Merge branch 'patch/JAL-4345_pae_epas1_doubleclick' into develop
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import java.awt.BasicStroke;
24 import java.awt.BorderLayout;
25 import java.awt.Color;
26 import java.awt.FontMetrics;
27 import java.awt.Graphics;
28 import java.awt.Graphics2D;
29 import java.awt.Rectangle;
30 import java.awt.RenderingHints;
31 import java.awt.image.BufferedImage;
32 import java.beans.PropertyChangeEvent;
33 import java.util.Iterator;
34 import java.util.List;
35
36 import javax.swing.JPanel;
37
38 import jalview.api.SequenceRenderer;
39 import jalview.datamodel.AlignmentI;
40 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
41 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
43 import jalview.datamodel.SequenceI;
44 import jalview.datamodel.VisibleContigsIterator;
45 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
46 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
47 import jalview.util.Comparison;
48 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
49 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
50
51 /**
52  * The Swing component on which the alignment sequences, and annotations (if
53  * shown), are drawn. This includes scales above, left and right (if shown) in
54  * Wrapped mode, but not the scale above in Unwrapped mode.
55  * 
56  */
57 @SuppressWarnings("serial")
58 public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
59 {
60   /**
61    * vertical gap in pixels between sequences and annotations when in wrapped
62    * mode
63    */
64   static final int SEQS_ANNOTATION_GAP = 3;
65
66   private static final String ZEROS = "0000000000";
67
68   final FeatureRenderer fr;
69
70   BufferedImage img;
71
72   AlignViewport av;
73
74   int cursorX = 0;
75
76   int cursorY = 0;
77
78   private final SequenceRenderer seqRdr;
79
80   boolean fastPaint = false;
81
82   private boolean fastpainting = false;
83
84   private AnnotationPanel annotations;
85
86   /*
87    * measurements for drawing a wrapped alignment
88    */
89   private int labelWidthEast; // label right width in pixels if shown
90
91   private int labelWidthWest; // label left width in pixels if shown
92
93   int wrappedSpaceAboveAlignment; // gap between widths
94
95   int wrappedRepeatHeightPx; // height in pixels of wrapped width
96
97   private int wrappedVisibleWidths; // number of wrapped widths displayed
98
99   // Don't do this! Graphics handles are supposed to be transient
100   // private Graphics2D gg;
101
102   /**
103    * Creates a new SeqCanvas object.
104    * 
105    * @param ap
106    */
107   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
108   {
109     this.av = ap.av;
110     fr = new FeatureRenderer(ap);
111     seqRdr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
112     setLayout(new BorderLayout());
113     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
114     setBackground(Color.white);
115
116     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
117   }
118
119   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
120   {
121     return seqRdr;
122   }
123
124   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
125   {
126     return fr;
127   }
128
129   /**
130    * Draws the scale above a region of a wrapped alignment, consisting of a
131    * column number every major interval (10 columns).
132    * 
133    * @param g
134    *          the graphics context to draw on, positioned at the start (bottom
135    *          left) of the line on which to draw any scale marks
136    * @param startx
137    *          start alignment column (0..)
138    * @param endx
139    *          end alignment column (0..)
140    * @param ypos
141    *          y offset to draw at
142    */
143   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
144   {
145     int charHeight = av.getCharHeight();
146     int charWidth = av.getCharWidth();
147
148     /*
149      * white fill the scale space (for the fastPaint case)
150      */
151     g.setColor(Color.white);
152     g.fillRect(0, ypos - charHeight - charHeight / 2, getWidth(),
153             charHeight * 3 / 2 + 2);
154     g.setColor(Color.black);
155
156     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
157             endx);
158     for (ScaleMark mark : marks)
159     {
160       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
161       if (mpos < 0)
162       {
163         continue;
164       }
165       String mstring = mark.text;
166
167       if (mark.major)
168       {
169         if (mstring != null)
170         {
171           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
172         }
173
174         /*
175          * draw a tick mark below the column number, centred on the column;
176          * height of tick mark is 4 pixels less than half a character
177          */
178         int xpos = (mpos * charWidth) + (charWidth / 2);
179         g.drawLine(xpos, (ypos + 2) - (charHeight / 2), xpos, ypos - 2);
180       }
181     }
182   }
183
184   /**
185    * Draw the scale to the left or right of a wrapped alignment
186    * 
187    * @param g
188    *          graphics context, positioned at the start of the scale to be drawn
189    * @param startx
190    *          first column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
191    * @param endx
192    *          last column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
193    * @param ypos
194    *          vertical offset at which to begin the scale
195    * @param left
196    *          if true, scale is left of residues, if false, scale is right
197    */
198   void drawVerticalScale(Graphics g, final int startx, final int endx,
199           final int ypos, final boolean left)
200   {
201     int charHeight = av.getCharHeight();
