src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.BitSet;
  30 import java.util.Collection;
  31 import java.util.Collections;
  32 import java.util.Hashtable;
  33 import java.util.LinkedHashMap;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Objects;
  38 import java.util.SortedMap;
  39 import java.util.TreeMap;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.ButtonGroup;
  43 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  44 import javax.swing.JInternalFrame;
  45 import javax.swing.JLabel;
  46 import javax.swing.JMenu;
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52
  53 import jalview.analysis.AAFrequency;
  54 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  55 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  56 import jalview.analysis.Conservation;
  57 import jalview.api.AlignViewportI;
  58 import jalview.bin.Console;
  59 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  60 import jalview.commands.EditCommand;
  61 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  62 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  63 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  64 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  65 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  66 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  67 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  68 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  69 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  70 import jalview.datamodel.SequenceI;
  71 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  72 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  73 import jalview.io.FileFormatI;
  74 import jalview.io.FileFormats;
  75 import jalview.io.FormatAdapter;
  76 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  77 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  78 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  79 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  80 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  81 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  82 import jalview.util.Comparison;
  83 import jalview.util.GroupUrlLink;
  84 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  85 import jalview.util.MessageManager;
  86 import jalview.util.Platform;
  87 import jalview.util.StringUtils;
  88 import jalview.util.UrlLink;
  89 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  90
  91 /**
  92  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  93  * sequence alignment.
  94  */
  95 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  96 {
  97   /*
  98    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
  99    */
 100   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
 101
 102   /*
 103    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
 104    */
 105   private final boolean forIdPanel;
 106
 107   private final AlignmentPanel ap;
 108
 109   /*
 110    * the sequence under the cursor when clicked
 111    * (additional sequences may be selected)
 112    */
 113   private final SequenceI sequence;
 114
 115   JMenu groupMenu = new JMenu();
 116
 117   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 118
 119   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 120
 121   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 122
 123   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 124
 125   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 126
 127   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 128
 129   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 132
 133   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 134
 135   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 136
 137   JMenu colourMenu = new JMenu();
 138
 139   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 140
 141   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 142
 143   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 144
 145   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 146
 147   JMenu editMenu = new JMenu();
 148
 149   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 150
 151   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 152
 153   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 154
 155   JMenu outputMenu = new JMenu();
 156
 157   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 158
 159   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 160
 161   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 162           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 163
 164   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 165
 166   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 167
 168   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 170
 171   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 172
 173   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 174
 175   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 176
 177   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 178
 179   /**
 180    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 181    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 182    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 183    * preferences.
 184    *
 185    * @param seq
 186    * @param features
 187    * @return
 188    */
 189   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 190           List<SequenceFeature> features)
 191   {
 192     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 193
 194     List<String> nlinks = null;
 195     if (seq != null)
 196     {
 197       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 198       UrlLink.sort(nlinks);
 199     }
 200     else
 201     {
 202       nlinks = new ArrayList<>();
 203     }
 204
 205     if (features != null)
 206     {
 207       for (SequenceFeature sf : features)
 208       {
 209         if (sf.links != null)
 210         {
 211           for (String link : sf.links)
 212           {
 213             nlinks.add(link);
 214           }
 215         }
 216       }
 217     }
 218
 219     /*
 220      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 221      * note the order of the templates is preserved in the map
 222      */
 223     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 224     for (String link : nlinks)
 225     {
 226       UrlLink urlLink = null;
 227       try
 228       {
 229         urlLink = new UrlLink(link);
 230       } catch (Exception foo)
 231       {
 232         Console.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 233         continue;
 234       }
 235
 236       if (!urlLink.isValid())
 237       {
 238         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
 239         continue;
 240       }
 241
 242       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 243     }
 244
 245     /*
 246      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 247      * the order of the sorted templates)
 248      */
 249     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 250
 251     return linkMenu;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 256    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 257    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 258    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 259    *
 260    * @param linkMenu
 261    * @param linkset
 262    */
 263   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 264           Collection<List<String>> linkset)
 265   {
 266     for (List<String> linkstrset : linkset)
 267     {
 268       final String url = linkstrset.get(3);
 269       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 270       item.setToolTipText(MessageManager
 271               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 272               { url }));
 273       item.addActionListener(new ActionListener()
 274       {
 275         @Override
 276         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 277         {
 278           new Thread(new Runnable()
 279           {
 280             @Override
 281             public void run()
 282             {
 283               showLink(url);
 284             }
 285           }).start();
 286         }
 287       });
 288       linkMenu.add(item);
 289     }
 290   }
 291
 292   /**
 293    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 294    * message if this fails
 295    *
 296    * @param url
 297    */
 298   static void showLink(String url)
 299   {
 300     try
 301     {
 302       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 303     } catch (Exception ex)
 304     {
 305       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 306               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 307               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 308               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 309
 310       ex.printStackTrace();
 311     }
 312   }
 313
 314   /**
 315    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 316    *
 317    * @param linkMenu
 318    * @param label
 319    *          - menu label string
 320    * @param urlgenerator
 321    *          GroupURLLink used to generate URL
 322    * @param urlstub
 323    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 324    */
 325   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 326           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 327   {
 328     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 329     item.setToolTipText(MessageManager
 330             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 331             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 332                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 333     // TODO: put in info about what is being sent.
