Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / gui / ScalePanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 import java.awt.event.*;\r
25 \r
26 import javax.swing.*;\r
27 \r
28 \r
29 /**\r
30  * DOCUMENT ME!\r
31  *\r
32  * @author $author$\r
33  * @version $Revision$\r
34  */\r
35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
36 {\r
37     protected int offy = 4;\r
38 \r
39     /** DOCUMENT ME!! */\r
40     public int width;\r
41     protected AlignViewport av;\r
42     AlignmentPanel ap;\r
43     boolean stretchingGroup = false;\r
44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
46     boolean mouseDragging = false;\r
47 \r
48     // wants to delete columns\r
49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
50     {\r
51         this.av = av;\r
52         this.ap = ap;\r
53 \r
54         addMouseListener(this);\r
55         addMouseMotionListener(this);\r
56     }\r
57 \r
58     /**\r
59      * DOCUMENT ME!\r
60      *\r
61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
62      */\r
63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
64     {\r
65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
66         final int res;\r
67 \r
68         if(av.hasHiddenColumns)\r
69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
70         else\r
71           res = x;\r
72 \r
73         min = res;\r
74         max = res;\r
75 \r
76         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
77         {\r
78           JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
79           if (reveal != null)\r
80           {\r
81             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
82             item.addActionListener(new ActionListener()\r
83             {\r
84               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
85               {\r
86                 av.showColumn(reveal[0]);\r
87                 reveal = null;\r
88                 ap.repaint();\r
89                 if (ap.overviewPanel != null)\r
90                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
91               }\r
92             });\r
93             pop.add(item);\r
94 \r
95             if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
96             {\r
97               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
98               item.addActionListener(new ActionListener()\r
99               {\r
100                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
101                 {\r
102                   av.showAllHiddenColumns();\r
103                   reveal = null;\r
104                   ap.repaint();\r
105                   if (ap.overviewPanel != null)\r
106                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
107                 }\r
108               });\r
109               pop.add(item);\r
110             }\r
111             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
112           }\r
113           else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
114           {\r
115             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
116             item.addActionListener(new ActionListener()\r
117             {\r
118               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
119               {\r
120                 av.hideColumns(res, res);\r
121                 if(av.getSelectionGroup()!=null\r
122                    && av.getSelectionGroup().getSize(false)==av.alignment.getHeight())\r
123                   av.setSelectionGroup(null);\r
124 \r
125                 ap.repaint();\r
126                 if (ap.overviewPanel != null)\r
127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
128               }\r
129             });\r
130             pop.add(item);\r
131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
132           }\r
133         }\r
134         else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
135         {\r
136           if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
137           {\r
138             av.getColumnSelection().clear();\r
139           }\r
140 \r
141           av.getColumnSelection().addElement(res);\r
142           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
143           for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
144           {\r
145             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
146           }\r
147 \r
148           sg.setStartRes(res);\r
149           sg.setEndRes(res);\r
150           av.setSelectionGroup(sg);\r
151 \r
152           if(evt.isShiftDown())\r
153           {\r
154             int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
155             int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
156             for (int i = min; i<max; i++)\r
157             {\r
158                 av.getColumnSelection().addElement(i);\r
159             }\r
160             sg.setStartRes(min);\r
161             sg.setEndRes(max);\r
162           }\r
163 \r
164 \r
165         }\r
166 \r
167 \r
168         ap.repaint();\r
169     }\r
170 \r
171     /**\r
172      * DOCUMENT ME!\r
173      *\r
174      * @param evt DOCUMENT ME!\r
175      */\r
176     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
177     {\r
178         mouseDragging = false;\r
179 \r
180         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
181 \r
182         if(res> av.alignment.getWidth())\r
183         {\r
184           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
185         }\r
186 \r
187         if(av.hasHiddenColumns)\r
188           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
189 \r
190         if (!stretchingGroup)\r
191         {\r
192             ap.repaint();\r
193 \r
194             return;\r
195         }\r
196 \r
197         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
198 \r
199         if (res > sg.getStartRes())\r
200         {\r
201             sg.setEndRes(res);\r
202         }\r
203         else if (res < sg.getStartRes())\r
204         {\r
205             sg.setStartRes(res);\r
206         }\r
207 \r
208         stretchingGroup = false;\r
209         ap.repaint();\r
210     }\r
211 \r
212     /**\r
213      * DOCUMENT ME!\r
214      *\r
215      * @param evt DOCUMENT ME!\r
216      */\r
217     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
218     {\r
219         mouseDragging = true;\r
220 \r
221         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
222         if(res<0)\r
223           res = 0;\r
224 \r
225         if(av.hasHiddenColumns)\r
226           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
227 \r
228 \r
229         if(res> av.alignment.getWidth())\r
230         {\r
231           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
232         }\r
233 \r
234         if (res < min)\r
235         {\r
236             min = res;\r
237         }\r
238 \r
239         if (res > max)\r
240         {\r
241             max = res;\r
242         }\r
243 \r
244 \r
245 \r
246         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
247 \r
