src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.jbgui.*;
  30 import jalview.util.*;
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable
  39 {
  40   AlignFrame af;
  41
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  45
  46   float[] redundancy;
  47
  48   SequenceI[] originalSequences;
  49
  50   JInternalFrame frame;
  51
  52   Vector redundantSeqs;
  53
  54   /**
  55    * Creates a new RedundancyPanel object.
  56    *
  57    * @param ap
  58    *                DOCUMENT ME!
  59    * @param af
  60    *                DOCUMENT ME!
  61    */
  62   public RedundancyPanel(final AlignmentPanel ap, AlignFrame af)
  63   {
  64     this.ap = ap;
  65     this.af = af;
  66     redundantSeqs = new Vector();
  67
  68     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  69     {
  70       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  71       {
  72         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  73         sliderValueChanged();
  74       }
  75     });
  76
  77     applyButton.setText("Remove");
  78     allGroupsCheck.setVisible(false);
  79     slider.setMinimum(0);
  80     slider.setMaximum(100);
  81     slider.setValue(100);
  82
  83     Thread worker = new Thread(this);
  84     worker.start();
  85
  86     frame = new JInternalFrame();
  87     frame.setContentPane(this);
  88     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,
  89             100, false);
  90     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  91     {
  92       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)
  93       {
  94         ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
  95       }
  96     });
  97
  98   }
  99
 100   /**
 101    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
 102    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
 103    * slider to dynamically hide redundant sequences
 104    *
 105    * @param threshold
 106    *                DOCUMENT ME!
 107    * @param sel
 108    *                DOCUMENT ME!
 109    *
 110    * @return DOCUMENT ME!
 111    */
 112   public void run()
 113   {
 114     JProgressBar progress = new JProgressBar();
 115     progress.setIndeterminate(true);
 116     southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 117
 118     label.setText("Calculating....");
 119
 120     slider.setVisible(false);
 121     applyButton.setEnabled(false);
 122     valueField.setVisible(false);
 123
 124     validate();
 125
 126     String[] omitHidden = null;
 127
 128     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 129     int height;
 130
 131     int start, end;
 132
 133     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 134     {
 135       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
 136       start = sg.getStartRes();
 137       end = sg.getEndRes();
 138     }
 139     else
 140     {
 141       originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();
 142       start = 0;
 143       end = ap.av.alignment.getWidth();
 144     }
 145
 146     height = originalSequences.length;
 147
 148     redundancy = new float[height];
 149     for (int i = 0; i < height; i++)
 150     {
 151       redundancy[i] = 0f;
 152     }
 153
 154     if (ap.av.hasHiddenColumns)
 155     {
 156       omitHidden = ap.av.getViewAsString(sg != null);
 157     }
 158
 159     // long start = System.currentTimeMillis();
 160
 161     float pid;
 162     String seqi, seqj;
 163     for (int i = 0; i < height; i++)
 164     {
 165
 166       for (int j = 0; j < i; j++)
 167       {
 168         if (i == j)
 169         {
 170           continue;
 171         }
 172
 173         if (omitHidden == null)
 174         {
 175           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);
 176           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);
 177         }
 178         else
 179         {
 180           seqi = omitHidden[i];
 181           seqj = omitHidden[j];
 182         }
 183
 184         pid = Comparison.PID(seqi, seqj);
 185
 186         if (seqj.length() < seqi.length())
 187         {
 188           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 189         }
 190         else
 191         {
 192           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 193         }
 194
 195       }
 196     }
 197
 198     progress.setIndeterminate(false);
 199     progress.setVisible(false);
 200     progress = null;
 201
 202     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 203     slider.setVisible(true);
 204     applyButton.setEnabled(true);
 205     valueField.setVisible(true);
 206
 207     validate();
 208     // System.out.println((System.currentTimeMillis()-start));
 209   }
 210
 211   void sliderValueChanged()
 212   {
 213     if (redundancy == null)
 214     {
 215       return;
 216     }
 217
 218     float value = slider.getValue();
 219
 220     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 221     {
 222       if (value > redundancy[i])
 223       {
 224         redundantSeqs.remove(originalSequences[i]);
 225       }
 226       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 227       {
 228         redundantSeqs.add(originalSequences[i]);
 229       }
 230
 231     }
 232
 233     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 234   }
 235
 236   /**
 237    * DOCUMENT ME!
 238    *
 239    * @param e
 240    *                DOCUMENT ME!
 241    */
 242   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 243   {
 244     Vector del = new Vector();
 245
 246     undoButton.setEnabled(true);
 247
 248     float value = slider.getValue();
 249     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 250
 251     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 252     {
 253       if (value <= redundancy[i])
 254       {
 255         del.addElement(originalSequences[i]);
 256       }
 257     }
 258
 259     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 260     // will
 261     // actually restore these sequences.
 262     if (del.size() > 0)
 263     {
 264       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 265
 266       int width = 0;
 267       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 268       {
 269         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 270         if (deleted[i].getLength() > width)
 271         {
 272           width = deleted[i].getLength();
 273         }
 274       }
 275
 276       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 277               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.alignment);
 278
 279       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 280       {
 281         ap.av.alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 282         PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 283         if (sg != null)
 284         {
 285           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 286         }
 287       }
 288
 289       historyList.push(cut);
 290
 291       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 292
 293       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 294               .getSequences());
 295     }
 296
 297   }
 298
 299   /**
 300    * DOCUMENT ME!
 301    *
 302    * @param e
 303    *                DOCUMENT ME!
 304    */
 305   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 306   {
 307     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 308     command.undoCommand(af.getViewAlignments());
 309
 310     if (ap.av.historyList.contains(command))
 311     {
 312       ap.av.historyList.remove(command);
 313       af.updateEditMenuBar();
 314     }
 315
 316     ap.paintAlignment(true);
 317
 318     if (historyList.size() == 0)
 319     {
 320       undoButton.setEnabled(false);
 321     }
 322   }
 323
 324   /**
 325    * DOCUMENT ME!
 326    *
 327    * @param e
 328    *                DOCUMENT ME!
 329    */
 330   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 331   {
 332     try
 333     {
 334       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 335       slider.setValue(i);
 336     } catch (Exception ex)
 337     {
 338       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 339     }
 340   }
 341
 342 }