src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import MCview.*;
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33 import jalview.util.GroupUrlLink;
  34 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  35 import jalview.util.UrlLink;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision: 1.118 $
  42  */
  43 public class PopupMenu extends JPopupMenu
  44 {
  45   JMenu groupMenu = new JMenu();
  46
  47   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  48
  49   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();
  50
  51   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();
  52
  53   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();
  54
  55   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new JRadioButtonMenuItem();
  56
  57   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();
  58
  59   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();
  60
  61   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();
  62
  63   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  64
  65   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  66
  67   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  68
  69   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();
  70
  71   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();
  72
  73   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  74
  75   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  76
  77   AlignmentPanel ap;
  78
  79   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
  80
  81   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
  82
  83   Sequence sequence;
  84
  85   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
  86
  87   JMenuItem outline = new JMenuItem();
  88
  89   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  90
  91   JMenu colourMenu = new JMenu();
  92
  93   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
  96
  97   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
  98
  99   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 100
 101   JMenu editMenu = new JMenu();
 102
 103   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 110
 111   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 112
 113   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 114
 115   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();
 118
 119   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();
 120
 121   JMenu outputMenu = new JMenu();
 122
 123   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 124
 125   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 126
 127   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 128
 129   JMenu structureMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenu viewStructureMenu = new JMenu();
 132
 133   // JMenu colStructureMenu = new JMenu();
 134   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 135
 136   // JMenuItem annotationMenuItem = new JMenuItem();
 137
 138   JMenu groupLinksMenu;
 139
 140   /**
 141    * Creates a new PopupMenu object.
 142    *
 143    * @param ap
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param seq
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    */
 148   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)
 149   {
 150     this(ap, seq, links, null);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    * @param ap
 156    * @param seq
 157    * @param links
 158    * @param groupLinks
 159    */
 160   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links,
 161           Vector groupLinks)
 162   {
 163     // /////////////////////////////////////////////////////////
 164     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 165     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 166     //
 167     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 168     // ////////////////////////////////////////////////////////
 169     this.ap = ap;
 170     sequence = seq;
 171
 172     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();
 173     colours.add(noColourmenuItem);
 174     colours.add(clustalColour);
 175     colours.add(zappoColour);
 176     colours.add(taylorColour);
 177     colours.add(hydrophobicityColour);
 178     colours.add(helixColour);
 179     colours.add(strandColour);
 180     colours.add(turnColour);
 181     colours.add(buriedColour);
 182     colours.add(abovePIDColour);
 183     colours.add(userDefinedColour);
 184     colours.add(PIDColour);
 185     colours.add(BLOSUM62Colour);
 186
 187     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 188     {
 189       JMenuItem item = new JMenuItem(
 190               jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 191
 192       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 193       {
 194         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195         {
 196           outputText_actionPerformed(e);
 197         }
 198       });
 199
 200       outputMenu.add(item);
 201     }
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception e)
 207     {
 208       e.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     if (seq != null)
 212     {
 213       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 214
 215       JMenuItem menuItem;
 216       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null
 217               && seq.getDatasetSequence().getPDBId().size() > 0)
 218       {
 219         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId()
 220                 .elements();
 221
 222         while (e.hasMoreElements())
 223         {
 224           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
 225
 226           menuItem = new JMenuItem();
 227           menuItem.setText(pdb.getId());
 228           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 229           {
 230             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231             {
 232                 // TODO re JAL-860: optionally open dialog or provide a menu entry allowing user to open just one structure per sequence
 233               new AppJmol(pdb, ap.av.collateForPDB(new PDBEntry[] { pdb })[0], null, ap);
 234               // new PDBViewer(pdb, seqs2, null, ap, AppletFormatAdapter.FILE);
 235             }
 236
 237           });
 238           viewStructureMenu.add(menuItem);
 239
 240           /*
 241            * menuItem = new JMenuItem(); menuItem.setText(pdb.getId());
 242            * menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 243            * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 244            * colourByStructure(pdb.getId()); } });
 245            * colStructureMenu.add(menuItem);
 246            */
 247         }
 248       }
 249       else
 250       {
 251         structureMenu.remove(viewStructureMenu);
 252         // structureMenu.remove(colStructureMenu);
 253       }
 254
 255       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");
 256       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 257       {
 258         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 259         {
 260           hideSequences(false);
 261         }
 262       });
 263       add(menuItem);
 264
 265       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 266               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 267       {
 268         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());
 269         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 270         {
 271           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 272           {
 273             hideSequences(true);
 274           }
 275         });
 276         sequenceMenu.add(menuItem);
 277       }
 278
 279       if (ap.av.hasHiddenRows)
 280       {
 281         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 282
 283         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 284                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 285         {
 286           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");
 287           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 288           {
 289             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 290             {
 291               ap.av.showSequence(index);
 292               if (ap.overviewPanel != null)
 293               {
 294                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 295               }
 296             }
 297           });
 298           add(menuItem);
 299         }
 300
 301         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");
 302         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 303         {
 304           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 305           {
 306             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 307             if (ap.overviewPanel != null)
 308             {
 309               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 310             }
 311           }
 312         });
 313
 314         add(menuItem);
 315       }
 316
 317     }
