moved to org.biojava
[jalview.git] / src / jalview / gui / ScalePanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import java.awt.*;\r
24 import java.awt.event.*;\r
25 \r
26 import javax.swing.*;\r
27 \r
28 \r
29 /**\r
30  * DOCUMENT ME!\r
31  *\r
32  * @author $author$\r
33  * @version $Revision$\r
34  */\r
35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
36 {\r
37     protected int offy = 4;\r
38 \r
39     /** DOCUMENT ME!! */\r
40     public int width;\r
41     protected AlignViewport av;\r
42     AlignmentPanel ap;\r
43     boolean stretchingGroup = false;\r
44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
46     boolean mouseDragging = false;\r
47 \r
48     // wants to delete columns\r
49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
50     {\r
51         this.av = av;\r
52         this.ap = ap;\r
53 \r
54         addMouseListener(this);\r
55         addMouseMotionListener(this);\r
56     }\r
57 \r
58     /**\r
59      * DOCUMENT ME!\r
60      *\r
61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
62      */\r
63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
64     {\r
65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
66         final int res;\r
67 \r
68         if(av.hasHiddenColumns)\r
69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
70         else\r
71           res = x;\r
72 \r
73         min = res;\r
74         max = res;\r
75 \r
76         if(reveal != null && SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
77           {\r
78             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
79             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
80             item.addActionListener(new ActionListener()\r
81             {\r
82               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
83               {\r
84                 av.showColumn(reveal[0]);\r
85                 reveal = null;\r
86                 ap.repaint();\r
87                 if(ap.overviewPanel != null)\r
88                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
89               }\r
90             });\r
91             pop.add(item);\r
92 \r
93             if(av.getColumnSelection().size()>1)\r
94             {\r
95               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
96               item.addActionListener(new ActionListener()\r
97               {\r
98                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
99                 {\r
100                   av.showAllHiddenColumns();\r
101                   reveal = null;\r
102                   ap.repaint();\r
103                   if(ap.overviewPanel != null)\r
104                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
105                 }\r
106               });\r
107               pop.add(item);\r
108             }\r
109 \r
110             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
111 \r
112           }\r
113         else\r
114       if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
115         {\r
116           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
117           {\r
118             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
119             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
120             item.addActionListener(new ActionListener()\r
121             {\r
122               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
123               {\r
124                 av.hideColumns(res, res);\r
125                 ap.repaint();\r
126                 if(ap.overviewPanel != null)\r
127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
128               }\r
129             });\r
130             pop.add(item);\r
131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
132 \r
133           }\r
134           else\r
135           {\r
136             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
137             av.setSelectionGroup(null);\r
138           }\r
139         }\r
140         else\r
141         {\r
142             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
143             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
144 \r
145             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
146             {\r
147                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
148             }\r
149 \r
150             sg.setStartRes(res);\r
151             sg.setEndRes(res);\r
152             av.setSelectionGroup(sg);\r
153         }\r
154 \r
155 \r
156         ap.repaint();\r
157     }\r
158 \r
159     /**\r
160      * DOCUMENT ME!\r
161      *\r
162      * @param evt DOCUMENT ME!\r
163      */\r
164     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
165     {\r
166         mouseDragging = false;\r
167 \r
168         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
169 \r
170         if(res> av.alignment.getWidth())\r
171         {\r
172           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
173         }\r
174 \r
175         if(av.hasHiddenColumns)\r
176           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
177 \r
178         if (!stretchingGroup)\r
179         {\r
180             ap.repaint();\r
181 \r
182             return;\r
183         }\r
184 \r
185         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
186 \r
187         if (res > sg.getStartRes())\r
188         {\r
189             sg.setEndRes(res);\r
190         }\r
191         else if (res < sg.getStartRes())\r
192         {\r
193             sg.setStartRes(res);\r
194         }\r
195 \r
196         stretchingGroup = false;\r
197         ap.repaint();\r
198     }\r
199 \r
200     /**\r
201      * DOCUMENT ME!\r
202      *\r
203      * @param evt DOCUMENT ME!\r
204      */\r
205     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
206     {\r
207         mouseDragging = true;\r
208 \r
209         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
210 \r
211         if(av.hasHiddenColumns)\r
212           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
213 \r
214 \r
215         if(res> av.alignment.getWidth())\r
216         {\r
217           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
218         }\r
219 \r
220         if (res < min)\r
221         {\r
222             min = res;\r
223         }\r
224 \r
225         if (res > max)\r
226         {\r
227             max = res;\r
228         }\r
229 \r
230 \r
231 \r
232 \r
233         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
234 \r
235         if (sg != null)\r
236         {\r
237             stretchingGroup = true;\r
238 \r
239             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
240             {\r
241                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
242             }\r
243 \r
