src/jalview/gui/PymolBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.HashMap;
  25 import java.util.List;
  26 import java.util.Map;
  27
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.bin.Console;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.ext.pymol.PymolCommands;
  33 import jalview.ext.pymol.PymolManager;
  34 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  35 import jalview.structure.AtomSpec;
  36 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  37 import jalview.structure.StructureCommand;
  38 import jalview.structure.StructureCommandI;
  39 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  40 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  41
  42 public class PymolBindingModel extends AAStructureBindingModel
  43 {
  44   /*
  45    * format for labels shown on structures when mousing over sequence;
  46    * see https://pymolwiki.org/index.php/Label#examples
  47    * left not final so customisable e.g. with a Groovy script
  48    */
  49   private static String LABEL_FORMAT = "\"%s %s\" % (resn,resi)";
  50
  51   private PymolManager pymolManager;
  52
  53   /*
  54    * full paths to structure files opened in PyMOL
  55    */
  56   List<String> structureFiles = new ArrayList<>();
  57
  58   /*
  59    * lookup from file path to PyMOL object name
  60    */
  61   Map<String, String> pymolObjects = new HashMap<>();
  62
  63   private String lastLabelSpec;
  64
  65   /**
  66    * Constructor
  67    *
  68    * @param viewer
  69    * @param ssm
  70    * @param pdbentry
  71    * @param sequenceIs
  72    */
  73   public PymolBindingModel(StructureViewerBase viewer,
  74           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  75           SequenceI[][] sequenceIs)
  76   {
  77     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, null);
  78     pymolManager = new PymolManager();
  79     setStructureCommands(new PymolCommands());
  80     setViewer(viewer);
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public String[] getStructureFiles()
  85   {
  86     return structureFiles.toArray(new String[structureFiles.size()]);
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
  91   {
  92     /*
  93      * https://pymolwiki.org/index.php/indicate#examples
  94      */
  95     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  96     for (AtomSpec atom : atoms)
  97     {
  98       // todo promote to StructureCommandsI.showLabel()
  99       String modelId = getModelIdForFile(atom.getPdbFile());
 100       sb.append(String.format(" %s//%s/%d/*", modelId, atom.getChain(),
 101               atom.getPdbResNum()));
 102     }
 103     String labelSpec = sb.toString();
 104     if (labelSpec.equals(lastLabelSpec))
 105     {
 106       return;
 107     }
 108     StructureCommandI command = new StructureCommand("indicate", labelSpec);
 109     executeCommand(command, false);
 110
 111     lastLabelSpec = labelSpec;
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel avp)
 116   {
 117     return new SequenceRenderer(avp.getAlignViewport());
 118   }
 119
 120   @Override
 121   protected List<String> executeCommand(StructureCommandI command,
 122           boolean getReply)
 123   {
 124     // jalview.bin.Console.outPrintln(command.toString()); // debug
 125     return pymolManager.sendCommand(command, getReply);
 126   }
 127
 128   @Override
 129   protected String getModelIdForFile(String file)
 130   {
 131     return pymolObjects.containsKey(file) ? pymolObjects.get(file) : "";
 132   }
 133
 134   @Override
 135   protected ViewerType getViewerType()
 136   {
 137     return ViewerType.PYMOL;
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public boolean isViewerRunning()
 142   {
 143     return pymolManager != null && pymolManager.isPymolLaunched();
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void closeViewer(boolean closePymol)
 148   {
 149     super.closeViewer(closePymol);
 150     pymolManager = null;
 151   }
 152
 153   public boolean launchPymol()
 154   {
 155     if (pymolManager.isPymolLaunched())
 156     {
 157       return true;
 158     }
 159
 160     Process pymol = pymolManager.launchPymol();
 161     if (pymol != null)
 162     {
 163       // start listening for PyMOL selections - how??
 164       startExternalViewerMonitor(pymol);
 165     }
 166     else
 167     {
 168       Console.error("Failed to launch PyMOL!");
 169     }
 170     return pymol != null;
 171   }
 172
 173   public void openFile(PDBEntry pe)
 174   {
 175     // todo : check not already open, remap / rename, etc
 176     String file = pe.getFile();
 177     StructureCommandI cmd = getCommandGenerator().loadFile(file);
 178
 179     /*
 180      * a second parameter sets the pdbid as the loaded PyMOL object name
 181      */
 182     String pdbId = pe.getId();
 183     try
 184     {
 185       String safePDBId = java.net.URLEncoder.encode(pdbId, "UTF-8");
 186       pdbId = safePDBId.replace('%', '_');
 187       pdbId = pdbId.replace("-", "__");
 188       char fc = pdbId.charAt(0);
 189       // put an 's' before any numerics
 190       if (fc >= '0' && fc <= '9')
 191       {
 192         pdbId = 's' + pdbId;
 193       }
 194       // pdbId.replace('-', 0)
 195     } catch (Exception x)
 196     {
 197       Console.error("Unxpected encoding exception for '" + pdbId + "'", x);
 198     }
 199     cmd.addParameter(pdbId);
 200
 201     executeCommand(cmd, false);
 202
 203     pymolObjects.put(file, pdbId);
 204     if (!structureFiles.contains(file))
 205     {
 206       structureFiles.add(file);
 207     }
 208     if (getSsm() != null)
 209     {
 210       getSsm().addStructureViewerListener(this);
 211     }
 212
 213   }
 214
 215   @Override
 216   protected String getModelId(int pdbfnum, String file)
 217   {
 218     return file;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.pse)
 223    *
 224    * @return
 225    * @see https://pymolwiki.org/index.php/Save
 226    */
 227   @Override
 228   public String getSessionFileExtension()
 229   {
 230     return ".pse";
 231   }
 232
 233   @Override
 234   public String getHelpURL()
 235   {
 236     return "https://pymolwiki.org/";
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Constructs and sends commands to set atom properties for visible Jalview
 241    * features on residues mapped to structure
 242    *
 243    * @param avp
 244    * @return
 245    */
 246   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 247   {
 248     // todo pull up this and JalviewChimeraBinding variant
 249     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 250             avp);
 251     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 252             .setAttributes(featureValues);
 253     executeCommands(commands, false, null);
 254     return commands.size();
 255   }
 256
 257 }