 334     item.addActionListener(new ActionListener()
 335     {
 336       @Override
 337       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 338       {
 339         new Thread(new Runnable()
 340         {
 341
 342           @Override
 343           public void run()
 344           {
 345             try
 346             {
 347               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 348             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 349             {
 350             }
 351           }
 352
 353         }).start();
 354       }
 355     });
 356
 357     linkMenu.add(item);
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a
 362    * residue)
 363    *
 364    * @param ap
 365    *          the panel in which the mouse is clicked
 366    * @param seq
 367    *          the sequence under the mouse
 368    * @throws NullPointerException
 369    *           if seq is null
 370    */
 371   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 372   {
 373     this(false, ap, seq, column, null);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 378    *
 379    * @param alignPanel
 380    *          the panel in which the mouse is clicked
 381    * @param seq
 382    *          the sequence under the mouse click
 383    * @param groupLinks
 384    *          templates for sequence external links
 385    * @throws NullPointerException
 386    *           if seq is null
 387    */
 388   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 389           List<String> groupLinks)
 390   {
 391     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 396    * Panel, or alignment context
 397    *
 398    * @param fromIdPanel
 399    * @param alignPanel
 400    * @param seq
 401    * @param column
 402    *          aligned column position (0...)
 403    * @param groupLinks
 404    */
 405   private PopupMenu(boolean fromIdPanel, final AlignmentPanel alignPanel,
 406           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 407   {
 408     Objects.requireNonNull(seq);
 409     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 410     this.ap = alignPanel;
 411     sequence = seq;
 412
 413     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 414     {
 415       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 416
 417       item.addActionListener(new ActionListener()
 418       {
 419         @Override
 420         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 421         {
 422           outputText_actionPerformed(e);
 423         }
 424       });
 425
 426       outputMenu.add(item);
 427     }
 428
 429     /*
 430      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 431      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 432      * currently selected sequence (if there is one):
 433      */
 434     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 435             ? Arrays.asList(seq)
 436             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 437     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 438             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 439     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 440             selectedSequence);
 441
 442     /*
 443      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 444      */
 445     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av
 446             .getSelectionGroup() == null
 447                     ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 448                     : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 449     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 450             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 451     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 452             selectedGroup);
 453
 454     try
 455     {
 456       jbInit();
 457     } catch (Exception e)
 458     {
 459       e.printStackTrace();
 460     }
 461
 462     if (forIdPanel)
 463     {
 464       JMenuItem menuItem;
 465       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 466       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 467       {
 468         makeReferenceSeq.setText(
 469                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 470       }
 471       else
 472       {
 473         makeReferenceSeq.setText(
 474                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 475       }
 476
 477       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 478       {
 479         remove(rnaStructureMenu);
 480       }
 481       else
 482       {
 483         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 484         /*
 485          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 486          * structure annotation
 487          */
 488         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 489                 .getAlignmentAnnotation();
 490         if (aas != null)
 491         {
 492           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 493           {
 494             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 495             {
 496               /*
 497                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 498                */
 499               menuItem = new JMenuItem();
 500               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 501                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 502                       { aa.label }));
 503               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 504               {
 505                 @Override
 506                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507                 {
 508                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 509                 }
 510               });
 511               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 512             }
 513           }
 514         }
 515
 516         if (seq.getAnnotation() != null)
 517         {
 518           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 519           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 520           {
 521             if (aa.isValidStruc())
 522             {
 523               /*
 524                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 525                */
 526               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 527               menuItem = new JMenuItem();
 528               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 529                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 530                       { seq.getName() }));
 531               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 532               {
 533                 @Override
 534                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 535                 {
 536                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 537                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 538                 }
 539               });
 540               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 541             }
 542           }
 543         }
 544         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 545         {
 546           remove(rnaStructureMenu);
 547         }
 548       }
 549
 550       menuItem = new JMenuItem(
 551               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 552       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 553       {
 554         @Override
 555         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 556         {
 557           hideSequences(false);
 558         }
 559       });
 560       add(menuItem);
 561
 562       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 563               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 564       {
 565         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 566                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 567                 { seq.getName() }));
 568         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 569         {
 570           @Override
 571           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 572           {
 573             hideSequences(true);
 574           }
 575         });
 576         sequenceMenu.add(menuItem);
 577       }
 578
 579       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 580       {
 581         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 582
 583         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 584                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 585         {
 586           menuItem = new JMenuItem(
 587                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 588           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 589           {
 590             @Override
 591             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 592             {
 593               alignPanel.av.showSequence(index);
 594               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 595               {
 596                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 597               }
 598             }
 599           });
 600           add(menuItem);
 601         }
 602       }
 603     }
 604
 605     /*
 606      * offer 'Reveal All'
 607      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 608      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 609      */
 610     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 611     {
 612       boolean addOption = seq != null;
 613       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 614       {
 615         addOption = true;
 616       }
 617       if (addOption)
 618       {
 619         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 620                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 621         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 622         {
 623           @Override
 624           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 625           {
 626             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 627             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 628             {
 629               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 630             }
 631           }
 632         });
 633         add(menuItem);
 634       }
 635     }
 636
 637     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 638     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 639             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 640             : false;
 641
 642     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 643     {
 644       groupName.setText(MessageManager
 645               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 646
 647       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 648
 649       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 650
 651       if (sg.cs != null)
 652       {
 653         if (sg.cs.conservationApplied())
 654         {
 655           conservationMenuItem.setSelected(true);
 656         }
 657         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 658         {
 659           abovePIDColour.setSelected(true);
 660         }
 661       }
 662       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 663       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 664       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 665       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 666       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 667       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 668       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 669       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 670       {
 671         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 672       }
 673       // Add a 'show all structures' for the current selection
 674       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(),
 675               reppdb = new Hashtable<>();
 676
 677       SequenceI sqass = null;
 678       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 679       {
 680         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 681         if (pes != null && pes.size() > 0)
 682         {
 683           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 684           for (PDBEntry pe : pes)
 685           {
 686             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 687             if (sqass == null)
 688             {
 689               sqass = sq;
 690             }
 691           }
 692         }
 693       }
 694       if (pdbe.size() > 0)
 695       {
 696         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 697                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 698                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 699         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 700       }
 701     }
 702     else
 703     {
 704       groupMenu.setVisible(false);
 705       editMenu.setVisible(false);
 706     }
 707
 708     if (!isDefinedGroup)
 709     {
 710       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 711       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 712       editGroupMenu
 713               .setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 714     }
 715     else
 716     {
 717       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 718       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 719       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 720     }
 721
 722     if (!forIdPanel)
 723     {
 724       sequenceMenu.setVisible(false);
 725       chooseStructure.setVisible(false);
 726       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 727     }
 728
 729     addLinksAndFeatures(seq, column);
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Adds
 734    * <ul>
 735    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 736    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 737    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 738    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 739    * </ul>
 740    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then
 741    * links to their feature details are also added.