 318
 319     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 320
 321     if (sg != null)
 322     {
 323       groupName.setText("Name: "+sg.getName());
 324       groupName.setText("Edit name and description of current group.");
 325
 326       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)
 327       {
 328         zappoColour.setSelected(true);
 329       }
 330       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)
 331       {
 332         taylorColour.setSelected(true);
 333       }
 334       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)
 335       {
 336         PIDColour.setSelected(true);
 337       }
 338       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 339       {
 340         BLOSUM62Colour.setSelected(true);
 341       }
 342       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)
 343       {
 344         userDefinedColour.setSelected(true);
 345       }
 346       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 347       {
 348         hydrophobicityColour.setSelected(true);
 349       }
 350       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)
 351       {
 352         helixColour.setSelected(true);
 353       }
 354       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)
 355       {
 356         strandColour.setSelected(true);
 357       }
 358       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)
 359       {
 360         turnColour.setSelected(true);
 361       }
 362       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)
 363       {
 364         buriedColour.setSelected(true);
 365       }
 366       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
 367       {
 368         clustalColour.setSelected(true);
 369       }
 370       else
 371       {
 372         noColourmenuItem.setSelected(true);
 373       }
 374
 375       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())
 376       {
 377         conservationMenuItem.setSelected(true);
 378       }
 379       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 380       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 381       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 382       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 383       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 384       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 385       {
 386         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 387       }
 388       // Add a 'show all structures' for the current selection
 389       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe=new Hashtable<String,PDBEntry>();
 390       for (SequenceI sq: ap.av.getSequenceSelection())
 391       {
 392         Vector<PDBEntry> pes = (Vector<PDBEntry>) sq.getDatasetSequence().getPDBId();
 393         if (pes!=null) {
 394           for (PDBEntry pe: pes)
 395           {
 396             pdbe.put(pe.getId(),  pe);
 397           }
 398         }
 399       }
 400       if (pdbe.size()>0)
 401       {
 402         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]);
 403         final JMenuItem gpdbview;
 404         structureMenu.add(gpdbview=new JMenuItem("View "+pdbe.size()+" structures."));
 405         gpdbview.addActionListener(new ActionListener()
 406         {
 407
 408           @Override
 409           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 410           {
 411             new AppJmol(ap, pe, ap.av.collateForPDB(pe));
 412           }
 413         });
 414       }
 415     }
 416     else
 417     {
 418       groupMenu.setVisible(false);
 419       editMenu.setVisible(false);
 420     }
 421
 422     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 423     {
 424       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 425     }
 426
 427     if (seq == null)
 428     {
 429       sequenceMenu.setVisible(false);
 430       structureMenu.setVisible(false);
 431     }
 432
 433     if (links != null && links.size() > 0)
 434     {
 435
 436       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");
 437       Vector linkset = new Vector();
 438       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 439       {
 440         String link = links.elementAt(i).toString();
 441         UrlLink urlLink = null;
 442         try
 443         {
 444           urlLink = new UrlLink(link);
 445         } catch (Exception foo)
 446         {
 447           jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link
 448                   + "'", foo);
 449           continue;
 450         }
 451         ;
 452         if (!urlLink.isValid())
 453         {
 454           jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 455           continue;
 456         }
 457         final String label = urlLink.getLabel();
 458         if (urlLink.isDynamic())
 459         {
 460
 461           // collect matching db-refs
 462           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 463                   seq.getDBRef(), new String[]
 464                   { urlLink.getTarget() });
 465           // collect id string too
 466           String id = seq.getName();
 467           String descr = seq.getDescription();
 468           if (descr != null && descr.length() < 1)
 469           {
 470             descr = null;
 471           }
 472
 473           if (dbr != null)
 474           {
 475             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 476             {
 477               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 478               {
 479                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 480                 // string with this link
 481                 id = null;
 482               }
 483               // create Bare ID link for this RUL
 484               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 485                       true);
 486               if (urls != null)
 487               {
 488                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 489                 {
 490                   if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 491                   {
 492                     linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 493                     addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u],
 494                             urls[u + 1]);
 495                   }
 496                 }
 497               }
 498             }
 499           }
 500           if (id != null)
 501           {
 502             // create Bare ID link for this RUL
 503             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 504             if (urls != null)
 505             {
 506               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 507               {
 508                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 509                 {
 510                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 511                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 512                 }
 513               }
 514             }
 515           }
 516           // Create urls from description but only for URL links which are regex
 517           // links
 518           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 519           {
 520             // create link for this URL from description where regex matches
 521             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 522             if (urls != null)
 523             {
 524               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 525               {
 526                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 527                 {
 528                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 529                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 530                 }
 531               }
 532             }
 533           }
 534         }
 535         else
 536         {
 537           if (!linkset.contains(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix()))
 538           {
 539             linkset.addElement(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix());
 540             // Add a non-dynamic link
 541             addshowLink(linkMenu, label, urlLink.getUrl_prefix());
 542           }
 543         }
 544       }
 545       if (sequence != null)
 546       {
 547         sequenceMenu.add(linkMenu);
 548       }
 549       else
 550       {
 551         add(linkMenu);
 552       }
 553     }
 554   }
 555
 556   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, Vector groupLinks)
 557   {
 558
 559     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 560     // menu appears asap
 561     // sequence only URLs
 562     // ID/regex match URLs
 563     groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 564     JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
 565     { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 566         new JMenu("IDS and Sequences") }; // three types of url that might be
 567                                           // created.
