src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29
  30 import java.awt.BasicStroke;
  31 import java.awt.BorderLayout;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.FontMetrics;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.RenderingHints;
  37 import java.awt.Shape;
  38 import java.awt.image.BufferedImage;
  39 import java.util.List;
  40
  41 import javax.swing.JComponent;
  42
  43 /**
  44  * DOCUMENT ME!
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class SeqCanvas extends JComponent
  50 {
  51   final FeatureRenderer fr;
  52
  53   final SequenceRenderer sr;
  54
  55   BufferedImage img;
  56
  57   Graphics2D gg;
  58
  59   int imgWidth;
  60
  61   int imgHeight;
  62
  63   AlignViewport av;
  64
  65   boolean fastPaint = false;
  66
  67   int LABEL_WEST;
  68
  69   int LABEL_EAST;
  70
  71   int cursorX = 0;
  72
  73   int cursorY = 0;
  74
  75   /**
  76    * Creates a new SeqCanvas object.
  77    *
  78    * @param av
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     updateViewport();
  85     fr = new FeatureRenderer(ap);
  86     sr = new SequenceRenderer(av);
  87     setLayout(new BorderLayout());
  88     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  89     setBackground(Color.white);
  90   }
  91
  92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  93   {
  94     return sr;
  95   }
  96
  97   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  98   {
  99     return fr;
 100   }
 101
 102   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 103
 104   private void updateViewport()
 105   {
 106     charHeight = av.getCharHeight();
 107     charWidth = av.getCharWidth();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param g
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param startx
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param endx
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param ypos
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 123   {
 124     updateViewport();
 125     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 126             endx))
 127     {
 128       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 129       if (mpos < 0)
 130       {
 131         continue;
 132       }
 133       String mstring = mark.text;
 134
 135       if (mark.major)
 136       {
 137         if (mstring != null)
 138         {
 139           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 140         }
 141         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 142                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 143                 ypos - 2);
 144       }
 145     }
 146   }
 147
 148   /**
 149    * DOCUMENT ME!
 150    *
 151    * @param g
 152    *          DOCUMENT ME!
 153    * @param startx
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param endx
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    * @param ypos
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    */
 160   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 161   {
 162     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 163     ypos += charHeight;
 164
 165     if (av.hasHiddenColumns())
 166     {
 167       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 168       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 169     }
 170
 171     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 172     if (av.hasHiddenColumns())
 173     {
 174       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 175     }
 176
 177     // WEST SCALE
 178     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 179     {
 180       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 181       int index = startx;
 182       int value = -1;
 183
 184       while (index < endx)
 185       {
 186         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 187         {
 188           index++;
 189
 190           continue;
 191         }
 192
 193         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 194
 195         break;
 196       }
 197
 198       if (value != -1)
 199       {
 200         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 201                 - charWidth / 2;
 202         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 203                 - (charHeight / 5));
 204       }
 205     }
 206   }
 207
 208   /**
 209    * DOCUMENT ME!
 210    *
 211    * @param g
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param startx
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param endx
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    * @param ypos
 218    *          DOCUMENT ME!
