src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136         {\r
 137           startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 138           endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 142         if (av.hasHiddenColumns)\r
 143             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 144 \r
 145         // WEST SCALE\r
 146         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 147         {\r
 148             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 149             int index = startx;\r
 150             int value = -1;\r
 151 \r
 152             while (index < endx)\r
 153             {\r
 154                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 155                 {\r
 156                     index++;\r
 157 \r
 158                     continue;\r
 159                 }\r
 160 \r
 161                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 162 \r
 163                 break;\r
 164             }\r
 165 \r
 166             if (value != -1)\r
 167             {\r
 168                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 169                 g.drawString(value + "", x,\r
 170                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 171             }\r
 172         }\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * DOCUMENT ME!\r
 177      *\r
 178      * @param g DOCUMENT ME!\r
 179      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 180      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 181      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 184     {\r
 185         ypos += av.charHeight;\r
 186 \r
 187         if(av.hasHiddenColumns)\r
 188                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 189 \r
 190         SequenceI seq;\r
 191         // EAST SCALE\r
 192         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 193         {\r
 194             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 195             int index = endx;\r
 196             int value = -1;\r
 197 \r
 198             while (index > startx)\r
 199             {\r
 200                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 201                 {\r
 202                     index--;\r
 203 \r
 204                     continue;\r
 205                 }\r
 206 \r
 207                 value = seq.findPosition(index);\r
 208 \r
 209                 break;\r
 210             }\r
 211 \r
 212             if (value != -1)\r
 213             {\r
 214                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 215                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 216             }\r
 217         }\r
 218     }\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * DOCUMENT ME!\r
 222      *\r
 223      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 224      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 225      */\r
 226     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 227     {\r
 228         if (gg == null)\r
 229         {\r
 230             return;\r
 231         }\r
 232 \r
 233 \r
 234         fastPaint = true;\r
 235 \r
 236         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 237                     vertical * av.charHeight,\r
 238                     imgWidth,\r
 239                     imgHeight,\r
 240                     -horizontal * av.charWidth,\r
 241                     -vertical * av.charHeight);\r
 242 \r
 243         int sr = av.startRes;\r
 244         int er = av.endRes;\r
 245         int ss = av.startSeq;\r
 246         int es = av.endSeq;\r
 247         int transX = 0;\r
 248         int transY = 0;\r
 249 \r
 250 \r
 251         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 252         {\r
 253             er ++;\r
 254             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 255             sr = er - horizontal;\r
 256         }\r
 257         else if (horizontal < 0)\r
 258         {\r
 259             er = sr - horizontal-1;\r
 260         }\r
 261         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 262         {\r
 263             ss = es - vertical;\r
 264 \r
 265             if (ss < av.startSeq)\r
 266             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 267                 ss = av.startSeq;\r
 268             }\r
 269             else\r
 270             {\r
 271                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 272             }\r
 273         }\r
 274         else if (vertical < 0)\r
 275         {\r
 276             es = ss - vertical;\r
 277 \r
 278             if (es > av.endSeq)\r
 279             {\r
 280                 es = av.endSeq;\r
 281             }\r
 282         }\r
 283 \r
 284         gg.translate(transX, transY);\r
 285         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 286         gg.translate(-transX, -transY);\r
 287 \r
 288         repaint();\r
 289     }\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 293      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 294      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 295      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 296      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 297      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 298      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 299      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 300      */\r
 301 \r
 302     // Set this to false to force a full panel paint\r
 303     public void paintComponent(Graphics g)\r
 304     {\r
 305         super.paintComponent(g);\r
 306 \r
 307 \r
 308 \r
 309         if ( img != null && (fastPaint\r
 310              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 311              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 312         {\r
 313             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 314             fastPaint = false;\r
 315             return;\r
 316         }\r
 317 \r
 318 \r
 319         // this draws the whole of the alignment\r
 320         imgWidth = getWidth();\r
 321         imgHeight = getHeight();\r
 322 \r
 323         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 324         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 325 \r
 326         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 327         {\r
 328             return;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (img == null || imgWidth != img.getWidth() || imgHeight != img.getHeight())\r
 332         {\r
 333           try{\r
 334             img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,\r
 335                                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 336             gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 337             gg.setFont(av.getFont());\r
 338           }catch(OutOfMemoryError er)\r
 339           {\r
 340             System.gc();\r
 341             System.out.println(er +" making image, SeqCanvas");\r
