src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.commands.CommandI;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.jbgui.GSliderPanel;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Stack;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JProgressBar;
  40 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  41 import javax.swing.event.ChangeListener;
  42 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  43 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  44
  45 /**
  46  * DOCUMENT ME!
  47  *
  48  * @author $author$
  49  * @version $Revision$
  50  */
  51 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable
  52 {
  53   AlignFrame af;
  54
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   Stack<CommandI> historyList = new Stack<>();
  58
  59   // simpler than synching with alignFrame.
  60
  61   float[] redundancy;
  62
  63   SequenceI[] originalSequences;
  64
  65   JInternalFrame frame;
  66
  67   Vector redundantSeqs;
  68
  69   /**
  70    * Creates a new RedundancyPanel object.
  71    *
  72    * @param ap
  73    *          DOCUMENT ME!
  74    * @param af
  75    *          DOCUMENT ME!
  76    */
  77   public RedundancyPanel(final AlignmentPanel ap, AlignFrame af)
  78   {
  79     this.ap = ap;
  80     this.af = af;
  81     redundantSeqs = new Vector();
  82
  83     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  84     {
  85       @Override
  86       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  87       {
  88         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  89         sliderValueChanged();
  90       }
  91     });
  92
  93     applyButton.setText(MessageManager.getString("action.remove"));
  94     allGroupsCheck.setVisible(false);
  95     slider.setMinimum(0);
  96     slider.setMaximum(100);
  97     slider.setValue(100);
  98
  99     Thread worker = new Thread(this);
 100     worker.start();
 101
 102     frame = new JInternalFrame();
 103     frame.setContentPane(this);
 104     Desktop.addInternalFrame(frame,
 105             MessageManager
 106                     .getString("label.redundancy_threshold_selection"),
 107             400, 100, false);
 108     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 109     {
 110       @Override
 111       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)
 112       {
 113         ap.av.setHighlightedSeqs(null);
 114         ap.getIdPanel().getIdCanvas().repaint();
 115       }
 116     });
 117
 118   }
 119
 120   /**
 121    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
 122    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
 123    * slider to dynamically hide redundant sequences
 124    *
 125    * @param threshold
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    * @param sel
 128    *          DOCUMENT ME!
 129    *
 130    * @return DOCUMENT ME!
 131    */
 132   @Override
 133   public void run()
 134   {
 135     JProgressBar progress = new JProgressBar();
 136     progress.setIndeterminate(true);
 137     southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 138
 139     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 140
 141     slider.setVisible(false);
 142     applyButton.setEnabled(false);
 143     valueField.setVisible(false);
 144
 145     validate();
 146
 147     String[] omitHidden = null;
 148
 149     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 150     int height;
 151
 152     int start, end;
 153
 154     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 155     {
 156       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 157       start = sg.getStartRes();
 158       end = sg.getEndRes();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 163       start = 0;
 164       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 165     }
 166
 167     height = originalSequences.length;
 168     if (ap.av.hasHiddenColumns())
 169     {
 170       omitHidden = ap.av.getViewAsString(sg != null);
 171     }
 172     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 173             omitHidden, start, end, false);
 174
 175     progress.setIndeterminate(false);
 176     progress.setVisible(false);
 177     progress = null;
 178
 179     label.setText(
 180             MessageManager.getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 181     slider.setVisible(true);
 182     applyButton.setEnabled(true);
 183     valueField.setVisible(true);
 184
 185     validate();
 186     sliderValueChanged();
 187     // System.out.println((System.currentTimeMillis()-start));
 188   }
 189
 190   void sliderValueChanged()
 191   {
 192     if (redundancy == null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     float value = slider.getValue();
 198     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<>();
 199     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 200     {
 201       if (value <= redundancy[i])
 202       {
 203         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 204       }
 205     }
 206     ap.av.setHighlightedSeqs(redundantSequences);
 207     ap.getIdPanel().getIdCanvas().repaint();
 208   }
 209
 210   /**
 211    * DOCUMENT ME!
 212    *
 213    * @param e
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    */
 216   @Override
 217   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 218   {
 219     Vector del = new Vector();
 220
 221     undoButton.setEnabled(true);
 222
 223     float value = slider.getValue();
 224     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 225
 226     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 227     {
 228       if (value <= redundancy[i])
 229       {
 230         del.addElement(originalSequences[i]);
 231       }
 232     }
 233
 234     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 235     // will
 236     // actually restore these sequences.
 237     if (del.size() > 0)
 238     {
 239       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 240
 241       int width = 0;
 242       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 243       {
 244         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 245         if (deleted[i].getLength() > width)
 246         {
 247           width = deleted[i].getLength();
 248         }
 249       }
 250
 251       EditCommand cut = new EditCommand(
 252               MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),
 253               Action.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 254
 255       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 256       {
 257         ap.av.getAlignment().deleteSequence(deleted[i]);
 258         if (sg != null)
 259         {
 260           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 261         }
 262       }
 263
 264       historyList.push(cut);
 265
 266       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 267
 268       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 269       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 270               ap.av.getAlignment().getSequences());
 271     }
 272
 273   }
 274
 275   /**
 276    * DOCUMENT ME!
 277    *
 278    * @param e
 279    *          DOCUMENT ME!
 280    */
 281   @Override
 282   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 283   {
 284     if (historyList == null || historyList.isEmpty())
 285     {
 286       undoButton.setEnabled(false);
 287       return;
 288     }
 289
 290     CommandI command = historyList.pop();
 291     if (ap.av.getHistoryList().contains(command))
 292     {
 293       command.undoCommand(af.getViewAlignments());
 294       ap.av.getHistoryList().remove(command);
 295       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 296               ap.av.getAlignment().getSequences());
 297       af.updateEditMenuBar();
 298     }
 299
 300     ap.paintAlignment(true, true);
 301
 302     if (historyList.size() == 0)
 303     {
 304       undoButton.setEnabled(false);
 305     }
 306   }
 307
 308 }