 219    */
 220   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 221   {
 222     ypos += charHeight;
 223
 224     if (av.hasHiddenColumns())
 225     {
 226       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 227     }
 228
 229     SequenceI seq;
 230     // EAST SCALE
 231     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 232     {
 233       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 234       int index = endx;
 235       int value = -1;
 236
 237       while (index > startx)
 238       {
 239         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 240         {
 241           index--;
 242
 243           continue;
 244         }
 245
 246         value = seq.findPosition(index);
 247
 248         break;
 249       }
 250
 251       if (value != -1)
 252       {
 253         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 254                 - (charHeight / 5));
 255       }
 256     }
 257   }
 258
 259   boolean fastpainting = false;
 260
 261   /**
 262    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 263    * slider adjustment
 264    *
 265    * @param horizontal
 266    *          shift along
 267    * @param vertical
 268    *          shift up or down in repaint
 269    */
 270   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 271   {
 272     if (fastpainting || gg == null)
 273     {
 274       return;
 275     }
 276     fastpainting = true;
 277     fastPaint = true;
 278     updateViewport();
 279     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 280             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 281
 282     int sr = av.startRes;
 283     int er = av.endRes;
 284     int ss = av.startSeq;
 285     int es = av.endSeq;
 286     int transX = 0;
 287     int transY = 0;
 288
 289     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 290     {
 291       er++;
 292       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 293       sr = er - horizontal;
 294     }
 295     else if (horizontal < 0)
 296     {
 297       er = sr - horizontal - 1;
 298     }
 299     else if (vertical > 0) // scroll down
 300     {
 301       ss = es - vertical;
 302
 303       if (ss < av.startSeq)
 304       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 305         ss = av.startSeq;
 306       }
 307       else
 308       {
 309         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 310       }
 311     }
 312     else if (vertical < 0)
 313     {
 314       es = ss - vertical;
 315
 316       if (es > av.endSeq)
 317       {
 318         es = av.endSeq;
 319       }
 320     }
 321
 322     gg.translate(transX, transY);
 323     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 324     gg.translate(-transX, -transY);
 325
 326     repaint();
 327     fastpainting = false;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 332    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 333    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 334    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 335    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 336    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 337    */
 338
 339   // Set this to false to force a full panel paint
 340   @Override
 341   public void paintComponent(Graphics g)
 342   {
 343     updateViewport();
 344     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 345     // img and call later.
 346     super.paintComponent(g);
 347
 348     if (lcimg != null
 349             && (fastPaint
 350                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 351                     .getClipBounds().height)))
 352     {
 353       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 354       fastPaint = false;
 355       return;
 356     }
 357
 358     // this draws the whole of the alignment
 359     imgWidth = getWidth();
 360     imgHeight = getHeight();
 361
 362     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 363     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 364
 365     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 366     {
 367       return;
 368     }
 369
 370     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 371             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 372     {
 373       try
 374       {
 375         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 376                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 377         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 378         gg.setFont(av.getFont());
 379       } catch (OutOfMemoryError er)
 380       {
 381         System.gc();
 382         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 383         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 384
 385         return;
 386       }
 387     }
 388
 389     if (av.antiAlias)
 390     {
 391       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 392               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 393     }
 394
 395     gg.setColor(Color.white);
 396     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 397
 398     if (av.getWrapAlignment())
 399     {
 400       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 401     }
 402     else
 403     {
 404       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 405     }
 406
 407     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 408
 409   }
 410
 411   /**
 412    * DOCUMENT ME!
 413    *
 414    * @param cwidth
 415    *          DOCUMENT ME!
 416    *
 417    * @return DOCUMENT ME!
 418    */
 419   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 420   {
 421     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 422
 423     LABEL_EAST = 0;
 424     LABEL_WEST = 0;
 425
 426     if (av.getScaleRightWrapped())
 427     {
 428       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 429     }
 430
 431     if (av.getScaleLeftWrapped())
 432     {
 433       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 434     }
 435
 436     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Generates a string of zeroes.
 441    *
 442    * @return String
 443    */
 444   String getMask()
 445   {
 446     String mask = "00";
 447     int maxWidth = 0;
 448     int tmp;
 449     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 450     {
 451       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 452       if (tmp > maxWidth)
 453       {
 454         maxWidth = tmp;
 455       }
 456     }
 457
 458     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 459     {
 460       mask += "0";
 461     }
 462     return mask;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * DOCUMENT ME!
 467    *
 468    * @param g
 469    *          DOCUMENT ME!
 470    * @param canvasWidth
 471    *          DOCUMENT ME!
 472    * @param canvasHeight
 473    *          DOCUMENT ME!
 474    * @param startRes
 475    *          DOCUMENT ME!
