src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     boolean fastPaint = false;\r
  47     int LABEL_WEST;\r
  48     int LABEL_EAST;\r
  49 \r
  50     boolean isOverview = false;\r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  54      *\r
  55      * @param av DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  58     {\r
  59         this.av = av;\r
  60         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  62         setLayout(new BorderLayout());\r
  63         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  64         setBackground(Color.white);\r
  65     }\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * DOCUMENT ME!\r
  69      *\r
  70      * @param g DOCUMENT ME!\r
  71      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  72      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  73      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  76     {\r
  77         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  78 \r
  79         g.setColor(Color.black);\r
  80 \r
  81         // NORTH SCALE\r
  82         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  83         {\r
  84             String string = String.valueOf(i);\r
  85             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  86                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  87 \r
  88             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  89                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  90                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  91                 2);\r
  92         }\r
  93     }\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * DOCUMENT ME!\r
  97      *\r
  98      * @param g DOCUMENT ME!\r
  99      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 100      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 101      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 102      */\r
 103     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 104     {\r
 105         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 106         ypos += av.charHeight;\r
 107 \r
 108         // EAST SCALE\r
 109         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 110         {\r
 111             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 112             int index = startx;\r
 113             int value = -1;\r
 114 \r
 115             while (index < endx)\r
 116             {\r
 117                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 118                 {\r
 119                     index++;\r
 120 \r
 121                     continue;\r
 122                 }\r
 123 \r
 124                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 125 \r
 126                 break;\r
 127             }\r
 128 \r
 129             if (value != -1)\r
 130             {\r
 131                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 132                 g.drawString(value + "", x,\r
 133                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 134             }\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @param g DOCUMENT ME!\r
 142      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 143      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 144      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 147     {\r
 148         ypos += av.charHeight;\r
 149 \r
 150         // EAST SCALE\r
 151         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 152         {\r
 153             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 154             int index = endx;\r
 155             int value = -1;\r
 156 \r
 157             while (index > startx)\r
 158             {\r
 159                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 160                 {\r
 161                     index--;\r
 162 \r
 163                     continue;\r
 164                 }\r
 165 \r
 166                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 167 \r
 168                 break;\r
 169             }\r
 170 \r
 171             if (value != -1)\r
 172             {\r
 173                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 174                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 175             }\r
 176         }\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 183      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 186     {\r
 187         if (gg == null)\r
 188         {\r
 189             return;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 193                     vertical * av.charHeight,\r
 194                     imgWidth,\r
 195                     imgHeight,\r
 196                     -horizontal * av.charWidth,\r
 197                     -vertical * av.charHeight);\r
 198 \r
 199         int sr = av.startRes;\r
 200         int er = av.endRes;\r
 201         int ss = av.startSeq;\r
 202         int es = av.endSeq;\r
 203         int transX = 0;\r
 204         int transY = 0;\r
 205 \r
 206         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 207         {\r
 208             er ++;\r
 209             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 210             sr = er - horizontal;\r
 211         }\r
 212         else if (horizontal < 0)\r
 213         {\r
 214             er = sr - horizontal-1;\r
 215         }\r
 216         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 217         {\r
 218             ss = es - vertical;\r
 219 \r
 220             if (ss < av.startSeq)\r
 221             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 222                 ss = av.startSeq;\r
 223             }\r
 224             else\r
 225             {\r
 226                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 227             }\r
 228         }\r
 229         else if (vertical < 0)\r
 230         {\r
 231             es = ss - vertical;\r
 232 \r
 233             if (es > av.endSeq)\r
 234             {\r
 235                 es = av.endSeq;\r
 236             }\r
 237         }\r
 238 \r
 239         gg.translate(transX, transY);\r
 240         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 241         gg.translate(-transX, -transY);\r
 242 \r
 243         fastPaint = true;\r
 244         repaint();\r
 245     }\r
 246 \r
 247     /**\r
 248      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 249      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 250      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 251      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 252      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 253      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 254      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 255      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 256      */\r
 257 \r
 258     // Set this to false to force a full panel paint\r
 259     public void paintComponent(Graphics g)\r
 260     {\r
 261         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 262 \r
 263         if ((img != null) &&\r
 264                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 265                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 266         {\r
 267             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 268             fastPaint = false;\r
 269 \r
 270             return;\r
 271         }\r
 272 \r
 273         // this draws the whole of the alignment\r
 274         imgWidth = getWidth();\r
 275         imgHeight = getHeight();\r
 276 \r
 277         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 278         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 279 \r
 280         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 281         {\r
 282             return;\r
 283         }\r
 284 \r
 285 \r
 286         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 287         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 288         gg.setFont(av.getFont());\r
 289         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 290           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 291 \r
 292         gg.setColor(Color.white);\r
 293         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 294 \r
 295 \r
