src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import MCview.*;
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33 import jalview.util.GroupUrlLink;
  34 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  35 import jalview.util.UrlLink;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision: 1.118 $
  42  */
  43 public class PopupMenu extends JPopupMenu
  44 {
  45   JMenu groupMenu = new JMenu();
  46
  47   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  48
  49   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();
  50
  51   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();
  52
  53   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();
  54
  55   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new JRadioButtonMenuItem();
  56
  57   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();
  58
  59   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();
  60
  61   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();
  62
  63   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  64
  65   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  66
  67   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  68
  69   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();
  70
  71   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();
  72
  73   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  74
  75   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  76
  77   AlignmentPanel ap;
  78
  79   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
  80
  81   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
  82
  83   Sequence sequence;
  84
  85   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
  86
  87   JMenuItem outline = new JMenuItem();
  88
  89   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  90
  91   JMenu colourMenu = new JMenu();
  92
  93   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
  96
  97   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
  98
  99   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 100
 101   JMenu editMenu = new JMenu();
 102
 103   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 110
 111   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 112
 113   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 114
 115   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();
 118
 119   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();
 120
 121   JMenu outputMenu = new JMenu();
 122
 123   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 124
 125   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 126
 127   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 128
 129   JMenu structureMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenu viewStructureMenu = new JMenu();
 132
 133   // JMenu colStructureMenu = new JMenu();
 134   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 135
 136   // JMenuItem annotationMenuItem = new JMenuItem();
 137
 138   JMenu groupLinksMenu;
 139
 140   /**
 141    * Creates a new PopupMenu object.
 142    *
 143    * @param ap
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param seq
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    */
 148   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)
 149   {
 150     this(ap, seq, links, null);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    * @param ap
 156    * @param seq
 157    * @param links
 158    * @param groupLinks
 159    */
 160   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links,
 161           Vector groupLinks)
 162   {
 163     // /////////////////////////////////////////////////////////
 164     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 165     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 166     //
 167     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 168     // ////////////////////////////////////////////////////////
 169     this.ap = ap;
 170     sequence = seq;
 171
 172     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();
 173     colours.add(noColourmenuItem);
 174     colours.add(clustalColour);
 175     colours.add(zappoColour);
 176     colours.add(taylorColour);
 177     colours.add(hydrophobicityColour);
 178     colours.add(helixColour);
 179     colours.add(strandColour);
 180     colours.add(turnColour);
 181     colours.add(buriedColour);
 182     colours.add(abovePIDColour);
 183     colours.add(userDefinedColour);
 184     colours.add(PIDColour);
 185     colours.add(BLOSUM62Colour);
 186
 187     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 188     {
 189       JMenuItem item = new JMenuItem(
 190               jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 191
 192       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 193       {
 194         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195         {
 196           outputText_actionPerformed(e);
 197         }
 198       });
 199
 200       outputMenu.add(item);
 201     }
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception e)
 207     {
 208       e.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     JMenuItem menuItem;
 212     if (seq != null)
 213     {
 214       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 215
 216       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null
 217               && seq.getDatasetSequence().getPDBId().size() > 0)
 218       {
 219         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId()
 220                 .elements();
 221
 222         while (e.hasMoreElements())
 223         {
 224           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
 225
 226           menuItem = new JMenuItem();
 227           menuItem.setText(pdb.getId());
 228           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 229           {
 230             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231             {
 232                 // TODO re JAL-860: optionally open dialog or provide a menu entry allowing user to open just one structure per sequence
 233               new AppJmol(pdb, ap.av.collateForPDB(new PDBEntry[] { pdb })[0], null, ap);
 234               // new PDBViewer(pdb, seqs2, null, ap, AppletFormatAdapter.FILE);
 235             }
 236
 237           });
 238           viewStructureMenu.add(menuItem);
 239
 240           /*
 241            * menuItem = new JMenuItem(); menuItem.setText(pdb.getId());
 242            * menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 243            * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 244            * colourByStructure(pdb.getId()); } });
 245            * colStructureMenu.add(menuItem);
 246            */
 247         }
 248       }
 249       else
 250       {
 251         structureMenu.remove(viewStructureMenu);
 252         // structureMenu.remove(colStructureMenu);
 253       }
 254
 255       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");
 256       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 257       {
 258         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 259         {
 260           hideSequences(false);
 261         }
 262       });
 263       add(menuItem);
 264
 265       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 266               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 267       {
 268         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());
 269         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 270         {
 271           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 272           {
 273             hideSequences(true);
 274           }
 275         });
 276         sequenceMenu.add(menuItem);
 277       }
 278
 279       if (ap.av.hasHiddenRows)
 280       {
 281         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 282
 283         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 284                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 285         {
 286           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");
 287           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 288           {
 289             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 290             {
 291               ap.av.showSequence(index);
 292               if (ap.overviewPanel != null)
 293               {
 294                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 295               }
 296             }
 297           });
 298           add(menuItem);
 299         }
 300       }
 301     }
 302     // for the case when no sequences are even visible
 303     if (ap.av.hasHiddenRows) {
 304       {
 305         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");
 306         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 307         {
 308           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 309           {
 310             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 311             if (ap.overviewPanel != null)
 312             {
 313               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 314             }
 315           }
 316         });
 317
 318         add(menuItem);
 319       }
 320
 321     }
 322
