src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.ColorUtils;
  28
  29 import java.awt.BasicStroke;
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.FontMetrics;
  33 import java.awt.Graphics;
  34 import java.awt.Graphics2D;
  35 import java.awt.RenderingHints;
  36 import java.awt.Shape;
  37 import java.awt.image.BufferedImage;
  38 import java.util.List;
  39
  40 import javax.swing.JComponent;
  41
  42 /**
  43  * DOCUMENT ME!
  44  *
  45  * @author $author$
  46  * @version $Revision$
  47  */
  48 public class SeqCanvas extends JComponent
  49 {
  50   final FeatureRenderer fr;
  51
  52   final SequenceRenderer sr;
  53
  54   BufferedImage img;
  55
  56   Graphics2D gg;
  57
  58   int imgWidth;
  59
  60   int imgHeight;
  61
  62   AlignViewport av;
  63
  64   SearchResults searchResults = null;
  65
  66   boolean fastPaint = false;
  67
  68   int LABEL_WEST;
  69
  70   int LABEL_EAST;
  71
  72   int cursorX = 0;
  73
  74   int cursorY = 0;
  75
  76   /**
  77    * Creates a new SeqCanvas object.
  78    *
  79    * @param av
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  83   {
  84     this.av = ap.av;
  85     updateViewport();
  86     fr = new FeatureRenderer(ap);
  87     sr = new SequenceRenderer(av);
  88     setLayout(new BorderLayout());
  89     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  90     setBackground(Color.white);
  91   }
  92
  93   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  94   {
  95     return sr;
  96   }
  97
  98   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  99   {
 100     return fr;
 101   }
 102
 103   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 104
 105   private void updateViewport()
 106   {
 107     charHeight = av.getCharHeight();
 108     charWidth = av.getCharWidth();
 109   }
 110
 111   /**
 112    * DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @param g
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    * @param startx
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    * @param endx
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param ypos
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    */
 123   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 124   {
 125     updateViewport();
 126     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 127
 128     g.setColor(Color.black);
 129     // NORTH SCALE
 130     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 131     {
 132       int value = i;
 133       if (av.hasHiddenColumns())
 134       {
 135         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 136       }
 137
 138       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * charWidth,
 139               ypos - (charHeight / 2));
 140
 141       g.drawLine(((i - startx - 1) * charWidth) + (charWidth / 2),
 142               (ypos + 2) - (charHeight / 2), ((i - startx - 1) * charWidth)
 143                       + (charWidth / 2), ypos - 2);
 144     }
 145   }
 146
 147   /**
 148    * DOCUMENT ME!
 149    *
 150    * @param g
 151    *          DOCUMENT ME!
 152    * @param startx
 153    *          DOCUMENT ME!
 154    * @param endx
 155    *          DOCUMENT ME!
 156    * @param ypos
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 160   {
 161     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 162     ypos += charHeight;
 163
 164     if (av.hasHiddenColumns())
 165     {
 166       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 167       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 168     }
 169
 170     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 174     }
 175
 176     // WEST SCALE
 177     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 178     {
 179       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 180       int index = startx;
 181       int value = -1;
 182
 183       while (index < endx)
 184       {
 185         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 186         {
 187           index++;
 188
 189           continue;
 190         }
 191
 192         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 193
 194         break;
 195       }
 196
 197       if (value != -1)
 198       {
 199         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 200                 - charWidth / 2;
 201         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 202                 - (charHeight / 5));
 203       }
 204     }
 205   }
 206
 207   /**
 208    * DOCUMENT ME!