 742    *
 743    * @param seq
 744    * @param column
 745    */
 746   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 747   {
 748     List<SequenceFeature> features = null;
 749     if (forIdPanel)
 750     {
 751       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 752     }
 753     else
 754     {
 755       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 756               column + 1);
 757     }
 758
 759     addLinks(seq, features);
 760
 761     if (!forIdPanel)
 762     {
 763       addFeatureDetails(features, seq, column);
 764     }
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 769    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 770    * included.
 771    *
 772    * @param features
 773    * @param seq
 774    * @param column
 775    */
 776   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 777           final SequenceI seq, final int column)
 778   {
 779     /*
 780      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 781      * position if configured to do so
 782      */
 783     MappedFeatures mf = null;
 784     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 785     {
 786       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 787       {
 788         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 789                 .getCodingComplement();
 790         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 791         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 792         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 793         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 794       }
 795     }
 796
 797     if (features.isEmpty() && mf == null)
 798     {
 799       /*
 800        * no features to show at this position
 801        */
 802       return;
 803     }
 804
 805     JMenu details = new JMenu(
 806             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 807     add(details);
 808
 809     String name = seq.getName();
 810     for (final SequenceFeature sf : features)
 811     {
 812       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 813     }
 814
 815     if (mf != null)
 816     {
 817       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 818       {
 819         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 820       }
 821     }
 822   }
 823
 824   /**
 825    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 826    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 827    * truncated.
 828    *
 829    * @param details
 830    * @param seqName
 831    * @param sf
 832    * @param mf
 833    */
 834   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 835           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 836   {
 837     int start = sf.getBegin();
 838     int end = sf.getEnd();
 839     if (mf != null)
 840     {
 841       /*
 842        * show local rather than linked feature coordinates
 843        */
 844       int[] localRange = mf.getMappedPositions(start, end);
 845       if (localRange == null)
 846       {
 847         // e.g. variant extending to stop codon so not mappable
 848         return;
 849       }
 850       start = localRange[0];
 851       end = localRange[localRange.length - 1];
 852     }
 853     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 854     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 855     if (start != end)
 856     {
 857       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 858       desc.append(String.valueOf(end));
 859     }
 860     String description = sf.getDescription();
 861     if (description != null)
 862     {
 863       desc.append(" ");
 864       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 865
 866       /*
 867        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 868        * (as truncation could leave corrupted html)
 869        */
 870       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 871       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 872       {
 873         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 874       }
 875       desc.append(description);
 876     }
 877     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 878     if (featureGroup != null)
 879     {
 880       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 881     }
 882     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 883     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 884     item.addActionListener(new ActionListener()
 885     {
 886       @Override
 887       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 888       {
 889         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 890       }
 891     });
 892     details.add(item);
 893   }
 894
 895   /**
 896    * Opens a panel showing a text report of feature details
 897    *
 898    * @param sf
 899    * @param seqName
 900    * @param mf
 901    */
 902   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 903           MappedFeatures mf)
 904   {
 905     JInternalFrame details;
 906     if (Platform.isJS())
 907     {
 908       details = new JInternalFrame();
 909       details.setFrameIcon(null);
 910       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 911       panel.setOpaque(true);
 912       panel.setBackground(Color.white);
 913       // TODO JAL-3026 set style of table correctly for feature details
 914       JLabel reprt = new JLabel(MessageManager
 915               .formatMessage("label.html_content", new Object[]
 916               { sf.getDetailsReport(seqName, mf) }));
 917       reprt.setBackground(Color.WHITE);
 918       reprt.setOpaque(true);
 919       panel.add(reprt, BorderLayout.CENTER);
 920       details.setContentPane(panel);
 921       details.pack();
 922     }
 923     else
 924     /**
 925      * Java only
 926      *
 927      * @j2sIgnore
 928      */
 929     {
 930       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 931       // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 932       cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 933       cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 934       cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 935       details = cap;
 936     }
 937     Desktop.addInternalFrame(details,
 938             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 943    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 944    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 945    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 946    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 947    *
 948    * @param seq
 949    * @param features
 950    */
 951   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 952   {
 953     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 954
 955     // only add link menu if it has entries
 956     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 957     {
 958       if (forIdPanel)
 959       {
 960         sequenceMenu.add(linkMenu);
 961       }
 962       else
 963       {
 964         add(linkMenu);
 965       }
 966     }
 967   }
 968
 969   /**
 970    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 971    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 972    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 973    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 974    * <p>
 975    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 976    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 977    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 978    * composite type name, e.g.