 323     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 324
 325     if (sg != null&& sg.getSize()>0)
 326     {
 327       groupName.setText("Name: "+sg.getName());
 328       groupName.setText("Edit name and description of current group.");
 329
 330       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)
 331       {
 332         zappoColour.setSelected(true);
 333       }
 334       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)
 335       {
 336         taylorColour.setSelected(true);
 337       }
 338       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)
 339       {
 340         PIDColour.setSelected(true);
 341       }
 342       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 343       {
 344         BLOSUM62Colour.setSelected(true);
 345       }
 346       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)
 347       {
 348         userDefinedColour.setSelected(true);
 349       }
 350       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 351       {
 352         hydrophobicityColour.setSelected(true);
 353       }
 354       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)
 355       {
 356         helixColour.setSelected(true);
 357       }
 358       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)
 359       {
 360         strandColour.setSelected(true);
 361       }
 362       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)
 363       {
 364         turnColour.setSelected(true);
 365       }
 366       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)
 367       {
 368         buriedColour.setSelected(true);
 369       }
 370       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
 371       {
 372         clustalColour.setSelected(true);
 373       }
 374       else
 375       {
 376         noColourmenuItem.setSelected(true);
 377       }
 378
 379       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())
 380       {
 381         conservationMenuItem.setSelected(true);
 382       }
 383       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 384       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 385       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 386       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 387       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 388       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 389       {
 390         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 391       }
 392       // Add a 'show all structures' for the current selection
 393       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe=new Hashtable<String,PDBEntry>();
 394       for (SequenceI sq: ap.av.getSequenceSelection())
 395       {
 396         Vector<PDBEntry> pes = (Vector<PDBEntry>) sq.getDatasetSequence().getPDBId();
 397         if (pes!=null) {
 398           for (PDBEntry pe: pes)
 399           {
 400             pdbe.put(pe.getId(),  pe);
 401           }
 402         }
 403       }
 404       if (pdbe.size()>0)
 405       {
 406         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]);
 407         final JMenuItem gpdbview;
 408         structureMenu.add(gpdbview=new JMenuItem("View "+pdbe.size()+" structures."));
 409         gpdbview.setToolTipText("Open a new Jmol view with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.");
 410         gpdbview.addActionListener(new ActionListener()
 411         {
 412
 413           @Override
 414           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 415           {
 416             new AppJmol(ap, pe, ap.av.collateForPDB(pe));
 417           }
 418         });
 419       }
 420     }
 421     else
 422     {
 423       groupMenu.setVisible(false);
 424       editMenu.setVisible(false);
 425     }
 426
 427     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 428     {
 429       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 430     }
 431
 432     if (seq == null)
 433     {
 434       sequenceMenu.setVisible(false);
 435       structureMenu.setVisible(false);
 436     }
 437
 438     if (seq !=null && links != null && links.size() > 0)
 439     {
 440
 441       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");
 442       Vector linkset = new Vector();
 443       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 444       {
 445         String link = links.elementAt(i).toString();
 446         UrlLink urlLink = null;
 447         try
 448         {
 449           urlLink = new UrlLink(link);
 450         } catch (Exception foo)
 451         {
 452           jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link
 453                   + "'", foo);
 454           continue;
 455         }
 456         ;
 457         if (!urlLink.isValid())
 458         {
 459           jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 460           continue;
 461         }
 462         final String label = urlLink.getLabel();
 463         if (urlLink.isDynamic())
 464         {
 465
 466           // collect matching db-refs
 467           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 468                   seq.getDBRef(), new String[]
 469                   { urlLink.getTarget() });
 470           // collect id string too
 471           String id = seq.getName();
 472           String descr = seq.getDescription();
 473           if (descr != null && descr.length() < 1)
 474           {
 475             descr = null;
 476           }
 477
 478           if (dbr != null)
 479           {
 480             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 481             {
 482               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 483               {
 484                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 485                 // string with this link
 486                 id = null;
 487               }
 488               // create Bare ID link for this RUL
 489               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 490                       true);
 491               if (urls != null)
 492               {
 493                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 494                 {
 495                   if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 496                   {
 497                     linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 498                     addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u],
 499                             urls[u + 1]);
 500                   }
 501                 }
 502               }
 503             }
 504           }
 505           if (id != null)
 506           {
 507             // create Bare ID link for this RUL
 508             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 509             if (urls != null)
 510             {
 511               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 512               {
 513                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 514                 {
 515                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 516                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 517                 }
 518               }
 519             }
 520           }
 521           // Create urls from description but only for URL links which are regex
 522           // links
 523           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 524           {
 525             // create link for this URL from description where regex matches
 526             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 527             if (urls != null)
 528             {
 529               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 530               {
 531                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 532                 {
 533                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 534                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 535                 }
 536               }
 537             }
 538           }
 539         }
 540         else
 541         {
 542           if (!linkset.contains(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix()))
 543           {
 544             linkset.addElement(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix());
 545             // Add a non-dynamic link
 546             addshowLink(linkMenu, label, urlLink.getUrl_prefix());
 547           }
 548         }
 549       }
 550       if (sequence != null)
 551       {
 552         sequenceMenu.add(linkMenu);
 553       }
 554       else
 555       {
 556         add(linkMenu);
 557       }
 558     }
 559   }
 560
 561   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, Vector groupLinks)
 562   {
 563
 564     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 565     // menu appears asap
 566     // sequence only URLs
 567     // ID/regex match URLs
 568     groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 569     JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
 570     { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 571         new JMenu("IDS and Sequences") }; // three types of url that might be
 572                                           // created.
