src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46 \r
  47     // wants to delete columns\r
  48     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  49     {\r
  50         this.av = av;\r
  51         this.ap = ap;\r
  52 \r
  53         addMouseListener(this);\r
  54         addMouseMotionListener(this);\r
  55     }\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * DOCUMENT ME!\r
  59      *\r
  60      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63     {\r
  64         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  65         final int res;\r
  66 \r
  67         if(av.hasHiddenColumns)\r
  68           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  69         else\r
  70           res = x;\r
  71 \r
  72         min = res;\r
  73         max = res;\r
  74 \r
  75         if(reveal != null && SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  76           {\r
  77             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  78             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  79             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  80             {\r
  81               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  82               {\r
  83                 av.getColumnSelection().revealHiddenColumns(reveal[0], av);\r
  84                 reveal = null;\r
  85                 ap.repaint();\r
  86               }\r
  87             });\r
  88             pop.add(item);\r
  89 \r
  90             if(av.getColumnSelection().hiddenColumns.size()>1)\r
  91             {\r
  92               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  93               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  94               {\r
  95                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  96                 {\r
  97                   av.getColumnSelection().revealAllHiddenColumns(av);\r
  98                   reveal = null;\r
  99                   ap.repaint();\r
 100                 }\r
 101               });\r
 102               pop.add(item);\r
 103             }\r
 104 \r
 105             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 106 \r
 107           }\r
 108         else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 109         {\r
 110           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 111           {\r
 112             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
 113             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 114             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 115             {\r
 116               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 117               {\r
 118                 av.getColumnSelection().hideColumns(res, av);\r
 119                 ap.repaint();\r
 120               }\r
 121             });\r
 122             pop.add(item);\r
 123             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 124 \r
 125           }\r
 126           else\r
 127           {\r
 128             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 129             av.setSelectionGroup(null);\r
 130           }\r
 131         }\r
 132         else\r
 133         {\r
 134             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 135             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 136 \r
 137             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 138             {\r
 139                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 140             }\r
 141 \r
 142             sg.setStartRes(res);\r
 143             sg.setEndRes(res);\r
 144             av.setSelectionGroup(sg);\r
 145         }\r
 146 \r
 147 \r
 148         ap.repaint();\r
 149     }\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * DOCUMENT ME!\r
 153      *\r
 154      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 155      */\r
 156     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 157     {\r
 158         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 159 \r
 160         if(av.hasHiddenColumns)\r
 161           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 162 \r
 163         if (!stretchingGroup)\r
 164         {\r
 165             ap.repaint();\r
 166 \r
 167             return;\r
 168         }\r
 169 \r
 170         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 171 \r
 172         if (res > sg.getStartRes())\r
 173         {\r
 174             sg.setEndRes(res);\r
 175         }\r
 176         else if (res < sg.getStartRes())\r
 177         {\r
 178             sg.setStartRes(res);\r
 179         }\r
 180 \r
 181         stretchingGroup = false;\r
 182         ap.repaint();\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 189      */\r
 190     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 191     {\r
 192         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 193 \r
 194         if(av.hasHiddenColumns)\r
 195           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 196 \r
 197         if (res < min)\r
 198         {\r
 199             min = res;\r
 200         }\r
 201 \r
 202         if (res > max)\r
 203         {\r
 204             max = res;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 208 \r
 209         if (sg != null)\r
 210         {\r
 211             stretchingGroup = true;\r
 212 \r
 213             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 214             {\r
 215                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 216             }\r
 217 \r
 218             if (res > sg.getStartRes())\r
 219             {\r
 220                 sg.setEndRes(res);\r
 221             }\r
 222             else if (res < sg.getStartRes())\r
 223             {\r
 224                 sg.setStartRes(res);\r
 225             }\r
 226 \r
 227             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 228             {\r
 229                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 230                 {\r
 231                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 232                 }\r
 233                 else\r
 234                 {\r
 235                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 236                 }\r
 237             }\r
 238 \r
 239             ap.repaint();\r
 240         }\r
 241     }\r
 242 \r
 243     public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 244     public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 245     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 246 \r
 247     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 248     {\r
 249       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 250         return;\r
 251 \r
 252       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 253 \r
 254       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 255 \r
 256       reveal = null;\r
 257       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 258       {\r
 259         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 260         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 261         {\r
 262           reveal = region;\r
 263           break;\r
 264         }\r
 265       }\r
 266 \r
 267       repaint();\r
 268     }\r
 269 \r
 270     int [] reveal;\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * DOCUMENT ME!\r
 274      *\r
 275      * @param g DOCUMENT ME!\r
 276      */\r
 277     public void paintComponent(Graphics g)\r
 278     {\r
 279         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 280     }\r
 281 \r
 282     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 283     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 284         int height)\r
 285     {\r
 286         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 287         gg.setFont(av.getFont());\r
 288 \r
 289         if(av.antiAlias)\r
 290           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 291                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 292 \r
 293         //Fill in the background\r
 294         gg.setColor(Color.white);\r
 295         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 296         gg.setColor(Color.black);\r
 297 \r
 298         //Fill the selected columns\r
 299         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 300         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 301 \r
 302         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 303         {\r
 304             int sel = cs.columnAt(i);\r
 305             if(av.hasHiddenColumns)\r
 306                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 307 \r
 308             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 309             {\r
 310                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 311                     getHeight());\r
 312             }\r
 313         }\r
 314 \r
 315         // Draw the scale numbers\r
 316         gg.setColor(Color.black);\r
 317 \r
 318         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 319 \r
 320         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 321         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 322 \r
 323         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 324         {\r
 325             scalestartx += 5;\r
 326         }\r
 327 \r
 328         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 329         {\r
 330             if ((i % 10) == 0)\r
 331             {\r
 332                 gg.drawString(String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i)),\r
 333                     (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 334                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 335                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 336                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 337                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 338             }\r
 339             else\r
 340             {\r
 341                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 342                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 343                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 344                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 345             }\r
 346         }\r
 347 \r
 348         if (av.hasHiddenColumns)\r
 349         {\r
 350           gg.setColor(Color.blue);\r
 351           int res;\r
 352           for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 353           {\r
 354             res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition( i )-startx;\r
 355 \r
 356             gg.fillPolygon(new int[] { res*av.charWidth - 4,\r
 357                                          res*av.charWidth + 4,\r
 358                                          res*av.charWidth },\r
 359                                 new int[]\r
 360                                 {\r
 361                                     y-av.charHeight/2 , y-av.charHeight/2 ,\r
 362                                     y + 8\r
 363                                 }, 3);\r
 364 \r
 365           }\r
 366 \r
 367           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 368           {\r
 369             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 370           }\r
 371         }\r
 372 \r
 373 \r
 374     }\r
 375 }\r