244             if (res > sg.getStartRes())\r
245             {\r
246                 sg.setEndRes(res);\r
247             }\r
248             if (res < sg.getStartRes())\r
249             {\r
250                 sg.setStartRes(res);\r
251             }\r
252 \r
253             for (int i = min; i <= max; i++)\r
254             {\r
255                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
256                 {\r
257                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
258                 }\r
259                 else\r
260                 {\r
261                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
262                 }\r
263             }\r
264 \r
265             ap.repaint();\r
266         }\r
267     }\r
268 \r
269     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
270     {\r
271       if(mouseDragging)\r
272         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
273     }\r
274 \r
275     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
276     {\r
277       if(mouseDragging)\r
278         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
279     }\r
280 \r
281     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
282 \r
283     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
284     {\r
285       if(!av.hasHiddenColumns)\r
286         return;\r
287 \r
288       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
289 \r
290       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
291 \r
292       reveal = null;\r
293       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
294       {\r
295         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
296         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
297         {\r
298           reveal = region;\r
299           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
300           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
301           break;\r
302         }\r
303         else\r
304           this.setToolTipText(null);\r
305 \r
306       }\r
307 \r
308       repaint();\r
309     }\r
310 \r
311     int [] reveal;\r
312 \r
313     /**\r
314      * DOCUMENT ME!\r
315      *\r
316      * @param g DOCUMENT ME!\r
317      */\r
318     public void paintComponent(Graphics g)\r
319     {\r
320         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
321     }\r
322 \r
323     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
324     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
325         int height)\r
326     {\r
327         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
328         gg.setFont(av.getFont());\r
329 \r
330         if(av.antiAlias)\r
331           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
332                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
333 \r
334         //Fill in the background\r
335         gg.setColor(Color.white);\r
336         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
337         gg.setColor(Color.black);\r
338 \r
339         //Fill the selected columns\r
340         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
341         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
342 \r
343         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
344         {\r
345             int sel = cs.columnAt(i);\r
346             if(av.hasHiddenColumns)\r
347                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
348 \r
349             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
350             {\r
351                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
352                     getHeight());\r
353             }\r
354         }\r
355 \r
356         // Draw the scale numbers\r
357         gg.setColor(Color.black);\r
358 \r
359         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
360 \r
361         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
362         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
363 \r
364         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
365         {\r
366             scalestartx += 5;\r
367         }\r
368 \r
369         String string;\r
370         int maxX=0;\r
371 \r
372         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
373         {\r
374             if ((i % 10) == 0)\r
375             {\r
376                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
377                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
378                 {\r
379                   gg.drawString(string,\r
380                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
381                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
382                 }\r
383 \r
384                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
385                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
386                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
387                                    (av.charWidth / 2)),\r
388                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
389 \r
390             }\r
391             else\r
392             {\r
393                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
394                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
395                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
396                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
397             }\r
398         }\r
399 \r
400         if (av.hasHiddenColumns)\r
401         {\r
402           gg.setColor(Color.blue);\r
403           int res;\r
404           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
405           {\r
406             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
407                  i++)\r
408             {\r
409 \r
410               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
411                   startx;\r
412 \r
413               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
414                 continue;\r
415 \r
416               gg.fillPolygon(new int[]\r
417                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
418                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
419                              res * av.charWidth},\r
420                              new int[]\r
421                              {\r
422                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
423                              y + 8\r
424               }, 3);\r
425 \r
426             }\r
427           }\r
428 \r
429           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
430           {\r
431             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
432           }\r
433         }\r
434 \r
435 \r
436     }\r
437 }\r