action.group_link"));
1104     // three types of url that might be created.
1105     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1106         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1107         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1108         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1109
1110     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1111     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1112     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1113     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1114     {
1115
1116       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1117               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1118       // just collect ids from dataset sequence
1119       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1120       // current selection, too
1121       SequenceI sqi = seqs[sq];
1122       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1123       {
1124         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1125       }
1126       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRefs();
1127       if (dbr != null && dbr.length > 0)
1128       {
1129         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
1130         {
1131           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
1132           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1133           if (sarray == null)
1134           {
1135             sarray = new Object[2];
1136             sarray[0] = new int[] { 0 };
1137             sarray[1] = new String[seqs.length];
1138
1139             commonDbrefs.put(src, sarray);
1140           }
1141
1142           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1143           {
1144             if (!dbr[d].hasMap() || (dbr[d].getMap()
1145                     .locateMappedRange(start, end) != null))
1146             {
1147               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
1148               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1149             }
1150           }
1151         }
1152       }
1153     }
1154     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1155     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1156                              // to user
1157     for (String link : groupLinks)
1158     {
1159       GroupUrlLink urlLink = null;
1160       try
1161       {
1162         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1163       } catch (Exception foo)
1164       {
1165         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1166         continue;
1167       }
1168       ;
1169       if (!urlLink.isValid())
1170       {
1171         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
1172         continue;
1173       }
1174       final String label = urlLink.getLabel();
1175       boolean usingNames = false;
1176       // Now see which parts of the group apply for this URL
1177       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1178       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
1179       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1180       if (idset != null)
1181       {
1182         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1183         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1184         seqstr = new String[numinput];
1185         ids = new String[numinput];
1186         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1187         {
1188           if (allids[sq] != null)
1189           {
1190             ids[idcount] = allids[sq];
1191             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1192           }
1193         }
1194       }
1195       else
1196       {
1197         // just use the id/seq set
1198         seqstr = idandseqs[1];
1199         ids = idandseqs[0];
1200         usingNames = true;
1201       }
1202       // and try and make the groupURL!
1203
1204       Object[] urlset = null;
1205       try
1206       {
1207         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1208                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1209       } catch (UrlStringTooLongException e)
1210       {
1211       }
1212       if (urlset != null)
1213       {
1214         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1215         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1216         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1217         addshowLink(linkMenus[type],
1218                 label + (((type & 1) == 1)
1219                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1220                         : ""),
1221                 urlLink, urlset);
1222         addMenu = true;
1223       }
1224     }
1225     if (addMenu)
1226     {
1227       groupLinksMenu = new JMenu(
1228               MessageManager.getString("action.group_link"));
1229       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1230       {
1231         if (linkMenus[m] != null
1232                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1233         {
1234           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1235         }
1236       }
1237
1238       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1239     }
1240   }
1241
1242   /**
1243    * DOCUMENT ME!
1244    *
1245    * @throws Exception
1246    *           DOCUMENT ME!
1247    */
1248   private void jbInit() throws Exception
1249   {
1250     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1251     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1252     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1253     {
1254       @Override
1255       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1256       {
1257         groupName_actionPerformed();
1258       }
1259     });
1260     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1261
1262     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1263             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1264     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1265     {
1266       @Override
1267       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1268       {
1269         sequenceName_actionPerformed();
1270       }
1271     });
1272     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1273             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1274     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1275     {
1276       @Override
1277       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1278       {
1279         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1280       }
1281     });
1282     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1283             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1284     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1285     {
1286       @Override
1287       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1288       {
1289         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1290       }
1291     });
1292     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1293             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1294     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1295     {
1296       @Override
1297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1298       {
1299         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1300       }
1301     });
1302
1303     unGroupMenuItem
1304             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1305     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1306     {
1307       @Override
1308       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1309       {
1310         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1311       }
1312     });
1313     createGroupMenuItem
1314             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1315     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1316     {
1317       @Override
1318       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1319       {
1320         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1321       }
1322     });
1323
1324     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1325             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1326     outline.addActionListener(new ActionListener()
1327     {
1328       @Override
1329       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1330       {
1331         outline_actionPerformed();
1332       }
1333     });
1334     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1335     showBoxes.setState(true);
1336     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1337     {
1338       @Override
1339       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1340       {
1341         showBoxes_actionPerformed();
1342       }
1343     });
1344     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1345     showText.setState(true);
1346     showText.addActionListener(new ActionListener()
