src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Shape;
  42 import java.awt.image.BufferedImage;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.List;
  45
  46 import javax.swing.JComponent;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  55 {
  56   final FeatureRenderer fr;
  57
  58   final SequenceRenderer seqRdr;
  59
  60   BufferedImage img;
  61
  62   Graphics2D gg;
  63
  64   AlignViewport av;
  65
  66   boolean fastPaint = false;
  67
  68   int LABEL_WEST;
  69
  70   int LABEL_EAST;
  71
  72   int cursorX = 0;
  73
  74   int cursorY = 0;
  75
  76   int charHeight = 0;
  77
  78   int charWidth = 0;
  79
  80   boolean fastpainting = false;
  81
  82   AnnotationPanel annotations;
  83
  84   /**
  85    * Creates a new SeqCanvas object.
  86    *
  87    * @param av
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    */
  90   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = ap.av;
  93     updateViewport();
  94     fr = new FeatureRenderer(ap);
  95     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
  96     setLayout(new BorderLayout());
  97     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  98     setBackground(Color.white);
  99
 100     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 101   }
 102
 103   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 104   {
 105     return seqRdr;
 106   }
 107
 108   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 109   {
 110     return fr;
 111   }
 112
 113   private void updateViewport()
 114   {
 115     charHeight = av.getCharHeight();
 116     charWidth = av.getCharWidth();
 117   }
 118
 119   /**
 120    * DOCUMENT ME!
 121    *
 122    * @param g
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param startx
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param endx
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param ypos
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    */
 131   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 132   {
 133     updateViewport();
 134     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 135             endx))
 136     {
 137       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 138       if (mpos < 0)
 139       {
 140         continue;
 141       }
 142       String mstring = mark.text;
 143
 144       if (mark.major)
 145       {
 146         if (mstring != null)
 147         {
 148           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 149         }
 150         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 151                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 152                 ypos - 2);
 153       }
 154     }
 155   }
 156
 157   /**
 158    * DOCUMENT ME!
 159    *
 160    * @param g
 161    *          DOCUMENT ME!
 162    * @param startx
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param endx
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param ypos
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    */
 169   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 170   {
 171     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 172     ypos += charHeight;
 173
 174     if (av.hasHiddenColumns())
 175     {
 176       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 177               .adjustForHiddenColumns(startx);
 178       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 179               .adjustForHiddenColumns(endx);
 180     }
 181
 182     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 183     if (av.hasHiddenColumns())
 184     {
 185       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 186               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 187     }
 188
 189     // WEST SCALE
 190     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 191     {
 192       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 193       int index = startx;
 194       int value = -1;
 195
 196       while (index < endx)
 197       {
 198         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 199         {
 200           index++;
 201
 202           continue;
 203         }
 204
 205         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 206
 207         break;
 208       }
 209
 210       if (value != -1)
 211       {
 212         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 213                 - charWidth / 2;
 214         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 215                 - (charHeight / 5));
 216       }
 217     }
 218   }
 219
 220   /**
 221    * DOCUMENT ME!
 222    *
 223    * @param g
 224    *          DOCUMENT ME!
 225    * @param startx
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    * @param endx
 228    *          DOCUMENT ME!
 229    * @param ypos
 230    *          DOCUMENT ME!