 979    * <p>
 980    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 981    *
 982    * @param seq
 983    */
 984   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 985           List<SequenceI> forSequences)
 986   {
 987     showMenu.removeAll();
 988     hideMenu.removeAll();
 989
 990     final List<String> all = Arrays
 991             .asList(new String[]
 992             { MessageManager.getString("label.all") });
 993     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 994             true);
 995     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 996             false);
 997     showMenu.addSeparator();
 998     hideMenu.addSeparator();
 999
1000     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1001             .getAlignmentAnnotation();
1002
1003     /*
1004      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1005      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1006      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1007      * alignment.
1008      */
1009     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
1010     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
1011     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1012             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1013
1014     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1015     {
1016       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1017       {
1018         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1019                 false, true);
1020       }
1021     }
1022     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1023     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1024
1025     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1026     {
1027       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1028       {
1029         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1030                 false, false);
1031       }
1032     }
1033     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1034     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1035   }
1036
1037   /**
1038    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
1039    * is one), else the specified single sequence.
1040    *
1041    * @param seq
1042    * @return
1043    */
1044   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1045   {
1046     List<SequenceI> forSequences = null;
1047     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1048     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1049     {
1050       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1051     }
1052     else
1053     {
1054       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1055               : Arrays.asList(seq);
1056     }
1057     return forSequences;
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1062    * menus.
1063    *
1064    * @param showOrHideMenu
1065    *          the menu to add to
1066    * @param forSequences
1067    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1068    * @param calcId
1069    * @param types
1070    *          the label to add
1071    * @param allTypes
1072    *          if true this is a special label meaning 'All'
1073    * @param actionIsShow
1074    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1075    *          type, else hide
1076    */
1077   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1078           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1079           final List<String> types, final boolean allTypes,
1080           final boolean actionIsShow)
1081   {
1082     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1083     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1084     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1085     item.setToolTipText(calcId);
1086     item.addActionListener(new ActionListener()
1087     {
1088       @Override
1089       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1090       {
1091         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1092                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1093         refresh();
1094       }
1095     });
1096     showOrHideMenu.add(item);
1097   }
1098
1099   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1100   {
1101
1102     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1103     // menu appears asap
1104     // sequence only URLs
1105     // ID/regex match URLs
1106     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1107             MessageManager.getString("action.group_link"));
1108     // three types of url that might be created.
1109     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1110         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1111         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1112         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1113
1114     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1115     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1116     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1117     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1118     {
1119
1120       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1121               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1122       // just collect ids from dataset sequence
1123       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1124       // current selection, too
1125       SequenceI sqi = seqs[sq];
1126       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1127       {
1128         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1129       }
1130       List<DBRefEntry> dbr = sqi.getDBRefs();
1131       int nd;
1132       if (dbr != null && (nd = dbr.size()) > 0)
1133       {
1134         for (int d = 0; d < nd; d++)
1135         {
1136           DBRefEntry e = dbr.get(d);
1137           String src = e.getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase(Locale.ROOT);
1138           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1139           if (sarray == null)
1140           {
1141             sarray = new Object[2];
1142             sarray[0] = new int[] { 0 };
1143             sarray[1] = new String[seqs.length];
1144
1145             commonDbrefs.put(src, sarray);
1146           }
1147
1148           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1149           {
1150             if (!e.hasMap()
1151                     || (e.getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
1152             {
1153               ((String[]) sarray[1])[sq] = e.getAccessionId();
1154               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1155             }
1156           }
1157         }
1158       }
1159     }
1160     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1161     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1162                              // to user
1163     for (String link : groupLinks)
1164     {
1165       GroupUrlLink urlLink = null;
1166       try
1167       {
1168         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1169       } catch (Exception foo)
1170       {
1171         Console.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1172         continue;
1173       }
1174       if (!urlLink.isValid())
1175       {
1176         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
1177         continue;
1178       }
1179       final String label = urlLink.getLabel();
1180       boolean usingNames = false;
1181       // Now see which parts of the group apply for this URL
1182       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1183       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase(Locale.ROOT));
1184       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1185       if (idset != null)
1186       {
1187         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1188         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1189         seqstr = new String[numinput];
1190         ids = new String[numinput];
1191         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1192         {
1193           if (allids[sq] != null)
1194           {
1195             ids[idcount] = allids[sq];
1196             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1197           }
1198         }
1199       }
1200       else
1201       {
1202         // just use the id/seq set
1203         seqstr = idandseqs[1];
1204         ids = idandseqs[0];
1205         usingNames = true;
1206       }
1207       // and try and make the groupURL!