1347     {
1348       @Override
1349       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1350       {
1351         showText_actionPerformed();
1352       }
1353     });
1354     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1355     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1356     {
1357       @Override
1358       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1359       {
1360         showColourText_actionPerformed();
1361       }
1362     });
1363     displayNonconserved
1364             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1365     displayNonconserved.setState(true);
1366     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1367     {
1368       @Override
1369       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1370       {
1371         showNonconserved_actionPerformed();
1372       }
1373     });
1374     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1375     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1376     cut.addActionListener(new ActionListener()
1377     {
1378       @Override
1379       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1380       {
1381         cut_actionPerformed();
1382       }
1383     });
1384     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1385     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1386     {
1387       @Override
1388       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1389       {
1390         changeCase(e);
1391       }
1392     });
1393     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1394     copy.addActionListener(new ActionListener()
1395     {
1396       @Override
1397       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1398       {
1399         copy_actionPerformed();
1400       }
1401     });
1402     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1403     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1404     {
1405       @Override
1406       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1407       {
1408         changeCase(e);
1409       }
1410     });
1411     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1412     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1413     {
1414       @Override
1415       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1416       {
1417         changeCase(e);
1418       }
1419     });
1420     outputMenu.setText(
1421             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1422     seqShowAnnotationsMenu
1423             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1424     seqHideAnnotationsMenu
1425             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1426     groupShowAnnotationsMenu
1427             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1428     groupHideAnnotationsMenu
1429             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1430     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1431             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1432     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1433     {
1434       @Override
1435       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1436       {
1437         sequenceFeature_actionPerformed();
1438       }
1439     });
1440     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1441     chooseStructure.setText(
1442             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1443     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1444     {
1445       @Override
1446       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1447       {
1448         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1449         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1450         {
1451           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1452         }
1453         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1454       }
1455     });
1456
1457     rnaStructureMenu
1458             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1459
1460     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1461     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1462             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1463     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1464     {
1465       @Override
1466       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1467       {
1468         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
1469       }
1470     });
1471     makeReferenceSeq.setText(
1472             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1473     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1474     {
1475
1476       @Override
1477       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1478       {
1479         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1480
1481       }
1482     });
1483
1484     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1485     add(groupMenu);
1486     add(sequenceMenu);
1487     add(rnaStructureMenu);
1488     add(chooseStructure);
1489     if (forIdPanel)
1490     {
1491       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1492               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1493       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1494       {
1495
1496         @Override
1497         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1498         {
1499           hideInsertions_actionPerformed(e);
1500         }
1501       });
1502       add(hideInsertions);
1503     }
1504     // annotations configuration panel suppressed for now
1505     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1506
1507     /*
1508      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1509      * (if a selection group is in force).
1510      */
1511     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1512     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1513     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1514     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1515     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1516     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1517     groupMenu.add(editMenu);
1518     groupMenu.add(outputMenu);
1519     groupMenu.add(sequenceFeature);
1520     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1521     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1522     groupMenu.add(editGroupMenu);
1523     sequenceMenu.add(sequenceName);
1524     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1525     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1526
1527     initColourMenu();
1528     buildColourMenu();
1529
1530     editMenu.add(copy);
1531     editMenu.add(cut);
1532     editMenu.add(editSequence);
1533     editMenu.add(upperCase);
1534     editMenu.add(lowerCase);
1535     editMenu.add(toggle);
1536     editGroupMenu.add(groupName);
1537     editGroupMenu.add(colourMenu);
1538     editGroupMenu.add(showBoxes);
1539     editGroupMenu.add(showText);
1540     editGroupMenu.add(showColourText);
1541     editGroupMenu.add(outline);
1542     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1543   }
1544
1545   /**
1546    * Constructs the entries for the colour menu
1547    */
1548   protected void initColourMenu()
1549   {
1550     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1551     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1552     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1553     {
1554       @Override
1555       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1556       {
1557         textColour_actionPerformed();
1558       }
1559     });
1560
1561     abovePIDColour.setText(
1562             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1563     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1564     {
1565       @Override
1566       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1567       {
1568         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1569       }
1570     });
1571
1572     modifyPID.setText(
1573             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1574     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1575     {
1576       @Override
1577       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1578       {
1579         modifyPID_actionPerformed();
1580       }
1581     });
1582
1583     conservationMenuItem
1584             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1585     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1586     {
1587       @Override
1588       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1589       {
1590         conservationMenuItem_actionPerformed(
1591                 conservationMenuItem.isSelected());
1592       }
1593     });
1594
1595     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1596             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1597     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1598     annotationColour.setEnabled(false);
