src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  37 {\r
  38     FeatureRenderer fr;\r
  39     SequenceRenderer sr;\r
  40     BufferedImage img;\r
  41     Graphics2D gg;\r
  42     int imgWidth;\r
  43     int imgHeight;\r
  44     AlignViewport av;\r
  45     boolean displaySearch = false;\r
  46     int[] searchResults = null;\r
  47     boolean fastPaint = false;\r
  48     int LABEL_WEST;\r
  49     int LABEL_EAST;\r
  50 \r
  51     boolean isOverview = false;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  55      *\r
  56      * @param av DOCUMENT ME!\r
  57      */\r
  58     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  59     {\r
  60         this.av = av;\r
  61         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  63         setLayout(new BorderLayout());\r
  64         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  65         setBackground(Color.white);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     MCview.PDBCanvas pdbViewer;\r
  69     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  70     {\r
  71       return sr;\r
  72     }\r
  73 \r
  74     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  75     {\r
  76       return fr;\r
  77     }\r
  78 \r
  79     public void setPDBViewer(MCview.PDBCanvas pc)\r
  80     {\r
  81       pdbViewer = pc;\r
  82     }\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * DOCUMENT ME!\r
  86      *\r
  87      * @param g DOCUMENT ME!\r
  88      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  89      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  90      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  93     {\r
  94         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  95 \r
  96         g.setColor(Color.black);\r
  97 \r
  98         // NORTH SCALE\r
  99         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 100         {\r
 101             String string = String.valueOf(i);\r
 102             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 103                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 104 \r
 105             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 106                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 107                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 108                 2);\r
 109         }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     /**\r
 113      * DOCUMENT ME!\r
 114      *\r
 115      * @param g DOCUMENT ME!\r
 116      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 117      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 118      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 119      */\r
 120     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 121     {\r
 122         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 123         ypos += av.charHeight;\r
 124 \r
 125         // EAST SCALE\r
 126         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 127         {\r
 128             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 129             int index = startx;\r
 130             int value = -1;\r
 131 \r
 132             while (index < endx)\r
 133             {\r
 134                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 135                 {\r
 136                     index++;\r
 137 \r
 138                     continue;\r
 139                 }\r
 140 \r
 141                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 142 \r
 143                 break;\r
 144             }\r
 145 \r
 146             if (value != -1)\r
 147             {\r
 148                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 149                 g.drawString(value + "", x,\r
 150                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 151             }\r
 152         }\r
 153     }\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * DOCUMENT ME!\r
 157      *\r
 158      * @param g DOCUMENT ME!\r
 159      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 160      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 161      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 162      */\r
 163     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 164     {\r
 165         ypos += av.charHeight;\r
 166 \r
 167         // EAST SCALE\r
 168         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 169         {\r
 170             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 171             int index = endx;\r
 172             int value = -1;\r
 173 \r
 174             while (index > startx)\r
 175             {\r
 176                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 177                 {\r
 178                     index--;\r
 179 \r
 180                     continue;\r
 181                 }\r
 182 \r
 183                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 184 \r
 185                 break;\r
 186             }\r
 187 \r
 188             if (value != -1)\r
 189             {\r
 190                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 191                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 192             }\r
 193         }\r
 194     }\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * DOCUMENT ME!\r
 198      *\r
 199      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 200      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 201      */\r
 202     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 203     {\r
 204         if (gg == null)\r
 205         {\r
 206             return;\r
 207         }\r
 208 \r
 209         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 210                     vertical * av.charHeight,\r
 211                     imgWidth,\r
 212                     imgHeight,\r
 213                     -horizontal * av.charWidth,\r
 214                     -vertical * av.charHeight);\r
 215 \r
 216         int sr = av.startRes;\r
 217         int er = av.endRes;\r
 218         int ss = av.startSeq;\r
 219         int es = av.endSeq;\r
 220         int transX = 0;\r
 221         int transY = 0;\r
 222 \r
 223         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 224         {\r
 225             er ++;\r
 226             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 227             sr = er - horizontal;\r
 228         }\r
 229         else if (horizontal < 0)\r
 230         {\r
 231             er = sr - horizontal-1;\r
 232         }\r
 233         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 234         {\r
 235             ss = es - vertical;\r
 236 \r
 237             if (ss < av.startSeq)\r
 238             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 239                 ss = av.startSeq;\r
 240             }\r
 241             else\r
 242             {\r
 243                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 244             }\r
 245         }\r
 246         else if (vertical < 0)\r
 247         {\r
 248             es = ss - vertical;\r
 249 \r
 250             if (es > av.endSeq)\r
 251             {\r
 252                 es = av.endSeq;\r
 253             }\r
 254         }\r
 255 \r
 256         gg.translate(transX, transY);\r
