src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 \r
   9 public class RedundancyPanel\r
  10     extends GSliderPanel\r
  11 {\r
  12   AlignFrame af;\r
  13   AlignmentPanel ap;\r
  14   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  15 \r
  16   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  17   {\r
  18     this.ap = ap;\r
  19     this.af = af;\r
  20     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  21 \r
  22     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  23     {\r
  24       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  25       {\r
  26         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  27       }\r
  28     });\r
  29 \r
  30     slider.setMinimum(0);\r
  31     slider.setMaximum(100);\r
  32     slider.setValue(100);\r
  33 \r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  37   {\r
  38     float threshold = slider.getValue();\r
  39     Vector del;\r
  40     HistoryItem it;\r
  41     historyList.push(it=new HistoryItem("Remove redundancy",\r
  42                                       ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  43     if (historyList.size()==1\r
  44         || !af.historyList.contains(historyList.firstElement())) {\r
  45       af.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
  46       af.updateEditMenuBar();\r
  47     }\r
  48     undoButton.setEnabled(true);\r
  49     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  50     if (sg != null && sg.getSize() >= 1)\r
  51     {\r
  52 \r
  53       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  54       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  55       {\r
  56         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  57         {\r
  58           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  59         }\r
  60       }\r
  61 \r
  62     }\r
  63     else\r
  64     {\r
  65       Vector s = new Vector();\r
  66       int i = 0;\r
  67       while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  68       {\r
  69         s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
  70         i++;\r
  71       }\r
  72       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
  73     }\r
  74 \r
  75     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
  76     // actually restore these sequences.\r
  77 \r
  78     if (del.size()>0)\r
  79       for (int i=0,j=del.size(); i<j; i++) {\r
  80         SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
  81         sq.deleteChars(0,sq.getLength());\r
  82       }\r
  83 \r
  84     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  85                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
  86     ap.av.resetSeqLimits(ap.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
  87     if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
  88     {\r
  89       try\r
  90       {\r
  91         af.setClosed(true);\r
  92       }\r
  93       catch (Exception ex)\r
  94       {}\r
  95     }\r
  96     ap.av.updateConservation();\r
  97     ap.av.updateConsensus();\r
  98     af.updateEditMenuBar();\r
  99     ap.repaint();\r
 100 \r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 104   {\r
 105     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 106     af.restoreHistoryItem(hi);\r
 107     if (historyList.size() == 0)\r
 108     {\r
 109       undoButton.setEnabled(false);\r
 110       if (af.historyList.contains(hi))\r
 111       {\r
 112         af.historyList.remove(hi);\r
 113         af.updateEditMenuBar();\r
 114       }\r
 115     }\r
 116   }\r
 117   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 118   {\r
 119     try\r
 120     {\r
 121       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 122       slider.setValue(i);\r
 123     }\r
 124     catch (Exception ex)\r
 125     {\r
 126       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 }\r