1599     annotationColour.setToolTipText(
1600             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1601
1602     modifyConservation.setText(MessageManager
1603             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1604     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1605     {
1606       @Override
1607       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1608       {
1609         modifyConservation_actionPerformed();
1610       }
1611     });
1612   }
1613
1614   /**
1615    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1616    * were loaded at startup or during the Jalview session
1617    */
1618   protected void buildColourMenu()
1619   {
1620     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1621     if (sg == null)
1622     {
1623       /*
1624        * popup menu with no sequence group scope
1625        */
1626       return;
1627     }
1628     colourMenu.removeAll();
1629     colourMenu.add(textColour);
1630     colourMenu.addSeparator();
1631
1632     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1633             false);
1634     bg.add(annotationColour);
1635     colourMenu.add(annotationColour);
1636
1637     colourMenu.addSeparator();
1638     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1639     colourMenu.add(modifyConservation);
1640     colourMenu.add(abovePIDColour);
1641     colourMenu.add(modifyPID);
1642   }
1643
1644   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1645   {
1646     SequenceGroup sg = getGroup();
1647     if (sg.cs != null)
1648     {
1649       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1650       SliderPanel.showConservationSlider();
1651     }
1652   }
1653
1654   protected void modifyPID_actionPerformed()
1655   {
1656     SequenceGroup sg = getGroup();
1657     if (sg.cs != null)
1658     {
1659       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1660       // .getName());
1661       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1662       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1663       SliderPanel.showPIDSlider();
1664     }
1665   }
1666
1667   /**
1668    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1669    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1670    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1671    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1672    * calcId, label and sequenceRef.
1673    *
1674    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1675    * (label) of the annotations that can be added.
1676    *
1677    * @param menuItem
1678    * @param forSequences
1679    */
1680   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1681           List<SequenceI> forSequences)
1682   {
1683     menuItem.setEnabled(false);
1684
1685     /*
1686      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1687      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1688      */
1689     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1690     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1691     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1692     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1693             candidates, al);
1694     if (!candidates.isEmpty())
1695     {
1696       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1697       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1698
1699       /*
1700        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1701        * configure its tooltip and action.
1702        */
1703       menuItem.setEnabled(true);
1704       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1705       {
1706         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1707       }
1708       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1709               tooltip.toString());
1710       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1711
1712       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1713       {
1714         @Override
1715         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1716         {
1717           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1718         }
1719       });
1720     }
1721   }
1722
1723   /**
1724    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1725    *
1726    * @param candidates
1727    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1728    *          of annotations to add to each sequence
1729    */
1730   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1731           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1732   {
1733     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1734     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1735     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1736             selectionGroup);
1737     refresh();
1738   }
1739
1740   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1741   {
1742     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1743     {
1744       // initialise the display flags so the user sees something happen
1745       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1746       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1747       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1748     }
1749     else
1750     {
1751       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1752       {
1753         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1754       }
1755       else
1756       {
1757         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1758       }
1759     }
1760     refresh();
1761   }
1762
1763   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1764   {
1765     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1766     BitSet inserts = new BitSet();
1767
1768     boolean markedPopup = false;
1769     // mark inserts in current selection
1770     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1771     {
1772       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1773       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1774               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1775
1776       // now clear columns without gaps
1777       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1778       {
1779         if (sq == sequence)
1780         {
1781           markedPopup = true;
1782         }
1783         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1784       }
1785       hidden.clearAndHideColumns(inserts, ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1786               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1787     }
1788
1789     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1790     else if (!markedPopup && sequence != null)
1791     {
1792       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1793
1794       // and set hidden columns accordingly
1795       hidden.hideColumns(inserts);
1796     }
1797     refresh();
1798   }
1799
1800   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1801   {
1802     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1803   }
1804
1805   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1806   {
1807     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1808     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1809     for (SequenceI seq : sequences)
1810     {
1811       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1812               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1813               new Object[]
1814               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p><p>");
1815       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1816               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1817       contents.append("</p>");
1818     }
1819     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
1820
1821     Desktop.addInternalFrame(cap,
1822             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1823                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1824                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1825                             : new Object[]
1826                             { MessageManager
1827                                     .getString("label.selection") })),
1828             500, 400);
1829
1830   }
1831
1832   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1833   {
1834     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1835     refresh();
1836   }
1837
1838   /**
1839    * call to refresh view after settings change
1840    */
1841   void refresh()
1842   {
1843     ap.updateAnnotation();
1844     // removed paintAlignment(true) here:
1845     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1846     // again
1847
1848     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1849   }
1850
1851   /*
1852    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1853    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1854    */
1855   /**
1856    * DOCUMENT ME!