 209    *
 210    * @param g
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    * @param startx
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param endx
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    * @param ypos
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    */
 219   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 220   {
 221     ypos += charHeight;
 222
 223     if (av.hasHiddenColumns())
 224     {
 225       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 226     }
 227
 228     SequenceI seq;
 229     // EAST SCALE
 230     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 231     {
 232       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 233       int index = endx;
 234       int value = -1;
 235
 236       while (index > startx)
 237       {
 238         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 239         {
 240           index--;
 241
 242           continue;
 243         }
 244
 245         value = seq.findPosition(index);
 246
 247         break;
 248       }
 249
 250       if (value != -1)
 251       {
 252         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 253                 - (charHeight / 5));
 254       }
 255     }
 256   }
 257
 258   boolean fastpainting = false;
 259
 260   /**
 261    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 262    * slider adjustment
 263    *
 264    * @param horizontal
 265    *          shift along
 266    * @param vertical
 267    *          shift up or down in repaint
 268    */
 269   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 270   {
 271     if (fastpainting || gg == null)
 272     {
 273       return;
 274     }
 275     fastpainting = true;
 276     fastPaint = true;
 277     updateViewport();
 278     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 279             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 280
 281     int sr = av.startRes;
 282     int er = av.endRes;
 283     int ss = av.startSeq;
 284     int es = av.endSeq;
 285     int transX = 0;
 286     int transY = 0;
 287
 288     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 289     {
 290       er++;
 291       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 292       sr = er - horizontal;
 293     }
 294     else if (horizontal < 0)
 295     {
 296       er = sr - horizontal - 1;
 297     }
 298     else if (vertical > 0) // scroll down
 299     {
 300       ss = es - vertical;
 301
 302       if (ss < av.startSeq)
 303       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 304         ss = av.startSeq;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 309       }
 310     }
 311     else if (vertical < 0)
 312     {
 313       es = ss - vertical;
 314
 315       if (es > av.endSeq)
 316       {
 317         es = av.endSeq;
 318       }
 319     }
 320
 321     gg.translate(transX, transY);
 322     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 323     gg.translate(-transX, -transY);
 324
 325     repaint();
 326     fastpainting = false;
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 331    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 332    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 333    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 334    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 335    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 336    */
 337
 338   // Set this to false to force a full panel paint
 339   @Override
 340   public void paintComponent(Graphics g)
 341   {
 342     updateViewport();
 343     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 344     // img and call later.
 345     super.paintComponent(g);
 346
 347     if (lcimg != null
 348             && (fastPaint
 349                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 350                     .getClipBounds().height)))
 351     {
 352       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 353       fastPaint = false;
 354       return;
 355     }
 356
 357     // this draws the whole of the alignment
 358     imgWidth = getWidth();
 359     imgHeight = getHeight();
 360
 361     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 362     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 363
 364     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 365     {
 366       return;
 367     }
 368
 369     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 370             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 371     {
 372       try
 373       {
 374         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 375                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 376         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 377         gg.setFont(av.getFont());
 378       } catch (OutOfMemoryError er)
 379       {
 380         System.gc();
 381         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 382         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 383
 384         return;
 385       }
 386     }
 387
 388     if (av.antiAlias)
 389     {
 390       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 391               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 392     }
 393
 394     gg.setColor(Color.white);
 395     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 396
 397     if (av.getWrapAlignment())
 398     {
 399       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 400     }
 401     else
 402     {
 403       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 404     }
 405
 406     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 407
 408   }
 409
 410   /**
 411    * DOCUMENT ME!
 412    *
 413    * @param cwidth
 414    *          DOCUMENT ME!
 415    *
 416    * @return DOCUMENT ME!
 417    */
 418   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 419   {
 420     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 421
 422     LABEL_EAST = 0;
 423     LABEL_WEST = 0;
 424
 425     if (av.getScaleRightWrapped())
 426     {
 427       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 428     }
 429
 430     if (av.getScaleLeftWrapped())
 431     {
 432       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 433     }
 434
 435     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * Generates a string of zeroes.
 440    *
 441    * @return String
 442    */
 443   String getMask()
 444   {
 445     String mask = "00";
 446     int maxWidth = 0;
 447     int tmp;
 448     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 449     {
 450       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 451       if (tmp > maxWidth)
 452       {
 453         maxWidth = tmp;
 454       }
 455     }
 456
 457     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 458     {
 459       mask += "0";
 460     }
 461     return mask;
 462   }
 463
 464   /**
 465    * DOCUMENT ME!
 466    *
 467    * @param g
 468    *          DOCUMENT ME!
 469    * @param canvasWidth
 470    *          DOCUMENT ME!
 471    * @param canvasHeight
 472    *          DOCUMENT ME!
