src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.FontMetrics;
  25 import java.awt.Graphics;
  26 import java.awt.Graphics2D;
  27 import java.awt.Point;
  28 import java.awt.RenderingHints;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.awt.event.MouseEvent;
  32 import java.awt.event.MouseListener;
  33 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  34 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.JPopupMenu;
  41 import javax.swing.ToolTipManager;
  42
  43 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  44 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  47 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  51 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  52
  53 /**
  54  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  55  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  56  */
  57 public class ScalePanel extends JPanel
  58         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  59 {
  60   protected int offy = 4;
  61
  62   public int width;
  63
  64   protected AlignViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   boolean stretchingGroup = false;
  69
  70   /*
  71    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  72    */
  73   int min;
  74
  75   int max;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   /*
  80    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  81    */
  82   int[] reveal;
  83
  84   /**
  85    * Constructor
  86    *
  87    * @param av
  88    * @param ap
  89    */
  90   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = av;
  93     this.ap = ap;
  94
  95     addMouseListener(this);
  96     addMouseMotionListener(this);
  97
  98     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param evt
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   @Override
 108   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 109   {
 110     int res = ap.getSeqPanel().findAlignmentColumn(evt);
 111
 112     min = res;
 113     max = res;
 114
 115     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 116     {
 117       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 118       return;
 119     }
 120     if (Platform.isWinRightButton(evt))
 121     {
 122       /*
 123        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 124        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 125        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 126        */
 127       return;
 128     }
 129     leftMouseButtonPressed(evt, res);
 130   }
 131
 132   /**
 133    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 134    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 135    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 136    *
 137    * @param evt
 138    * @param res
 139    */
 140   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 141   {
 142     JPopupMenu pop = buildPopupMenu(res);
 143     if (pop.getSubElements().length > 0)
 144     {
 145       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Builds a popup menu with 'Hide' or 'Reveal' options, or both, or neither
 151    *
 152    * @param res
 153    *          column number (0..)
 154    * @return
 155    */
 156   protected JPopupMenu buildPopupMenu(final int res)
 157   {
 158     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 159
 160     /*
 161      * logic here depends on 'reveal', set in mouseMoved;
 162      * grab the hidden range in case mouseMoved nulls it later
 163      */
 164     final int[] hiddenRange = reveal;
 165     if (hiddenRange != null)
 166     {
 167       JMenuItem item = new JMenuItem(
 168               MessageManager.getString("label.reveal"));
 169       item.addActionListener(new ActionListener()
 170       {
 171         @Override
 172         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 173         {
 174           av.showColumn(hiddenRange[0]);
 175           reveal = null;
 176           ap.updateLayout();
 177           ap.paintAlignment(true, true);
 178           av.sendSelection();
 179         }
 180       });
 181       pop.add(item);
 182
 183       if (av.getAlignment().getHiddenColumns()
 184               .hasMultiHiddenColumnRegions())
 185       {
 186         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 187         item.addActionListener(new ActionListener()
 188         {
 189           @Override
 190           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 191           {
 192             av.showAllHiddenColumns();
 193             reveal = null;
 194             ap.updateLayout();
 195             ap.paintAlignment(true, true);
 196             av.sendSelection();
 197           }
 198         });
 199         pop.add(item);
 200       }
 201     }
 202
 203     if (av.getColumnSelection().contains(res))
 204     {
 205       JMenuItem item = new JMenuItem(
 206               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 207       item.addActionListener(new ActionListener()
 208       {
 209         @Override
 210         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 211         {
 212           av.hideColumns(res, res);
 213           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 214                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 215           {
 216             av.setSelectionGroup(null);
 217           }
 218
 219           ap.updateLayout();
 220           ap.paintAlignment(true, true);
 221           av.sendSelection();
 222         }
 223       });
 224       pop.add(item);
 225     }
 226     return pop;
 227   }
 228
 229   /**
 230    * Handles left mouse button press
 231    *
 232    * @param evt
 233    * @param res
 234    */
 235   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 236   {
 237     /*
 238      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 239      * Shift-click extends the selection
 240      */
 241     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 242     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 243     {
 244       av.getColumnSelection().clear();
 245     }
 246
 247     av.getColumnSelection().addElement(res);
 248     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 249     sg.setStartRes(res);
 250     sg.setEndRes(res);
 251
 252     if (evt.isShiftDown())
 253     {
 254       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 255       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 256       for (int i = min; i < max; i++)
 257       {
 258         av.getColumnSelection().addElement(i);
 259       }
 260       sg.setStartRes(min);
 261       sg.setEndRes(max);
 262     }
 263     av.setSelectionGroup(sg);
 264     ap.paintAlignment(false, false);
 265     PaintRefresher.Refresh(this,av.getSequenceSetId());
 266     av.sendSelection();
 267   }
 268
 269   /**
 270    * Action on mouseUp is to set the limit of the current selection group (if
 271    * there is one) and broadcast the selection
 272    *
 273    * @param evt
 274    */
 275   @Override
 276   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 277   {
 278     boolean wasDragging = mouseDragging;
 279     mouseDragging = false;
 280     ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 281
 282     int res = ap.getSeqPanel().findAlignmentColumn(evt);
 283
 284     if (!stretchingGroup)
 285     {
 286       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 287       {
 288         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 289       }
 290       else
 291       {
 292         ap.paintAlignment(false, false);
 293       }
 294       return;
 295     }
 296
 297     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 298
 299     if (sg != null)
 300     {
 301       if (res > sg.getStartRes())
 302       {
 303         sg.setEndRes(res);
 304       }
 305       else if (res < sg.getStartRes())
 306       {
 307         sg.setStartRes(res);
 308       }
 309       if (wasDragging)
 310       {
 311         min = Math.min(res, min);
 312         max = Math.max(res, max);
 313         av.getColumnSelection().stretchGroup(res, sg, min, max);
 314       }
 315     }
 316     stretchingGroup = false;
 317     ap.paintAlignment(false, false);
 318     av.isSelectionGroupChanged(true);
 319     av.isColSelChanged(true);
 320     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
 321     av.sendSelection();
 322   }
 323
 324   /**
 325    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 326    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 327    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 328    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 329    * redrawing of other views.
