src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 \r
   9 public class RedundancyPanel\r
  10     extends GSliderPanel\r
  11 {\r
  12   AlignFrame af;\r
  13   AlignmentPanel ap;\r
  14   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  15 \r
  16   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  17   {\r
  18     this.ap = ap;\r
  19     this.af = af;\r
  20     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  21 \r
  22     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  23     {\r
  24       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  25       {\r
  26         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  27       }\r
  28     });\r
  29 \r
  30     slider.setMinimum(0);\r
  31     slider.setMaximum(100);\r
  32     slider.setValue(100);\r
  33 \r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  37   {\r
  38     float threshold = slider.getValue();\r
  39     Vector del;\r
  40     historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy (" + threshold + "%)",\r
  41                                       ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  42 \r
  43     undoButton.setEnabled(true);\r
  44     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  45     if (sg != null && sg.getSize() >= 1)\r
  46     {\r
  47 \r
  48       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  49       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  50       {\r
  51         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  52         {\r
  53           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  54         }\r
  55       }\r
  56 \r
  57     }\r
  58     else\r
  59     {\r
  60       Vector s = new Vector();\r
  61       int i = 0;\r
  62       while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  63       {\r
  64         s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
  65         i++;\r
  66       }\r
  67       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
  71     // actually restore these sequences.\r
  72 \r
  73     if (del.size()>0)\r
  74       for (int i=0,j=del.size(); i<j; i++) {\r
  75         SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
  76         sq.deleteChars(0,sq.getLength());\r
  77       }\r
  78 \r
  79     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  80                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
  81     ap.av.resetSeqLimits(ap.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
  82     if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
  83     {\r
  84       try\r
  85       {\r
  86         af.setClosed(true);\r
  87       }\r
  88       catch (Exception ex)\r
  89       {}\r
  90     }\r
  91     ap.av.updateConservation();\r
  92     ap.av.updateConsensus();\r
  93     af.updateEditMenuBar();\r
  94     ap.repaint();\r
  95 \r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  99   {\r
 100     HistoryItem hi = (HistoryItem)historyList.pop();\r
 101     af.restoreHistoryItem(hi);\r
 102     if (historyList.size()==0)\r
 103       undoButton.setEnabled(false);\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 107   {\r
 108     try\r
 109     {\r
 110       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 111       slider.setValue(i);\r
 112     }\r
 113     catch (Exception ex)\r
 114     {\r
 115       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 }\r