 231    */
 232   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 233   {
 234     ypos += charHeight;
 235
 236     if (av.hasHiddenColumns())
 237     {
 238       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 239               .adjustForHiddenColumns(endx);
 240     }
 241
 242     SequenceI seq;
 243     // EAST SCALE
 244     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 245     {
 246       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 247       int index = endx;
 248       int value = -1;
 249
 250       while (index > startx)
 251       {
 252         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 253         {
 254           index--;
 255
 256           continue;
 257         }
 258
 259         value = seq.findPosition(index);
 260
 261         break;
 262       }
 263
 264       if (value != -1)
 265       {
 266         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 267                 - (charHeight / 5));
 268       }
 269     }
 270   }
 271
 272
 273   /**
 274    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 275    * slider adjustment
 276    *
 277    * @param horizontal
 278    *          shift along
 279    * @param vertical
 280    *          shift up or down in repaint
 281    */
 282   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 283   {
 284     if (fastpainting || gg == null)
 285     {
 286       return;
 287     }
 288     fastpainting = true;
 289     fastPaint = true;
 290     updateViewport();
 291
 292     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 293     int sr = ranges.getStartRes();
 294     int er = ranges.getEndRes();
 295     int ss = ranges.getStartSeq();
 296     int es = ranges.getEndSeq();
 297     int transX = 0;
 298     int transY = 0;
 299
 300     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 301             img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 302             -vertical * charHeight);
 303
 304     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 305     {
 306       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 307       sr = er - horizontal;
 308     }
 309     else if (horizontal < 0)
 310     {
 311       er = sr - horizontal;
 312     }
 313     else if (vertical > 0) // scroll down
 314     {
 315       ss = es - vertical;
 316
 317       if (ss < ranges.getStartSeq())
 318       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 319         ss = ranges.getStartSeq();
 320       }
 321       else
 322       {
 323         transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 324       }
 325     }
 326     else if (vertical < 0)
 327     {
 328       es = ss - vertical;
 329
 330       if (es > ranges.getEndSeq())
 331       {
 332         es = ranges.getEndSeq();
 333       }
 334     }
 335
 336     gg.translate(transX, transY);
 337     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 338     gg.translate(-transX, -transY);
 339
 340     repaint();
 341     fastpainting = false;
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 346    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 347    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 348    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 349    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 350    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 351    */
 352
 353   // Set this to false to force a full panel paint
 354   @Override
 355   public void paintComponent(Graphics g)
 356   {
 357     super.paintComponent(g);
 358
 359     updateViewport();
 360
 361     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 362
 363     int width = getWidth();
 364     int height = getHeight();
 365
 366     width -= (width % charWidth);
 367     height -= (height % charHeight);
 368
 369     // selectImage is the selection group outline image
 370     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 371             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 372             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 373
 374     if ((img != null) && (fastPaint
 375             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 376             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 377     {
 378       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 379       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 380       fastPaint = false;
 381     }
 382     else if ((width > 0) && (height > 0))
 383     {
 384       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 385       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 386       if (img == null || width != img.getWidth()
 387               || height != img.getHeight())
 388       {
 389         img = setupImage();
 390         if (img == null)
 391         {
 392           return;
 393         }
 394         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 395         gg.setFont(av.getFont());
 396       }
 397
 398       if (av.antiAlias)
 399       {
 400         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 401                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 402       }
 403
 404       gg.setColor(Color.white);
 405       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 406
 407       if (av.getWrapAlignment())
 408       {
 409         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 410       }
 411       else
 412       {
 413         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 414                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 415       }
 416
 417       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 418       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 419       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 420     }
 421   }
 422
 423   /**
 424    * Draw an alignment panel for printing
 425    *
 426    * @param g1
 427    *          Graphics object to draw with
 428    * @param startRes
 429    *          start residue of print area
 430    * @param endRes
 431    *          end residue of print area
 432    * @param startSeq
 433    *          start sequence of print area
 434    * @param endSeq
 435    *          end sequence of print area
 436    */
 437   public void drawPanelForPrint(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 438           int startSeq, int endSeq)
 439   {
 440     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 441             startSeq, endSeq);
 442     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 443     ((Graphics2D) g1).setComposite(
 444             AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 445     g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 446   }
 447
 448   /*
 449    * Make a local image by combining the cached image img
 450    * with any selection
 451    */
 452   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
 453   {
 454     // clone the cached image
 455     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 456             img.getType());
 457     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 458     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 459
 460     // overlay selection group on lcimg
 461     if (selectImage != null)
 462     {
 463       g2d.setComposite(
 464               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 465       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 466     }
 467     g2d.dispose();
 468
 469     return lcimg;
 470   }
 471
 472   /*
 473    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 474    */
 475   private BufferedImage setupImage()
 476   {
 477     BufferedImage lcimg = null;
 478
 479     int width = getWidth();
 480     int height = getHeight();
 481
 482     width -= (width % charWidth);
 483     height -= (height % charHeight);
 484
 485     if ((width < 1) || (height < 1))
 486     {
 487       return null;
 488     }
 489
 490     try
 491     {
 492       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 493               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 494     } catch (OutOfMemoryError er)
 495     {
 496       System.gc();
 497       System.err.println(
 498               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 499       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 500
 501       return null;
 502     }
 503
 504     return lcimg;
 505   }
 506
 507   /**
 508    * DOCUMENT ME!