 568     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 569     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 570     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 571     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 572     {
 573
 574       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 575               .findPosition(sg.getEndRes());
 576       // just collect ids from dataset sequence
 577       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 578       // current selection, too
 579       SequenceI sqi = seqs[sq];
 580       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 581       {
 582         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 583       }
 584       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 585       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 586       {
 587         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 588         {
 589           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 590           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 591           if (sarray == null)
 592           {
 593             sarray = new Object[2];
 594             sarray[0] = new int[]
 595             { 0 };
 596             sarray[1] = new String[seqs.length];
 597
 598             commonDbrefs.put(src, sarray);
 599           }
 600
 601           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 602           {
 603             if (!dbr[d].hasMap()
 604                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 605             {
 606               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 607               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 608             }
 609           }
 610         }
 611       }
 612     }
 613     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 614     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 615                              // to user
 616     for (int i = 0; i < groupLinks.size(); i++)
 617     {
 618       String link = groupLinks.elementAt(i).toString();
 619       GroupUrlLink urlLink = null;
 620       try
 621       {
 622         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 623       } catch (Exception foo)
 624       {
 625         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 626                 + "'", foo);
 627         continue;
 628       }
 629       ;
 630       if (!urlLink.isValid())
 631       {
 632         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 633         continue;
 634       }
 635       final String label = urlLink.getLabel();
 636       boolean usingNames = false;
 637       // Now see which parts of the group apply for this URL
 638       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 639       Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 640       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 641       if (idset != null)
 642       {
 643         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 644         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 645         seqstr = new String[numinput];
 646         ids = new String[numinput];
 647         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 648         {
 649           if (allids[sq] != null)
 650           {
 651             ids[idcount] = allids[sq];
 652             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 653           }
 654         }
 655       }
 656       else
 657       {
 658         // just use the id/seq set
 659         seqstr = idandseqs[1];
 660         ids = idandseqs[0];
 661         usingNames = true;
 662       }
 663       // and try and make the groupURL!
 664
 665       Object[] urlset = null;
 666       try
 667       {
 668         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 669                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 670       } catch (UrlStringTooLongException e)
 671       {
 672       }
 673       if (urlset != null)
 674       {
 675         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 676         // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 677         // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 678         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 679         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 680         addshowLink(linkMenus[type], label
 681                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 682                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 683                 urlLink, urlset);
 684         addMenu = true;
 685       }
 686     }
 687     if (addMenu)
 688     {
 689       groupLinksMenu = new JMenu("Group Links");
 690       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 691       {
 692         if (linkMenus[m] != null
 693                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 694         {
 695           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 696         }
 697       }
 698
 699       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 700     }
 701   }
 702
 703   /**
 704    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 705    *
 706    * @param linkMenu
 707    * @param label
 708    *          - menu label string
 709    * @param url
 710    *          - url to open
 711    */
 712   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 713   {
 714     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 715     item.setToolTipText("open URL: " + url);
 716     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 717     {
 718       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 719       {
 720         new Thread(new Runnable()
 721         {
 722
 723           public void run()
 724           {
 725             showLink(url);
 726           }
 727
 728         }).start();
 729       }
 730     });
 731
 732     linkMenu.add(item);
 733   }
 734
 735   /**
 736    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 737    *
 738    * @param linkMenu
 739    * @param label
 740    *          - menu label string
 741    * @param urlgenerator
 742    *          GroupURLLink used to generate URL
 743    * @param urlstub
 744    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 745    */
 746   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 747           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 748   {
 749     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 750     item.setToolTipText("open URL (" + urlgenerator.getUrl_prefix()
 751             + "..) (" + urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) + " seqs)"); // TODO:
 752                                                                              // put
 753                                                                              // in
 754                                                                              // info
 755                                                                              // about
 756                                                                              // what
 757                                                                              // is
 758                                                                              // being
 759                                                                              // sent.
