src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136         {\r
 137           startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 138           endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 142         if (av.hasHiddenColumns)\r
 143             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 144 \r
 145         // WEST SCALE\r
 146         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 147         {\r
 148             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 149             int index = startx;\r
 150             int value = -1;\r
 151 \r
 152             while (index < endx)\r
 153             {\r
 154                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 155                 {\r
 156                     index++;\r
 157 \r
 158                     continue;\r
 159                 }\r
 160 \r
 161                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 162 \r
 163                 break;\r
 164             }\r
 165 \r
 166             if (value != -1)\r
 167             {\r
 168                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 169                 g.drawString(value + "", x,\r
 170                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 171             }\r
 172         }\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * DOCUMENT ME!\r
 177      *\r
 178      * @param g DOCUMENT ME!\r
 179      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 180      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 181      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 184     {\r
 185         ypos += av.charHeight;\r
 186 \r
 187         if(av.hasHiddenColumns)\r
 188                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 189 \r
 190         SequenceI seq;\r
 191         // EAST SCALE\r
 192         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 193         {\r
 194             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 195             int index = endx;\r
 196             int value = -1;\r
 197 \r
 198             while (index > startx)\r
 199             {\r
 200                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 201                 {\r
 202                     index--;\r
 203 \r
 204                     continue;\r
 205                 }\r
 206 \r
 207                 value = seq.findPosition(index);\r
 208 \r
 209                 break;\r
 210             }\r
 211 \r
 212             if (value != -1)\r
 213             {\r
 214                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 215                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 216             }\r
 217         }\r
 218     }\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * DOCUMENT ME!\r
 222      *\r
 223      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 224      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 225      */\r
 226     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 227     {\r
 228         if (gg == null)\r
 229         {\r
 230             return;\r
 231         }\r
 232 \r
 233 \r
 234         fastPaint = true;\r
 235 \r
 236         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 237                     vertical * av.charHeight,\r
 238                     imgWidth,\r
 239                     imgHeight,\r
 240                     -horizontal * av.charWidth,\r
 241                     -vertical * av.charHeight);\r
 242 \r
 243         int sr = av.startRes;\r
 244         int er = av.endRes;\r
 245         int ss = av.startSeq;\r
 246         int es = av.endSeq;\r
 247         int transX = 0;\r
 248         int transY = 0;\r
 249 \r
 250 \r
 251         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 252         {\r
 253             er ++;\r
 254             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 255             sr = er - horizontal;\r
 256         }\r
 257         else if (horizontal < 0)\r
 258         {\r
 259             er = sr - horizontal-1;\r
 260         }\r
 261         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 262         {\r
 263             ss = es - vertical;\r
 264 \r
 265             if (ss < av.startSeq)\r
 266             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 267                 ss = av.startSeq;\r
 268             }\r
 269             else\r
 270             {\r
 271                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 272             }\r
 273         }\r
 274         else if (vertical < 0)\r
 275         {\r
 276             es = ss - vertical;\r
 277 \r
 278             if (es > av.endSeq)\r
 279             {\r
 280                 es = av.endSeq;\r
 281             }\r
 282         }\r
 283 \r
 284         gg.translate(transX, transY);\r
 285         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 286         gg.translate(-transX, -transY);\r
 287 \r
 288         repaint();\r
 289     }\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 293      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 294      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 295      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 296      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 297      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 298      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 299      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 300      */\r
 301 \r
 302     // Set this to false to force a full panel paint\r
 303     public void paintComponent(Graphics g)\r
 304     {\r
 305         super.paintComponent(g);\r
 306 \r
 307 \r
 308 \r
 309         if ( img != null && (fastPaint\r
 310              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 311              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 312         {\r
 313             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 314             fastPaint = false;\r
 315             return;\r
 316         }\r
 317 \r
 318 \r
 319         // this draws the whole of the alignment\r
 320         imgWidth = getWidth();\r
 321         imgHeight = getHeight();\r
 322 \r
 323         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 324         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 325 \r
 326         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 327         {\r
 328             return;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (img == null || imgWidth != img.getWidth() || imgHeight != img.getHeight())\r
 332         {\r
 333           try{\r
 334             img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,\r
 335                                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 336             gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 337             gg.setFont(av.getFont());\r
 338           }catch(OutOfMemoryError er)\r
 339           {\r
 340             System.gc();\r