 509    *
 510    * @param cwidth
 511    *          DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @return DOCUMENT ME!
 514    */
 515   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 516   {
 517     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 518
 519     LABEL_EAST = 0;
 520     LABEL_WEST = 0;
 521
 522     if (av.getScaleRightWrapped())
 523     {
 524       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 525     }
 526
 527     if (av.getScaleLeftWrapped())
 528     {
 529       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 530     }
 531
 532     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 533   }
 534
 535   /**
 536    * Generates a string of zeroes.
 537    *
 538    * @return String
 539    */
 540   String getMask()
 541   {
 542     String mask = "00";
 543     int maxWidth = 0;
 544     int tmp;
 545     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 546     {
 547       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 548       if (tmp > maxWidth)
 549       {
 550         maxWidth = tmp;
 551       }
 552     }
 553
 554     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 555     {
 556       mask += "0";
 557     }
 558     return mask;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * DOCUMENT ME!
 563    *
 564    * @param g
 565    *          DOCUMENT ME!
 566    * @param canvasWidth
 567    *          DOCUMENT ME!
 568    * @param canvasHeight
 569    *          DOCUMENT ME!
 570    * @param startRes
 571    *          DOCUMENT ME!
 572    */
 573   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 574           int canvasHeight, int startRes)
 575   {
 576     updateViewport();
 577     AlignmentI al = av.getAlignment();
 578
 579     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 580
 581     LABEL_EAST = 0;
 582     LABEL_WEST = 0;
 583
 584     if (av.getScaleRightWrapped())
 585     {
 586       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 587     }
 588
 589     if (av.getScaleLeftWrapped())
 590     {
 591       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 592     }
 593
 594     int hgap = charHeight;
 595     if (av.getScaleAboveWrapped())
 596     {
 597       hgap += charHeight;
 598     }
 599
 600     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 601     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 602
 603     av.setWrappedWidth(cWidth);
 604
 605     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 606
 607     int endx;
 608     int ypos = hgap;
 609     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 610
 611     if (av.hasHiddenColumns())
 612     {
 613       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 614               .findColumnPosition(maxwidth);
 615     }
 616
 617     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 618     {
 619       endx = startRes + cWidth - 1;
 620
 621       if (endx > maxwidth)
 622       {
 623         endx = maxwidth;
 624       }
 625
 626       g.setFont(av.getFont());
 627       g.setColor(Color.black);
 628
 629       if (av.getScaleLeftWrapped())
 630       {
 631         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 632       }
 633
 634       if (av.getScaleRightWrapped())
 635       {
 636         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 637         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 638         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 639       }
 640
 641       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 642
 643       if (av.getScaleAboveWrapped())
 644       {
 645         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 646       }
 647
 648       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 649       {
 650         g.setColor(Color.blue);
 651         int res;
 652         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 653         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 654         for (int pos : positions)
 655         {
 656           res = pos - startRes;
 657
 658           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 659           {
 660             continue;
 661           }
 662
 663           gg.fillPolygon(
 664                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 665                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 666                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 667                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 668                   3);
 669
 670         }
 671       }
 672
 673       // When printing we have an extra clipped region,
 674       // the Printable page which we need to account for here
 675       Shape clip = g.getClip();
 676
 677       if (clip == null)
 678       {
 679         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 680       }
 681       else
 682       {
 683         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 684                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 685       }
 686
 687       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 688
 689       if (av.isShowAnnotation())
 690       {
 691         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 692         if (annotations == null)
 693         {
 694           annotations = new AnnotationPanel(av);
 695         }
 696
 697         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 698                 startRes, endx + 1);
 699         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 700       }
 701       g.setClip(clip);
 702       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 703
 704       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 705
 706       startRes += cWidth;
 707     }
 708   }
 709
 710   /*
 711    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 712    */
 713   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 714           int canvasWidth,
 715           int canvasHeight, int startRes)
 716   {
 717     // height gap above each panel