 573     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 574     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 575     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 576     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 577     {
 578
 579       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 580               .findPosition(sg.getEndRes());
 581       // just collect ids from dataset sequence
 582       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 583       // current selection, too
 584       SequenceI sqi = seqs[sq];
 585       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 586       {
 587         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 588       }
 589       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 590       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 591       {
 592         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 593         {
 594           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 595           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 596           if (sarray == null)
 597           {
 598             sarray = new Object[2];
 599             sarray[0] = new int[]
 600             { 0 };
 601             sarray[1] = new String[seqs.length];
 602
 603             commonDbrefs.put(src, sarray);
 604           }
 605
 606           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 607           {
 608             if (!dbr[d].hasMap()
 609                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 610             {
 611               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 612               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 613             }
 614           }
 615         }
 616       }
 617     }
 618     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 619     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 620                              // to user
 621     for (int i = 0; i < groupLinks.size(); i++)
 622     {
 623       String link = groupLinks.elementAt(i).toString();
 624       GroupUrlLink urlLink = null;
 625       try
 626       {
 627         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 628       } catch (Exception foo)
 629       {
 630         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 631                 + "'", foo);
 632         continue;
 633       }
 634       ;
 635       if (!urlLink.isValid())
 636       {
 637         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 638         continue;
 639       }
 640       final String label = urlLink.getLabel();
 641       boolean usingNames = false;
 642       // Now see which parts of the group apply for this URL
 643       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 644       Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 645       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 646       if (idset != null)
 647       {
 648         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 649         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 650         seqstr = new String[numinput];
 651         ids = new String[numinput];
 652         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 653         {
 654           if (allids[sq] != null)
 655           {
 656             ids[idcount] = allids[sq];
 657             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 658           }
 659         }
 660       }
 661       else
 662       {
 663         // just use the id/seq set
 664         seqstr = idandseqs[1];
 665         ids = idandseqs[0];
 666         usingNames = true;
 667       }
 668       // and try and make the groupURL!
 669
 670       Object[] urlset = null;
 671       try
 672       {
 673         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 674                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 675       } catch (UrlStringTooLongException e)
 676       {
 677       }
 678       if (urlset != null)
 679       {
 680         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 681         // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 682         // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 683         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 684         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 685         addshowLink(linkMenus[type], label
 686                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 687                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 688                 urlLink, urlset);
 689         addMenu = true;
 690       }
 691     }
 692     if (addMenu)
 693     {
 694       groupLinksMenu = new JMenu("Group Links");
 695       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 696       {
 697         if (linkMenus[m] != null
 698                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 699         {
 700           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 701         }
 702       }
 703
 704       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 710    *
 711    * @param linkMenu
 712    * @param label
 713    *          - menu label string
 714    * @param url
 715    *          - url to open
 716    */
 717   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 718   {
 719     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 720     item.setToolTipText("open URL: " + url);
 721     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 722     {
 723       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 724       {
 725         new Thread(new Runnable()
 726         {
 727
 728           public void run()
 729           {
 730             showLink(url);
 731           }
 732
 733         }).start();
 734       }
 735     });
 736
 737     linkMenu.add(item);
 738   }
 739
 740   /**
 741    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 742    *
 743    * @param linkMenu
 744    * @param label
 745    *          - menu label string
 746    * @param urlgenerator
 747    *          GroupURLLink used to generate URL
 748    * @param urlstub
 749    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 750    */
 751   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 752           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 753   {
 754     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 755     item.setToolTipText("open URL (" + urlgenerator.getUrl_prefix()
 756             + "..) (" + urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) + " seqs)"); // TODO:
 757                                                                              // put
 758                                                                              // in
 759                                                                              // info
 760                                                                              // about
 761                                                                              // what
 762                                                                              // is
 763                                                                              // being
 764                                                                              // sent.