1208
1209       Object[] urlset = null;
1210       try
1211       {
1212         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1213                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1214       } catch (UrlStringTooLongException e)
1215       {
1216       }
1217       if (urlset != null)
1218       {
1219         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1220         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1221         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1222         addshowLink(linkMenus[type],
1223                 label + (((type & 1) == 1)
1224                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1225                         : ""),
1226                 urlLink, urlset);
1227         addMenu = true;
1228       }
1229     }
1230     if (addMenu)
1231     {
1232       groupLinksMenu = new JMenu(
1233               MessageManager.getString("action.group_link"));
1234       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1235       {
1236         if (linkMenus[m] != null
1237                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1238         {
1239           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1240         }
1241       }
1242
1243       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1244     }
1245   }
1246
1247   /**
1248    * DOCUMENT ME!
1249    *
1250    * @throws Exception
1251    *           DOCUMENT ME!
1252    */
1253   private void jbInit() throws Exception
1254   {
1255     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1256     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1257     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1258     {
1259       @Override
1260       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1261       {
1262         groupName_actionPerformed();
1263       }
1264     });
1265     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1266
1267     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1268             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1269     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1270     {
1271       @Override
1272       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1273       {
1274         sequenceName_actionPerformed();
1275       }
1276     });
1277     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1278             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1279     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1280     {
1281       @Override
1282       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1283       {
1284         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1285       }
1286     });
1287     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1288             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1289     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1290     {
1291       @Override
1292       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1293       {
1294         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1295       }
1296     });
1297     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1298             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1299     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1300     {
1301       @Override
1302       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1303       {
1304         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1305       }
1306     });
1307
1308     unGroupMenuItem
1309             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1310     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1311     {
1312       @Override
1313       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1314       {
1315         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1316       }
1317     });
1318     createGroupMenuItem
1319             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1320     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1321     {
1322       @Override
1323       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1324       {
1325         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1326       }
1327     });
1328
1329     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1330             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1331     outline.addActionListener(new ActionListener()
1332     {
1333       @Override
1334       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1335       {
1336         outline_actionPerformed();
1337       }
1338     });
1339     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1340     showBoxes.setState(true);
1341     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1342     {
1343       @Override
1344       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1345       {
1346         showBoxes_actionPerformed();
1347       }
1348     });
1349     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1350     showText.setState(true);
1351     showText.addActionListener(new ActionListener()
1352     {
1353       @Override
1354       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1355       {
1356         showText_actionPerformed();
1357       }
1358     });
1359     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1360     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1361     {
1362       @Override
1363       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1364       {
1365         showColourText_actionPerformed();
1366       }
1367     });
1368     displayNonconserved
1369             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1370     displayNonconserved.setState(true);
1371     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1372     {
1373       @Override
1374       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1375       {
1376         showNonconserved_actionPerformed();
1377       }
1378     });
1379     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1380     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1381     cut.addActionListener(new ActionListener()
1382     {
1383       @Override
1384       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1385       {
1386         cut_actionPerformed();
1387       }
1388     });
1389     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1390     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1391     {
1392       @Override
1393       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1394       {
1395         changeCase(e);
1396       }
1397     });
1398     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1399     copy.addActionListener(new ActionListener()
1400     {
1401       @Override
1402       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1403       {
1404         copy_actionPerformed();
1405       }
1406     });
1407     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1408     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1409     {
1410       @Override
1411       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1412       {
1413         changeCase(e);
1414       }
1415     });
1416     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1417     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1418     {
1419       @Override
1420       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1421       {
1422         changeCase(e);
1423       }
1424     });
1425     outputMenu.setText(
1426             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1427     seqShowAnnotationsMenu
1428             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1429     seqHideAnnotationsMenu
1430             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1431     groupShowAnnotationsMenu
1432             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1433     groupHideAnnotationsMenu
1434             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1435     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1436             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1437     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1438     {
1439       @Override
1440       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1441       {
1442         sequenceFeature_actionPerformed();
1443       }
1444     });
1445     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1446     chooseStructure.setText(
1447             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1448     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1449     {
1450       @Override
1451       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1452       {
1453         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1454         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1455         {
1456           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1457         }
1458         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1459       }
1460     });
1461
1462     rnaStructureMenu
1463             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1464
1465     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1466     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1467             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1468     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1469     {
1470       @Override
1471       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1472       {
1473         editSequence_actionPerformed();
1474       }
1475     });
1476     makeReferenceSeq.setText(
1477             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1478     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1479     {
1480
1481       @Override
1482       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1483       {
1484         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1485
1486       }
1487     });
1488
1489     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1490     add(groupMenu);
1491     add(sequenceMenu);
1492     add(rnaStructureMenu);
1493     add(chooseStructure);
1494     if (forIdPanel)
1495     {
1496       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1497               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1498       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1499       {
1500
1501         @Override
1502         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1503         {
1504           hideInsertions_actionPerformed(e);
1505         }
1506       });
1507       add(hideInsertions);
1508     }
1509     // annotations configuration panel suppressed for now
1510     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1511
1512     /*
1513      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1514      * (if a selection group is in force).