 296         if (av.getWrapAlignment())\r
 297         {\r
 298             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 299         }\r
 300         else\r
 301         {\r
 302             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 303                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 304         }\r
 305 \r
 306         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * DOCUMENT ME!\r
 311      *\r
 312      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 313      *\r
 314      * @return DOCUMENT ME!\r
 315      */\r
 316     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 317     {\r
 318         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 319 \r
 320         LABEL_EAST = 0;\r
 321         LABEL_WEST = 0;\r
 322 \r
 323         if (av.scaleRightWrapped)\r
 324         {\r
 325             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 326         }\r
 327 \r
 328         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 329         {\r
 330             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 331         }\r
 332 \r
 333         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 334     }\r
 335 \r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * Generates a string of zeroes.\r
 339      * @return String\r
 340      */\r
 341     String getMask()\r
 342     {\r
 343       String mask = "0";\r
 344       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 345       {\r
 346         mask += "0";\r
 347       }\r
 348       return mask;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * DOCUMENT ME!\r
 353      *\r
 354      * @param g DOCUMENT ME!\r
 355      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 356      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 357      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 360         int startRes)\r
 361     {\r
 362 \r
 363         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 364 \r
 365         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 366 \r
 367         int LABEL_EAST = 0;\r
 368 \r
 369         if (av.scaleRightWrapped)\r
 370         {\r
 371             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 372         }\r
 373 \r
 374         int LABEL_WEST = 0;\r
 375 \r
 376         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 377         {\r
 378             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 379         }\r
 380 \r
 381         int hgap = av.charHeight;\r
 382         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 383           hgap += av.charHeight;\r
 384 \r
 385         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 386         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 387 \r
 388         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 389 \r
 390         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 391 \r
 392 \r
 393         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 394         int ypos = hgap;\r
 395 \r
 396 \r
 397         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 398         {\r
 399             g.setColor(Color.black);\r
 400 \r
 401             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 402             {\r
 403                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 404             }\r
 405 \r
 406             if (av.scaleRightWrapped)\r
 407             {\r
 408                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 409                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 410                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 411             }\r
 412 \r
 413             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 414 \r
 415             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 416             {\r
 417                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 418             }\r
 419 \r
 420             // When printing we have an extra clipped region,\r
 421             // the Printable page which we need to account for here\r
 422             Shape clip = g.getClip();\r
 423 \r
 424             if (clip == null)\r
 425             {\r
 426                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 427             }\r
 428             else\r
 429             {\r
 430                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 431                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 432             }\r
 433 \r
 434             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 435             {\r
 436               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 437             }\r
 438 \r
 439 \r
 440             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 441 \r
 442             if(av.showAnnotation)\r
 443             {\r
 444               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 445               if(annotations==null)\r
 446                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 447 \r
 448               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 449               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 450             }\r
 451             g.setClip(clip);\r
 452             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 453 \r
 454             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 455             if(av.showAnnotation)\r
 456               ypos -= 3;\r
 457 \r
 458             startRes += cWidth;\r
 459             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 460 \r
 461             if (endx > al.getWidth())\r
 462             {\r
 463                 endx = al.getWidth();\r
 464             }\r
 465         }\r
 466     }\r
 467 \r
 468     AnnotationPanel annotations;\r
 469     int getAnnotationHeight()\r
 470     {\r
 471       if(!av.showAnnotation)\r
 472         return 0;\r
 473 \r
 474       if(annotations==null)\r
 475         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 476 \r
 477       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * DOCUMENT ME!\r
 482      *\r
 483      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 484      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 485      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 486      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 487      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 488      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 489      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 490      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 491      */\r
 492     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 493         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 494     {\r
 495         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 496         g.setFont(av.getFont());\r
 497 \r
 498         SequenceI nextSeq;\r
 499 \r
 500         /// First draw the sequences\r
 501         /////////////////////////////\r
 502         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 503         {\r
 504             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 505 \r
 506             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 507                 x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 508                 offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 509                 av.charHeight);\r
 510 \r
 511             if (av.showSequenceFeatures)\r
 512             {\r
 513                 fr.drawSequence(g, nextSeq,\r
 514                     av.alignment.findAllGroups(nextSeq), x1, x2,\r
 515                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 516                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 517                     av.charHeight);\r
 518             }\r
 519         }\r
 520 \r
 521         //\r
 522         /////////////////////////////////////\r
 523         // Now outline any areas if necessary\r
 524         /////////////////////////////////////\r
 525         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 526         java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 527 \r
 528         int sx = -1;\r
 529         int sy = -1;\r
 530         int ex = -1;\r
 531         int groupIndex = -1;\r