 342             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 343             {\r
 344               public void run()\r
 345               {\r
 346                 javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.\r
 347                     desktop,\r
 348                     "Out of memory creating alignment image!!"\r
 349                     +\r
 350                     "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 351                     , "Out of memory",\r
 352                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 353               }\r
 354             });\r
 355 \r
 356             return;\r
 357           }\r
 358         }\r
 359 \r
 360         if (av.antiAlias)\r
 361           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 362                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 363 \r
 364         gg.setColor(Color.white);\r
 365         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 366 \r
 367 \r
 368         if (av.getWrapAlignment())\r
 369         {\r
 370             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 371         }\r
 372         else\r
 373         {\r
 374             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 375         }\r
 376 \r
 377         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 378 \r
 379         if (pdbCanvas != null)\r
 380         {\r
 381            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 382         }\r
 383 \r
 384     }\r
 385 \r
 386     /**\r
 387      * DOCUMENT ME!\r
 388      *\r
 389      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @return DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 394     {\r
 395         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 396 \r
 397         LABEL_EAST = 0;\r
 398         LABEL_WEST = 0;\r
 399 \r
 400         if (av.scaleRightWrapped)\r
 401         {\r
 402             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 403         }\r
 404 \r
 405         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 406         {\r
 407             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 408         }\r
 409 \r
 410         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 411     }\r
 412 \r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Generates a string of zeroes.\r
 416      * @return String\r
 417      */\r
 418     String getMask()\r
 419     {\r
 420       String mask = "00";\r
 421       int maxWidth = 0;\r
 422       int tmp;\r
 423       for(int i=0; i<av.alignment.getHeight(); i++)\r
 424       {\r
 425         tmp = av.alignment.getSequenceAt(i).getEnd();\r
 426         if(tmp>maxWidth)\r
 427           maxWidth = tmp;\r
 428       }\r
 429 \r
 430       for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)\r
 431       {\r
 432         mask += "0";\r
 433       }\r
 434       return mask;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * DOCUMENT ME!\r
 439      *\r
 440      * @param g DOCUMENT ME!\r
 441      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 442      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 443      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 444      */\r
 445     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 446         int startRes)\r
 447     {\r
 448         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 449 \r
 450         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 451 \r
 452 \r
 453         if (av.scaleRightWrapped)\r
 454         {\r
 455             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 456         }\r
 457 \r
 458 \r
 459         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 460         {\r
 461             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 462         }\r
 463 \r
 464         int hgap = av.charHeight;\r
 465         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 466           hgap += av.charHeight;\r
 467 \r
 468         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 469         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 470 \r
 471         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 472 \r
 473         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 474 \r
 475 \r
 476         int endx;\r
 477         int ypos = hgap;\r
 478         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 479 \r
 480         if(av.hasHiddenColumns)\r
 481           maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth)-1;\r
 482 \r
 483         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))\r
 484         {\r
 485           endx = startRes + cWidth -1;\r
 486 \r
 487           if (endx > maxwidth)\r
 488           {\r
 489             endx = maxwidth;\r
 490           }\r
 491 \r
 492             g.setFont(av.getFont());\r
 493             g.setColor(Color.black);\r
 494 \r
 495             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 496             {\r
 497                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 498             }\r
 499 \r
 500             if (av.scaleRightWrapped)\r
 501             {\r
 502                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 503                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 504                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 505             }\r
 506 \r
 507             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 508 \r
 509             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 510             {\r
 511                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 512             }\r
 513 \r
 514             if (av.hasHiddenColumns && av.showHiddenMarkers)\r
 515             {\r
 516               g.setColor(Color.blue);\r
 517               int res;\r
 518               for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 519                    i++)\r
 520               {\r
 521                 res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 522                     startRes;\r
 523 \r
 524                 if (res < 0 || res > endx - startRes)\r
 525                   continue;\r
 526 \r
 527                 gg.fillPolygon(new int[]\r
 528                                {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 529                                res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 530                                res * av.charWidth},\r
 531                                new int[]\r
 532                                {\r
 533                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 534                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 535                                ypos - (av.charHeight / 2) + 8\r
 536                 }, 3);\r
 537 \r
 538               }\r
 539             }\r
 540 \r
 541 \r
 542 \r
 543             // When printing we have an extra clipped region,\r
 544             // the Printable page which we need to account for here\r