1515      */
1516     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1517     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1518     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1519     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1520     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1521     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1522     groupMenu.add(editMenu);
1523     groupMenu.add(outputMenu);
1524     groupMenu.add(sequenceFeature);
1525     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1526     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1527     groupMenu.add(editGroupMenu);
1528     sequenceMenu.add(sequenceName);
1529     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1530     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1531
1532     initColourMenu();
1533     buildColourMenu();
1534
1535     editMenu.add(copy);
1536     editMenu.add(cut);
1537     editMenu.add(editSequence);
1538     editMenu.add(upperCase);
1539     editMenu.add(lowerCase);
1540     editMenu.add(toggle);
1541     editGroupMenu.add(groupName);
1542     editGroupMenu.add(colourMenu);
1543     editGroupMenu.add(showBoxes);
1544     editGroupMenu.add(showText);
1545     editGroupMenu.add(showColourText);
1546     editGroupMenu.add(outline);
1547     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1548   }
1549
1550   /**
1551    * Constructs the entries for the colour menu
1552    */
1553   protected void initColourMenu()
1554   {
1555     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1556     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1557     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1558     {
1559       @Override
1560       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1561       {
1562         textColour_actionPerformed();
1563       }
1564     });
1565
1566     abovePIDColour.setText(
1567             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1568     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1569     {
1570       @Override
1571       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1572       {
1573         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1574       }
1575     });
1576
1577     modifyPID.setText(
1578             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1579     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1580     {
1581       @Override
1582       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1583       {
1584         modifyPID_actionPerformed();
1585       }
1586     });
1587
1588     conservationMenuItem
1589             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1590     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1591     {
1592       @Override
1593       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1594       {
1595         conservationMenuItem_actionPerformed(
1596                 conservationMenuItem.isSelected());
1597       }
1598     });
1599
1600     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1601             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1602     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1603     annotationColour.setEnabled(false);
1604     annotationColour.setToolTipText(
1605             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1606
1607     modifyConservation.setText(MessageManager
1608             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1609     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1610     {
1611       @Override
1612       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1613       {
1614         modifyConservation_actionPerformed();
1615       }
1616     });
1617   }
1618
1619   /**
1620    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1621    * were loaded at startup or during the Jalview session
1622    */
1623   protected void buildColourMenu()
1624   {
1625     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1626     if (sg == null)
1627     {
1628       /*
1629        * popup menu with no sequence group scope
1630        */
1631       return;
1632     }
1633     colourMenu.removeAll();
1634     colourMenu.add(textColour);
1635     colourMenu.addSeparator();
1636
1637     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1638             false);
1639     bg.add(annotationColour);
1640     colourMenu.add(annotationColour);
1641
1642     colourMenu.addSeparator();
1643     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1644     colourMenu.add(modifyConservation);
1645     colourMenu.add(abovePIDColour);
1646     colourMenu.add(modifyPID);
1647   }
1648
1649   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1650   {
1651     SequenceGroup sg = getGroup();
1652     if (sg.cs != null)
1653     {
1654       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1655       SliderPanel.showConservationSlider();
1656     }
1657   }
1658
1659   protected void modifyPID_actionPerformed()
1660   {
1661     SequenceGroup sg = getGroup();
1662     if (sg.cs != null)
1663     {
1664       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1665       // .getName());
1666       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1667       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1668       SliderPanel.showPIDSlider();
1669     }
1670   }
1671
1672   /**
1673    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1674    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1675    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1676    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1677    * calcId, label and sequenceRef.
1678    *
1679    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1680    * (label) of the annotations that can be added.
1681    *
1682    * @param menuItem
1683    * @param forSequences
1684    */
1685   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1686           List<SequenceI> forSequences)
1687   {
1688     menuItem.setEnabled(false);
1689
1690     /*
1691      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1692      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1693      */
1694     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1695     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1696     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1697     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1698             candidates, al);
1699     if (!candidates.isEmpty())
1700     {
1701       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1702       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1703
1704       /*
1705        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1706        * configure its tooltip and action.
1707        */
1708       menuItem.setEnabled(true);
1709       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1710       {
1711         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1712       }
1713       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1714               tooltip.toString());
1715       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1716
1717       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1718       {
1719         @Override
1720         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1721         {
1722           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1723         }
1724       });
1725     }
1726   }
1727
1728   /**
1729    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1730    *
1731    * @param candidates
1732    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1733    *          of annotations to add to each sequence
1734    */
1735   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1736           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1737   {
1738     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1739     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1740             null);
1741     refresh();
1742   }
1743
1744   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1745   {
1746     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1747     {
1748       // initialise the display flags so the user sees something happen
1749       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1750       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1751       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1752     }
1753     else
1754     {
1755       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1756       {
1757         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1758       }
1759       else
1760       {
1761         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1762       }
1763     }
1764     refresh();
1765   }
1766
1767   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1768   {
1769     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1770     BitSet inserts = new BitSet();
1771
1772     boolean markedPopup = false;
1773     // mark inserts in current selection
1774     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1775     {
1776       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1777       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1778               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1779
