src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46 \r
  47     // wants to delete columns\r
  48     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  49     {\r
  50         this.av = av;\r
  51         this.ap = ap;\r
  52 \r
  53         addMouseListener(this);\r
  54         addMouseMotionListener(this);\r
  55     }\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * DOCUMENT ME!\r
  59      *\r
  60      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63     {\r
  64         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  65         final int res;\r
  66 \r
  67         if(av.hasHiddenColumns)\r
  68           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  69         else\r
  70           res = x;\r
  71 \r
  72         min = res;\r
  73         max = res;\r
  74 \r
  75         if(reveal != null && SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  76           {\r
  77             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  78             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  79             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  80             {\r
  81               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  82               {\r
  83                 av.getColumnSelection().revealHiddenColumns(reveal[0], av);\r
  84                 reveal = null;\r
  85                 ap.repaint();\r
  86                 if(ap.overviewPanel != null)\r
  87                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  88               }\r
  89             });\r
  90             pop.add(item);\r
  91 \r
  92             if(av.getColumnSelection().hiddenColumns.size()>1)\r
  93             {\r
  94               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  95               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  96               {\r
  97                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  98                 {\r
  99                   av.getColumnSelection().revealAllHiddenColumns(av);\r
 100                   reveal = null;\r
 101                   ap.repaint();\r
 102                   if(ap.overviewPanel != null)\r
 103                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 104                 }\r
 105               });\r
 106               pop.add(item);\r
 107             }\r
 108 \r
 109             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 110 \r
 111           }\r
 112         else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 113         {\r
 114           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 115           {\r
 116             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
 117             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 118             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 119             {\r
 120               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 121               {\r
 122                 av.getColumnSelection().hideColumns(res, av);\r
 123                 ap.repaint();\r
 124                 if(ap.overviewPanel != null)\r
 125                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 126               }\r
 127             });\r
 128             pop.add(item);\r
 129             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 130 \r
 131           }\r
 132           else\r
 133           {\r
 134             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 135             av.setSelectionGroup(null);\r
 136           }\r
 137         }\r
 138         else\r
 139         {\r
 140             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 141             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 142 \r
 143             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 144             {\r
 145                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 146             }\r
 147 \r
 148             sg.setStartRes(res);\r
 149             sg.setEndRes(res);\r
 150             av.setSelectionGroup(sg);\r
 151         }\r
 152 \r
 153 \r
 154         ap.repaint();\r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * DOCUMENT ME!\r
 159      *\r
 160      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 161      */\r
 162     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 163     {\r
 164         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 165 \r
 166         if(av.hasHiddenColumns)\r
 167           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 168 \r
 169         if (!stretchingGroup)\r
 170         {\r
 171             ap.repaint();\r
 172 \r
 173             return;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 177 \r
 178         if (res > sg.getStartRes())\r
 179         {\r
 180             sg.setEndRes(res);\r
 181         }\r
 182         else if (res < sg.getStartRes())\r
 183         {\r
 184             sg.setStartRes(res);\r
 185         }\r
 186 \r
 187         stretchingGroup = false;\r
 188         ap.repaint();\r
 189     }\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * DOCUMENT ME!\r
 193      *\r
 194      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 195      */\r
 196     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 197     {\r
 198         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 199 \r
 200         if(av.hasHiddenColumns)\r
 201           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 202 \r
 203         if (res < min)\r
 204         {\r
 205             min = res;\r
 206         }\r
 207 \r
 208         if (res > max)\r
 209         {\r
 210             max = res;\r
 211         }\r
 212 \r
 213         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 214 \r
 215         if (sg != null)\r
 216         {\r
 217             stretchingGroup = true;\r
 218 \r
 219             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 220             {\r
 221                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 222             }\r
 223 \r
 224             if (res > sg.getStartRes())\r
 225             {\r
 226                 sg.setEndRes(res);\r
 227             }\r
 228             else if (res < sg.getStartRes())\r
 229             {\r
 230                 sg.setStartRes(res);\r
 231             }\r
 232 \r
 233             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 234             {\r
 235                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 236                 {\r
 237                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 238                 }\r
 239                 else\r
 240                 {\r
 241                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 242                 }\r
 243             }\r
 244 \r
 245             ap.repaint();\r
 246         }\r
 247     }\r
 248 \r
 249     public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 250     public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 251     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 252 \r
 253     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 254     {\r
 255       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 256         return;\r
 257 \r
 258       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 259 \r
 260       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 261 \r
 262       reveal = null;\r
 263       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 264       {\r
 265         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 266         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 267         {\r
 268           reveal = region;\r
 269           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 270           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 271           break;\r
 272         }\r
 273         else\r
 274           this.setToolTipText(null);\r
 275 \r
 276       }\r
 277 \r
 278       repaint();\r
 279     }\r
 280 \r
 281     int [] reveal;\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * DOCUMENT ME!\r
 285      *\r
 286      * @param g DOCUMENT ME!\r
 287      */\r
 288     public void paintComponent(Graphics g)\r
 289     {\r
 290         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 291     }\r
 292 \r
 293     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 294     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 295         int height)\r
 296     {\r
 297         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 298         gg.setFont(av.getFont());\r
 299 \r
 300         if(av.antiAlias)\r
 301           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 302                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 303 \r
 304         //Fill in the background\r
 305         gg.setColor(Color.white);\r
 306         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 307         gg.setColor(Color.black);\r
 308 \r
 309         //Fill the selected columns\r
 310         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 311         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 312 \r
 313         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 314         {\r
 315             int sel = cs.columnAt(i);\r
 316             if(av.hasHiddenColumns)\r
 317                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 318 \r
 319             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 320             {\r
 321                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 322                     getHeight());\r
 323             }\r
 324         }\r
 325 \r
 326         // Draw the scale numbers\r
 327         gg.setColor(Color.black);\r
 328 \r
 329         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 330 \r
 331         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 332         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 333 \r
 334         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 335         {\r
 336             scalestartx += 5;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 340         {\r
 341             if ((i % 10) == 0)\r
 342             {\r
 343                 gg.drawString(String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i)),\r
 344                     (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 345                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 346                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 347                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 348                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 349             }\r
 350             else\r
 351             {\r
 352                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 353                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 354                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 355                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 356             }\r
 357         }\r
 358 \r
 359         if (av.hasHiddenColumns)\r
 360         {\r
 361           gg.setColor(Color.blue);\r
 362           int res;\r
 363           for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 364           {\r
 365             res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition( i )-startx;\r
 366 \r
 367             gg.fillPolygon(new int[] { res*av.charWidth - av.charHeight/4,\r
 368                                          res*av.charWidth + av.charHeight/4,\r
 369                                          res*av.charWidth },\r
 370                                 new int[]\r
 371                                 {\r
 372                                     y-av.charHeight/2 , y-av.charHeight/2 ,\r
 373                                     y + 8\r
 374                                 }, 3);\r
 375 \r
 376 \r
 377           }\r
 378 \r
 379           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 380           {\r
 381             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 382           }\r
 383         }\r
 384 \r
 385 \r
 386     }\r
 387 }\r