src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136         {\r
 137           startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 138           endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 142         if (av.hasHiddenColumns)\r
 143             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 144 \r
 145         // WEST SCALE\r
 146         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 147         {\r
 148             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 149             int index = startx;\r
 150             int value = -1;\r
 151 \r
 152             while (index < endx)\r
 153             {\r
 154                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 155                 {\r
 156                     index++;\r
 157 \r
 158                     continue;\r
 159                 }\r
 160 \r
 161                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 162 \r
 163                 break;\r
 164             }\r
 165 \r
 166             if (value != -1)\r
 167             {\r
 168                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 169                 g.drawString(value + "", x,\r
 170                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 171             }\r
 172         }\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * DOCUMENT ME!\r
 177      *\r
 178      * @param g DOCUMENT ME!\r
 179      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 180      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 181      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 184     {\r
 185         ypos += av.charHeight;\r
 186 \r
 187         if(av.hasHiddenColumns)\r
 188                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 189 \r
 190         SequenceI seq;\r
 191         // EAST SCALE\r
 192         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 193         {\r
 194             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 195             int index = endx;\r
 196             int value = -1;\r
 197 \r
 198             while (index > startx)\r
 199             {\r
 200                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 201                 {\r
 202                     index--;\r
 203 \r
 204                     continue;\r
 205                 }\r
 206 \r
 207                 value = seq.findPosition(index);\r
 208 \r
 209                 break;\r
 210             }\r
 211 \r
 212             if (value != -1)\r
 213             {\r
 214                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 215                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 216             }\r
 217         }\r
 218     }\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * DOCUMENT ME!\r
 222      *\r
 223      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 224      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 225      */\r
 226     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 227     {\r
 228         if (gg == null)\r
 229         {\r
 230             return;\r
 231         }\r
 232 \r
 233 \r
 234         fastPaint = true;\r
 235 \r
 236         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 237                     vertical * av.charHeight,\r
 238                     imgWidth,\r
 239                     imgHeight,\r
 240                     -horizontal * av.charWidth,\r
 241                     -vertical * av.charHeight);\r
 242 \r
 243         int sr = av.startRes;\r
 244         int er = av.endRes;\r
 245         int ss = av.startSeq;\r
 246         int es = av.endSeq;\r
 247         int transX = 0;\r
 248         int transY = 0;\r
 249 \r
 250 \r
 251         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 252         {\r
 253             er ++;\r
 254             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 255             sr = er - horizontal;\r
 256         }\r
 257         else if (horizontal < 0)\r
 258         {\r
 259             er = sr - horizontal-1;\r
 260         }\r
 261         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 262         {\r
 263             ss = es - vertical;\r
 264 \r
 265             if (ss < av.startSeq)\r
 266             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 267                 ss = av.startSeq;\r
 268             }\r
 269             else\r
 270             {\r
 271                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 272             }\r
 273         }\r
 274         else if (vertical < 0)\r
 275         {\r
 276             es = ss - vertical;\r
 277 \r
 278             if (es > av.endSeq)\r
 279             {\r
 280                 es = av.endSeq;\r
 281             }\r
 282         }\r
 283 \r
 284         gg.translate(transX, transY);\r
 285         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 286         gg.translate(-transX, -transY);\r
 287 \r
 288         repaint();\r
 289     }\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 293      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 294      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 295      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 296      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 297      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 298      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 299      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 300      */\r
 301 \r
 302     // Set this to false to force a full panel paint\r
 303     public void paintComponent(Graphics g)\r
 304     {\r
 305         super.paintComponent(g);\r
 306 \r
 307 \r
 308 \r
 309         if ( img != null && (fastPaint\r
 310              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 311              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 312         {\r
 313             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 314             fastPaint = false;\r
 315             return;\r
 316         }\r
 317 \r
 318 \r
 319         // this draws the whole of the alignment\r
 320         imgWidth = getWidth();\r
 321         imgHeight = getHeight();\r
 322 \r
 323         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 324         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 325 \r
 326         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 327         {\r
 328             return;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 332         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 333         gg.setFont(av.getFont());\r
 334 \r
 335         if (av.antiAlias)\r
 336           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 337                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 338 \r
 339         gg.setColor(Color.white);\r
 340         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 341 \r
 342 \r
 343         if (av.getWrapAlignment())\r
 344         {\r
 345             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 350         }\r
 351 \r
 352         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 353 \r
 354         if (pdbCanvas != null)\r
 355         {\r
 356            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 357         }\r
 358 \r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * DOCUMENT ME!\r
 363      *\r
 364      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 365      *\r
 366      * @return DOCUMENT ME!\r
 367      */\r
 368     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 369     {\r
 370         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 371 \r
 372         LABEL_EAST = 0;\r
 373         LABEL_WEST = 0;\r
 374 \r
 375         if (av.scaleRightWrapped)\r
 376         {\r
 377             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 378         }\r
 379 \r
 380         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 381         {\r
 382             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 383         }\r
 384 \r
 385         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 386     }\r
 387 \r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * Generates a string of zeroes.\r
 391      * @return String\r
 392      */\r
 393     String getMask()\r
 394     {\r
 395       String mask = "00";\r
 396       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 397       {\r
 398         mask += "0";\r
 399       }\r
 400       return mask;\r
 401     }\r
 402 \r
 403     /**\r
 404      * DOCUMENT ME!\r
 405      *\r
 406      * @param g DOCUMENT ME!\r
 407      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 408      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 409      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 412         int startRes)\r
 413     {\r
 414         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 415 \r
