src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 import java.awt.BasicStroke;
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.FontMetrics;
  33 import java.awt.Graphics;
  34 import java.awt.Graphics2D;
  35 import java.awt.RenderingHints;
  36 import java.awt.Shape;
  37 import java.awt.image.BufferedImage;
  38 import java.util.List;
  39
  40 import javax.swing.JComponent;
  41
  42 /**
  43  * DOCUMENT ME!
  44  *
  45  * @author $author$
  46  * @version $Revision$
  47  */
  48 public class SeqCanvas extends JComponent
  49 {
  50   final FeatureRenderer fr;
  51
  52   final SequenceRenderer sr;
  53
  54   BufferedImage img;
  55
  56   Graphics2D gg;
  57
  58   int imgWidth;
  59
  60   int imgHeight;
  61
  62   AlignViewport av;
  63
  64   SearchResults searchResults = null;
  65
  66   boolean fastPaint = false;
  67
  68   int LABEL_WEST;
  69
  70   int LABEL_EAST;
  71
  72   int cursorX = 0;
  73
  74   int cursorY = 0;
  75
  76   /**
  77    * Creates a new SeqCanvas object.
  78    *
  79    * @param av
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  83   {
  84     this.av = ap.av;
  85     updateViewport();
  86     fr = new FeatureRenderer(ap);
  87     sr = new SequenceRenderer(av);
  88     setLayout(new BorderLayout());
  89     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  90     setBackground(Color.white);
  91   }
  92
  93   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  94   {
  95     return sr;
  96   }
  97
  98   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  99   {
 100     return fr;
 101   }
 102
 103   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 104
 105   private void updateViewport()
 106   {
 107     charHeight = av.getCharHeight();
 108     charWidth = av.getCharWidth();
 109   }
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param g
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param startx
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param endx
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param ypos
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 123   {
 124     updateViewport();
 125     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 126
 127     g.setColor(Color.black);
 128     // NORTH SCALE
 129     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 130     {
 131       int value = i;
 132       if (av.hasHiddenColumns())
 133       {
 134         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 135       }
 136
 137       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * charWidth,
 138               ypos - (charHeight / 2));
 139
 140       g.drawLine(((i - startx - 1) * charWidth) + (charWidth / 2),
 141               (ypos + 2) - (charHeight / 2), ((i - startx - 1) * charWidth)
 142                       + (charWidth / 2),
 143               ypos - 2);
 144     }
 145   }
 146
 147   /**
 148    * DOCUMENT ME!
 149    *
 150    * @param g
 151    *          DOCUMENT ME!
 152    * @param startx
 153    *          DOCUMENT ME!
 154    * @param endx
 155    *          DOCUMENT ME!
 156    * @param ypos
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 160   {
 161     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 162     ypos += charHeight;
 163
 164     if (av.hasHiddenColumns())
 165     {
 166       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 167       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 168     }
 169
 170     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 174     }
 175
 176     // WEST SCALE
 177     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 178     {
 179       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 180       int index = startx;
 181       int value = -1;
 182
 183       while (index < endx)
 184       {
 185         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 186         {
 187           index++;
 188
 189           continue;
 190         }
 191
 192         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 193
 194         break;
 195       }
 196
 197       if (value != -1)
 198       {
 199         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 200                 - charWidth / 2;
 201         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 202                 - (charHeight / 5));
 203       }
 204     }
 205   }
 206
 207   /**
 208    * DOCUMENT ME!