 760     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 761     {
 762       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 763       {
 764         new Thread(new Runnable()
 765         {
 766
 767           public void run()
 768           {
 769             try
 770             {
 771               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 772             } catch (UrlStringTooLongException e)
 773             {
 774             }
 775           }
 776
 777         }).start();
 778       }
 779     });
 780
 781     linkMenu.add(item);
 782   }
 783
 784   /**
 785    * DOCUMENT ME!
 786    *
 787    * @throws Exception
 788    *           DOCUMENT ME!
 789    */
 790   private void jbInit() throws Exception
 791   {
 792     groupMenu.setText("Group");
 793     groupMenu.setText("Selection");
 794     groupName.setText("Name");
 795     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 796     {
 797       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 798       {
 799         groupName_actionPerformed();
 800       }
 801     });
 802     sequenceMenu.setText("Sequence");
 803     sequenceName.setText("Edit Name/Description");
 804     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 805     {
 806       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 807       {
 808         sequenceName_actionPerformed();
 809       }
 810     });
 811     PIDColour.setFocusPainted(false);
 812     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");
 813     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 814     {
 815       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 816       {
 817         unGroupMenuItem_actionPerformed();
 818       }
 819     });
 820
 821     outline.setText("Border colour");
 822     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 823     {
 824       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 825       {
 826         outline_actionPerformed();
 827       }
 828     });
 829     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");
 830     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 831     {
 832       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 833       {
 834         nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 835       }
 836     });
 837     colourMenu.setText("Group Colour");
 838     showBoxes.setText("Boxes");
 839     showBoxes.setState(true);
 840     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
 841     {
 842       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 843       {
 844         showBoxes_actionPerformed();
 845       }
 846     });
 847     showText.setText("Text");
 848     showText.setState(true);
 849     showText.addActionListener(new ActionListener()
 850     {
 851       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 852       {
 853         showText_actionPerformed();
 854       }
 855     });
 856     showColourText.setText("Colour Text");
 857     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
 858     {
 859       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 860       {
 861         showColourText_actionPerformed();
 862       }
 863     });
 864     displayNonconserved.setText("Show Nonconserved");
 865     displayNonconserved.setState(true);
 866     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
 867     {
 868       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 869       {
 870         showNonconserved_actionPerformed();
 871       }
 872     });
 873     editMenu.setText("Edit");
 874     cut.setText("Cut");
 875     cut.addActionListener(new ActionListener()
 876     {
 877       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 878       {
 879         cut_actionPerformed();
 880       }
 881     });
 882     upperCase.setText("To Upper Case");
 883     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
 884     {
 885       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 886       {
 887         changeCase(e);
 888       }
 889     });
 890     copy.setText("Copy");
 891     copy.addActionListener(new ActionListener()
 892     {
 893       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 894       {
 895         copy_actionPerformed();
 896       }
 897     });
 898     lowerCase.setText("To Lower Case");
 899     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
 900     {
 901       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 902       {
 903         changeCase(e);
 904       }
 905     });
 906     toggle.setText("Toggle Case");
 907     toggle.addActionListener(new ActionListener()
 908     {
 909       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 910       {
 911         changeCase(e);
 912       }
 913     });
 914     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");
 915     pdbFromFile.setText("From File");
 916     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()
 917     {
 918       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 919       {
 920         pdbFromFile_actionPerformed();
 921       }
 922     });
 923     enterPDB.setText("Enter PDB Id");
 924     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()
 925     {
 926       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 927       {
 928         enterPDB_actionPerformed();
 929       }
 930     });
 931     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");
 932     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()
 933     {
 934       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 935       {
 936         discoverPDB_actionPerformed();
 937       }
 938     });
 939     outputMenu.setText("Output to Textbox...");
 940     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");
 941     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
 942     {
 943       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 944       {
 945         sequenceFeature_actionPerformed();
 946       }
 947     });
 948     textColour.setText("Text Colour");
 949     textColour.addActionListener(new ActionListener()
 950     {
 951       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 952       {
 953         textColour_actionPerformed();
 954       }
 955     });
 956     jMenu1.setText("Group");
 957     structureMenu.setText("Structure");
 958     viewStructureMenu.setText("View Structure");
 959     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
 960     editSequence.setText("Edit Sequence...");
 961     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
 962     {
 963       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 964       {
 965         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
 966       }
 967     });
 968     /*
 969      * annotationMenuItem.setText("By Annotation");
 970      * annotationMenuItem.addActionListener(new ActionListener() { public void
 971      * actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {
 972      * annotationMenuItem_actionPerformed(actionEvent); } });
 973      */
 974
 975     add(groupMenu);
 976
 977     add(sequenceMenu);
 978     this.add(structureMenu);
 979     groupMenu.add(editMenu);
 980     groupMenu.add(outputMenu);
