src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbgui.*;\r
  28 \r
  29 public class RedundancyPanel\r
  30     extends GSliderPanel\r
  31 {\r
  32   AlignFrame af;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  35 \r
  36   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  37   {\r
  38     this.ap = ap;\r
  39     this.af = af;\r
  40     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  41 \r
  42     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  43     {\r
  44       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  45       {\r
  46         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  47       }\r
  48     });\r
  49 \r
  50     slider.setMinimum(0);\r
  51     slider.setMaximum(100);\r
  52     slider.setValue(100);\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  56   {\r
  57     float threshold = slider.getValue();\r
  58     Vector del;\r
  59     HistoryItem it;\r
  60     historyList.push(it = new HistoryItem("Remove redundancy",\r
  61                                           ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  62 \r
  63     if ( (historyList.size() == 1) ||\r
  64         !af.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
  65     {\r
  66       af.addHistoryItem( (HistoryItem) historyList.firstElement());\r
  67       af.updateEditMenuBar();\r
  68     }\r
  69 \r
  70     undoButton.setEnabled(true);\r
  71 \r
  72     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  73 \r
  74     if ( (sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
  75     {\r
  76       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  77 \r
  78       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  79       {\r
  80         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  81         {\r
  82           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i), true);\r
  83         }\r
  84       }\r
  85     }\r
  86     else\r
  87     {\r
  88       Vector s = new Vector();\r
  89       int i = 0;\r
  90 \r
  91       while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  92       {\r
  93         s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
  94         i++;\r
  95       }\r
  96 \r
  97       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 101     // actually restore these sequences.\r
 102     if (del.size() > 0)\r
 103     {\r
 104       for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 105       {\r
 106         SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 107         sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 108       }\r
 109     }\r
 110 \r
 111     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 112                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 113     ap.av.resetSeqLimits(ap.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
 114 \r
 115     if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 116     {\r
 117       try\r
 118       {\r
 119         af.setClosed(true);\r
 120       }\r
 121       catch (Exception ex)\r
 122       {\r
 123       }\r
 124     }\r
 125 \r
 126     ap.av.updateConservation();\r
 127     ap.av.updateConsensus();\r
 128     af.updateEditMenuBar();\r
 129     ap.repaint();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 133   {\r
 134     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 135     af.restoreHistoryItem(hi);\r
 136 \r
 137     if (historyList.size() == 0)\r
 138     {\r
 139       undoButton.setEnabled(false);\r
 140 \r
 141       if (af.historyList.contains(hi))\r
 142       {\r
 143         af.historyList.remove(hi);\r
 144         af.updateEditMenuBar();\r
 145       }\r
 146     }\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150   {\r
 151     try\r
 152     {\r
 153       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 154       slider.setValue(i);\r
 155     }\r
 156     catch (Exception ex)\r
 157     {\r
 158       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 }\r