 257         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 258         gg.translate(-transX, -transY);\r
 259 \r
 260         fastPaint = true;\r
 261         repaint();\r
 262     }\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 266      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 267      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 268      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 269      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 270      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 271      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 272      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 273      */\r
 274 \r
 275     // Set this to false to force a full panel paint\r
 276     public void paintComponent(Graphics g)\r
 277     {\r
 278         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 279 \r
 280         if ((img != null) &&\r
 281                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 282                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 283         {\r
 284             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 285             fastPaint = false;\r
 286             return;\r
 287         }\r
 288 \r
 289         // this draws the whole of the alignment\r
 290         imgWidth = getWidth();\r
 291         imgHeight = getHeight();\r
 292 \r
 293         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 294         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 295 \r
 296         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 297         {\r
 298             return;\r
 299         }\r
 300 \r
 301 \r
 302         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 303         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 304         gg.setFont(av.getFont());\r
 305         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 306           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 307 \r
 308         gg.setColor(Color.white);\r
 309         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 310 \r
 311 \r
 312         if (av.getWrapAlignment())\r
 313         {\r
 314             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 319                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 320         }\r
 321 \r
 322         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 323 \r
 324         if (pdbViewer != null)\r
 325         {\r
 326           pdbViewer.updateSeqColours();\r
 327         }\r
 328 \r
 329     }\r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * DOCUMENT ME!\r
 333      *\r
 334      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 335      *\r
 336      * @return DOCUMENT ME!\r
 337      */\r
 338     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 339     {\r
 340         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 341 \r
 342         LABEL_EAST = 0;\r
 343         LABEL_WEST = 0;\r
 344 \r
 345         if (av.scaleRightWrapped)\r
 346         {\r
 347             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 348         }\r
 349 \r
 350         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 351         {\r
 352             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 353         }\r
 354 \r
 355         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 356     }\r
 357 \r
 358 \r
 359     /**\r
 360      * Generates a string of zeroes.\r
 361      * @return String\r
 362      */\r
 363     String getMask()\r
 364     {\r
 365       String mask = "0";\r
 366       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 367       {\r
 368         mask += "0";\r
 369       }\r
 370       return mask;\r
 371     }\r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * DOCUMENT ME!\r
 375      *\r
 376      * @param g DOCUMENT ME!\r
 377      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 378      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 379      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 380      */\r
 381     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 382         int startRes)\r
 383     {\r
 384 \r
 385         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 386 \r
 387         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 388 \r
 389         int LABEL_EAST = 0;\r
 390 \r
 391         if (av.scaleRightWrapped)\r
 392         {\r
 393             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 394         }\r
 395 \r
 396         int LABEL_WEST = 0;\r
 397 \r
 398         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 399         {\r
 400             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 401         }\r
 402 \r
 403         int hgap = av.charHeight;\r
 404         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 405           hgap += av.charHeight;\r
 406 \r
 407         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 408         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 409 \r
 410         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 411 \r
 412         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 413 \r
 414 \r
 415         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 416         int ypos = hgap;\r
 417 \r
 418 \r
 419         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 420         {\r
 421             g.setFont(av.getFont());\r
 422             g.setColor(Color.black);\r
 423 \r
 424             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 425             {\r
 426                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 427             }\r
 428 \r
 429             if (av.scaleRightWrapped)\r
 430             {\r
 431                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 432                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 433                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 434             }\r
 435 \r
 436             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 437 \r
 438             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 439             {\r
 440                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 441             }\r
 442 \r
 443             // When printing we have an extra clipped region,\r
 444             // the Printable page which we need to account for here\r
 445             Shape clip = g.getClip();\r
 446 \r
 447             if (clip == null)\r
 448             {\r
 449                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 450             }\r
 451             else\r
 452             {\r
 453                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 454                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 455             }\r
 456 \r
 457             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 458             {\r
 459               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 460             }\r
 461 \r
 462 \r
 463             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 464 \r
 465             if(av.showAnnotation)\r
 466             {\r
 467               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 468               if(annotations==null)\r
 469                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 470 \r