1857    *
1858    * @param selected
1859    *
1860    * @param e
1861    *          DOCUMENT ME!
1862    */
1863   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1864   {
1865     SequenceGroup sg = getGroup();
1866     if (sg.cs == null)
1867     {
1868       return;
1869     }
1870
1871     if (selected)
1872     {
1873       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1874               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1875               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1876
1877       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1878               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1879
1880       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1881
1882       SliderPanel.showPIDSlider();
1883     }
1884     else
1885     // remove PIDColouring
1886     {
1887       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1888       SliderPanel.hidePIDSlider();
1889     }
1890     modifyPID.setEnabled(selected);
1891
1892     refresh();
1893   }
1894
1895   /**
1896    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1897    * to show or hide.
1898    *
1899    * @param e
1900    */
1901   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1902   {
1903     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1904     new AnnotationChooser(ap);
1905   }
1906
1907   /**
1908    * DOCUMENT ME!
1909    *
1910    * @param e
1911    *          DOCUMENT ME!
1912    */
1913   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1914   {
1915     SequenceGroup sg = getGroup();
1916     if (sg.cs == null)
1917     {
1918       return;
1919     }
1920
1921     if (selected)
1922     {
1923       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1924       Conservation c = new Conservation("Group",
1925               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1926               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1927
1928       c.calculate();
1929       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1930       sg.cs.setConservation(c);
1931
1932       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1933               sg.getName());
1934       SliderPanel.showConservationSlider();
1935     }
1936     else
1937     // remove ConservationColouring
1938     {
1939       sg.cs.setConservation(null);
1940       SliderPanel.hideConservationSlider();
1941     }
1942     modifyConservation.setEnabled(selected);
1943
1944     refresh();
1945   }
1946
1947   /**
1948    * DOCUMENT ME!
1949    *
1950    * @param e
1951    *          DOCUMENT ME!
1952    */
1953   protected void groupName_actionPerformed()
1954   {
1955
1956     SequenceGroup sg = getGroup();
1957     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1958             sg.getDescription(),
1959             "       " + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
1960             MessageManager.getString("label.group_description") + " ",
1961             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1962             ap.alignFrame);
1963
1964     if (!dialog.accept)
1965     {
1966       return;
1967     }
1968
1969     sg.setName(dialog.getName());
1970     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1971     refresh();
1972   }
1973
1974   /**
1975    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1976    *
1977    * @return sequence group to operate on
1978    */
1979   SequenceGroup getGroup()
1980   {
1981     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1982     // this method won't add a new group if it already exists
1983     if (sg != null)
1984     {
1985       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1986     }
1987
1988     return sg;
1989   }
1990
1991   /**
1992    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
1993    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with a
1994    * warning message.
1995    */
1996   void sequenceName_actionPerformed()
1997   {
1998     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1999             sequence.getDescription(),
2000             "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name")
2001                     + " ",
2002             MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ",
2003             MessageManager.getString(
2004                     "label.edit_sequence_name_description"),
2005             ap.alignFrame);
2006
2007     if (!dialog.accept)
2008     {
2009       return;
2010     }
2011
2012     String name = dialog.getName();
2013     if (name != null)
2014     {
2015       if (name.indexOf(" ") > -1)
2016       {
2017         JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
2018                 MessageManager
2019                         .getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
2020                 MessageManager
2021                         .getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
2022                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2023         name = name.replace(' ', '_');
2024       }
2025
2026       sequence.setName(name);
2027       ap.paintAlignment(false, false);
2028     }
2029
2030     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
2031
2032     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2033             ap.av.getAlignment().getSequences());
2034
2035   }
2036
2037   /**
2038    * DOCUMENT ME!
2039    *
2040    * @param e
2041    *          DOCUMENT ME!
2042    */
2043   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2044   {
2045     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2046     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2047     ap.av.setSelectionGroup(null);
2048     refresh();
2049   }
2050
2051   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2052   {
2053     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2054                 // standard alignment window logic for this
2055     refresh();
2056   }
2057
2058   /**
2059    * DOCUMENT ME!
