src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener
  36 {
  37     protected int offy = 4;
  38
  39     /** DOCUMENT ME!! */
  40     public int width;
  41     protected AlignViewport av;
  42     AlignmentPanel ap;
  43     boolean stretchingGroup = false;
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user
  46     boolean mouseDragging = false;
  47
  48     // wants to delete columns
  49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  50     {
  51         this.av = av;
  52         this.ap = ap;
  53
  54         addMouseListener(this);
  55         addMouseMotionListener(this);
  56     }
  57
  58     /**
  59      * DOCUMENT ME!
  60      *
  61      * @param evt DOCUMENT ME!
  62      */
  63     public void mousePressed(MouseEvent evt)
  64     {
  65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  66         final int res;
  67
  68         if(av.hasHiddenColumns)
  69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  70         else
  71           res = x;
  72
  73         min = res;
  74         max = res;
  75
  76         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
  77         {
  78           JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
  79           if (reveal != null)
  80           {
  81             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");
  82             item.addActionListener(new ActionListener()
  83             {
  84               public void actionPerformed(ActionEvent e)
  85               {
  86                 av.showColumn(reveal[0]);
  87                 reveal = null;
  88                 ap.repaint();
  89                 if (ap.overviewPanel != null)
  90                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  91               }
  92             });
  93             pop.add(item);
  94
  95             if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  96             {
  97               item = new JMenuItem("Reveal All");
  98               item.addActionListener(new ActionListener()
  99               {
 100                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 101                 {
 102                   av.showAllHiddenColumns();
 103                   reveal = null;
 104                   ap.repaint();
 105                   if (ap.overviewPanel != null)
 106                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 107                 }
 108               });
 109               pop.add(item);
 110             }
 111             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 112           }
 113           else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 114           {
 115             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");
 116             item.addActionListener(new ActionListener()
 117             {
 118               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 119               {
 120                 av.hideColumns(res, res);
 121                 if(av.getSelectionGroup()!=null
 122                    && av.getSelectionGroup().getSize(false)==av.alignment.getHeight())
 123                   av.setSelectionGroup(null);
 124
 125                 ap.repaint();
 126                 if (ap.overviewPanel != null)
 127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 128               }
 129             });
 130             pop.add(item);
 131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 132           }
 133         }
 134         else // LEFT MOUSE TO SELECT
 135         {
 136           if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 137           {
 138             av.getColumnSelection().clear();
 139           }
 140
 141           av.getColumnSelection().addElement(res);
 142           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 143           for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)
 144           {
 145             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);
 146           }
 147
 148           sg.setStartRes(res);
 149           sg.setEndRes(res);
 150           av.setSelectionGroup(sg);
 151
 152           if(evt.isShiftDown())
 153           {
 154             int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 155             int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 156             for (int i = min; i<max; i++)
 157             {
 158                 av.getColumnSelection().addElement(i);
 159             }
 160             sg.setStartRes(min);
 161             sg.setEndRes(max);
 162           }
 163
 164
 165         }
 166
 167
 168         ap.repaint();
 169     }
 170
 171     /**
 172      * DOCUMENT ME!
 173      *
 174      * @param evt DOCUMENT ME!
 175      */
 176     public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 177     {
 178         mouseDragging = false;
 179
 180         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 181
 182         if(res> av.alignment.getWidth())
 183         {
 184           res = av.alignment.getWidth()-1;
 185         }
 186
 187         if(av.hasHiddenColumns)
 188           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 189
 190         if (!stretchingGroup)
 191         {
 192             ap.repaint();
 193
 194             return;
 195         }
 196
 197         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 198
 199         if (res > sg.getStartRes())
 200         {
 201             sg.setEndRes(res);
 202         }
 203         else if (res < sg.getStartRes())
 204         {
 205             sg.setStartRes(res);
 206         }
 207
 208         stretchingGroup = false;
 209         ap.repaint();
 210     }
 211
 212     /**
 213      * DOCUMENT ME!
 214      *
 215      * @param evt DOCUMENT ME!