 532 \r
 533         if ((group == null) && (groups.size() > 0))\r
 534         {\r
 535             group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 536             groupIndex = 0;\r
 537         }\r
 538 \r
 539 \r
 540         if (group != null && !isOverview)\r
 541         {\r
 542             do\r
 543             {\r
 544                 int oldY = -1;\r
 545                 int i = 0;\r
 546                 boolean inGroup = false;\r
 547                 int top = -1;\r
 548                 int bottom = -1;\r
 549 \r
 550                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 551                 {\r
 552                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 553                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 554                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 555                         1;\r
 556 \r
 557                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 558                     {\r
 559                       continue;\r
 560                     }\r
 561 \r
 562                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 563                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 564                                     i)))\r
 565                     {\r
 566                         if ((bottom == -1) &&\r
 567                                 !group.sequences.contains(\r
 568                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 569                         {\r
 570                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 571                         }\r
 572 \r
 573                         if (!inGroup)\r
 574                         {\r
 575                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 576                                     !group.sequences.contains(\r
 577                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 578                             {\r
 579                                 top = sy;\r
 580                             }\r
 581 \r
 582                             oldY = sy;\r
 583                             inGroup = true;\r
 584 \r
 585                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 586                             {\r
 587                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 588                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 589                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 590                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 591                                 g.setColor(Color.RED);\r
 592                             }\r
 593                             else\r
 594                             {\r
 595                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 596                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 597                             }\r
 598                         }\r
 599                     }\r
 600                     else\r
 601                     {\r
 602                       if (inGroup)\r
 603                       {\r
 604                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 605                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 606 \r
 607                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 608                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 609 \r
 610                         if (sx < 0)\r
 611                         {\r
 612                           ex += sx;\r
 613                           sx = 0;\r
 614                         }\r
 615 \r
 616                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 617                           ex = imgWidth;\r
 618 \r
 619                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 620                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 621 \r
 622                         if (top != -1)\r
 623                         {\r
 624                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 625                           top = -1;\r
 626                         }\r
 627 \r
 628                         if (bottom != -1)\r
 629                         {\r
 630                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 631                           bottom = -1;\r
 632                         }\r
 633 \r
 634                         inGroup = false;\r
 635                         }\r
 636                     }\r
 637                 }\r
 638 \r
 639                 if (inGroup)\r
 640                 {\r
 641                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 642                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 643                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 644 \r
 645                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 646                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 647 \r
 648                   if (sx < 0)\r
 649                   {\r
 650                     ex += sx;\r
 651                     sx = 0;\r
 652                   }\r
 653 \r
 654                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 655                     ex = imgWidth;\r
 656                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 657                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 658 \r
 659                   if (top != -1)\r
 660                   {\r
 661                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 662                     top = -1;\r
 663                   }\r
 664 \r
 665                   if (bottom != -1)\r
 666                   {\r
 667                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 668                     bottom = -1;\r
 669                   }\r
 670 \r
 671                     inGroup = false;\r
 672                 }\r
 673 \r
 674                 groupIndex++;\r
 675 \r
 676                 if (groupIndex >= groups.size())\r
 677                 {\r
 678                     break;\r
 679                 }\r
 680 \r
 681                 group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 682             }\r
 683             while (groupIndex < groups.size());\r
 684         }\r
 685 \r
 686         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 687         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 688         if (displaySearch)\r
 689         {\r
 690             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 691             {\r
 692                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 693 \r
 694                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 695                 {\r
 696                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 697 \r
 698                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 699                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 700 \r
 701                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 702 \r
 703                     if (searchStart < x1)\r
 704                     {\r
 705                         searchStart = x1;\r
 706                     }\r
 707 \r
 708                     if (searchEnd > x2)\r
 709                     {\r
 710                         searchEnd = x2;\r
 711                     }\r
 712 \r
 713                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 714                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 715                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 716                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 717                 }\r
 718             }\r
 719         }\r
 720     }\r
 721 \r
 722     /**\r
 723      * DOCUMENT ME!\r
 724      *\r
 725      * @param results DOCUMENT ME!\r
 726      */\r
 727     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 728     {\r
 729         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 730         if (results == null)\r
 731         {\r
 732             displaySearch = false;\r
 733         }\r
 734         else\r
 735         {\r
 736             displaySearch = true;\r
 737         }\r
 738 \r
 739         searchResults = results;\r
 740 \r
 741         repaint();\r
 742     }\r
 743 }\r