 765     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 766     {
 767       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 768       {
 769         new Thread(new Runnable()
 770         {
 771
 772           public void run()
 773           {
 774             try
 775             {
 776               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 777             } catch (UrlStringTooLongException e)
 778             {
 779             }
 780           }
 781
 782         }).start();
 783       }
 784     });
 785
 786     linkMenu.add(item);
 787   }
 788
 789   /**
 790    * DOCUMENT ME!
 791    *
 792    * @throws Exception
 793    *           DOCUMENT ME!
 794    */
 795   private void jbInit() throws Exception
 796   {
 797     groupMenu.setText("Group");
 798     groupMenu.setText("Selection");
 799     groupName.setText("Name");
 800     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 801     {
 802       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 803       {
 804         groupName_actionPerformed();
 805       }
 806     });
 807     sequenceMenu.setText("Sequence");
 808     sequenceName.setText("Edit Name/Description");
 809     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 810     {
 811       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 812       {
 813         sequenceName_actionPerformed();
 814       }
 815     });
 816     PIDColour.setFocusPainted(false);
 817     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");
 818     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 819     {
 820       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 821       {
 822         unGroupMenuItem_actionPerformed();
 823       }
 824     });
 825
 826     outline.setText("Border colour");
 827     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 828     {
 829       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 830       {
 831         outline_actionPerformed();
 832       }
 833     });
 834     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");
 835     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 836     {
 837       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 838       {
 839         nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 840       }
 841     });
 842     colourMenu.setText("Group Colour");
 843     showBoxes.setText("Boxes");
 844     showBoxes.setState(true);
 845     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
 846     {
 847       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 848       {
 849         showBoxes_actionPerformed();
 850       }
 851     });
 852     showText.setText("Text");
 853     showText.setState(true);
 854     showText.addActionListener(new ActionListener()
 855     {
 856       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 857       {
 858         showText_actionPerformed();
 859       }
 860     });
 861     showColourText.setText("Colour Text");
 862     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
 863     {
 864       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 865       {
 866         showColourText_actionPerformed();
 867       }
 868     });
 869     displayNonconserved.setText("Show Nonconserved");
 870     displayNonconserved.setState(true);
 871     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
 872     {
 873       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 874       {
 875         showNonconserved_actionPerformed();
 876       }
 877     });
 878     editMenu.setText("Edit");
 879     cut.setText("Cut");
 880     cut.addActionListener(new ActionListener()
 881     {
 882       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 883       {
 884         cut_actionPerformed();
 885       }
 886     });
 887     upperCase.setText("To Upper Case");
 888     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
 889     {
 890       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 891       {
 892         changeCase(e);
 893       }
 894     });
 895     copy.setText("Copy");
 896     copy.addActionListener(new ActionListener()
 897     {
 898       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 899       {
 900         copy_actionPerformed();
 901       }
 902     });
 903     lowerCase.setText("To Lower Case");
 904     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
 905     {
 906       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 907       {
 908         changeCase(e);
 909       }
 910     });
 911     toggle.setText("Toggle Case");
 912     toggle.addActionListener(new ActionListener()
 913     {
 914       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 915       {
 916         changeCase(e);
 917       }
 918     });
 919     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");
 920     pdbFromFile.setText("From File");
 921     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()
 922     {
 923       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 924       {
 925         pdbFromFile_actionPerformed();
 926       }
 927     });
 928     enterPDB.setText("Enter PDB Id");
 929     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()
 930     {
 931       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 932       {
 933         enterPDB_actionPerformed();
 934       }
 935     });
 936     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");
 937     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()
 938     {
 939       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 940       {
 941         discoverPDB_actionPerformed();
 942       }
 943     });
 944     outputMenu.setText("Output to Textbox...");
 945     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");
 946     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
 947     {
 948       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 949       {
 950         sequenceFeature_actionPerformed();
 951       }
 952     });
 953     textColour.setText("Text Colour");
 954     textColour.addActionListener(new ActionListener()
 955     {
 956       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 957       {
 958         textColour_actionPerformed();
 959       }
 960     });
 961     jMenu1.setText("Group");
 962     structureMenu.setText("Structure");
 963     viewStructureMenu.setText("View Structure");
 964     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
 965     editSequence.setText("Edit Sequence...");
 966     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
 967     {
 968       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 969       {
 970         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
 971       }
 972     });
 973     /*
 974      * annotationMenuItem.setText("By Annotation");
 975      * annotationMenuItem.addActionListener(new ActionListener() { public void
 976      * actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {
 977      * annotationMenuItem_actionPerformed(actionEvent); } });
 978      */
 979
 980     add(groupMenu);
 981
 982     add(sequenceMenu);
 983     this.add(structureMenu);
 984     groupMenu.add(editMenu);
 985     groupMenu.add(outputMenu);