 341             System.out.println(er +" making image, SeqCanvas");\r
 342             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 343             {\r
 344               public void run()\r
 345               {\r
 346                 javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.\r
 347                     desktop,\r
 348                     "Out of memory creating alignment image!!"\r
 349                     +\r
 350                     "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 351                     , "Out of memory",\r
 352                     javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 353               }\r
 354             });\r
 355 \r
 356             return;\r
 357           }\r
 358         }\r
 359 \r
 360         if (av.antiAlias)\r
 361           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 362                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 363 \r
 364         gg.setColor(Color.white);\r
 365         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 366 \r
 367 \r
 368         if (av.getWrapAlignment())\r
 369         {\r
 370             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 371         }\r
 372         else\r
 373         {\r
 374             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 375         }\r
 376 \r
 377         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 378 \r
 379         if (pdbCanvas != null)\r
 380         {\r
 381            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 382         }\r
 383 \r
 384     }\r
 385 \r
 386     /**\r
 387      * DOCUMENT ME!\r
 388      *\r
 389      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @return DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 394     {\r
 395         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 396 \r
 397         LABEL_EAST = 0;\r
 398         LABEL_WEST = 0;\r
 399 \r
 400         if (av.scaleRightWrapped)\r
 401         {\r
 402             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 403         }\r
 404 \r
 405         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 406         {\r
 407             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 408         }\r
 409 \r
 410         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 411     }\r
 412 \r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Generates a string of zeroes.\r
 416      * @return String\r
 417      */\r
 418     String getMask()\r
 419     {\r
 420       String mask = "00";\r
 421       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 422       {\r
 423         mask += "0";\r
 424       }\r
 425       return mask;\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * DOCUMENT ME!\r
 430      *\r
 431      * @param g DOCUMENT ME!\r
 432      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 433      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 434      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 437         int startRes)\r
 438     {\r
 439         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 440 \r
 441         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 442 \r
 443 \r
 444         if (av.scaleRightWrapped)\r
 445         {\r
 446             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 447         }\r
 448 \r
 449 \r
 450         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 451         {\r
 452             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 453         }\r
 454 \r
 455         int hgap = av.charHeight;\r
 456         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 457           hgap += av.charHeight;\r
 458 \r
 459         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 460         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 461 \r
 462         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 463 \r
 464         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 465 \r
 466 \r
 467         int endx;\r
 468         int ypos = hgap;\r
 469         int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 470 \r
 471         if(av.hasHiddenColumns)\r
 472           maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth)-1;\r
 473 \r
 474         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))\r
 475         {\r
 476           endx = startRes + cWidth -1;\r
 477 \r
 478           if (endx > maxwidth)\r
 479           {\r
 480             endx = maxwidth;\r
 481           }\r
 482 \r
 483             g.setFont(av.getFont());\r
 484             g.setColor(Color.black);\r
 485 \r
 486             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 487             {\r
 488                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 489             }\r
 490 \r
 491             if (av.scaleRightWrapped)\r
 492             {\r
 493                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 494                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 495                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 496             }\r
 497 \r
 498             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 499 \r
 500             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 501             {\r
 502                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 503             }\r
 504 \r
 505             if (av.hasHiddenColumns && av.showHiddenMarkers)\r
 506             {\r
 507               g.setColor(Color.blue);\r
 508               int res;\r
 509               for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 510                    i++)\r
 511               {\r
 512                 res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 513                     startRes;\r
 514 \r
 515                 if (res < 0 || res > endx - startRes)\r
 516                   continue;\r
 517 \r
 518                 gg.fillPolygon(new int[]\r
 519                                {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 520                                res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 521                                res * av.charWidth},\r
 522                                new int[]\r
 523                                {\r
 524                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 525                                ypos - (av.charHeight / 2),\r
 526                                ypos - (av.charHeight / 2) + 8\r
 527                 }, 3);\r
 528 \r
 529               }\r
 530             }\r
 531 \r
 532 \r
 533 \r
 534             // When printing we have an extra clipped region,\r
 535             // the Printable page which we need to account for here\r
 536             Shape clip = g.getClip();\r
 537 \r
 538             if (clip == null)\r
 539             {\r
 540                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 541             }\r