 718     int hgap = charHeight;
 719     if (av.getScaleAboveWrapped())
 720     {
 721       hgap += charHeight;
 722     }
 723
 724     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 725     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 726
 727     int startx = startRes;
 728     int endx;
 729     int ypos = hgap; // vertical offset
 730     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 731
 732     if (av.hasHiddenColumns())
 733     {
 734       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 735               .findColumnPosition(maxwidth);
 736     }
 737
 738     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 739     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 740     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 741     {
 742       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 743       endx = startx + cWidth - 1;
 744
 745       if (endx > maxwidth)
 746       {
 747         endx = maxwidth;
 748       }
 749
 750       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 751
 752       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 753               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 754               ypos);
 755
 756       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 757
 758       // update vertical offset
 759       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 760
 761       // update horizontal offset
 762       startx += cWidth;
 763     }
 764   }
 765
 766   int getAnnotationHeight()
 767   {
 768     if (!av.isShowAnnotation())
 769     {
 770       return 0;
 771     }
 772
 773     if (annotations == null)
 774     {
 775       annotations = new AnnotationPanel(av);
 776     }
 777
 778     return annotations.adjustPanelHeight();
 779   }
 780
 781   /*
 782    * Draw an alignment panel for printing
 783    *
 784    * @param g1
 785    *          Graphics object to draw with
 786    * @param startRes
 787    *          start residue of print area
 788    * @param endRes
 789    *          end residue of print area
 790    * @param startSeq
 791    *          start sequence of print area
 792    * @param endSeq
 793    *          end sequence of print area
 794    * @param offset
 795    *          vertical offset
 796    */
 797   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 798           int startSeq, int endSeq, int offset)
 799   {
 800     updateViewport();
 801     if (!av.hasHiddenColumns())
 802     {
 803       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 804     }
 805     else
 806     {
 807       int screenY = 0;
 808       int blockStart = startRes;
 809       int blockEnd = endRes;
 810
 811       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 812               .getHiddenColumnsCopy())
 813       {
 814         int hideStart = region[0];
 815         int hideEnd = region[1];
 816
 817         if (hideStart <= blockStart)
 818         {
 819           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 820           continue;
 821         }
 822
 823         blockEnd = hideStart - 1;
 824
 825         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 826
 827         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 828
 829         if (av.getShowHiddenMarkers())
 830         {
 831           g1.setColor(Color.blue);
 832
 833           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 834                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 835                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 836         }
 837
 838         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 839         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 840         blockStart = hideEnd + 1;
 841
 842         if (screenY > (endRes - startRes))
 843         {
 844           // already rendered last block
 845           return;
 846         }
 847       }
 848
 849       if (screenY <= (endRes - startRes))
 850       {
 851         // remaining visible region to render
 852         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 853         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 854         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 855
 856         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 857       }
 858     }
 859
 860   }
 861
 862   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 863           int endSeq, int offset)
 864   {
 865     g.setFont(av.getFont());
 866     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 867
 868     SequenceI nextSeq;
 869
 870     // / First draw the sequences
 871     // ///////////////////////////
 872     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 873     {
 874       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 875       if (nextSeq == null)
 876       {
 877         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 878         // empty
 879         continue;
 880       }
 881       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 882               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 883
 884       if (av.isShowSequenceFeatures())
 885       {
 886         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 887                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 888       }
 889
 890       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 891       // ////////////////////////////////////////////////////////
 892       if (av.hasSearchResults())
 893       {
 894         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 895                 startRes, endRes);
 896         if (visibleResults != null)
 897         {
 898           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 899           {
 900             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 901                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 902                             * charWidth, offset
 903                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 904           }
 905         }