248         if (sg != null)\r
249         {\r
250             stretchingGroup = true;\r
251 \r
252             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
253             {\r
254                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
255             }\r
256 \r
257             if (res > sg.getStartRes())\r
258             {\r
259                 sg.setEndRes(res);\r
260             }\r
261             if (res < sg.getStartRes())\r
262             {\r
263                 sg.setStartRes(res);\r
264             }\r
265 \r
266             for (int i = min; i <= max; i++)\r
267             {\r
268                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
269                 {\r
270                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
271                 }\r
272                 else\r
273                 {\r
274                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
275                 }\r
276             }\r
277 \r
278             ap.repaint();\r
279         }\r
280     }\r
281 \r
282     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
283     {\r
284       if(mouseDragging)\r
285         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
286     }\r
287 \r
288     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
289     {\r
290       if(mouseDragging)\r
291         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
292     }\r
293 \r
294     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
295 \r
296     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
297     {\r
298       if(!av.hasHiddenColumns)\r
299         return;\r
300 \r
301       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
302 \r
303       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
304 \r
305       reveal = null;\r
306       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
307       {\r
308         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
309         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
310         {\r
311           reveal = region;\r
312           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
313           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
314           break;\r
315         }\r
316         else\r
317           this.setToolTipText(null);\r
318 \r
319       }\r
320 \r
321       repaint();\r
322     }\r
323 \r
324     int [] reveal;\r
325 \r
326     /**\r
327      * DOCUMENT ME!\r
328      *\r
329      * @param g DOCUMENT ME!\r
330      */\r
331     public void paintComponent(Graphics g)\r
332     {\r
333         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
334     }\r
335 \r
336     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
337     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
338         int height)\r
339     {\r
340         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
341         gg.setFont(av.getFont());\r
342 \r
343         if(av.antiAlias)\r
344           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
345                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
346 \r
347         //Fill in the background\r
348         gg.setColor(Color.white);\r
349         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
350         gg.setColor(Color.black);\r
351 \r
352         //Fill the selected columns\r
353         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
354         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
355 \r
356         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
357         {\r
358             int sel = cs.columnAt(i);\r
359             if(av.hasHiddenColumns)\r
360                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
361 \r
362             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
363             {\r
364                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
365                     getHeight());\r
366             }\r
367         }\r
368 \r
369         // Draw the scale numbers\r
370         gg.setColor(Color.black);\r
371 \r
372         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
373 \r
374         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
375         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
376 \r
377         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
378         {\r
379             scalestartx += 5;\r
380         }\r
381 \r
382         String string;\r
383         int maxX=0;\r
384 \r
385         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
386         {\r
387             if ((i % 10) == 0)\r
388             {\r
389                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
390                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
391                 {\r
392                   gg.drawString(string,\r
393                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
394                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
395                 }\r
396 \r
397                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
398                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
399                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
400                                    (av.charWidth / 2)),\r
401                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
402 \r
403             }\r
404             else\r
405             {\r
406                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
407                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
408                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
409                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
410             }\r
411         }\r
412 \r
413         if (av.hasHiddenColumns)\r
414         {\r
415           gg.setColor(Color.blue);\r
416           int res;\r
417           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
418           {\r
419             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
420                  i++)\r
421             {\r
422 \r
423               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
424                   startx;\r
425 \r
426               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
427                 continue;\r
428 \r
429               gg.fillPolygon(new int[]\r
430                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
431                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
432                              res * av.charWidth},\r
433                              new int[]\r
434                              {\r
435                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
436                              y + 8\r
437               }, 3);\r
438 \r
439             }\r
440           }\r
441 \r
442           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
443           {\r
444             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
445           }\r
446         }\r
447 \r
448 \r
449     }\r
450 }\r