202     int charWidth = av.getCharWidth();
203
204     int yPos = ypos + charHeight;
205     int startX = startx;
206     int endX = endx;
207
208     if (av.hasHiddenColumns())
209     {
210       HiddenColumns hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
211       startX = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startx);
212       endX = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(endx);
213     }
214     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
215
216     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
217     {
218       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
219
220       /*
221        * find sequence position of first non-gapped position -
222        * to the right if scale left, to the left if scale right
223        */
224       int index = left ? startX : endX;
225       int value = -1;
226       while (index >= startX && index <= endX)
227       {
228         if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
229         {
230           value = seq.findPosition(index);
231           break;
232         }
233         if (left)
234         {
235           index++;
236         }
237         else
238         {
239           index--;
240         }
241       }
242
243       /*
244        * white fill the space for the scale
245        */
246       g.setColor(Color.white);
247       int y = (yPos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5);
248       // fillRect origin is top left of rectangle
249       g.fillRect(0, y - charHeight, left ? labelWidthWest : labelWidthEast,
250               charHeight + 1);
251
252       if (value != -1)
253       {
254         /*
255          * draw scale value, right justified within its width less half a
256          * character width padding on the right
257          */
258         int labelSpace = left ? labelWidthWest : labelWidthEast;
259         labelSpace -= charWidth / 2; // leave space to the right
260         String valueAsString = String.valueOf(value);
261         int labelLength = fm.stringWidth(valueAsString);
262         int xOffset = labelSpace - labelLength;
263         g.setColor(Color.black);
264         g.drawString(valueAsString, xOffset, y);
265       }
266     }
267
268   }
269
270   /**
271    * Does a fast paint of an alignment in response to a scroll. Most of the
272    * visible region is simply copied and shifted, and then any newly visible
273    * columns or rows are drawn. The scroll may be horizontal or vertical, but
274    * not both at once. Scrolling may be the result of
275    * <ul>
276    * <li>dragging a scroll bar</li>
277    * <li>clicking in the scroll bar</li>
278    * <li>scrolling by trackpad, middle mouse button, or other device</li>
279    * <li>by moving the box in the Overview window</li>
280    * <li>programmatically to make a highlighted position visible</li>
281    * <li>pasting a block of sequences</li>
282    * </ul>
283    * 
284    * @param horizontal
285    *          columns to shift right (positive) or left (negative)
286    * @param vertical
287    *          rows to shift down (positive) or up (negative)
288    */
289   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
290   {
291
292     // effectively:
293     // if (horizontal != 0 && vertical != 0)
294     // throw new InvalidArgumentException();
295     if (fastpainting || img == null)
296     {
297       return;
298     }
299     fastpainting = true;
300     fastPaint = true;
301     try
302     {
303       int charHeight = av.getCharHeight();
304       int charWidth = av.getCharWidth();
305
306       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
307       int startRes = ranges.getStartRes();
308       int endRes = ranges.getEndRes();
309       int startSeq = ranges.getStartSeq();
310       int endSeq = ranges.getEndSeq();
311       int transX = 0;
312       int transY = 0;
313
314       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
315       {
316         transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
317         startRes = endRes - horizontal;
318       }
319       else if (horizontal < 0)
320       {
321         endRes = startRes - horizontal;
322       }
323
324       if (vertical > 0) // scroll down
325       {
326         startSeq = endSeq - vertical + 1;
327
328         if (startSeq < ranges.getStartSeq())
329         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
330           startSeq = ranges.getStartSeq();
331         }
332         else
333         {
334           transY = img.getHeight() - (vertical * charHeight);
335         }
336       }
337       else if (vertical < 0) // scroll up
338       {
339         endSeq = startSeq - vertical - 1;
340
341         if (endSeq > ranges.getEndSeq())
342         {
343           endSeq = ranges.getEndSeq();
344         }
345       }
346
347       // jalview.bin.Console.errPrintln(">>> FastPaint to " + transX + " " +
348       // transY + " "
349       // + horizontal + " " + vertical + " " + startRes + " " + endRes
350       // + " " + startSeq + " " + endSeq);
351
352       Graphics gg = img.getGraphics();
353       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
354               img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
355               -vertical * charHeight);
356
357       /** @j2sNative xxi = this.img */
358
359       gg.translate(transX, transY);
360       drawPanel(seqRdr, gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
361       gg.translate(-transX, -transY);
362       gg.dispose();
363
364       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
365       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
366       // overview window and others may be adversely affected.