 545             Shape clip = g.getClip();\r
 546 \r
 547             if (clip == null)\r
 548             {\r
 549                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 550             }\r
 551             else\r
 552             {\r
 553                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 554                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 555             }\r
 556 \r
 557             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 558 \r
 559             if(av.showAnnotation)\r
 560             {\r
 561               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 562               if(annotations==null)\r
 563                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 564 \r
 565               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx+1);\r
 566               g.translate(0, -cHeight - ypos -3);\r
 567             }\r
 568             g.setClip(clip);\r
 569             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 570 \r
 571             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 572 \r
 573             startRes += cWidth;\r
 574         }\r
 575     }\r
 576 \r
 577     AnnotationPanel annotations;\r
 578     int getAnnotationHeight()\r
 579     {\r
 580       if(!av.showAnnotation)\r
 581         return 0;\r
 582 \r
 583       if(annotations==null)\r
 584         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 585 \r
 586       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 587     }\r
 588 \r
 589     /**\r
 590      * DOCUMENT ME!\r
 591      *\r
 592      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 593      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 594      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 595      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 596      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 597      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 598      */\r
 599     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 600                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 601     {\r
 602       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 603       {\r
 604         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 605       }\r
 606       else\r
 607       {\r
 608         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 609 \r
 610         int screenY = 0;\r
 611         int blockStart = startRes;\r
 612         int blockEnd = endRes;\r
 613 \r
 614         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 615         {\r
 616           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 617           int hideStart = region[0];\r
 618           int hideEnd = region[1];\r
 619 \r
 620           if (hideStart <= blockStart)\r
 621           {\r
 622             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 623             continue;\r
 624           }\r
 625 \r
 626           blockEnd = hideStart - 1;\r
 627 \r
 628           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 629 \r
 630           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 631 \r
 632           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 633           {\r
 634             g1.setColor(Color.blue);\r
 635 \r
 636             g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 637                         0 + offset,\r
 638                         (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 639                         (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 640           }\r
 641 \r
 642           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 643           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 644           blockStart = hideEnd + 1;\r
 645         }\r
 646 \r
 647         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 648         {\r
 649           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 650           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 651           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 652 \r
 653           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 654         }\r
 655       }\r
 656 \r
 657     }\r
 658 \r
 659 \r
 660 \r
 661 \r
 662     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 663     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 664     void draw(Graphics g,\r
 665                    int startRes, int endRes,\r
 666                    int startSeq, int endSeq,\r
 667                    int offset)\r
 668    {\r
 669       g.setFont(av.getFont());\r
 670       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 671 \r
 672       SequenceI nextSeq;\r
 673 \r
 674         /// First draw the sequences\r
 675         /////////////////////////////\r
 676         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 677         {\r
 678             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 679 \r
 680             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 681                             startRes, endRes,\r
 682                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 683 \r
 684             if (av.showSequenceFeatures)\r
 685             {\r
 686                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 687                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 688             }\r
 689 \r
 690             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 691             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 692             if (searchResults != null)\r
 693             {\r
 694               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 695               if (visibleResults != null)\r
 696                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 697                 {\r
 698                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 699                                          visibleResults[r + 1],\r
 700                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 701                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 702                 }\r
 703             }\r
 704 \r
 705             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 706                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 707             {\r
 708               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 709                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 710             }\r
 711           }\r
 712 \r
 713           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 714             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 715 \r
 716    }\r
 717 \r
 718    void drawGroupsBoundaries(Graphics g1,\r
 719                    int startRes, int endRes,\r
 720                    int startSeq, int endSeq,\r
 721                    int offset)\r
 722    {\r
 723        Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 724         //\r
 725         /////////////////////////////////////\r