 471               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 472               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 473             }\r
 474             g.setClip(clip);\r
 475             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 476 \r
 477             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 478             if(av.showAnnotation)\r
 479               ypos -= 3;\r
 480 \r
 481             startRes += cWidth;\r
 482             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 483 \r
 484             if (endx > al.getWidth())\r
 485             {\r
 486                 endx = al.getWidth();\r
 487             }\r
 488         }\r
 489     }\r
 490 \r
 491     AnnotationPanel annotations;\r
 492     int getAnnotationHeight()\r
 493     {\r
 494       if(!av.showAnnotation)\r
 495         return 0;\r
 496 \r
 497       if(annotations==null)\r
 498         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 499 \r
 500       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 501     }\r
 502 \r
 503     /**\r
 504      * DOCUMENT ME!\r
 505      *\r
 506      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 507      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 508      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 509      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 510      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 511      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 512      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 513      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 514      */\r
 515 \r
 516     float aaRatio = 2f/3f;\r
 517     public void increaseAARatio()\r
 518     {\r
 519       aaRatio += .025;\r
 520       if(aaRatio>1)\r
 521         aaRatio = 1;\r
 522 \r
 523       repaint();\r
 524     }\r
 525 \r
 526     public void decreaseAARation()\r
 527     {\r
 528       aaRatio -= .025;\r
 529       if(aaRatio<0)\r
 530         aaRatio = 0;\r
 531 \r
 532       repaint();\r
 533     }\r
 534 \r
 535 \r
 536     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 537         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 538     {\r
 539       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 540       g.setFont(av.getFont());\r
 541 \r
 542       SequenceI nextSeq, dna = null;\r
 543       int aaHeight = av.charHeight, dnaHeight = av.charHeight;\r
 544       Font dnafont = null, aafont = av.getFont();\r
 545 \r
 546  /*     if (av.getShowTranslation())\r
 547       {\r
 548         aaHeight = (int) (av.getCharHeight() * aaRatio);\r
 549         dnaHeight = (int) (av.getCharHeight() * (1 - aaRatio));\r
 550         java.awt.geom.AffineTransform transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 551         transform.scale(1f / 3f, 1);\r
 552         dnafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 553                                 dnaHeight);\r
 554         dnafont = dnafont.deriveFont(transform);\r
 555 \r
 556         aafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 557                                aaHeight);\r
 558         transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 559         transform.scale(1 / aaRatio, 1);\r
 560         aafont = aafont.deriveFont(transform);\r
 561       }\r
 562 */\r
 563 \r
 564       ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 565 \r
 566         /// First draw the sequences\r
 567         /////////////////////////////\r
 568         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 569         {\r
 570             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 571             g.setFont(aafont);\r
 572          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 573             {\r
 574               dna = nextSeq;\r
 575               StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 576               for(int r = 0; r<nextSeq.getLength(); r+=3)\r
 577               {\r
 578                 String codon = nextSeq.getSequence(r, r+3);\r
 579                 codon = codon.replace('U', 'T');\r
 580                 String res = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
 581                 if(res !=null )\r
 582                 {\r
 583                   if (res.equals("STOP"))\r
 584                     sb.append("X");\r
 585                   else\r
 586                     sb.append(res);\r
 587                 }\r
 588               }\r
 589               nextSeq = new Sequence("d", sb.toString());\r
 590             }*/\r
 591 \r
 592             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 593                             x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 594                             offset + ( (i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 595                             aaHeight);\r
 596 \r
 597          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 598             {\r
 599               av.setGlobalColourScheme(new NucleotideColourScheme());\r
 600               g.setFont(dnafont);\r
 601               sr.drawSequence(g, dna, null,\r
 602                               x1*3, (x2+2) * 3, ( (x1 - startx) * av.charWidth) / 3,\r
 603                               offset + ( (i - starty) * av.charHeight) + aaHeight,\r
 604                               av.charWidth / 3,\r
 605                               dnaHeight);\r
 606               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 607             }*/\r
 608 \r
 609             if (av.showSequenceFeatures)\r
 610             {\r
 611                 fr.drawSequence(g, nextSeq, x1, x2,\r
 612                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 613                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 614                     av.charHeight);\r
 615             }\r
 616         }\r
 617 \r
 618         //\r
 619         /////////////////////////////////////\r
 620         // Now outline any areas if necessary\r
 621         /////////////////////////////////////\r
 622         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 623 \r
 624         int sx = -1;\r
 625         int sy = -1;\r
 626         int ex = -1;\r
 627         int groupIndex = -1;\r
 628 \r
 629         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 630         {\r
 631             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 632             groupIndex = 0;\r
 633         }\r
 634 \r
 635         if (group != null && !isOverview)\r
 636         {\r
 637             do\r
 638             {\r
 639                 int oldY = -1;\r
 640                 int i = 0;\r
 641                 boolean inGroup = false;\r
 642                 int top = -1;\r
 643                 int bottom = -1;\r
 644 \r
 645                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 646                 {\r
 647                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 648                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 649                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 650                         1;\r
 651 \r
 652                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 653                     {\r
 654                       continue;\r