 476    */
 477   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 478           int canvasHeight, int startRes)
 479   {
 480     updateViewport();
 481     AlignmentI al = av.getAlignment();
 482
 483     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 484
 485     if (av.getScaleRightWrapped())
 486     {
 487       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 488     }
 489
 490     if (av.getScaleLeftWrapped())
 491     {
 492       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 493     }
 494
 495     int hgap = charHeight;
 496     if (av.getScaleAboveWrapped())
 497     {
 498       hgap += charHeight;
 499     }
 500
 501     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 502     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 503
 504     av.setWrappedWidth(cWidth);
 505
 506     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 507
 508     int endx;
 509     int ypos = hgap;
 510     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 511
 512     if (av.hasHiddenColumns())
 513     {
 514       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 515     }
 516
 517     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 518     {
 519       endx = startRes + cWidth - 1;
 520
 521       if (endx > maxwidth)
 522       {
 523         endx = maxwidth;
 524       }
 525
 526       g.setFont(av.getFont());
 527       g.setColor(Color.black);
 528
 529       if (av.getScaleLeftWrapped())
 530       {
 531         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 532       }
 533
 534       if (av.getScaleRightWrapped())
 535       {
 536         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 537         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 538         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 539       }
 540
 541       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 542
 543       if (av.getScaleAboveWrapped())
 544       {
 545         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 546       }
 547
 548       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 549       {
 550         g.setColor(Color.blue);
 551         int res;
 552         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 553                 .size(); i++)
 554         {
 555           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 556                   - startRes;
 557
 558           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 559           {
 560             continue;
 561           }
 562
 563           gg.fillPolygon(
 564                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 565                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 566                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 567                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 568                   3);
 569
 570         }
 571       }
 572
 573       // When printing we have an extra clipped region,
 574       // the Printable page which we need to account for here
 575       Shape clip = g.getClip();
 576
 577       if (clip == null)
 578       {
 579         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 580       }
 581       else
 582       {
 583         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 584                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 585       }
 586
 587       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 588
 589       if (av.isShowAnnotation())
 590       {
 591         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 592         if (annotations == null)
 593         {
 594           annotations = new AnnotationPanel(av);
 595         }
 596
 597         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 598                 startRes, endx + 1);
 599         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 600       }
 601       g.setClip(clip);
 602       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 603
 604       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 605
 606       startRes += cWidth;
 607     }
 608   }
 609
 610   AnnotationPanel annotations;
 611
 612   int getAnnotationHeight()
 613   {
 614     if (!av.isShowAnnotation())
 615     {
 616       return 0;
 617     }
 618
 619     if (annotations == null)
 620     {
 621       annotations = new AnnotationPanel(av);
 622     }
 623
 624     return annotations.adjustPanelHeight();
 625   }
 626
 627   /**
 628    * DOCUMENT ME!
 629    *
 630    * @param g1
 631    *          DOCUMENT ME!
 632    * @param startRes
 633    *          DOCUMENT ME!
 634    * @param endRes
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    * @param startSeq
 637    *          DOCUMENT ME!
 638    * @param endSeq
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    * @param offset
 641    *          DOCUMENT ME!
 642    */
 643   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 644           int startSeq, int endSeq, int offset)
 645   {
 646     updateViewport();
 647     if (!av.hasHiddenColumns())
 648     {
 649       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 650     }
 651     else
 652     {
 653       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 654
 655       int screenY = 0;
 656       int blockStart = startRes;
 657       int blockEnd = endRes;
 658
 659       for (int[] region : regions)
 660       {
 661         int hideStart = region[0];
 662         int hideEnd = region[1];
 663
 664         if (hideStart <= blockStart)
 665         {
 666           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 667           continue;
 668         }
 669
 670         blockEnd = hideStart - 1;
 671
 672         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 673
 674         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 675
 676         if (av.getShowHiddenMarkers())
 677         {
 678           g1.setColor(Color.blue);
 679
 680           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 681                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 682                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 683         }
 684
 685         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 686         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 687         blockStart = hideEnd + 1;
 688
 689         if (screenY > (endRes - startRes))
 690         {
 691           // already rendered last block
 692           return;
 693         }
 694       }
 695
 696       if (screenY <= (endRes - startRes))
 697       {
 698         // remaining visible region to render
 699         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 700         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 701         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 702
 703         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 704       }
 705     }
 706
 707   }
 708
 709   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 710   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 711   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 712           int endSeq, int offset)
 713   {
 714     g.setFont(av.getFont());
 715     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 716
 717     SequenceI nextSeq;
 718
 719     // / First draw the sequences
 720     // ///////////////////////////
 721     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 722     {
 723       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 724       if (nextSeq == null)
 725       {
 726         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 727         // empty
 728         continue;