 986     groupMenu.add(sequenceFeature);
 987     groupMenu.add(jMenu1);
 988     sequenceMenu.add(sequenceName);
 989     colourMenu.add(textColour);
 990     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 991     colourMenu.add(clustalColour);
 992     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 993     colourMenu.add(PIDColour);
 994     colourMenu.add(zappoColour);
 995     colourMenu.add(taylorColour);
 996     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 997     colourMenu.add(helixColour);
 998     colourMenu.add(strandColour);
 999     colourMenu.add(turnColour);
1000     colourMenu.add(buriedColour);
1001     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1002     colourMenu.add(userDefinedColour);
1003
1004     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
1005     {
1006       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours
1007               .getUserColourSchemes().keys();
1008
1009       while (userColours.hasMoreElements())
1010       {
1011         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.nextElement().toString());
1012         item.addActionListener(new ActionListener()
1013         {
1014           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
1015           {
1016             userDefinedColour_actionPerformed(evt);
1017           }
1018         });
1019         colourMenu.add(item);
1020       }
1021     }
1022
1023     colourMenu.addSeparator();
1024     colourMenu.add(abovePIDColour);
1025     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1026     // colourMenu.add(annotationMenuItem);
1027     editMenu.add(copy);
1028     editMenu.add(cut);
1029     editMenu.add(editSequence);
1030     editMenu.add(upperCase);
1031     editMenu.add(lowerCase);
1032     editMenu.add(toggle);
1033     pdbMenu.add(pdbFromFile);
1034     pdbMenu.add(enterPDB);
1035     pdbMenu.add(discoverPDB);
1036     jMenu1.add(groupName);
1037     jMenu1.add(unGroupMenuItem);
1038     jMenu1.add(colourMenu);
1039     jMenu1.add(showBoxes);
1040     jMenu1.add(showText);
1041     jMenu1.add(showColourText);
1042     jMenu1.add(outline);
1043     jMenu1.add(displayNonconserved);
1044     structureMenu.add(pdbMenu);
1045     structureMenu.add(viewStructureMenu);
1046     // structureMenu.add(colStructureMenu);
1047     noColourmenuItem.setText("None");
1048     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1049     {
1050       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1051       {
1052         noColourmenuItem_actionPerformed();
1053       }
1054     });
1055
1056     clustalColour.setText("Clustalx colours");
1057     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1058     {
1059       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1060       {
1061         clustalColour_actionPerformed();
1062       }
1063     });
1064     zappoColour.setText("Zappo");
1065     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1066     {
1067       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1068       {
1069         zappoColour_actionPerformed();
1070       }
1071     });
1072     taylorColour.setText("Taylor");
1073     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1074     {
1075       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1076       {
1077         taylorColour_actionPerformed();
1078       }
1079     });
1080     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");
1081     hydrophobicityColour
1082             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1083             {
1084               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1085               {
1086                 hydrophobicityColour_actionPerformed();
1087               }
1088             });
1089     helixColour.setText("Helix propensity");
1090     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1091     {
1092       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1093       {
1094         helixColour_actionPerformed();
1095       }
1096     });
1097     strandColour.setText("Strand propensity");
1098     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1099     {
1100       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1101       {
1102         strandColour_actionPerformed();
1103       }
1104     });
1105     turnColour.setText("Turn propensity");
1106     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1107     {
1108       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1109       {
1110         turnColour_actionPerformed();
1111       }
1112     });
1113     buriedColour.setText("Buried Index");
1114     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1115     {
1116       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1117       {
1118         buriedColour_actionPerformed();
1119       }
1120     });
1121     abovePIDColour.setText("Above % Identity");
1122     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1123     {
1124       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1125       {
1126         abovePIDColour_actionPerformed();
1127       }
1128     });
1129     userDefinedColour.setText("User Defined...");
1130     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1131     {
1132       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1133       {
1134         userDefinedColour_actionPerformed(e);
1135       }
1136     });
1137     PIDColour.setText("Percentage Identity");
1138     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1139     {
1140       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1141       {
1142         PIDColour_actionPerformed();
1143       }
1144     });
1145     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");
1146     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1147     {
1148       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1149       {
1150         BLOSUM62Colour_actionPerformed();
1151       }
1152     });
1153     conservationMenuItem.setText("Conservation");
1154     conservationMenuItem
1155             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1156             {
1157               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1158               {
1159                 conservationMenuItem_actionPerformed();
1160               }
1161             });
1162   }
1163
1164   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1165   {
1166     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1167     refresh();
1168   }
1169
1170   /**
1171    * call to refresh view after settings change
1172    */
1173   void refresh()
1174   {
1175     ap.updateAnnotation();
1176     ap.paintAlignment(true);
1177
1178     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1179   }
1180
1181   /**
1182    * DOCUMENT ME!
1183    *
1184    * @param e
1185    *          DOCUMENT ME!
1186    */
1187   protected void clustalColour_actionPerformed()
1188   {
1189     SequenceGroup sg = getGroup();
1190     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
1191             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
1192             ap.av.alignment.getWidth());
1193     refresh();
1194   }
1195
1196   /**
1197    * DOCUMENT ME!