1780       // now clear columns without gaps
1781       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1782       {
1783         if (sq == sequence)
1784         {
1785           markedPopup = true;
1786         }
1787         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1788       }
1789       hidden.clearAndHideColumns(inserts,
1790               ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1791               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1792     }
1793
1794     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1795     else if (!markedPopup && sequence != null)
1796     {
1797       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1798
1799       // and set hidden columns accordingly
1800       hidden.hideColumns(inserts);
1801     }
1802     refresh();
1803   }
1804
1805   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1806   {
1807     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1808   }
1809
1810   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1811   {
1812     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1813     contents.append("<html><body>");
1814     for (SequenceI seq : sequences)
1815     {
1816       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1817               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1818               new Object[]
1819               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p>\n<p>");
1820       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1821               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1822       contents.append("</p>");
1823     }
1824     contents.append("</body></html>");
1825     String report = contents.toString();
1826
1827     JInternalFrame frame;
1828     if (Platform.isJS())
1829     {
1830       JLabel textLabel = new JLabel();
1831       textLabel.setText(report);
1832       textLabel.setBackground(Color.WHITE);
1833       JPanel pane = new JPanel(new BorderLayout());
1834       pane.setOpaque(true);
1835       pane.setBackground(Color.WHITE);
1836       pane.add(textLabel, BorderLayout.NORTH);
1837       frame = new JInternalFrame();
1838       frame.setFrameIcon(null);
1839       frame.getContentPane().add(new JScrollPane(pane));
1840     }
1841     else
1842     /**
1843      * Java only
1844      *
1845      * @j2sIgnore
1846      */
1847     {
1848       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1849       cap.setText(report);
1850       frame = cap;
1851     }
1852
1853     Desktop.addInternalFrame(frame,
1854             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1855                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1856                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1857                             : new Object[]
1858                             { MessageManager
1859                                     .getString("label.selection") })),
1860             500, 400);
1861   }
1862
1863   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1864   {
1865     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1866     refresh();
1867   }
1868
1869   /**
1870    * call to refresh view after settings change
1871    */
1872   void refresh()
1873   {
1874     ap.updateAnnotation();
1875     // removed paintAlignment(true) here:
1876     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1877     // again
1878
1879     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1880   }
1881
1882   /*
1883    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1884    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1885    */
1886   /**
1887    * DOCUMENT ME!
1888    *
1889    * @param selected
1890    *
1891    * @param e
1892    *          DOCUMENT ME!
1893    */
1894   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1895   {
1896     SequenceGroup sg = getGroup();
1897     if (sg.cs == null)
1898     {
1899       return;
1900     }
1901
1902     if (selected)
1903     {
1904       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1905               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1906               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1907
1908       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1909               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1910
1911       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1912
1913       SliderPanel.showPIDSlider();
1914     }
1915     else
1916     // remove PIDColouring
1917     {
1918       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1919       SliderPanel.hidePIDSlider();
1920     }
1921     modifyPID.setEnabled(selected);
1922
1923     refresh();
1924   }
1925
1926   /**
1927    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1928    * to show or hide.
1929    *
1930    * @param e
1931    */
1932   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1933   {
1934     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1935     new AnnotationChooser(ap);
1936   }
1937
1938   /**
1939    * DOCUMENT ME!
1940    *
1941    * @param e
1942    *          DOCUMENT ME!
1943    */
1944   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1945   {
1946     SequenceGroup sg = getGroup();
1947     if (sg.cs == null)
1948     {
1949       return;
1950     }
1951
1952     if (selected)
1953     {
1954       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1955       Conservation c = new Conservation("Group",
1956               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1957               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1958
1959       c.calculate();
1960       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1961       sg.cs.setConservation(c);
1962
1963       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1964               sg.getName());
1965       SliderPanel.showConservationSlider();
1966     }
1967     else
1968     // remove ConservationColouring
1969     {
1970       sg.cs.setConservation(null);
1971       SliderPanel.hideConservationSlider();
1972     }
1973     modifyConservation.setEnabled(selected);
1974
1975     refresh();
1976   }
1977
1978   /**
1979    * Shows a dialog where group name and description may be edited
1980    */
1981   protected void groupName_actionPerformed()
1982   {
1983     SequenceGroup sg = getGroup();
1984     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1985             sg.getDescription(),
1986             MessageManager.getString("label.group_name"),
1987             MessageManager.getString("label.group_description"));
1988     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
1989             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1990             () -> {
1991               sg.setName(dialog.getName());
1992               sg.setDescription(dialog.getDescription());
1993               refresh();
1994             });
1995   }
1996
1997   /**
1998    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1999    *
2000    * @return sequence group to operate on
2001    */
2002   SequenceGroup getGroup()
2003   {
2004     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2005     // this method won't add a new group if it already exists
2006     if (sg != null)
2007     {
2008       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
2009     }
2010
2011     return sg;
2012   }
2013
2014   /**
2015    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
2016    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with
2017    * a warning message.
2018    */
2019   void sequenceName_actionPerformed()
2020   {
2021     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
2022             sequence.getDescription(),
2023             MessageManager.getString("label.sequence_name"),
2024             MessageManager.getString("label.sequence_description"));
2025     dialog.showDialog(ap.alignFrame, MessageManager
2026             .getString("label.edit_sequence_name_description"), () -> {
2027               if (dialog.getName() != null)
2028               {
2029                 if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
2030                 {
2031                   String ok = MessageManager.getString("action.ok");
2032                   String cancel = MessageManager.getString("action.cancel");
2033                   String message = MessageManager.getString(
2034                           "label.spaces_converted_to_underscores");
2035                   String title = MessageManager.getString(
2036                           "label.no_spaces_allowed_sequence_name");
2037                   Object[] options = new Object[] { ok, cancel };
2038
2039                   JvOptionPane.frameDialog(message, title,
2040                           JvOptionPane.WARNING_MESSAGE, null, null, null,
2041                           false);
2042                 }
2043                 sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
2044                 ap.paintAlignment(false, false);
2045               }
2046               sequence.setDescription(dialog.getDescription());
2047               ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2048                       ap.av.getAlignment().getSequences());
2049             });
2050   }
2051
2052   /**
2053    * DOCUMENT ME!