 981     groupMenu.add(sequenceFeature);
 982     groupMenu.add(jMenu1);
 983     sequenceMenu.add(sequenceName);
 984     colourMenu.add(textColour);
 985     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 986     colourMenu.add(clustalColour);
 987     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 988     colourMenu.add(PIDColour);
 989     colourMenu.add(zappoColour);
 990     colourMenu.add(taylorColour);
 991     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 992     colourMenu.add(helixColour);
 993     colourMenu.add(strandColour);
 994     colourMenu.add(turnColour);
 995     colourMenu.add(buriedColour);
 996     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 997     colourMenu.add(userDefinedColour);
 998
 999     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
1000     {
1001       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours
1002               .getUserColourSchemes().keys();
1003
1004       while (userColours.hasMoreElements())
1005       {
1006         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.nextElement().toString());
1007         item.addActionListener(new ActionListener()
1008         {
1009           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
1010           {
1011             userDefinedColour_actionPerformed(evt);
1012           }
1013         });
1014         colourMenu.add(item);
1015       }
1016     }
1017
1018     colourMenu.addSeparator();
1019     colourMenu.add(abovePIDColour);
1020     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1021     // colourMenu.add(annotationMenuItem);
1022     editMenu.add(copy);
1023     editMenu.add(cut);
1024     editMenu.add(editSequence);
1025     editMenu.add(upperCase);
1026     editMenu.add(lowerCase);
1027     editMenu.add(toggle);
1028     pdbMenu.add(pdbFromFile);
1029     pdbMenu.add(enterPDB);
1030     pdbMenu.add(discoverPDB);
1031     jMenu1.add(groupName);
1032     jMenu1.add(unGroupMenuItem);
1033     jMenu1.add(colourMenu);
1034     jMenu1.add(showBoxes);
1035     jMenu1.add(showText);
1036     jMenu1.add(showColourText);
1037     jMenu1.add(outline);
1038     jMenu1.add(displayNonconserved);
1039     structureMenu.add(pdbMenu);
1040     structureMenu.add(viewStructureMenu);
1041     // structureMenu.add(colStructureMenu);
1042     noColourmenuItem.setText("None");
1043     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1044     {
1045       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1046       {
1047         noColourmenuItem_actionPerformed();
1048       }
1049     });
1050
1051     clustalColour.setText("Clustalx colours");
1052     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1053     {
1054       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1055       {
1056         clustalColour_actionPerformed();
1057       }
1058     });
1059     zappoColour.setText("Zappo");
1060     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1061     {
1062       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1063       {
1064         zappoColour_actionPerformed();
1065       }
1066     });
1067     taylorColour.setText("Taylor");
1068     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1069     {
1070       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1071       {
1072         taylorColour_actionPerformed();
1073       }
1074     });
1075     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");
1076     hydrophobicityColour
1077             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1078             {
1079               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1080               {
1081                 hydrophobicityColour_actionPerformed();
1082               }
1083             });
1084     helixColour.setText("Helix propensity");
1085     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1086     {
1087       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1088       {
1089         helixColour_actionPerformed();
1090       }
1091     });
1092     strandColour.setText("Strand propensity");
1093     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1094     {
1095       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1096       {
1097         strandColour_actionPerformed();
1098       }
1099     });
1100     turnColour.setText("Turn propensity");
1101     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1102     {
1103       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1104       {
1105         turnColour_actionPerformed();
1106       }
1107     });
1108     buriedColour.setText("Buried Index");
1109     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1110     {
1111       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1112       {
1113         buriedColour_actionPerformed();
1114       }
1115     });
1116     abovePIDColour.setText("Above % Identity");
1117     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1118     {
1119       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1120       {
1121         abovePIDColour_actionPerformed();
1122       }
1123     });
1124     userDefinedColour.setText("User Defined...");
1125     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1126     {
1127       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1128       {
1129         userDefinedColour_actionPerformed(e);
1130       }
1131     });
1132     PIDColour.setText("Percentage Identity");
1133     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1134     {
1135       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1136       {
1137         PIDColour_actionPerformed();
1138       }
1139     });
1140     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");
1141     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1142     {
1143       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1144       {
1145         BLOSUM62Colour_actionPerformed();
1146       }
1147     });
1148     conservationMenuItem.setText("Conservation");
1149     conservationMenuItem
1150             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1151             {
1152               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1153               {
1154                 conservationMenuItem_actionPerformed();
1155               }
1156             });
1157   }
1158
1159   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1160   {
1161     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1162     refresh();
1163   }
1164
1165   /**
1166    * call to refresh view after settings change
1167    */
1168   void refresh()
1169   {
1170     ap.updateAnnotation();
1171     ap.paintAlignment(true);
1172
1173     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1174   }
1175
1176   /**
1177    * DOCUMENT ME!
1178    *
1179    * @param e
1180    *          DOCUMENT ME!
1181    */
1182   protected void clustalColour_actionPerformed()
1183   {
1184     SequenceGroup sg = getGroup();
1185     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
1186             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
1187             ap.av.alignment.getWidth());
1188     refresh();
1189   }
1190
1191   /**
1192    * DOCUMENT ME!
