src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46 \r
  47     // wants to delete columns\r
  48     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  49     {\r
  50         this.av = av;\r
  51         this.ap = ap;\r
  52 \r
  53         addMouseListener(this);\r
  54         addMouseMotionListener(this);\r
  55     }\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * DOCUMENT ME!\r
  59      *\r
  60      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63     {\r
  64         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  65         final int res;\r
  66 \r
  67         if(av.hasHiddenColumns)\r
  68           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  69         else\r
  70           res = x;\r
  71 \r
  72         min = res;\r
  73         max = res;\r
  74 \r
  75         if(reveal != null)\r
  76         {\r
  77           av.getColumnSelection().revealHiddenColumns(reveal[0], av);\r
  78           reveal = null;\r
  79           return;\r
  80         }\r
  81 \r
  82         if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
  83         {\r
  84           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  85           {\r
  86             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  87             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
  88             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  89             {\r
  90               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  91               {\r
  92                 av.getColumnSelection().hideColumns(res, av);\r
  93               }\r
  94             });\r
  95             pop.add(item);\r
  96             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
  97 \r
  98           }\r
  99           else\r
 100           {\r
 101             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 102             ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
 103           }\r
 104         }\r
 105         else\r
 106         {\r
 107             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 108             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 109 \r
 110             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 111             {\r
 112                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 113             }\r
 114 \r
 115             sg.setStartRes(res);\r
 116             sg.setEndRes(res);\r
 117             av.setSelectionGroup(sg);\r
 118         }\r
 119 \r
 120 \r
 121         ap.repaint();\r
 122     }\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * DOCUMENT ME!\r
 126      *\r
 127      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 128      */\r
 129     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 130     {\r
 131         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 132 \r
 133         if(av.hasHiddenColumns)\r
 134           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 135 \r
 136         if (av.getColumnSelection() != null)\r
 137         {\r
 138             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)\r
 139             {\r
 140                 ap.annotationPanel.addEditableColumn(av.getColumnSelection()\r
 141                                                        .columnAt(i));\r
 142             }\r
 143         }\r
 144 \r
 145         if (!stretchingGroup)\r
 146         {\r
 147             ap.repaint();\r
 148 \r
 149             return;\r
 150         }\r
 151 \r
 152         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 153 \r
 154         if (res > sg.getStartRes())\r
 155         {\r
 156             sg.setEndRes(res);\r
 157         }\r
 158         else if (res < sg.getStartRes())\r
 159         {\r
 160             sg.setStartRes(res);\r
 161         }\r
 162 \r
 163         stretchingGroup = false;\r
 164         ap.repaint();\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 173     {\r
 174         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 175 \r
 176         if(av.hasHiddenColumns)\r
 177           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 178 \r
 179         if (res < min)\r
 180         {\r
 181             min = res;\r
 182         }\r
 183 \r
 184         if (res > max)\r
 185         {\r
 186             max = res;\r
 187         }\r
 188 \r
 189         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 190 \r
 191         if (sg != null)\r
 192         {\r
 193             stretchingGroup = true;\r
 194 \r
 195             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 196             {\r
 197                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 198             }\r
 199 \r
 200             if (res > sg.getStartRes())\r
 201             {\r
 202                 sg.setEndRes(res);\r
 203             }\r
 204             else if (res < sg.getStartRes())\r
 205             {\r
 206                 sg.setStartRes(res);\r
 207             }\r
 208 \r
 209             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 210             {\r
 211                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 212                 {\r
 213                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 214                     ap.annotationPanel.removeEditableColumn(res);\r
 215                 }\r
 216                 else\r
 217                 {\r
 218                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 219                 }\r
 220             }\r
 221 \r
 222             ap.repaint();\r
 223         }\r
 224     }\r
 225 \r
 226     public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 227     public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 228     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 229 \r
 230     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 231     {\r
 232       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 233         return;\r
 234 \r
 235       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 236 \r
 237       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 238 \r
 239       reveal = null;\r
 240       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 241       {\r
 242         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 243         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 244         {\r
 245           reveal = region;\r
 246           break;\r
 247         }\r
 248       }\r
 249 \r
 250       repaint();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     int [] reveal;\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * DOCUMENT ME!\r
 257      *\r
 258      * @param g DOCUMENT ME!\r
 259      */\r
 260     public void paintComponent(Graphics g)\r
 261     {\r
 262         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 263     }\r
 264 \r
 265     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 266     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 267         int height)\r
 268     {\r
 269         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 270         gg.setFont(av.getFont());\r
 271 \r
 272         if(av.antiAlias)\r
 273           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 274                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 275 \r
 276         //Fill in the background\r
 277         gg.setColor(Color.white);\r
 278         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 279         gg.setColor(Color.black);\r
 280 \r
 281         //Fill the selected columns\r
 282         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 283         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 284 \r
 285         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 286         {\r
 287             int sel = cs.columnAt(i);\r
 288             if(av.hasHiddenColumns)\r
 289                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 290 \r
 291             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 292             {\r
 293                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 294                     getHeight());\r
 295             }\r
 296         }\r
 297 \r
 298         // Draw the scale numbers\r
 299         gg.setColor(Color.black);\r
 300 \r
 301         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 302 \r
 303         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 304         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 305 \r
 306         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 307         {\r
 308             scalestartx += 5;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 312         {\r
 313             if ((i % 10) == 0)\r
 314             {\r
 315                 gg.drawString(String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i)),\r
 316                     (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 317                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 318                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 319                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 320                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 321             }\r
 322             else\r
 323             {\r
 324                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 325                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 326                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 327                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 328             }\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (av.hasHiddenColumns)\r
 332         {\r
 333           gg.setColor(Color.blue);\r
 334           int res;\r
 335           for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 336           {\r
 337             res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition( i )-startx;\r
 338 \r
 339             gg.fillPolygon(new int[] { res*av.charWidth - 4,\r
 340                                          res*av.charWidth + 4,\r
 341                                          res*av.charWidth },\r
 342                                 new int[]\r
 343                                 {\r
 344                                     y-av.charHeight/2 , y-av.charHeight/2 ,\r
 345                                     y + 8\r
 346                                 }, 3);\r
 347 \r
 348           }\r
 349 \r
 350           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 351           {\r
 352             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 353           }\r
 354         }\r
 355 \r
 356 \r
 357     }\r
 358 }\r