2054    *
2055    * @param e
2056    *          DOCUMENT ME!
2057    */
2058   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2059   {
2060     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2061     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2062     ap.av.setSelectionGroup(null);
2063     refresh();
2064   }
2065
2066   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2067   {
2068     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2069                 // standard alignment window logic for this
2070     refresh();
2071   }
2072
2073   /**
2074    * Offers a colour chooser and sets the selected colour as the group outline
2075    */
2076   protected void outline_actionPerformed()
2077   {
2078     String title = MessageManager.getString("label.select_outline_colour");
2079     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
2080     {
2081       @Override
2082       public void colourSelected(Color c)
2083       {
2084         getGroup().setOutlineColour(c);
2085         refresh();
2086       }
2087     };
2088     JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(), title,
2089             Color.BLUE, listener);
2090   }
2091
2092   /**
2093    * DOCUMENT ME!
2094    *
2095    * @param e
2096    *          DOCUMENT ME!
2097    */
2098   public void showBoxes_actionPerformed()
2099   {
2100     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2101     refresh();
2102   }
2103
2104   /**
2105    * DOCUMENT ME!
2106    *
2107    * @param e
2108    *          DOCUMENT ME!
2109    */
2110   public void showText_actionPerformed()
2111   {
2112     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2113     refresh();
2114   }
2115
2116   /**
2117    * DOCUMENT ME!
2118    *
2119    * @param e
2120    *          DOCUMENT ME!
2121    */
2122   public void showColourText_actionPerformed()
2123   {
2124     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2125     refresh();
2126   }
2127
2128   void hideSequences(boolean representGroup)
2129   {
2130     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2131   }
2132
2133   public void copy_actionPerformed()
2134   {
2135     ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
2136   }
2137
2138   public void cut_actionPerformed()
2139   {
2140     ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
2141   }
2142
2143   void changeCase(ActionEvent e)
2144   {
2145     Object source = e.getSource();
2146     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2147
2148     if (sg != null)
2149     {
2150       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2151               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2152
2153       String description;
2154       int caseChange;
2155
2156       if (source == toggle)
2157       {
2158         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2159         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2160       }
2161       else if (source == upperCase)
2162       {
2163         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2164         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2165       }
2166       else
2167       {
2168         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2169         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2170       }
2171
2172       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2173               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2174               startEnd, caseChange);
2175
2176       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2177
2178       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2179               ap.av.getAlignment().getSequences());
2180
2181     }
2182   }
2183
2184   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2185   {
2186     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2187     cap.setForInput(null);
2188     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2189             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2190             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2191
2192     String[] omitHidden = null;
2193
2194     jalview.bin.Console.outPrintln("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2195     // or we simply trust the user wants
2196     // wysiwig behaviour
2197
2198     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2199             .forName(e.getActionCommand());
2200     cap.setText(
2201             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2202   }
2203
2204   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2205   {
2206     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2207     if (sg == null)
2208     {
2209       return;
2210     }
2211
2212     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2213     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2214
2215     /*
2216      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2217      * for the amend features dialog
2218      */
2219     int gSize = sg.getSize();
2220     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2221     {
2222       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2223       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2224       if (start <= end)
2225       {
2226         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2227         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2228       }
2229     }
2230
2231     /*
2232      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2233      */
2234     if (!seqs.isEmpty())
2235     {
2236       new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
2237     }
2238   }
2239
2240   public void textColour_actionPerformed()
2241   {
2242     SequenceGroup sg = getGroup();
2243     if (sg != null)
2244     {
2245       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2246     }
2247   }
2248
2249   /**
2250    * Shows a dialog where sequence characters may be edited. Any changes are
2251    * applied, and added as an available 'Undo' item in the edit commands
2252    * history.
2253    */
2254   public void editSequence_actionPerformed()
2255   {
2256     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2257
2258     SequenceI seq = sequence;
2259     if (sg != null)
2260     {
2261       if (seq == null)
2262       {
2263         seq = sg.getSequenceAt(0);
2264       }
2265
2266       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2267               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),
2268               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null);
2269       dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2270               MessageManager.getString("label.edit_sequence"), () -> {
2271                 EditCommand editCommand = new EditCommand(
2272                         MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2273                         Action.REPLACE,
2274                         dialog.getName().replace(' ',
2275                                 ap.av.getGapCharacter()),
2276                         sg.getSequencesAsArray(
2277                                 ap.av.getHiddenRepSequences()),
2278                         sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
2279                         ap.av.getAlignment());
2280                 ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2281                 ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2282                         ap.av.getAlignment().getSequences());
2283               });
2284     }
2285   }
2286
2287   /**
2288    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2289    * its bespoke action handler)
2290    *
2291    * @return
2292    */
2293   @Override
2294   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2295   {
2296     SequenceGroup sg = getGroup();
2297     /*
2298      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2299      */
2300     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2301             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2302                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2303     sg.setColourScheme(colourScheme);
2304     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2305             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2306     {
2307       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2308               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2309               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2310     }
2311
2312     refresh();
2313   }
2314
2315 }