 330    *
 331    * @param evt
 332    */
 333   @Override
 334   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 335   {
 336     mouseDragging = true;
 337     int res = ap.getSeqPanel().findAlignmentColumn(evt);
 338
 339     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 340
 341     min = Math.min(res,min);
 342     max = Math.max(res, max);
 343
 344     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 345     if (sg != null)
 346     {
 347       stretchingGroup = true;
 348       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 349       ap.paintAlignment(false, false);
 350       PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
 351     }
 352   }
 353
 354   @Override
 355   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 356   {
 357     if (mouseDragging)
 358     {
 359       mouseDragging = false;
 360       ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 361     }
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Action on leaving the panel bounds with mouse drag in progress is to start
 366    * scrolling the alignment in the direction of the mouse. To restrict
 367    * scrolling to left-right (not up-down), the y-value of the mouse position is
 368    * replaced with zero.
 369    */
 370   @Override
 371   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 372   {
 373     if (mouseDragging)
 374     {
 375       ap.getSeqPanel().startScrolling(new Point(evt.getX(), 0));
 376     }
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 381   {
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 386    */
 387   @Override
 388   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 389   {
 390     this.setToolTipText(null);
 391     reveal = null;
 392     final int res = ap.getSeqPanel().findAlignmentColumn(evt);
 393
 394     highlightAllStructPos(res);
 395     if (!av.hasHiddenColumns()) {
 396       return;
 397     }
 398     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 399             .getRegionWithEdgeAtRes(av.getAlignment().getHiddenColumns().absoluteToVisibleColumn(res));
 400     if (reveal==null)
 401     {
 402       return;
 403     }
 404     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 405     this.setToolTipText(
 406             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 407     repaint();
 408   }
 409
 410   public void highlightAllStructPos(int col)
 411   {
 412     ap.getStructureSelectionManager().highlightPositionsOnMany(
 413             ap.av.getAlignment().getSequencesArray(), new int[]
 414             { col, col }, ap);
 415
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @param g
 422    *          DOCUMENT ME!
 423    */
 424   @Override
 425   public void paintComponent(Graphics g)
 426   {
 427     // super.paintComponent(g); // BH 2019
 428
 429     /*
 430      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 431      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 432      */
 433     if (!av.getWrapAlignment())
 434     {
 435       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 436               getWidth(), getHeight());
 437     }
 438   }
 439
 440   // scalewidth will normally be screenwidth,
 441   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 442           int height)
 443   {
 444     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 445     gg.setFont(av.getFont());
 446
 447     if (av.antiAlias)
 448     {
 449       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 450               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 451     }
 452
 453     // Fill in the background
 454     gg.setColor(Color.white);
 455     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 456     gg.setColor(Color.black);
 457
 458     // Fill the selected columns
 459     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 460     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 461     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 462     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 463
 464     if (cs != null)
 465     {
 466       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 467
 468       for (int sel : cs.getSelected())
 469       {
 470         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 471         // given range
 472
 473         if (av.hasHiddenColumns())
 474         {
 475           if (hidden.isVisible(sel))
 476           {
 477             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 478           }
 479           else
 480           {
 481             continue;
 482           }
 483         }
 484
 485         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 486         {
 487           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 488                   getHeight());
 489         }
 490       }
 491     }
 492
 493     int widthx = 1 + endx - startx;
 494
 495     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 496     int y = avCharHeight;
 497     int yOf = fm.getDescent();
 498     y -= yOf;
 499     if (av.hasHiddenColumns())
 500     {
 501       // draw any hidden column markers
 502       gg.setColor(Color.blue);
 503       int res;
 504
 505       if (av.getShowHiddenMarkers())
 506       {
 507         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 508                 startx + widthx + 1);
 509         while (it.hasNext())
 510         {
 511           res = it.next() - startx;
 512
 513           gg.fillPolygon(
 514                   new int[]
 515                   { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 516                       -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 517                       -1 + res * avCharWidth },
 518                   new int[]
 519                   { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 520         }
 521       }
 522     }
 523     // Draw the scale numbers
 524     gg.setColor(Color.black);
 525
 526     int maxX = 0;
 527     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 528             endx);
 529
 530     for (ScaleMark mark : marks)
 531     {
 532       boolean major = mark.major;
 533       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 534       String mstring = mark.text;
 535       if (mstring != null)
 536       {
 537         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 538         {
 539           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 540           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 541         }
 542       }
 543       if (major)
 544       {
 545         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 546                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 547       }
 548       else
 549       {
 550         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 551                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 552       }
 553     }
 554   }
 555
 556   @Override
 557   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 558   {
 559     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 560     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 561     // both start and end points, but resize only changes end values.
 562     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 563     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 564     // vertical start value.
 565     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 566             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 567             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 568     {
 569       // scroll event, repaint panel
 570
 571       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 572       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
 573       // overview
 574       // window and others may be adversely affected.
 575       av.getAlignPanel().repaint();
 576     }
 577   }
 578
 579 }