2060    *
2061    * @param e
2062    *          DOCUMENT ME!
2063    */
2064   protected void outline_actionPerformed()
2065   {
2066     SequenceGroup sg = getGroup();
2067     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
2068             MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
2069             Color.BLUE);
2070
2071     if (col != null)
2072     {
2073       sg.setOutlineColour(col);
2074     }
2075
2076     refresh();
2077   }
2078
2079   /**
2080    * DOCUMENT ME!
2081    *
2082    * @param e
2083    *          DOCUMENT ME!
2084    */
2085   public void showBoxes_actionPerformed()
2086   {
2087     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2088     refresh();
2089   }
2090
2091   /**
2092    * DOCUMENT ME!
2093    *
2094    * @param e
2095    *          DOCUMENT ME!
2096    */
2097   public void showText_actionPerformed()
2098   {
2099     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2100     refresh();
2101   }
2102
2103   /**
2104    * DOCUMENT ME!
2105    *
2106    * @param e
2107    *          DOCUMENT ME!
2108    */
2109   public void showColourText_actionPerformed()
2110   {
2111     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2112     refresh();
2113   }
2114
2115   void hideSequences(boolean representGroup)
2116   {
2117     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2118   }
2119
2120   public void copy_actionPerformed()
2121   {
2122     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
2123   }
2124
2125   public void cut_actionPerformed()
2126   {
2127     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
2128   }
2129
2130   void changeCase(ActionEvent e)
2131   {
2132     Object source = e.getSource();
2133     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2134
2135     if (sg != null)
2136     {
2137       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2138               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2139
2140       String description;
2141       int caseChange;
2142
2143       if (source == toggle)
2144       {
2145         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2146         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2147       }
2148       else if (source == upperCase)
2149       {
2150         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2151         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2152       }
2153       else
2154       {
2155         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2156         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2157       }
2158
2159       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2160               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2161               startEnd, caseChange);
2162
2163       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2164
2165       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2166               ap.av.getAlignment().getSequences());
2167
2168     }
2169   }
2170
2171   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2172   {
2173     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2174     cap.setForInput(null);
2175     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2176             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2177             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2178
2179     String[] omitHidden = null;
2180
2181     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2182     // or we simply trust the user wants
2183     // wysiwig behaviour
2184
2185     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2186             .forName(e.getActionCommand());
2187     cap.setText(
2188             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2189   }
2190
2191   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2192   {
2193     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2194     if (sg == null)
2195     {
2196       return;
2197     }
2198
2199     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2200     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2201
2202     /*
2203      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2204      * for the amend features dialog
2205      */
2206     int gSize = sg.getSize();
2207     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2208     {
2209       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2210       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2211       if (start <= end)
2212       {
2213         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2214         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2215       }
2216     }
2217
2218     /*
2219      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2220      */
2221     if (!seqs.isEmpty())
2222     {
2223       if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer()
2224               .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
2225       {
2226         ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
2227         ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
2228         ap.repaint(); // draw new/amended features
2229       }
2230     }
2231   }
2232
2233   public void textColour_actionPerformed()
2234   {
2235     SequenceGroup sg = getGroup();
2236     if (sg != null)
2237     {
2238       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2239     }
2240   }
2241
2242   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
2243   {
2244     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2245
2246     SequenceI seq = sequence;
2247     if (sg != null)
2248     {
2249       if (seq == null)
2250       {
2251         seq = sg.getSequenceAt(0);
2252       }
2253
2254       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2255               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
2256                       sg.getEndRes() + 1),
2257               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
2258               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2259               ap.alignFrame);
2260
2261       if (dialog.accept)
2262       {
2263         EditCommand editCommand = new EditCommand(
2264                 MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2265                 Action.REPLACE,
2266                 dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
2267                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2268                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
2269
2270         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2271
2272         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2273                 ap.av.getAlignment().getSequences());
2274       }
2275     }
2276   }
2277
2278   /**
2279    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2280    * its bespoke action handler)
2281    *
2282    * @return
2283    */
2284   @Override
2285   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2286   {
2287     SequenceGroup sg = getGroup();
2288     /*
2289      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2290      */
2291     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2292             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2293                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2294     sg.setColourScheme(colourScheme);
2295     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2296             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2297     {
2298       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2299               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2300               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2301     }
2302
2303     refresh();
2304   }
2305
2306 }