 655                     }\r
 656 \r
 657                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 658                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 659                                     i)))\r
 660                     {\r
 661                         if ((bottom == -1) &&\r
 662                                 !group.sequences.contains(\r
 663                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 664                         {\r
 665                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 666                         }\r
 667 \r
 668                         if (!inGroup)\r
 669                         {\r
 670                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 671                                     !group.sequences.contains(\r
 672                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 673                             {\r
 674                                 top = sy;\r
 675                             }\r
 676 \r
 677                             oldY = sy;\r
 678                             inGroup = true;\r
 679 \r
 680                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 681                             {\r
 682                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 683                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 684                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 685                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 686                                 g.setColor(Color.RED);\r
 687                             }\r
 688                             else\r
 689                             {\r
 690                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 691                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 692                             }\r
 693                         }\r
 694                     }\r
 695                     else\r
 696                     {\r
 697                       if (inGroup)\r
 698                       {\r
 699                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 700                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 701 \r
 702                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 703                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 704 \r
 705                         if (sx < 0)\r
 706                         {\r
 707                           ex += sx;\r
 708                           sx = 0;\r
 709                         }\r
 710 \r
 711                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 712                           ex = imgWidth;\r
 713 \r
 714                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 715                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 716 \r
 717                         if (top != -1)\r
 718                         {\r
 719                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 720                           top = -1;\r
 721                         }\r
 722 \r
 723                         if (bottom != -1)\r
 724                         {\r
 725                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 726                           bottom = -1;\r
 727                         }\r
 728 \r
 729                         inGroup = false;\r
 730                         }\r
 731                     }\r
 732                 }\r
 733 \r
 734                 if (inGroup)\r
 735                 {\r
 736                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 737                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 738                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 739 \r
 740                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 741                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 742 \r
 743                   if (sx < 0)\r
 744                   {\r
 745                     ex += sx;\r
 746                     sx = 0;\r
 747                   }\r
 748 \r
 749                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 750                     ex = imgWidth;\r
 751                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 752                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 753 \r
 754                   if (top != -1)\r
 755                   {\r
 756                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 757                     top = -1;\r
 758                   }\r
 759 \r
 760                   if (bottom != -1)\r
 761                   {\r
 762                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 763                     bottom = -1;\r
 764                   }\r
 765 \r
 766                     inGroup = false;\r
 767                 }\r
 768 \r
 769                 groupIndex++;\r
 770 \r
 771                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 772                 {\r
 773                     break;\r
 774                 }\r
 775 \r
 776                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 777             }\r
 778             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 779         }\r
 780 \r
 781         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 782         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 783         if (displaySearch)\r
 784         {\r
 785             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 786             {\r
 787                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 788 \r
 789                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 790                 {\r
 791                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 792 \r
 793                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 794                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 795 \r
 796                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 797 \r
 798                     if (searchStart < x1)\r
 799                     {\r
 800                         searchStart = x1;\r
 801                     }\r
 802 \r
 803                     if (searchEnd > x2)\r
 804                     {\r
 805                         searchEnd = x2;\r
 806                     }\r
 807 \r
 808                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 809                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 810                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 811                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 812                 }\r
 813             }\r
 814         }\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /**\r
 818      * DOCUMENT ME!\r
 819      *\r
 820      * @param results DOCUMENT ME!\r
 821      */\r
 822     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 823     {\r
 824         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 825         if (results == null)\r
 826         {\r
 827             displaySearch = false;\r
 828         }\r
 829         else\r
 830         {\r
 831             displaySearch = true;\r
 832         }\r
 833 \r
 834         searchResults = results;\r
 835 \r
 836         repaint();\r
 837     }\r
 838 }\r