 542             else\r
 543             {\r
 544                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 545                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 546             }\r
 547 \r
 548             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 549 \r
 550             if(av.showAnnotation)\r
 551             {\r
 552               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 553               if(annotations==null)\r
 554                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 555 \r
 556               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx+1);\r
 557               g.translate(0, -cHeight - ypos -3);\r
 558             }\r
 559             g.setClip(clip);\r
 560             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 561 \r
 562             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 563             if(av.showAnnotation)\r
 564               ypos -= 3;\r
 565 \r
 566             startRes += cWidth;\r
 567         }\r
 568     }\r
 569 \r
 570     AnnotationPanel annotations;\r
 571     int getAnnotationHeight()\r
 572     {\r
 573       if(!av.showAnnotation)\r
 574         return 0;\r
 575 \r
 576       if(annotations==null)\r
 577         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 578 \r
 579       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 580     }\r
 581 \r
 582     /**\r
 583      * DOCUMENT ME!\r
 584      *\r
 585      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 586      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 587      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 588      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 589      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 590      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 591      */\r
 592     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 593                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 594     {\r
 595       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 596       {\r
 597         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 598       }\r
 599       else\r
 600       {\r
 601         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 602 \r
 603         int screenY = 0;\r
 604         int blockStart = startRes;\r
 605         int blockEnd = endRes;\r
 606 \r
 607         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 608         {\r
 609           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 610           int hideStart = region[0];\r
 611           int hideEnd = region[1];\r
 612 \r
 613           if (hideStart <= blockStart)\r
 614           {\r
 615             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 616             continue;\r
 617           }\r
 618 \r
 619           blockEnd = hideStart - 1;\r
 620 \r
 621           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 622 \r
 623           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 624 \r
 625           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 626           {\r
 627             g1.setColor(Color.blue);\r
 628 \r
 629             g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 630                         0 + offset,\r
 631                         (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 632                         (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 633           }\r
 634 \r
 635           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 636           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 637           blockStart = hideEnd + 1;\r
 638         }\r
 639 \r
 640         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 641         {\r
 642           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 643           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 644           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 645 \r
 646           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 647         }\r
 648       }\r
 649 \r
 650     }\r
 651 \r
 652 \r
 653 \r
 654 \r
 655     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 656     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 657     void draw(Graphics g,\r
 658                    int startRes, int endRes,\r
 659                    int startSeq, int endSeq,\r
 660                    int offset)\r
 661    {\r
 662       g.setFont(av.getFont());\r
 663       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 664 \r
 665       SequenceI nextSeq;\r
 666 \r
 667         /// First draw the sequences\r
 668         /////////////////////////////\r
 669         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 670         {\r
 671             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 672 \r
 673             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 674                             startRes, endRes,\r
 675                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 676 \r
 677             if (av.showSequenceFeatures)\r
 678             {\r
 679                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 680                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 681             }\r
 682 \r
 683             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 684             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 685             if (searchResults != null)\r
 686             {\r
 687               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 688               if (visibleResults != null)\r
 689                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 690                 {\r
 691                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 692                                          visibleResults[r + 1],\r
 693                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 694                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 695                 }\r
 696             }\r
 697 \r
 698             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 699                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 700             {\r
 701               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 702                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 703             }\r
 704           }\r
 705 \r
 706           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 707             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 708 \r
 709    }\r
 710 \r
 711    void drawGroupsBoundaries(Graphics g1,\r
 712                    int startRes, int endRes,\r
 713                    int startSeq, int endSeq,\r
 714                    int offset)\r
 715    {\r
 716        Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 717         //\r
 718         /////////////////////////////////////\r
 719         // Now outline any areas if necessary\r