1193    *
1194    * @param e
1195    *          DOCUMENT ME!
1196    */
1197   protected void zappoColour_actionPerformed()
1198   {
1199     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1200     refresh();
1201   }
1202
1203   /**
1204    * DOCUMENT ME!
1205    *
1206    * @param e
1207    *          DOCUMENT ME!
1208    */
1209   protected void taylorColour_actionPerformed()
1210   {
1211     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1212     refresh();
1213   }
1214
1215   /**
1216    * DOCUMENT ME!
1217    *
1218    * @param e
1219    *          DOCUMENT ME!
1220    */
1221   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1222   {
1223     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1224     refresh();
1225   }
1226
1227   /**
1228    * DOCUMENT ME!
1229    *
1230    * @param e
1231    *          DOCUMENT ME!
1232    */
1233   protected void helixColour_actionPerformed()
1234   {
1235     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1236     refresh();
1237   }
1238
1239   /**
1240    * DOCUMENT ME!
1241    *
1242    * @param e
1243    *          DOCUMENT ME!
1244    */
1245   protected void strandColour_actionPerformed()
1246   {
1247     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1248     refresh();
1249   }
1250
1251   /**
1252    * DOCUMENT ME!
1253    *
1254    * @param e
1255    *          DOCUMENT ME!
1256    */
1257   protected void turnColour_actionPerformed()
1258   {
1259     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1260     refresh();
1261   }
1262
1263   /**
1264    * DOCUMENT ME!
1265    *
1266    * @param e
1267    *          DOCUMENT ME!
1268    */
1269   protected void buriedColour_actionPerformed()
1270   {
1271     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1272     refresh();
1273   }
1274
1275   /**
1276    * DOCUMENT ME!
1277    *
1278    * @param e
1279    *          DOCUMENT ME!
1280    */
1281   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1282   {
1283     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1284     refresh();
1285   }
1286
1287   /**
1288    * DOCUMENT ME!
1289    *
1290    * @param e
1291    *          DOCUMENT ME!
1292    */
1293   protected void abovePIDColour_actionPerformed()
1294   {
1295     SequenceGroup sg = getGroup();
1296     if (sg.cs == null)
1297     {
1298       return;
1299     }
1300
1301     if (abovePIDColour.isSelected())
1302     {
1303       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1304               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1305               sg.getEndRes() + 1));
1306
1307       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1308               .getName());
1309
1310       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1311
1312       SliderPanel.showPIDSlider();
1313     }
1314     else
1315     // remove PIDColouring
1316     {
1317       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1318     }
1319
1320     refresh();
1321   }
1322
1323   /**
1324    * DOCUMENT ME!
1325    *
1326    * @param e
1327    *          DOCUMENT ME!
1328    */
1329   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)
1330   {
1331     SequenceGroup sg = getGroup();
1332
1333     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
1334     {
1335       new UserDefinedColours(ap, sg);
1336     }
1337     else
1338     {
1339       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours
1340               .getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
1341
1342       sg.cs = udc;
1343     }
1344     refresh();
1345   }
1346
1347   /**
1348    * DOCUMENT ME!
1349    *
1350    * @param e
1351    *          DOCUMENT ME!
1352    */
1353   protected void PIDColour_actionPerformed()
1354   {
1355     SequenceGroup sg = getGroup();
1356     sg.cs = new PIDColourScheme();
1357     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1358             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1359             sg.getEndRes() + 1));
1360     refresh();
1361   }
1362
1363   /**
1364    * DOCUMENT ME!
1365    *
1366    * @param e
1367    *          DOCUMENT ME!
1368    */
1369   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1370   {
1371     SequenceGroup sg = getGroup();
1372
1373     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1374
1375     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1376             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1377             sg.getEndRes() + 1));
1378
1379     refresh();
1380   }
1381
1382   /**
1383    * DOCUMENT ME!
1384    *
1385    * @param e
1386    *          DOCUMENT ME!
1387    */
1388   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1389   {
1390     getGroup().cs = null;
1391     refresh();
1392   }
1393
1394   /**
1395    * DOCUMENT ME!
1396    *
1397    * @param e
1398    *          DOCUMENT ME!
1399    */
1400   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()
1401   {
1402     SequenceGroup sg = getGroup();
1403     if (sg.cs == null)
1404     {
1405       return;
1406     }
1407
1408     if (conservationMenuItem.isSelected())
1409     {
1410       Conservation c = new Conservation("Group",
1411               ResidueProperties.propHash, 3,
1412               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1413               sg.getEndRes() + 1);
1414
1415       c.calculate();
1416       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
1417
1418       sg.cs.setConservation(c);
1419
1420       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1421       SliderPanel.showConservationSlider();
1422     }
1423     else
1424     // remove ConservationColouring
1425     {
1426       sg.cs.setConservation(null);
1427     }
1428
1429     refresh();
1430   }
1431
1432   public void annotationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1433   {
1434     SequenceGroup sg = getGroup();
1435     if (sg == null)
1436     {
1437       return;
1438     }
1439
1440     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(
1441             sequence.getAnnotation()[0], null,
1442             AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
1443
1444     acg.predefinedColours = true;
1445     sg.cs = acg;
1446
1447     refresh();
1448   }
1449
1450   /**
1451    * DOCUMENT ME!