1198    *
1199    * @param e
1200    *          DOCUMENT ME!
1201    */
1202   protected void zappoColour_actionPerformed()
1203   {
1204     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1205     refresh();
1206   }
1207
1208   /**
1209    * DOCUMENT ME!
1210    *
1211    * @param e
1212    *          DOCUMENT ME!
1213    */
1214   protected void taylorColour_actionPerformed()
1215   {
1216     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1217     refresh();
1218   }
1219
1220   /**
1221    * DOCUMENT ME!
1222    *
1223    * @param e
1224    *          DOCUMENT ME!
1225    */
1226   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1227   {
1228     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1229     refresh();
1230   }
1231
1232   /**
1233    * DOCUMENT ME!
1234    *
1235    * @param e
1236    *          DOCUMENT ME!
1237    */
1238   protected void helixColour_actionPerformed()
1239   {
1240     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1241     refresh();
1242   }
1243
1244   /**
1245    * DOCUMENT ME!
1246    *
1247    * @param e
1248    *          DOCUMENT ME!
1249    */
1250   protected void strandColour_actionPerformed()
1251   {
1252     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1253     refresh();
1254   }
1255
1256   /**
1257    * DOCUMENT ME!
1258    *
1259    * @param e
1260    *          DOCUMENT ME!
1261    */
1262   protected void turnColour_actionPerformed()
1263   {
1264     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1265     refresh();
1266   }
1267
1268   /**
1269    * DOCUMENT ME!
1270    *
1271    * @param e
1272    *          DOCUMENT ME!
1273    */
1274   protected void buriedColour_actionPerformed()
1275   {
1276     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1277     refresh();
1278   }
1279
1280   /**
1281    * DOCUMENT ME!
1282    *
1283    * @param e
1284    *          DOCUMENT ME!
1285    */
1286   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1287   {
1288     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1289     refresh();
1290   }
1291
1292   /**
1293    * DOCUMENT ME!
1294    *
1295    * @param e
1296    *          DOCUMENT ME!
1297    */
1298   protected void abovePIDColour_actionPerformed()
1299   {
1300     SequenceGroup sg = getGroup();
1301     if (sg.cs == null)
1302     {
1303       return;
1304     }
1305
1306     if (abovePIDColour.isSelected())
1307     {
1308       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1309               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1310               sg.getEndRes() + 1));
1311
1312       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1313               .getName());
1314
1315       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1316
1317       SliderPanel.showPIDSlider();
1318     }
1319     else
1320     // remove PIDColouring
1321     {
1322       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1323     }
1324
1325     refresh();
1326   }
1327
1328   /**
1329    * DOCUMENT ME!
1330    *
1331    * @param e
1332    *          DOCUMENT ME!
1333    */
1334   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)
1335   {
1336     SequenceGroup sg = getGroup();
1337
1338     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
1339     {
1340       new UserDefinedColours(ap, sg);
1341     }
1342     else
1343     {
1344       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours
1345               .getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
1346
1347       sg.cs = udc;
1348     }
1349     refresh();
1350   }
1351
1352   /**
1353    * DOCUMENT ME!
1354    *
1355    * @param e
1356    *          DOCUMENT ME!
1357    */
1358   protected void PIDColour_actionPerformed()
1359   {
1360     SequenceGroup sg = getGroup();
1361     sg.cs = new PIDColourScheme();
1362     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1363             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1364             sg.getEndRes() + 1));
1365     refresh();
1366   }
1367
1368   /**
1369    * DOCUMENT ME!
1370    *
1371    * @param e
1372    *          DOCUMENT ME!
1373    */
1374   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1375   {
1376     SequenceGroup sg = getGroup();
1377
1378     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1379
1380     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1381             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1382             sg.getEndRes() + 1));
1383
1384     refresh();
1385   }
1386
1387   /**
1388    * DOCUMENT ME!
1389    *
1390    * @param e
1391    *          DOCUMENT ME!
1392    */
1393   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1394   {
1395     getGroup().cs = null;
1396     refresh();
1397   }
1398
1399   /**
1400    * DOCUMENT ME!
1401    *
1402    * @param e
1403    *          DOCUMENT ME!
1404    */
1405   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()
1406   {
1407     SequenceGroup sg = getGroup();
1408     if (sg.cs == null)
1409     {
1410       return;
1411     }
1412
1413     if (conservationMenuItem.isSelected())
1414     {
1415       Conservation c = new Conservation("Group",
1416               ResidueProperties.propHash, 3,
1417               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1418               sg.getEndRes() + 1);
1419
1420       c.calculate();
1421       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
1422
1423       sg.cs.setConservation(c);
1424
1425       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1426       SliderPanel.showConservationSlider();
1427     }
1428     else
1429     // remove ConservationColouring
1430     {
1431       sg.cs.setConservation(null);
1432     }
1433
1434     refresh();
1435   }
1436
1437   public void annotationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1438   {
1439     SequenceGroup sg = getGroup();
1440     if (sg == null)
1441     {
1442       return;
1443     }
1444
1445     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(
1446             sequence.getAnnotation()[0], null,
1447             AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
1448
1449     acg.predefinedColours = true;
1450     sg.cs = acg;
1451
1452     refresh();
1453   }
1454
1455   /**
1456    * DOCUMENT ME!
