src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.event.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel\r
  39 {\r
  40     AlignFrame af;\r
  41     AlignmentPanel ap;\r
  42     Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Creates a new RedundancyPanel object.\r
  46      *\r
  47      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  48      * @param af DOCUMENT ME!\r
  49      */\r
  50     public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  51     {\r
  52         this.ap = ap;\r
  53         this.af = af;\r
  54         label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  55 \r
  56         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  57             {\r
  58                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  59                 {\r
  60                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  61                 }\r
  62             });\r
  63 \r
  64         slider.setMinimum(0);\r
  65         slider.setMaximum(100);\r
  66         slider.setValue(100);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @param e DOCUMENT ME!\r
  73      */\r
  74     public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  75     {\r
  76         float threshold = slider.getValue();\r
  77         Vector del;\r
  78         HistoryItem it;\r
  79         historyList.push(it = new HistoryItem("Remove redundancy",\r
  80                     ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  81 \r
  82         if ((historyList.size() == 1) ||\r
  83                 !af.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
  84         {\r
  85             af.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
  86             af.updateEditMenuBar();\r
  87         }\r
  88 \r
  89         undoButton.setEnabled(true);\r
  90 \r
  91         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  92 \r
  93         if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
  94         {\r
  95             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  96 \r
  97             for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  98             {\r
  99                 if (sg.sequences.contains((SequenceI) del.elementAt(i)))\r
 100                 {\r
 101                     sg.deleteSequence((SequenceI) del.elementAt(i), true);\r
 102                 }\r
 103             }\r
 104         }\r
 105         else\r
 106         {\r
 107             Vector s = new Vector();\r
 108             int i = 0;\r
 109 \r
 110             while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
 111             {\r
 112                 s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 113                 i++;\r
 114             }\r
 115 \r
 116             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
 117         }\r
 118 \r
 119         // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 120         // actually restore these sequences.\r
 121         if (del.size() > 0)\r
 122         {\r
 123             for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 124             {\r
 125                 SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 126                 sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 127             }\r
 128         }\r
 129 \r
 130         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 131             ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 132         ap.av.resetSeqLimits(ap.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
 133 \r
 134         if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 135         {\r
 136             try\r
 137             {\r
 138                 af.setClosed(true);\r
 139             }\r
 140             catch (Exception ex)\r
 141             {\r
 142             }\r
 143         }\r
 144 \r
 145         ap.av.updateConservation();\r
 146         ap.av.updateConsensus();\r
 147         af.updateEditMenuBar();\r
 148         ap.repaint();\r
 149     }\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * DOCUMENT ME!\r
 153      *\r
 154      * @param e DOCUMENT ME!\r
 155      */\r
 156     public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 157     {\r
 158         HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 159         af.restoreHistoryItem(hi);\r
 160 \r
 161         if (historyList.size() == 0)\r
 162         {\r
 163             undoButton.setEnabled(false);\r
 164 \r
 165             if (af.historyList.contains(hi))\r
 166             {\r
 167                 af.historyList.remove(hi);\r
 168                 af.updateEditMenuBar();\r
 169             }\r
 170         }\r
 171     }\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * DOCUMENT ME!\r
 175      *\r
 176      * @param e DOCUMENT ME!\r
 177      */\r
 178     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 179     {\r
 180         try\r
 181         {\r
 182             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 183             slider.setValue(i);\r
 184         }\r
 185         catch (Exception ex)\r
 186         {\r
 187             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 188         }\r
 189     }\r
 190 }\r