 726         // Now outline any areas if necessary\r
 727         /////////////////////////////////////\r
 728         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 729 \r
 730         int sx = -1;\r
 731         int sy = -1;\r
 732         int ex = -1;\r
 733         int groupIndex = -1;\r
 734         int visWidth = (endRes - startRes +1) * av.charWidth;\r
 735 \r
 736         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 737         {\r
 738             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 739             groupIndex = 0;\r
 740         }\r
 741 \r
 742 \r
 743         if (group != null)\r
 744         {\r
 745             do\r
 746             {\r
 747                 int oldY = -1;\r
 748                 int i = 0;\r
 749                 boolean inGroup = false;\r
 750                 int top = -1;\r
 751                 int bottom = -1;\r
 752 \r
 753                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 754                 {\r
 755                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 756                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 757                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 758                         1;\r
 759 \r
 760                     if(sx+ex<0 || sx>visWidth)\r
 761                     {\r
 762                       continue;\r
 763                     }\r
 764 \r
 765                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 766                             group.getSequences(false).\r
 767                             contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 768                     {\r
 769                         if ((bottom == -1) &&\r
 770                                 !group.getSequences(false).contains(\r
 771                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 772                         {\r
 773                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 774                         }\r
 775 \r
 776                         if (!inGroup)\r
 777                         {\r
 778                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 779                                     !group.getSequences(false).contains(\r
 780                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 781                             {\r
 782                                 top = sy;\r
 783                             }\r
 784 \r
 785                             oldY = sy;\r
 786                             inGroup = true;\r
 787 \r
 788                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 789                             {\r
 790                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 791                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 792                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 793                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 794                                 g.setColor(Color.RED);\r
 795                             }\r
 796                             else\r
 797                             {\r
 798                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 799                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 800                             }\r
 801                         }\r
 802                     }\r
 803                     else\r
 804                     {\r
 805                       if (inGroup)\r
 806                       {\r
 807                         if (sx >= 0 && sx < visWidth)\r
 808                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 809 \r
 810                         if (sx + ex < visWidth)\r
 811                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 812 \r
 813                         if (sx < 0)\r
 814                         {\r
 815                           ex += sx;\r
 816                           sx = 0;\r
 817                         }\r
 818 \r
 819                         if (sx + ex > visWidth)\r
 820                           ex = visWidth;\r
 821 \r
 822                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 823                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 824 \r
 825                         if (top != -1)\r
 826                         {\r
 827                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 828                           top = -1;\r
 829                         }\r
 830 \r
 831                         if (bottom != -1)\r
 832                         {\r
 833                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 834                           bottom = -1;\r
 835                         }\r
 836 \r
 837                         inGroup = false;\r
 838                         }\r
 839                     }\r
 840                 }\r
 841 \r
 842                 if (inGroup)\r
 843                 {\r
 844                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 845                   if (sx >= 0 && sx < visWidth)\r
 846                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 847 \r
 848                   if (sx + ex < visWidth)\r
 849                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 850 \r
 851                   if (sx < 0)\r
 852                   {\r
 853                     ex += sx;\r
 854                     sx = 0;\r
 855                   }\r
 856 \r
 857                   if (sx + ex > visWidth)\r
 858                     ex = visWidth;\r
 859                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 860                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 861 \r
 862                   if (top != -1)\r
 863                   {\r
 864                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 865                     top = -1;\r
 866                   }\r
 867 \r
 868                   if (bottom != -1)\r
 869                   {\r
 870                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 871                     bottom = -1;\r
 872                   }\r
 873 \r
 874                     inGroup = false;\r
 875                 }\r
 876 \r
 877                 groupIndex++;\r
 878 \r
 879                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 880 \r
 881                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 882                 {\r
 883                     break;\r
 884                 }\r
 885 \r
 886                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 887 \r
 888 \r
 889             }\r
 890             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 891 \r
 892         }\r
 893 \r
 894     }\r
 895 \r
 896     /**\r
 897      * DOCUMENT ME!\r
 898      *\r
 899      * @param results DOCUMENT ME!\r
 900      */\r
 901     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 902     {\r
 903         img = null;\r
 904 \r
 905         searchResults = results;\r
 906 \r
 907         repaint();\r
 908     }\r
 909 }\r