 720         /////////////////////////////////////\r
 721         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 722 \r
 723         int sx = -1;\r
 724         int sy = -1;\r
 725         int ex = -1;\r
 726         int groupIndex = -1;\r
 727         int visWidth = (endRes - startRes +1) * av.charWidth;\r
 728 \r
 729         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 730         {\r
 731             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 732             groupIndex = 0;\r
 733         }\r
 734 \r
 735 \r
 736         if (group != null)\r
 737         {\r
 738             do\r
 739             {\r
 740                 int oldY = -1;\r
 741                 int i = 0;\r
 742                 boolean inGroup = false;\r
 743                 int top = -1;\r
 744                 int bottom = -1;\r
 745 \r
 746                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 747                 {\r
 748                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 749                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 750                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 751                         1;\r
 752 \r
 753                     if(sx+ex<0 || sx>visWidth)\r
 754                     {\r
 755                       continue;\r
 756                     }\r
 757 \r
 758                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 759                             group.getSequences(false).\r
 760                             contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 761                     {\r
 762                         if ((bottom == -1) &&\r
 763                                 !group.getSequences(false).contains(\r
 764                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 765                         {\r
 766                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 767                         }\r
 768 \r
 769                         if (!inGroup)\r
 770                         {\r
 771                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 772                                     !group.getSequences(false).contains(\r
 773                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 774                             {\r
 775                                 top = sy;\r
 776                             }\r
 777 \r
 778                             oldY = sy;\r
 779                             inGroup = true;\r
 780 \r
 781                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 782                             {\r
 783                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 784                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 785                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 786                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 787                                 g.setColor(Color.RED);\r
 788                             }\r
 789                             else\r
 790                             {\r
 791                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 792                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 793                             }\r
 794                         }\r
 795                     }\r
 796                     else\r
 797                     {\r
 798                       if (inGroup)\r
 799                       {\r
 800                         if (sx >= 0 && sx < visWidth)\r
 801                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 802 \r
 803                         if (sx + ex < visWidth)\r
 804                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 805 \r
 806                         if (sx < 0)\r
 807                         {\r
 808                           ex += sx;\r
 809                           sx = 0;\r
 810                         }\r
 811 \r
 812                         if (sx + ex > visWidth)\r
 813                           ex = visWidth;\r
 814 \r
 815                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 816                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 817 \r
 818                         if (top != -1)\r
 819                         {\r
 820                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 821                           top = -1;\r
 822                         }\r
 823 \r
 824                         if (bottom != -1)\r
 825                         {\r
 826                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 827                           bottom = -1;\r
 828                         }\r
 829 \r
 830                         inGroup = false;\r
 831                         }\r
 832                     }\r
 833                 }\r
 834 \r
 835                 if (inGroup)\r
 836                 {\r
 837                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 838                   if (sx >= 0 && sx < visWidth)\r
 839                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 840 \r
 841                   if (sx + ex < visWidth)\r
 842                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 843 \r
 844                   if (sx < 0)\r
 845                   {\r
 846                     ex += sx;\r
 847                     sx = 0;\r
 848                   }\r
 849 \r
 850                   if (sx + ex > visWidth)\r
 851                     ex = visWidth;\r
 852                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 853                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 854 \r
 855                   if (top != -1)\r
 856                   {\r
 857                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 858                     top = -1;\r
 859                   }\r
 860 \r
 861                   if (bottom != -1)\r
 862                   {\r
 863                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 864                     bottom = -1;\r
 865                   }\r
 866 \r
 867                     inGroup = false;\r
 868                 }\r
 869 \r
 870                 groupIndex++;\r
 871 \r
 872                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 873 \r
 874                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 875                 {\r
 876                     break;\r
 877                 }\r
 878 \r
 879                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 880 \r
 881 \r
 882             }\r
 883             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 884 \r
 885         }\r
 886 \r
 887     }\r
 888 \r
 889     /**\r
 890      * DOCUMENT ME!\r
 891      *\r
 892      * @param results DOCUMENT ME!\r
 893      */\r
 894     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 895     {\r
 896         img = null;\r
 897 \r
 898         searchResults = results;\r
 899 \r
 900         repaint();\r
 901     }\r
 902 }\r