 473    * @param startRes
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    */
 476   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 477           int canvasHeight, int startRes)
 478   {
 479     updateViewport();
 480     AlignmentI al = av.getAlignment();
 481
 482     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 483
 484     if (av.getScaleRightWrapped())
 485     {
 486       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 487     }
 488
 489     if (av.getScaleLeftWrapped())
 490     {
 491       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 492     }
 493
 494     int hgap = charHeight;
 495     if (av.getScaleAboveWrapped())
 496     {
 497       hgap += charHeight;
 498     }
 499
 500     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 501     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 502
 503     av.setWrappedWidth(cWidth);
 504
 505     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 506
 507     int endx;
 508     int ypos = hgap;
 509     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 510
 511     if (av.hasHiddenColumns())
 512     {
 513       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 514     }
 515
 516     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 517     {
 518       endx = startRes + cWidth - 1;
 519
 520       if (endx > maxwidth)
 521       {
 522         endx = maxwidth;
 523       }
 524
 525       g.setFont(av.getFont());
 526       g.setColor(Color.black);
 527
 528       if (av.getScaleLeftWrapped())
 529       {
 530         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 531       }
 532
 533       if (av.getScaleRightWrapped())
 534       {
 535         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 536         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 537         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 538       }
 539
 540       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 541
 542       if (av.getScaleAboveWrapped())
 543       {
 544         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 545       }
 546
 547       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 548       {
 549         g.setColor(Color.blue);
 550         int res;
 551         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 552                 .size(); i++)
 553         {
 554           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 555                   - startRes;
 556
 557           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 558           {
 559             continue;
 560           }
 561
 562           gg.fillPolygon(
 563                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 564                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 565                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 566                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 567                   3);
 568
 569         }
 570       }
 571
 572       // When printing we have an extra clipped region,
 573       // the Printable page which we need to account for here
 574       Shape clip = g.getClip();
 575
 576       if (clip == null)
 577       {
 578         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 579       }
 580       else
 581       {
 582         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 583                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 584       }
 585
 586       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 587
 588       if (av.isShowAnnotation())
 589       {
 590         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 591         if (annotations == null)
 592         {
 593           annotations = new AnnotationPanel(av);
 594         }
 595
 596         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 597                 startRes, endx + 1);
 598         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 599       }
 600       g.setClip(clip);
 601       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 602
 603       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 604
 605       startRes += cWidth;
 606     }
 607   }
 608
 609   AnnotationPanel annotations;
 610
 611   int getAnnotationHeight()
 612   {
 613     if (!av.isShowAnnotation())
 614     {
 615       return 0;
 616     }
 617
 618     if (annotations == null)
 619     {
 620       annotations = new AnnotationPanel(av);
 621     }
 622
 623     return annotations.adjustPanelHeight();
 624   }
 625
 626   /**
 627    * DOCUMENT ME!
 628    *
 629    * @param g1
 630    *          DOCUMENT ME!
 631    * @param startRes
 632    *          DOCUMENT ME!
 633    * @param endRes
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    * @param startSeq
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    * @param endSeq
 638    *          DOCUMENT ME!
 639    * @param offset
 640    *          DOCUMENT ME!
 641    */
 642   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 643           int startSeq, int endSeq, int offset)
 644   {
 645     updateViewport();
 646     if (!av.hasHiddenColumns())
 647     {
 648       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 649     }
 650     else
 651     {
 652       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 653
 654       int screenY = 0;
 655       int blockStart = startRes;
 656       int blockEnd = endRes;
 657
 658       for (int[] region : regions)
 659       {
 660         int hideStart = region[0];
 661         int hideEnd = region[1];
 662
 663         if (hideStart <= blockStart)
 664         {
 665           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 666           continue;
 667         }
 668
 669         blockEnd = hideStart - 1;
 670
 671         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 672
 673         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 674
 675         if (av.getShowHiddenMarkers())
 676         {
 677           g1.setColor(Color.blue);
 678
 679           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 680                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 681                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 682         }
 683
 684         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 685         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 686         blockStart = hideEnd + 1;
 687
 688         if (screenY > (endRes - startRes))
 689         {
 690           // already rendered last block
 691           return;
 692         }
 693       }
 694
 695       if (screenY <= (endRes - startRes))
 696       {
 697         // remaining visible region to render
 698         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 699         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 700         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 701
 702         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 703       }
 704     }
 705
 706   }
 707
 708   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 709   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 710   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 711           int endSeq, int offset)
 712   {
 713     g.setFont(av.getFont());
 714     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 715
 716     SequenceI nextSeq;
 717
 718     // / First draw the sequences
 719     // ///////////////////////////
 720     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 721     {
 722       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 723       if (nextSeq == null)
 724       {
 725         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 726         // empty