 416         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 417 \r
 418 \r
 419         if (av.scaleRightWrapped)\r
 420         {\r
 421             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 422         }\r
 423 \r
 424 \r
 425         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 426         {\r
 427             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 428         }\r
 429 \r
 430         int hgap = av.charHeight;\r
 431         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 432           hgap += av.charHeight;\r
 433 \r
 434         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 435         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 436 \r
 437         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 438 \r
 439         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 440 \r
 441 \r
 442         int endx;\r
 443         int ypos = hgap;\r
 444         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 445 \r
 446         if(av.hasHiddenColumns)\r
 447           maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth)-1;\r
 448 \r
 449         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))\r
 450         {\r
 451           endx = startRes + cWidth -1;\r
 452 \r
 453           if (endx > maxwidth)\r
 454           {\r
 455             endx = maxwidth;\r
 456           }\r
 457 \r
 458             g.setFont(av.getFont());\r
 459             g.setColor(Color.black);\r
 460 \r
 461             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 462             {\r
 463                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 464             }\r
 465 \r
 466             if (av.scaleRightWrapped)\r
 467             {\r
 468                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 469                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 470                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 471             }\r
 472 \r
 473             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 474 \r
 475             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 476             {\r
 477                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 478             }\r
 479 \r
 480             if (av.hasHiddenColumns && av.showHiddenMarkers)\r
 481             {\r
 482               g.setColor(Color.blue);\r
 483               int res;\r
 484               for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 485                    i++)\r
 486               {\r
 487                 res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 488                     startRes;\r
 489 \r
 490                 if (res < 0 || res > endx - startRes)\r
 491                   continue;\r
 492 \r
 493                 gg.fillPolygon(new int[]\r
 494                                {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 495                                res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 496                                res * av.charWidth},\r
 497                                new int[]\r
 498                                {\r
 499                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 500                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 501                                ypos - (av.charHeight / 2) + 8\r
 502                 }, 3);\r
 503 \r
 504               }\r
 505             }\r
 506 \r
 507 \r
 508 \r
 509             // When printing we have an extra clipped region,\r
 510             // the Printable page which we need to account for here\r
 511             Shape clip = g.getClip();\r
 512 \r
 513             if (clip == null)\r
 514             {\r
 515                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 516             }\r
 517             else\r
 518             {\r
 519                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 520                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 521             }\r
 522 \r
 523             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 524 \r
 525             if(av.showAnnotation)\r
 526             {\r
 527               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 528               if(annotations==null)\r
 529                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 530 \r
 531               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx+1);\r
 532               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 533             }\r
 534             g.setClip(clip);\r
 535             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 536 \r
 537             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 538             if(av.showAnnotation)\r
 539               ypos -= 3;\r
 540 \r
 541             startRes += cWidth;\r
 542         }\r
 543     }\r
 544 \r
 545     AnnotationPanel annotations;\r
 546     int getAnnotationHeight()\r
 547     {\r
 548       if(!av.showAnnotation)\r
 549         return 0;\r
 550 \r
 551       if(annotations==null)\r
 552         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 553 \r
 554       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 555     }\r
 556 \r
 557     /**\r
 558      * DOCUMENT ME!\r
 559      *\r
 560      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 561      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 562      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 563      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 564      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 565      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 566      */\r
 567     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 568                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 569     {\r
 570       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 571       {\r
 572         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 573       }\r
 574       else\r
 575       {\r
 576         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 577 \r
 578         int screenY = 0;\r
 579         int blockStart = startRes;\r
 580         int blockEnd = endRes;\r
 581 \r
 582         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 583         {\r
 584           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 585           int hideStart = region[0];\r
 586           int hideEnd = region[1];\r
 587 \r
 588           if (hideStart <= blockStart)\r
 589           {\r
 590             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 591             continue;\r
 592           }\r
 593 \r
 594           blockEnd = hideStart - 1;\r
 595 \r
 596           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 597 \r
 598           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 599 \r
 600           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 601           {\r
 602             g1.setColor(Color.blue);\r
 603             g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 604                         startSeq + offset,\r
 605                         (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 606                         startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 607           }\r
 608 \r
 609           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 610           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 611           blockStart = hideEnd + 1;\r
 612         }\r
 613 \r
 614         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 615         {\r
 616           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 617           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 618           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 619 \r
 620           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 621         }\r
 622       }\r
 623 \r
 624     }\r
 625 \r
 626 \r
 627 \r
 628 \r
 629     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 630     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 631     void draw(Graphics g,\r
 632                    int startRes, int endRes,\r
 633                    int startSeq, int endSeq,\r
 634                    int offset)\r
 635    {\r
 636       g.setFont(av.getFont());\r
 637       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 638 \r
 639       SequenceI nextSeq;\r
 640 \r
 641         /// First draw the sequences\r
 642         /////////////////////////////\r
 643         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 644         {\r
 645             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 646 \r
 647             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 648                             startRes, endRes,\r
 649                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 650 \r
 651             if (av.showSequenceFeatures)\r