1452    *
1453    * @param e
1454    *          DOCUMENT ME!
1455    */
1456   protected void groupName_actionPerformed()
1457   {
1458
1459     SequenceGroup sg = getGroup();
1460     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1461             sg.getDescription(), "       Group Name ",
1462             "Group Description ", "Edit Group Name/Description",
1463             ap.alignFrame);
1464
1465     if (!dialog.accept)
1466     {
1467       return;
1468     }
1469
1470     sg.setName(dialog.getName());
1471     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1472     refresh();
1473   }
1474
1475   /**
1476    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1477    *
1478    * @return sequence group to operate on
1479    */
1480   SequenceGroup getGroup()
1481   {
1482     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1483     // this method won't add a new group if it already exists
1484     if (sg != null)
1485     {
1486       ap.av.alignment.addGroup(sg);
1487     }
1488
1489     return sg;
1490   }
1491
1492   /**
1493    * DOCUMENT ME!
1494    *
1495    * @param e
1496    *          DOCUMENT ME!
1497    */
1498   void sequenceName_actionPerformed()
1499   {
1500     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1501             sequence.getDescription(), "       Sequence Name ",
1502             "Sequence Description ", "Edit Sequence Name/Description",
1503             ap.alignFrame);
1504
1505     if (!dialog.accept)
1506     {
1507       return;
1508     }
1509
1510     if (dialog.getName() != null)
1511     {
1512       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1513       {
1514         JOptionPane.showMessageDialog(ap,
1515                 "Spaces have been converted to \"_\"",
1516                 "No spaces allowed in Sequence Name",
1517                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1518       }
1519
1520       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1521       ap.paintAlignment(false);
1522     }
1523
1524     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1525
1526     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1527             .getSequences());
1528
1529   }
1530
1531   /**
1532    * DOCUMENT ME!
1533    *
1534    * @param e
1535    *          DOCUMENT ME!
1536    */
1537   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1538   {
1539     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1540     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1541     ap.av.setSelectionGroup(null);
1542     refresh();
1543   }
1544
1545   /**
1546    * DOCUMENT ME!
1547    *
1548    * @param e
1549    *          DOCUMENT ME!
1550    */
1551   protected void outline_actionPerformed()
1552   {
1553     SequenceGroup sg = getGroup();
1554     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",
1555             Color.BLUE);
1556
1557     if (col != null)
1558     {
1559       sg.setOutlineColour(col);
1560     }
1561
1562     refresh();
1563   }
1564
1565   /**
1566    * DOCUMENT ME!
1567    *
1568    * @param e
1569    *          DOCUMENT ME!
1570    */
1571   public void showBoxes_actionPerformed()
1572   {
1573     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1574     refresh();
1575   }
1576
1577   /**
1578    * DOCUMENT ME!
1579    *
1580    * @param e
1581    *          DOCUMENT ME!
1582    */
1583   public void showText_actionPerformed()
1584   {
1585     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1586     refresh();
1587   }
1588
1589   /**
1590    * DOCUMENT ME!
1591    *
1592    * @param e
1593    *          DOCUMENT ME!
1594    */
1595   public void showColourText_actionPerformed()
1596   {
1597     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1598     refresh();
1599   }
1600
1601   public void showLink(String url)
1602   {
1603     try
1604     {
1605       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1606     } catch (Exception ex)
1607     {
1608       JOptionPane
1609               .showInternalMessageDialog(
1610                       Desktop.desktop,
1611                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
1612                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
1613                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1614
1615       ex.printStackTrace();
1616     }
1617   }
1618
1619   void hideSequences(boolean representGroup)
1620   {
1621     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1622     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1623     {
1624       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1625       { sequence });
1626       return;
1627     }
1628
1629     ap.av.setSelectionGroup(null);
1630
1631     if (representGroup)
1632     {
1633       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);
1634
1635       return;
1636     }
1637
1638     int gsize = sg.getSize();
1639     SequenceI[] hseqs;
1640
1641     hseqs = new SequenceI[gsize];
1642
1643     int index = 0;
1644     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1645     {
1646       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1647     }
1648
1649     ap.av.hideSequence(hseqs);
1650     // refresh(); TODO: ? needed ?