 727         continue;
 728       }
 729       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 730               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 731
 732       if (av.isShowSequenceFeatures())
 733       {
 734         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 735                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 736       }
 737
 738       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 739       // ////////////////////////////////////////////////////////
 740       if (searchResults != null)
 741       {
 742         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 743                 endRes);
 744         if (visibleResults != null)
 745         {
 746           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 747           {
 748             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 749                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 750                             * charWidth, offset
 751                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 752           }
 753         }
 754       }
 755
 756       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 757               && cursorX <= endRes)
 758       {
 759         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 760                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 761       }
 762     }
 763
 764     if (av.getSelectionGroup() != null
 765             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 766     {
 767       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 768     }
 769
 770   }
 771
 772   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 773           int startSeq, int endSeq, int offset)
 774   {
 775     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 776     //
 777     // ///////////////////////////////////
 778     // Now outline any areas if necessary
 779     // ///////////////////////////////////
 780     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 781
 782     int sx = -1;
 783     int sy = -1;
 784     int ex = -1;
 785     int groupIndex = -1;
 786     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 787
 788     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 789     {
 790       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 791       groupIndex = 0;
 792     }
 793
 794     if (group != null)
 795     {
 796       do
 797       {
 798         int oldY = -1;
 799         int i = 0;
 800         boolean inGroup = false;
 801         int top = -1;
 802         int bottom = -1;
 803
 804         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 805         {
 806           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 807           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 808           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 809
 810           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 811           {
 812             continue;
 813           }
 814
 815           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 816                   && group.getSequences(null).contains(
 817                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 818           {
 819             if ((bottom == -1)
 820                     && !group.getSequences(null).contains(
 821                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 822             {
 823               bottom = sy + charHeight;
 824             }
 825
 826             if (!inGroup)
 827             {
 828               if (((top == -1) && (i == 0))
 829                       || !group.getSequences(null).contains(
 830                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 831               {
 832                 top = sy;
 833               }
 834
 835               oldY = sy;
 836               inGroup = true;
 837
 838               if (group == av.getSelectionGroup())
 839               {
 840                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 841                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 842                         0f));
 843                 g.setColor(Color.RED);
 844               }
 845               else
 846               {
 847                 g.setStroke(new BasicStroke());
 848                 g.setColor(ColorUtils.getColor(group.getOutlineColour()));
 849               }
 850             }
 851           }
 852           else
 853           {
 854             if (inGroup)
 855             {
 856               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 857               {
 858                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 859               }
 860
 861               if (sx + ex < visWidth)
 862               {
 863                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 864               }
 865
 866               if (sx < 0)
 867               {
 868                 ex += sx;
 869                 sx = 0;
 870               }
 871
 872               if (sx + ex > visWidth)
 873               {
 874                 ex = visWidth;
 875               }
 876
 877               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 878               {
 879                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 880               }
 881
 882               if (top != -1)
 883               {
 884                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 885                 top = -1;
 886               }
 887
 888               if (bottom != -1)
 889               {
 890                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 891                 bottom = -1;
 892               }
 893
 894               inGroup = false;
 895             }
 896           }
 897         }
 898
 899         if (inGroup)
 900         {
 901           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 902           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 903           {
 904             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 905           }
 906
 907           if (sx + ex < visWidth)
 908           {
 909             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 910           }
 911
 912           if (sx < 0)
 913           {
 914             ex += sx;
 915             sx = 0;
 916           }
 917
 918           if (sx + ex > visWidth)
 919           {
 920             ex = visWidth;
 921           }
 922           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 923           {
 924             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 925           }
 926
 927           if (top != -1)
 928           {
 929             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 930             top = -1;
 931           }
 932
 933           if (bottom != -1)
 934           {
 935             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 936             bottom = -1;
 937           }
 938
 939           inGroup = false;
 940         }
 941
 942         groupIndex++;
 943
 944         g.setStroke(new BasicStroke());
 945
 946         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 947         {
 948           break;
 949         }
 950
 951         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 952
 953       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 954
 955     }
 956
 957   }
 958
 959   /**
 960    * DOCUMENT ME!
 961    *
 962    * @param results
 963    *          DOCUMENT ME!
 964    */
 965   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 966   {
 967     img = null;
 968
 969     searchResults = results;
 970
 971     repaint();
 972   }
 973 }