 209    *
 210    * @param g
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    * @param startx
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param endx
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    * @param ypos
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    */
 219   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 220   {
 221     ypos += charHeight;
 222
 223     if (av.hasHiddenColumns())
 224     {
 225       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 226     }
 227
 228     SequenceI seq;
 229     // EAST SCALE
 230     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 231     {
 232       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 233       int index = endx;
 234       int value = -1;
 235
 236       while (index > startx)
 237       {
 238         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 239         {
 240           index--;
 241
 242           continue;
 243         }
 244
 245         value = seq.findPosition(index);
 246
 247         break;
 248       }
 249
 250       if (value != -1)
 251       {
 252         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 253                 - (charHeight / 5));
 254       }
 255     }
 256   }
 257
 258   boolean fastpainting = false;
 259
 260   /**
 261    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 262    * slider adjustment
 263    *
 264    * @param horizontal
 265    *          shift along
 266    * @param vertical
 267    *          shift up or down in repaint
 268    */
 269   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 270   {
 271     if (fastpainting || gg == null)
 272     {
 273       return;
 274     }
 275     fastpainting = true;
 276     fastPaint = true;
 277     updateViewport();
 278     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 279             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 280
 281     int sr = av.startRes;
 282     int er = av.endRes;
 283     int ss = av.startSeq;
 284     int es = av.endSeq;
 285     int transX = 0;
 286     int transY = 0;
 287
 288     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 289     {
 290       er++;
 291       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 292       sr = er - horizontal;
 293     }
 294     else if (horizontal < 0)
 295     {
 296       er = sr - horizontal - 1;
 297     }
 298     else if (vertical > 0) // scroll down
 299     {
 300       ss = es - vertical;
 301
 302       if (ss < av.startSeq)
 303       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 304         ss = av.startSeq;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 309       }
 310     }
 311     else if (vertical < 0)
 312     {
 313       es = ss - vertical;
 314
 315       if (es > av.endSeq)
 316       {
 317         es = av.endSeq;
 318       }
 319     }
 320
 321     gg.translate(transX, transY);
 322     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 323     gg.translate(-transX, -transY);
 324
 325     repaint();
 326     fastpainting = false;
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 331    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 332    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 333    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 334    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 335    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 336    */
 337
 338   // Set this to false to force a full panel paint
 339   public void paintComponent(Graphics g)
 340   {
 341     updateViewport();
 342     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 343     // img and call later.
 344     super.paintComponent(g);
 345
 346     if (lcimg != null
 347             && (fastPaint
 348                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 349                     .getClipBounds().height)))
 350     {
 351       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 352       fastPaint = false;
 353       return;
 354     }
 355
 356     // this draws the whole of the alignment
 357     imgWidth = getWidth();
 358     imgHeight = getHeight();
 359
 360     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 361     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 362
 363     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 364     {
 365       return;
 366     }
 367
 368     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 369             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 370     {
 371       try
 372       {
 373         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 374                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 375         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 376         gg.setFont(av.getFont());
 377       } catch (OutOfMemoryError er)
 378       {
 379         System.gc();
 380         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 381         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 382
 383         return;
 384       }
 385     }
 386
 387     if (av.antiAlias)
 388     {
 389       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 390               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 391     }
 392
 393     gg.setColor(Color.white);
 394     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 395
 396     if (av.getWrapAlignment())
 397     {
 398       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 399     }
 400     else
 401     {
 402       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 403     }
 404
 405     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 406
 407   }
 408
 409   /**
 410    * DOCUMENT ME!
 411    *
 412    * @param cwidth
 413    *          DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @return DOCUMENT ME!
 416    */
 417   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 418   {
 419     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 420
 421     LABEL_EAST = 0;
 422     LABEL_WEST = 0;
 423
 424     if (av.getScaleRightWrapped())
 425     {
 426       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 427     }
 428
 429     if (av.getScaleLeftWrapped())
 430     {
 431       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 432     }
 433
 434     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Generates a string of zeroes.
 439    *
 440    * @return String
 441    */
 442   String getMask()
 443   {
 444     String mask = "00";
 445     int maxWidth = 0;
 446     int tmp;
 447     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 448     {
 449       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 450       if (tmp > maxWidth)
 451       {
 452         maxWidth = tmp;
 453       }
 454     }
 455
 456     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 457     {
 458       mask += "0";
 459     }
 460     return mask;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @param g
 467    *          DOCUMENT ME!
 468    * @param canvasWidth
 469    *          DOCUMENT ME!
 470    * @param canvasHeight
 471    *          DOCUMENT ME!
 472    * @param startRes
 473    *          DOCUMENT ME!