1651     ap.av.sendSelection();
1652   }
1653
1654   public void copy_actionPerformed()
1655   {
1656     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1657   }
1658
1659   public void cut_actionPerformed()
1660   {
1661     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1662   }
1663
1664   void changeCase(ActionEvent e)
1665   {
1666     Object source = e.getSource();
1667     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1668
1669     if (sg != null)
1670     {
1671       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
1672               sg.getEndRes() + 1);
1673
1674       String description;
1675       int caseChange;
1676
1677       if (source == toggle)
1678       {
1679         description = "Toggle Case";
1680         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1681       }
1682       else if (source == upperCase)
1683       {
1684         description = "To Upper Case";
1685         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1686       }
1687       else
1688       {
1689         description = "To Lower Case";
1690         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1691       }
1692
1693       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1694               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
1695               caseChange);
1696
1697       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1698
1699       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1700               .getSequences());
1701
1702     }
1703   }
1704
1705   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1706   {
1707     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1708     cap.setForInput(null);
1709     Desktop.addInternalFrame(cap,
1710             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
1711
1712     String[] omitHidden = null;
1713
1714     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1715     // or we simply trust the user wants
1716     // wysiwig behaviour
1717     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1718     ColumnSelection csel = new ColumnSelection(ap.av.getColumnSelection());
1719     omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);
1720     Alignment oal = new Alignment(ap.av.getSequenceSelection());
1721     AlignmentAnnotation[] nala = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
1722     if (nala != null)
1723     {
1724       for (int i = 0; i < nala.length; i++)
1725       {
1726         AlignmentAnnotation na = nala[i];
1727         oal.addAnnotation(na);
1728       }
1729     }
1730     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),
1731             oal, omitHidden, csel, sg));
1732     oal = null;
1733   }
1734
1735   public void pdbFromFile_actionPerformed()
1736   {
1737     jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
1738             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1739     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
1740     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file for "+sequence.getDisplayId(false));
1741     chooser.setToolTipText("Load a PDB file and associate it with sequence '"+sequence.getDisplayId(false)+"'");
1742
1743     int value = chooser.showOpenDialog(null);
1744
1745     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1746     {
1747       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1748       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);
1749       new AssociatePdbFileWithSeq().associatePdbWithSeq(choice, jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, sequence, true);
1750     }
1751
1752   }
1753
1754   public void enterPDB_actionPerformed()
1755   {
1756     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
1757             "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
1758
1759     if (id != null && id.length() > 0)
1760     {
1761       PDBEntry entry = new PDBEntry();
1762       entry.setId(id.toUpperCase());
1763       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
1764     }
1765   }
1766
1767   public void discoverPDB_actionPerformed()
1768   {
1769
1770     final SequenceI[] sequences = ((ap.av.selectionGroup == null) ? new Sequence[]
1771     { sequence }
1772             : ap.av.selectionGroup.getSequencesInOrder(ap.av.alignment));
1773     Thread discpdb = new Thread(new Runnable()
1774     {
1775       public void run()
1776       {
1777
1778         new jalview.ws.DBRefFetcher(sequences, ap.alignFrame)
1779                 .fetchDBRefs(false);
1780       }
1781
1782     });
1783     discpdb.start();
1784   }
1785
1786   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1787   {
1788     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1789     if (sg == null)
1790     {
1791       return;
1792     }
1793
1794     int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
1795     SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
1796     SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
1797
1798     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1799     {
1800       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1801       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1802       if (start <= end)
1803       {
1804         seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
1805         features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
1806                 "Jalview");
1807         rsize++;
1808       }
1809     }
1810     rseqs = new SequenceI[rsize];
1811     tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
1812     System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
1813     System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
1814     features = tfeatures;
1815     seqs = rseqs;
1816     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
1817             features, true, ap))
1818     {
1819       ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1820       ap.highlightSearchResults(null);
1821     }
1822   }
1823
1824   public void textColour_actionPerformed()
1825   {
1826     SequenceGroup sg = getGroup();
1827     if (sg != null)
1828     {
1829       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1830     }
1831   }
1832
1833   public void colourByStructure(String pdbid)
1834   {
1835     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager().colourSequenceFromStructure(
1836                     sequence, pdbid);
1837
1838     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1839             "Coloured by " + pdbid, anots);
1840
1841     ap.av.alignment.addAnnotation(an);
1842     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1843     // an.adjustForAlignment();
1844     ap.av.alignment.setAnnotationIndex(an, 0);
1845
1846     ap.adjustAnnotationHeight();
1847
1848     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1849
1850   }
1851
1852   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1853   {
1854     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1855
1856     if (sg != null)
1857     {
1858       if (sequence == null)
1859         sequence = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
1860
1861       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
1862               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1863                       sg.getEndRes() + 1), null, "Edit Sequence ", null,
1864               "Edit Sequence", ap.alignFrame);
1865
1866       if (dialog.accept)
1867       {
1868         EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
1869                 EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
1870                         ap.av.getGapCharacter()),
1871                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
1872                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
1873
1874         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
1875
1876         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1877                 .getSequences());
1878       }
1879     }
1880   }
1881
1882 }