 652             {\r
 653                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 654                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 655             }\r
 656 \r
 657             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 658             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 659             if (searchResults != null)\r
 660             {\r
 661               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 662               if (visibleResults != null)\r
 663                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 664                 {\r
 665                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 666                                          visibleResults[r + 1],\r
 667                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 668                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 669                 }\r
 670             }\r
 671 \r
 672             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 673                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 674             {\r
 675               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 676                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 677             }\r
 678           }\r
 679 \r
 680           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 681             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 682 \r
 683    }\r
 684 \r
 685    void drawGroupsBoundaries(Graphics g1,\r
 686                    int startRes, int endRes,\r
 687                    int startSeq, int endSeq,\r
 688                    int offset)\r
 689    {\r
 690        Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 691         //\r
 692         /////////////////////////////////////\r
 693         // Now outline any areas if necessary\r
 694         /////////////////////////////////////\r
 695         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 696 \r
 697         int sx = -1;\r
 698         int sy = -1;\r
 699         int ex = -1;\r
 700         int groupIndex = -1;\r
 701 \r
 702         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 703         {\r
 704             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 705             groupIndex = 0;\r
 706         }\r
 707 \r
 708         if (group != null)\r
 709         {\r
 710             do\r
 711             {\r
 712                 int oldY = -1;\r
 713                 int i = 0;\r
 714                 boolean inGroup = false;\r
 715                 int top = -1;\r
 716                 int bottom = -1;\r
 717 \r
 718                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 719                 {\r
 720                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 721                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 722                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 723                         1;\r
 724 \r
 725                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 726                     {\r
 727                       continue;\r
 728                     }\r
 729 \r
 730                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 731                             group.getSequences(false).\r
 732                             contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 733                     {\r
 734                         if ((bottom == -1) &&\r
 735                                 !group.getSequences(false).contains(\r
 736                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 737                         {\r
 738                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 739                         }\r
 740 \r
 741                         if (!inGroup)\r
 742                         {\r
 743                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 744                                     !group.getSequences(false).contains(\r
 745                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 746                             {\r
 747                                 top = sy;\r
 748                             }\r
 749 \r
 750                             oldY = sy;\r
 751                             inGroup = true;\r
 752 \r
 753                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 754                             {\r
 755                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 756                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 757                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 758                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 759                                 g.setColor(Color.RED);\r
 760                             }\r
 761                             else\r
 762                             {\r
 763                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 764                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 765                             }\r
 766                         }\r
 767                     }\r
 768                     else\r
 769                     {\r
 770                       if (inGroup)\r
 771                       {\r
 772                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 773                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 774 \r
 775                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 776                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 777 \r
 778                         if (sx < 0)\r
 779                         {\r
 780                           ex += sx;\r
 781                           sx = 0;\r
 782                         }\r
 783 \r
 784                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 785                           ex = imgWidth;\r
 786 \r
 787                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 788                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 789 \r
 790                         if (top != -1)\r
 791                         {\r
 792                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 793                           top = -1;\r
 794                         }\r
 795 \r
 796                         if (bottom != -1)\r
 797                         {\r
 798                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 799                           bottom = -1;\r
 800                         }\r
 801 \r
 802                         inGroup = false;\r
 803                         }\r
 804                     }\r
 805                 }\r
 806 \r
 807                 if (inGroup)\r
 808                 {\r
 809                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 810                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 811                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 812 \r
 813                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 814                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 815 \r
 816                   if (sx < 0)\r
 817                   {\r
 818                     ex += sx;\r
 819                     sx = 0;\r
 820                   }\r
 821 \r
 822                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 823                     ex = imgWidth;\r
 824                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 825                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 826 \r
 827                   if (top != -1)\r
 828                   {\r
 829                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 830                     top = -1;\r
 831                   }\r
 832 \r
 833                   if (bottom != -1)\r
 834                   {\r
 835                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 836                     bottom = -1;\r
 837                   }\r
 838 \r
 839                     inGroup = false;\r
 840                 }\r
 841 \r
 842                 groupIndex++;\r
 843 \r
 844                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 845                 {\r
 846                     break;\r
 847                 }\r
 848 \r
 849                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 850 \r
 851                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 852             }\r
 853             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 854 \r
 855         }\r
 856 \r
 857     }\r
 858 \r
 859     /**\r
 860      * DOCUMENT ME!\r
 861      *\r
 862      * @param results DOCUMENT ME!\r
 863      */\r
 864     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 865     {\r
 866         img = null;\r
 867 \r
 868         searchResults = results;\r
 869 \r
 870         repaint();\r
 871     }\r
 872 }\r