 474    */
 475   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 476           int canvasHeight, int startRes)
 477   {
 478     updateViewport();
 479     AlignmentI al = av.getAlignment();
 480
 481     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 482
 483     if (av.getScaleRightWrapped())
 484     {
 485       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 486     }
 487
 488     if (av.getScaleLeftWrapped())
 489     {
 490       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 491     }
 492
 493     int hgap = charHeight;
 494     if (av.getScaleAboveWrapped())
 495     {
 496       hgap += charHeight;
 497     }
 498
 499     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 500     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 501
 502     av.setWrappedWidth(cWidth);
 503
 504     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 505
 506     int endx;
 507     int ypos = hgap;
 508     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 509
 510     if (av.hasHiddenColumns())
 511     {
 512       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 513     }
 514
 515     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 516     {
 517       endx = startRes + cWidth - 1;
 518
 519       if (endx > maxwidth)
 520       {
 521         endx = maxwidth;
 522       }
 523
 524       g.setFont(av.getFont());
 525       g.setColor(Color.black);
 526
 527       if (av.getScaleLeftWrapped())
 528       {
 529         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 530       }
 531
 532       if (av.getScaleRightWrapped())
 533       {
 534         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 535         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 536         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 537       }
 538
 539       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 540
 541       if (av.getScaleAboveWrapped())
 542       {
 543         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 544       }
 545
 546       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 547       {
 548         g.setColor(Color.blue);
 549         int res;
 550         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 551                 .size(); i++)
 552         {
 553           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 554                   - startRes;
 555
 556           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 557           {
 558             continue;
 559           }
 560
 561           gg.fillPolygon(new int[]
 562           { res * charWidth - charHeight / 4,
 563               res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 564                   new int[]
 565                   { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 566                       ypos - (charHeight / 2) + 8 }, 3);
 567
 568         }
 569       }
 570
 571       // When printing we have an extra clipped region,
 572       // the Printable page which we need to account for here
 573       Shape clip = g.getClip();
 574
 575       if (clip == null)
 576       {
 577         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 578       }
 579       else
 580       {
 581         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 582                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 583       }
 584
 585       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 586
 587       if (av.isShowAnnotation())
 588       {
 589         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 590         if (annotations == null)
 591         {
 592           annotations = new AnnotationPanel(av);
 593         }
 594
 595         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g,
 596                 -1, startRes, endx + 1);
 597         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 598       }
 599       g.setClip(clip);
 600       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 601
 602       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 603
 604       startRes += cWidth;
 605     }
 606   }
 607
 608   AnnotationPanel annotations;
 609
 610   int getAnnotationHeight()
 611   {
 612     if (!av.isShowAnnotation())
 613     {
 614       return 0;
 615     }
 616
 617     if (annotations == null)
 618     {
 619       annotations = new AnnotationPanel(av);
 620     }
 621
 622     return annotations.adjustPanelHeight();
 623   }
 624
 625   /**
 626    * DOCUMENT ME!
 627    *
 628    * @param g1
 629    *          DOCUMENT ME!
 630    * @param startRes
 631    *          DOCUMENT ME!
 632    * @param endRes
 633    *          DOCUMENT ME!
 634    * @param startSeq
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    * @param endSeq
 637    *          DOCUMENT ME!
 638    * @param offset
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    */
 641   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 642           int startSeq,
 643           int endSeq, int offset)
 644   {
 645     updateViewport();
 646     if (!av.hasHiddenColumns())
 647     {
 648       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 649     }
 650     else
 651     {
 652       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 653
 654       int screenY = 0;
 655       int blockStart = startRes;
 656       int blockEnd = endRes;
 657
 658       for (int[] region : regions)
 659       {
 660         int hideStart = region[0];
 661         int hideEnd = region[1];
 662
 663         if (hideStart <= blockStart)
 664         {
 665           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 666           continue;
 667         }
 668
 669         blockEnd = hideStart - 1;
 670
 671         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 672
 673         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 674
 675         if (av.getShowHiddenMarkers())
 676         {
 677           g1.setColor(Color.blue);
 678
 679           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 680                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 681                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 682         }
 683
 684         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 685         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 686         blockStart = hideEnd + 1;
 687       }
 688
 689       if (screenY <= (endRes - startRes))
 690       {
 691         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 692         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 693         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 694
 695         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 696       }
 697     }
 698
 699   }
 700
 701   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 702   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 703   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 704           int endSeq,
 705           int offset)
 706   {
 707     g.setFont(av.getFont());
 708     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 709
 710     SequenceI nextSeq;
 711
 712     // / First draw the sequences
 713     // ///////////////////////////
 714     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 715     {
 716       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 717       if (nextSeq == null)
 718       {
 719         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 720         // empty
 721         continue;
 722       }
 723       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 724               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 725