 729       }
 730       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 731               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 732
 733       if (av.isShowSequenceFeatures())
 734       {
 735         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 736                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 737       }
 738
 739       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 740       // ////////////////////////////////////////////////////////
 741       if (av.hasSearchResults())
 742       {
 743         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 744                 startRes, endRes);
 745         if (visibleResults != null)
 746         {
 747           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 748           {
 749             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 750                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 751                             * charWidth, offset
 752                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 753           }
 754         }
 755       }
 756
 757       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 758               && cursorX <= endRes)
 759       {
 760         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 761                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 762       }
 763     }
 764
 765     if (av.getSelectionGroup() != null
 766             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 767     {
 768       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 769     }
 770
 771   }
 772
 773   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 774           int startSeq, int endSeq, int offset)
 775   {
 776     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 777     //
 778     // ///////////////////////////////////
 779     // Now outline any areas if necessary
 780     // ///////////////////////////////////
 781     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 782
 783     int sx = -1;
 784     int sy = -1;
 785     int ex = -1;
 786     int groupIndex = -1;
 787     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 788
 789     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 790     {
 791       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 792       groupIndex = 0;
 793     }
 794
 795     if (group != null)
 796     {
 797       do
 798       {
 799         int oldY = -1;
 800         int i = 0;
 801         boolean inGroup = false;
 802         int top = -1;
 803         int bottom = -1;
 804
 805         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 806         {
 807           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 808           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 809           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 810
 811           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 812           {
 813             continue;
 814           }
 815
 816           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 817                   && group.getSequences(null).contains(
 818                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 819           {
 820             if ((bottom == -1)
 821                     && !group.getSequences(null).contains(
 822                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 823             {
 824               bottom = sy + charHeight;
 825             }
 826
 827             if (!inGroup)
 828             {
 829               if (((top == -1) && (i == 0))
 830                       || !group.getSequences(null).contains(
 831                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 832               {
 833                 top = sy;
 834               }
 835
 836               oldY = sy;
 837               inGroup = true;
 838
 839               if (group == av.getSelectionGroup())
 840               {
 841                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 842                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 843                         0f));
 844                 g.setColor(Color.RED);
 845               }
 846               else
 847               {
 848                 g.setStroke(new BasicStroke());
 849                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 850               }
 851             }
 852           }
 853           else
 854           {
 855             if (inGroup)
 856             {
 857               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 858               {
 859                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 860               }
 861
 862               if (sx + ex < visWidth)
 863               {
 864                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 865               }
 866
 867               if (sx < 0)
 868               {
 869                 ex += sx;
 870                 sx = 0;
 871               }
 872
 873               if (sx + ex > visWidth)
 874               {
 875                 ex = visWidth;
 876               }
 877
 878               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 879               {
 880                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 881               }
 882
 883               if (top != -1)
 884               {
 885                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 886                 top = -1;
 887               }
 888
 889               if (bottom != -1)
 890               {
 891                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 892                 bottom = -1;
 893               }
 894
 895               inGroup = false;
 896             }
 897           }
 898         }
 899
 900         if (inGroup)
 901         {
 902           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 903           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 904           {
 905             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 906           }
 907
 908           if (sx + ex < visWidth)
 909           {
 910             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 911           }
 912
 913           if (sx < 0)
 914           {
 915             ex += sx;
 916             sx = 0;
 917           }
 918
 919           if (sx + ex > visWidth)
 920           {
 921             ex = visWidth;
 922           }
 923           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 924           {
 925             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 926           }
 927
 928           if (top != -1)
 929           {
 930             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 931             top = -1;
 932           }
 933
 934           if (bottom != -1)
 935           {
 936             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 937             bottom = -1;
 938           }
 939
 940           inGroup = false;
 941         }
 942
 943         groupIndex++;
 944
 945         g.setStroke(new BasicStroke());
 946
 947         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 948         {
 949           break;
 950         }
 951
 952         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 953
 954       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 955
 956     }
 957
 958   }
 959
 960   /**
 961    * DOCUMENT ME!
 962    *
 963    * @param results
 964    *          DOCUMENT ME!
 965    */
 966   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 967   {
 968     img = null;
 969
 970     av.setSearchResults(results);
 971
 972     repaint();
 973   }
 974 }