 906       }
 907
 908       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 909               && cursorX <= endRes)
 910       {
 911         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 912                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 913       }
 914     }
 915
 916     if (av.getSelectionGroup() != null
 917             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 918     {
 919       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 920     }
 921
 922   }
 923
 924   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 925           int startSeq, int endSeq, int offset)
 926   {
 927     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 928     //
 929     // ///////////////////////////////////
 930     // Now outline any areas if necessary
 931     // ///////////////////////////////////
 932
 933     SequenceGroup group = null;
 934     int groupIndex = -1;
 935
 936     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 937     {
 938       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 939       groupIndex = 0;
 940     }
 941
 942     if (group != null)
 943     {
 944       g.setStroke(new BasicStroke());
 945       g.setColor(group.getOutlineColour());
 946
 947       do
 948       {
 949         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
 950                 endSeq, offset);
 951
 952         groupIndex++;
 953
 954         g.setStroke(new BasicStroke());
 955
 956         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 957         {
 958           break;
 959         }
 960
 961         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 962
 963       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 964
 965     }
 966
 967   }
 968
 969
 970   /*
 971    * Draw the selection group as a separate image and overlay
 972    */
 973   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
 974           int startSeq, int endSeq)
 975   {
 976     // get a new image of the correct size
 977     BufferedImage selectionImage = setupImage();
 978
 979     if (selectionImage == null)
 980     {
 981       return null;
 982     }
 983
 984     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 985     if (group == null)
 986     {
 987       // nothing to draw
 988       return null;
 989     }
 990
 991     // set up drawing colour
 992     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
 993
 994     // set background to transparent
 995     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
 996     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
 997
 998     // set up foreground to draw red dashed line
 999     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1000     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1001             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1002     { 5f, 3f }, 0f));
1003     g.setColor(Color.RED);
1004
1005     if (!av.getWrapAlignment())
1006     {
1007       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1008               0);
1009     }
1010     else
1011     {
1012       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1013               av.getRanges().getStartRes());
1014     }
1015
1016     g.dispose();
1017     return selectionImage;
1018   }
1019
1020   /*
1021    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1022    * @param g graphics object to draw with
1023    * @param group selection group
1024    * @param startRes start residue of area to draw
1025    * @param endRes end residue of area to draw
1026    * @param startSeq start sequence of area to draw
1027    * @param endSeq end sequence of area to draw
1028    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1029    */
1030   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1031           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1032   {
1033     if (!av.hasHiddenColumns())
1034     {
1035       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1036               offset);
1037     }
1038     else
1039     {
1040       // package into blocks of visible columns
1041       int screenY = 0;
1042       int blockStart = startRes;
1043       int blockEnd = endRes;
1044
1045       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
1046               .getHiddenColumnsCopy())
1047       {
1048         int hideStart = region[0];
1049         int hideEnd = region[1];
1050
1051         if (hideStart <= blockStart)
1052         {
1053           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1054           continue;
1055         }
1056
1057         blockEnd = hideStart - 1;
1058
1059         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1060         drawPartialGroupOutline(g, group,
1061                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1062
1063         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1064         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1065         blockStart = hideEnd + 1;
1066
1067         if (screenY > (endRes - startRes))
1068         {
1069           // already rendered last block
1070           break;
1071         }
1072       }
1073
1074       if (screenY <= (endRes - startRes))
1075       {
1076         // remaining visible region to render
1077         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1078         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1079         drawPartialGroupOutline(g, group,
1080                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1081
1082         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1083       }
1084     }
1085   }
1086
1087   /*
1088    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1089    */
1090   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1091           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1092           int verticalOffset)
1093   {
1094     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1095
1096     int oldY = -1;
1097     int i = 0;
1098     boolean inGroup = false;
1099     int top = -1;