1457    *
1458    * @param e
1459    *          DOCUMENT ME!
1460    */
1461   protected void groupName_actionPerformed()
1462   {
1463
1464     SequenceGroup sg = getGroup();
1465     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1466             sg.getDescription(), "       Group Name ",
1467             "Group Description ", "Edit Group Name/Description",
1468             ap.alignFrame);
1469
1470     if (!dialog.accept)
1471     {
1472       return;
1473     }
1474
1475     sg.setName(dialog.getName());
1476     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1477     refresh();
1478   }
1479
1480   /**
1481    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1482    *
1483    * @return sequence group to operate on
1484    */
1485   SequenceGroup getGroup()
1486   {
1487     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1488     // this method won't add a new group if it already exists
1489     if (sg != null)
1490     {
1491       ap.av.alignment.addGroup(sg);
1492     }
1493
1494     return sg;
1495   }
1496
1497   /**
1498    * DOCUMENT ME!
1499    *
1500    * @param e
1501    *          DOCUMENT ME!
1502    */
1503   void sequenceName_actionPerformed()
1504   {
1505     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1506             sequence.getDescription(), "       Sequence Name ",
1507             "Sequence Description ", "Edit Sequence Name/Description",
1508             ap.alignFrame);
1509
1510     if (!dialog.accept)
1511     {
1512       return;
1513     }
1514
1515     if (dialog.getName() != null)
1516     {
1517       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1518       {
1519         JOptionPane.showMessageDialog(ap,
1520                 "Spaces have been converted to \"_\"",
1521                 "No spaces allowed in Sequence Name",
1522                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1523       }
1524
1525       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1526       ap.paintAlignment(false);
1527     }
1528
1529     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1530
1531     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1532             .getSequences());
1533
1534   }
1535
1536   /**
1537    * DOCUMENT ME!
1538    *
1539    * @param e
1540    *          DOCUMENT ME!
1541    */
1542   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1543   {
1544     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1545     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1546     ap.av.setSelectionGroup(null);
1547     refresh();
1548   }
1549
1550   /**
1551    * DOCUMENT ME!
1552    *
1553    * @param e
1554    *          DOCUMENT ME!
1555    */
1556   protected void outline_actionPerformed()
1557   {
1558     SequenceGroup sg = getGroup();
1559     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",
1560             Color.BLUE);
1561
1562     if (col != null)
1563     {
1564       sg.setOutlineColour(col);
1565     }
1566
1567     refresh();
1568   }
1569
1570   /**
1571    * DOCUMENT ME!
1572    *
1573    * @param e
1574    *          DOCUMENT ME!
1575    */
1576   public void showBoxes_actionPerformed()
1577   {
1578     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1579     refresh();
1580   }
1581
1582   /**
1583    * DOCUMENT ME!
1584    *
1585    * @param e
1586    *          DOCUMENT ME!
1587    */
1588   public void showText_actionPerformed()
1589   {
1590     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1591     refresh();
1592   }
1593
1594   /**
1595    * DOCUMENT ME!
1596    *
1597    * @param e
1598    *          DOCUMENT ME!
1599    */
1600   public void showColourText_actionPerformed()
1601   {
1602     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1603     refresh();
1604   }
1605
1606   public void showLink(String url)
1607   {
1608     try
1609     {
1610       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1611     } catch (Exception ex)
1612     {
1613       JOptionPane
1614               .showInternalMessageDialog(
1615                       Desktop.desktop,
1616                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
1617                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
1618                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1619
1620       ex.printStackTrace();
1621     }
1622   }
1623
1624   void hideSequences(boolean representGroup)
1625   {
1626     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1627     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1628     {
1629       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1630       { sequence });
1631       return;
1632     }
1633
1634     ap.av.setSelectionGroup(null);
1635
1636     if (representGroup)
1637     {
1638       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);
1639
1640       return;
1641     }
1642
1643     int gsize = sg.getSize();
1644     SequenceI[] hseqs;
1645
1646     hseqs = new SequenceI[gsize];
1647
1648     int index = 0;
1649     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1650     {
1651       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1652     }
1653
1654     ap.av.hideSequence(hseqs);
1655     // refresh(); TODO: ? needed ?