 216      */
 217     public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 218     {
 219         mouseDragging = true;
 220
 221         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 222         if(res<0)
 223           res = 0;
 224
 225         if(av.hasHiddenColumns)
 226           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 227
 228
 229         if(res> av.alignment.getWidth())
 230         {
 231           res = av.alignment.getWidth()-1;
 232         }
 233
 234         if (res < min)
 235         {
 236             min = res;
 237         }
 238
 239         if (res > max)
 240         {
 241             max = res;
 242         }
 243
 244
 245
 246         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 247
 248         if (sg != null)
 249         {
 250             stretchingGroup = true;
 251
 252             if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 253             {
 254                 av.getColumnSelection().addElement(res);
 255             }
 256
 257             if (res > sg.getStartRes())
 258             {
 259                 sg.setEndRes(res);
 260             }
 261             if (res < sg.getStartRes())
 262             {
 263                 sg.setStartRes(res);
 264             }
 265
 266             for (int i = min; i <= max; i++)
 267             {
 268                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))
 269                 {
 270                     av.getColumnSelection().removeElement(i);
 271                 }
 272                 else
 273                 {
 274                     av.getColumnSelection().addElement(i);
 275                 }
 276             }
 277
 278             ap.repaint();
 279         }
 280     }
 281
 282     public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 283     {
 284       if(mouseDragging)
 285         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 286     }
 287
 288     public void mouseExited(MouseEvent evt)
 289     {
 290       if(mouseDragging)
 291         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 292     }
 293
 294     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}
 295
 296     public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 297     {
 298       if(!av.hasHiddenColumns)
 299         return;
 300
 301       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 302
 303       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 304
 305       reveal = null;
 306       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 307       {
 308         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);
 309         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])
 310         {
 311           reveal = region;
 312           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 313           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");
 314           break;
 315         }
 316         else
 317           this.setToolTipText(null);
 318
 319       }
 320
 321       repaint();
 322     }
 323
 324     int [] reveal;
 325
 326     /**
 327      * DOCUMENT ME!
 328      *
 329      * @param g DOCUMENT ME!
 330      */
 331     public void paintComponent(Graphics g)
 332     {
 333         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());
 334     }
 335
 336     // scalewidth will normally be screenwidth,
 337     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 338         int height)
 339     {
 340         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 341         gg.setFont(av.getFont());
 342
 343         if(av.antiAlias)
 344           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 345                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 346
 347         //Fill in the background
 348         gg.setColor(Color.white);
 349         gg.fillRect(0, 0, width, height);
 350         gg.setColor(Color.black);
 351
 352         //Fill the selected columns
 353         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 354         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 355
 356         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 357         {
 358             int sel = cs.columnAt(i);
 359             if(av.hasHiddenColumns)
 360                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 361
 362             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 363             {
 364                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 365                     getHeight());
 366             }
 367         }
 368
 369         // Draw the scale numbers
 370         gg.setColor(Color.black);
 371
 372         int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 373
 374         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 375         int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 376
 377         if ((scalestartx % 10) == 0)
 378         {
 379             scalestartx += 5;
 380         }
 381
 382         String string;
 383         int maxX=0;
 384
 385         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 386         {
 387             if ((i % 10) == 0)
 388             {
 389                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));
 390                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 391                 {
 392                   gg.drawString(string,
 393                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 394                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 395                 }
 396
 397                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
 398                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,
 399                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
 400                                    (av.charWidth / 2)),
 401                             y + (fm.getDescent() * 2));
 402
 403             }
 404             else
 405             {
 406                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +
 407                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),
 408                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +
 409                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));
 410             }
 411         }
 412
 413         if (av.hasHiddenColumns)
 414         {
 415           gg.setColor(Color.blue);
 416           int res;
 417           if(av.getShowHiddenMarkers())
 418           {
 419             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();
 420                  i++)
 421             {
 422
 423               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -
 424                   startx;
 425
 426               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)
 427                 continue;
 428
 429               gg.fillPolygon(new int[]
 430                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 431                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,
 432                              res * av.charWidth},
 433                              new int[]
 434                              {
 435                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,
 436                              y + 8
 437               }, 3);
 438
 439             }
 440           }
 441
 442           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 443           {
 444             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
 445           }
 446         }
 447
 448
 449     }
 450 }