1100     int bottom = -1;
1101
1102     int sx = -1;
1103     int sy = -1;
1104     int xwidth = -1;
1105
1106     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1107     {
1108       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1109       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1110
1111       // width of group in pixels
1112       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1113               - 1;
1114
1115       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1116
1117       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1118       {
1119         continue;
1120       }
1121
1122       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1123               && group.getSequences(null)
1124                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1125       {
1126         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1127                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1128         {
1129           bottom = sy + charHeight;
1130         }
1131
1132         if (!inGroup)
1133         {
1134           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1135                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1136           {
1137             top = sy;
1138           }
1139
1140           oldY = sy;
1141           inGroup = true;
1142         }
1143       }
1144       else
1145       {
1146         if (inGroup)
1147         {
1148           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1149           // group
1150           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1151           {
1152             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1153           }
1154
1155           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1156           // group
1157           if (sx + xwidth < visWidth)
1158           {
1159             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1160           }
1161
1162           if (sx < 0)
1163           {
1164             xwidth += sx;
1165             sx = 0;
1166           }
1167
1168           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1169           // fixes JAL-2672
1170           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1171           {
1172             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1173           }
1174
1175           // draw horizontal line at top of group
1176           if (top != -1)
1177           {
1178             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1179             top = -1;
1180           }
1181
1182           // draw horizontal line at bottom of group
1183           if (bottom != -1)
1184           {
1185             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1186             bottom = -1;
1187           }
1188
1189           inGroup = false;
1190         }
1191       }
1192     }
1193
1194     if (inGroup)
1195     {
1196       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1197       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1198       {
1199         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1200       }
1201
1202       if (sx + xwidth < visWidth)
1203       {
1204         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1205       }
1206
1207       if (sx < 0)
1208       {
1209         xwidth += sx;
1210         sx = 0;
1211       }
1212
1213       if (sx + xwidth > visWidth)
1214       {
1215         xwidth = visWidth;
1216       }
1217       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1218       {
1219         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1220       }
1221
1222       if (top != -1)
1223       {
1224         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1225         top = -1;
1226       }
1227
1228       if (bottom != -1)
1229       {
1230         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1231         bottom = -1;
1232       }
1233
1234       inGroup = false;
1235     }
1236   }
1237
1238   /**
1239    * DOCUMENT ME!
1240    *
1241    * @param results
1242    *          DOCUMENT ME!
1243    */
1244   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1245   {
1246     img = null;
1247
1248     av.setSearchResults(results);
1249
1250     repaint();
1251   }
1252
1253   @Override
1254   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1255   {
1256     String eventName = evt.getPropertyName();
1257
1258     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1259     {
1260       fastPaint = true;
1261       repaint();
1262     }
1263     else if (av.getWrapAlignment())
1264     {
1265       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1266       {
1267         repaint();
1268       }
1269     }
1270     else
1271     {
1272       int scrollX = 0;
1273       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1274       {
1275         // Make sure we're not trying to draw a panel
1276         // larger than the visible window
1277         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1278         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1279         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1280         if (scrollX > range)
1281         {
1282           scrollX = range;
1283         }
1284         else if (scrollX < -range)
1285         {
1286           scrollX = -range;
1287         }
1288       }
1289
1290       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1291       // both start and end points, but resize only changes end values.
1292       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1293       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1294       // vertical start value.
1295       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1296       {
1297         // scroll - startres and endres both change
1298         fastPaint(scrollX, 0);
1299       }
1300       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1301       {
1302         // scroll
1303         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1304       }
1305     }
1306   }
1307 }