1656     ap.av.sendSelection();
1657   }
1658
1659   public void copy_actionPerformed()
1660   {
1661     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1662   }
1663
1664   public void cut_actionPerformed()
1665   {
1666     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1667   }
1668
1669   void changeCase(ActionEvent e)
1670   {
1671     Object source = e.getSource();
1672     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1673
1674     if (sg != null)
1675     {
1676       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
1677               sg.getEndRes() + 1);
1678
1679       String description;
1680       int caseChange;
1681
1682       if (source == toggle)
1683       {
1684         description = "Toggle Case";
1685         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1686       }
1687       else if (source == upperCase)
1688       {
1689         description = "To Upper Case";
1690         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1691       }
1692       else
1693       {
1694         description = "To Lower Case";
1695         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1696       }
1697
1698       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1699               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
1700               caseChange);
1701
1702       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1703
1704       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1705               .getSequences());
1706
1707     }
1708   }
1709
1710   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1711   {
1712     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1713     cap.setForInput(null);
1714     Desktop.addInternalFrame(cap,
1715             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
1716
1717     String[] omitHidden = null;
1718
1719     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1720     // or we simply trust the user wants
1721     // wysiwig behaviour
1722     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1723     ColumnSelection csel = new ColumnSelection(ap.av.getColumnSelection());
1724     omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);
1725     Alignment oal = new Alignment(ap.av.getSequenceSelection());
1726     AlignmentAnnotation[] nala = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
1727     if (nala != null)
1728     {
1729       for (int i = 0; i < nala.length; i++)
1730       {
1731         AlignmentAnnotation na = nala[i];
1732         oal.addAnnotation(na);
1733       }
1734     }
1735     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),
1736             oal, omitHidden, csel, sg));
1737     oal = null;
1738   }
1739
1740   public void pdbFromFile_actionPerformed()
1741   {
1742     jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
1743             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1744     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
1745     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file for "+sequence.getDisplayId(false));
1746     chooser.setToolTipText("Load a PDB file and associate it with sequence '"+sequence.getDisplayId(false)+"'");
1747
1748     int value = chooser.showOpenDialog(null);
1749
1750     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1751     {
1752       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1753       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);
1754       new AssociatePdbFileWithSeq().associatePdbWithSeq(choice, jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, sequence, true);
1755     }
1756
1757   }
1758
1759   public void enterPDB_actionPerformed()
1760   {
1761     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
1762             "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
1763
1764     if (id != null && id.length() > 0)
1765     {
1766       PDBEntry entry = new PDBEntry();
1767       entry.setId(id.toUpperCase());
1768       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
1769     }
1770   }
1771
1772   public void discoverPDB_actionPerformed()
1773   {
1774
1775     final SequenceI[] sequences = ((ap.av.selectionGroup == null) ? new Sequence[]
1776     { sequence }
1777             : ap.av.selectionGroup.getSequencesInOrder(ap.av.alignment));
1778     Thread discpdb = new Thread(new Runnable()
1779     {
1780       public void run()
1781       {
1782
1783         new jalview.ws.DBRefFetcher(sequences, ap.alignFrame)
1784                 .fetchDBRefs(false);
1785       }
1786
1787     });
1788     discpdb.start();
1789   }
1790
1791   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1792   {
1793     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1794     if (sg == null)
1795     {
1796       return;
1797     }
1798
1799     int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
1800     SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
1801     SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
1802
1803     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1804     {
1805       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1806       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1807       if (start <= end)
1808       {
1809         seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
1810         features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
1811                 "Jalview");
1812         rsize++;
1813       }
1814     }
1815     rseqs = new SequenceI[rsize];
1816     tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
1817     System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
1818     System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
1819     features = tfeatures;
1820     seqs = rseqs;
1821     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
1822             features, true, ap))
1823     {
1824       ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1825       ap.highlightSearchResults(null);
1826     }
1827   }
1828
1829   public void textColour_actionPerformed()
1830   {
1831     SequenceGroup sg = getGroup();
1832     if (sg != null)
1833     {
1834       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1835     }
1836   }
1837
1838   public void colourByStructure(String pdbid)
1839   {
1840     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager().colourSequenceFromStructure(
1841                     sequence, pdbid);
1842
1843     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1844             "Coloured by " + pdbid, anots);
1845
1846     ap.av.alignment.addAnnotation(an);
1847     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1848     // an.adjustForAlignment();
1849     ap.av.alignment.setAnnotationIndex(an, 0);
1850
1851     ap.adjustAnnotationHeight();
1852
1853     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1854
1855   }
1856
1857   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1858   {
1859     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1860
1861     if (sg != null)
1862     {
1863       if (sequence == null)
1864         sequence = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
1865
1866       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
1867               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1868                       sg.getEndRes() + 1), null, "Edit Sequence ", null,
1869               "Edit Sequence", ap.alignFrame);
1870
1871       if (dialog.accept)
1872       {
1873         EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
1874                 EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
1875                         ap.av.getGapCharacter()),
1876                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
1877                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
1878
1879         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
1880
1881         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1882                 .getSequences());
1883       }
1884     }
1885   }
1886
1887 }