 726       if (av.isShowSequenceFeatures())
 727       {
 728         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 729                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 730       }
 731
 732       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 733       // ////////////////////////////////////////////////////////
 734       if (searchResults != null)
 735       {
 736         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 737                 endRes);
 738         if (visibleResults != null)
 739         {
 740           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 741           {
 742             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 743                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 744                             * charWidth, offset
 745                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 746           }
 747         }
 748       }
 749
 750       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 751               && cursorX <= endRes)
 752       {
 753         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 754                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 755       }
 756     }
 757
 758     if (av.getSelectionGroup() != null
 759             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 760     {
 761       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 762     }
 763
 764   }
 765
 766   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 767           int startSeq, int endSeq, int offset)
 768   {
 769     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 770     //
 771     // ///////////////////////////////////
 772     // Now outline any areas if necessary
 773     // ///////////////////////////////////
 774     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 775
 776     int sx = -1;
 777     int sy = -1;
 778     int ex = -1;
 779     int groupIndex = -1;
 780     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 781
 782     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 783     {
 784       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 785       groupIndex = 0;
 786     }
 787
 788     if (group != null)
 789     {
 790       do
 791       {
 792         int oldY = -1;
 793         int i = 0;
 794         boolean inGroup = false;
 795         int top = -1;
 796         int bottom = -1;
 797
 798         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 799         {
 800           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 801           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 802           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 803
 804           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 805           {
 806             continue;
 807           }
 808
 809           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 810                   && group.getSequences(null).contains(
 811                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 812           {
 813             if ((bottom == -1)
 814                     && !group.getSequences(null).contains(
 815                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 816             {
 817               bottom = sy + charHeight;
 818             }
 819
 820             if (!inGroup)
 821             {
 822               if (((top == -1) && (i == 0))
 823                       || !group.getSequences(null).contains(
 824                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 825               {
 826                 top = sy;
 827               }
 828
 829               oldY = sy;
 830               inGroup = true;
 831
 832               if (group == av.getSelectionGroup())
 833               {
 834                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 835                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 836                         { 5f, 3f }, 0f));
 837                 g.setColor(Color.RED);
 838               }
 839               else
 840               {
 841                 g.setStroke(new BasicStroke());
 842                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 843               }
 844             }
 845           }
 846           else
 847           {
 848             if (inGroup)
 849             {
 850               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 851               {
 852                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 853               }
 854
 855               if (sx + ex < visWidth)
 856               {
 857                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 858               }
 859
 860               if (sx < 0)
 861               {
 862                 ex += sx;
 863                 sx = 0;
 864               }
 865
 866               if (sx + ex > visWidth)
 867               {
 868                 ex = visWidth;
 869               }
 870
 871               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 872               {
 873                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 874               }
 875
 876               if (top != -1)
 877               {
 878                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 879                 top = -1;
 880               }
 881
 882               if (bottom != -1)
 883               {
 884                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 885                 bottom = -1;
 886               }
 887
 888               inGroup = false;
 889             }
 890           }
 891         }
 892
 893         if (inGroup)
 894         {
 895           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 896           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 897           {
 898             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 899           }
 900
 901           if (sx + ex < visWidth)
 902           {
 903             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 904           }
 905
 906           if (sx < 0)
 907           {
 908             ex += sx;
 909             sx = 0;
 910           }
 911
 912           if (sx + ex > visWidth)
 913           {
 914             ex = visWidth;
 915           }
 916           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 917           {
 918             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 919           }
 920
 921           if (top != -1)
 922           {
 923             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 924             top = -1;
 925           }
 926
 927           if (bottom != -1)
 928           {
 929             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 930             bottom = -1;
 931           }
 932
 933           inGroup = false;
 934         }
 935
 936         groupIndex++;
 937
 938         g.setStroke(new BasicStroke());
 939
 940         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 941         {
 942           break;
 943         }
 944
 945         group = av.getAlignment().getGroups()
 946                 .get(groupIndex);
 947
 948       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 949
 950     }
 951
 952   }
 953
 954   /**
 955    * DOCUMENT ME!
 956    *
 957    * @param results
 958    *          DOCUMENT ME!
 959    */
 960   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 961   {
 962     img = null;
 963
 964     searchResults = results;
 965
 966     repaint();
 967   }
 968 }