367       // jalview.bin.Console.outPrintln("SeqCanvas fastPaint() repaint()
368       // request...");
369       av.getAlignPanel().repaint();
370     } finally
371     {
372       fastpainting = false;
373     }
374   }
375
376   @Override
377   public void paintComponent(Graphics g)
378   {
379
380     int charHeight = av.getCharHeight();
381     int charWidth = av.getCharWidth();
382
383     int width = getWidth();
384     int height = getHeight();
385
386     width -= (width % charWidth);
387     height -= (height % charHeight);
388
389     // BH 2019 can't possibly fastPaint if either width or height is 0
390
391     if (width == 0 || height == 0)
392     {
393       return;
394     }
395
396     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
397     int startRes = ranges.getStartRes();
398     int startSeq = ranges.getStartSeq();
399     int endRes = ranges.getEndRes();
400     int endSeq = ranges.getEndSeq();
401
402     // [JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
403     // repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
404     // that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
405     // repaint request preceded two full requests, thus resulting
406     // in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
407     // requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
408     // still present for the second and third request.
409     //
410     // This resulted in incomplete painting.
411     //
412     // The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
413     // in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
414     // components.
415     //
416     // BH 2019.04.22
417     //
418     // An initial idea; can be removed once we determine this issue is closed:
419     // if (av.isFastPaintDisabled())
420     // {
421     // fastPaint = false;
422     // }
423
424     Rectangle vis, clip;
425     if (img != null
426             && (fastPaint
427                     || (vis = getVisibleRect()).width != (clip = g
428                             .getClipBounds()).width
429                     || vis.height != clip.height))
430     {
431       g.drawImage(img, 0, 0, this);
432       drawSelectionGroup((Graphics2D) g, startRes, endRes, startSeq,
433               endSeq);
434       fastPaint = false;
435     }
436     else
437     {
438       // img is a cached version of the last view we drew.
439       // If we have no img or the size has changed, make a new one.
440       //
441       if (img == null || width != img.getWidth()
442               || height != img.getHeight())
443       {
444         img = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
445       }
446
447       Graphics2D gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
448       gg.setFont(av.getFont());
449
450       if (av.antiAlias)
451       {
452         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
453                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
454       }
455
456       gg.setColor(Color.white);
457       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
458
459       if (av.getWrapAlignment())
460       {
461         drawWrappedPanel(seqRdr, gg, getWidth(), getHeight(),
462                 ranges.getStartRes());
463       }
464       else
465       {
466         drawPanel(seqRdr, gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
467       }
468
469       drawSelectionGroup(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
470
471       g.drawImage(img, 0, 0, this);
472       gg.dispose();
473     }
474
475     if (av.cursorMode)
476     {
477       drawCursor(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
478     }
479   }
480
481   /**
482    * Draw an alignment panel for printing
483    * 
484    * @param g1
485    *          Graphics object to draw with
486    * @param startRes
487    *          start residue of print area
488    * @param endRes
489    *          end residue of print area
490    * @param startSeq
491    *          start sequence of print area
492    * @param endSeq
493    *          end sequence of print area
494    */
495   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
496           int startSeq, int endSeq)
497   {
498     SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
499     drawPanel(localSeqR, g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
500
501     drawSelectionGroup((Graphics2D) g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
502   }
503
504   /**
505    * Draw a wrapped alignment panel for printing
506    * 
507    * @param g
508    *          Graphics object to draw with
509    * @param canvasWidth
510    *          width of drawing area
511    * @param canvasHeight
512    *          height of drawing area
513    * @param startRes
514    *          start residue of print area
515    */
516   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
517           int canvasHeight, int startRes)
518   {
519     SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
520     drawWrappedPanel(localSeqR, g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
521
522     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
523     if (group != null)
524     {
525       drawWrappedSelection((Graphics2D) g, group, canvasWidth, canvasHeight,
526               startRes);
527     }
528   }
529
530   /**
531    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
532    * East or West scales (if shown)
533    * 
534    * @param canvasWidth
535    *          the width in pixels (possibly including scales)
536    * 
537    * @return
538    */
539   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
540   {
541     int charWidth = av.getCharWidth();
542
543     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
544
545     int labelWidth = 0;
546
547     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
548     {
549       labelWidth = getLabelWidth(fm);
550     }
551
552     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
553
554     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
555
556     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
557   }
558
559   public int getMinimumWrappedCanvasWidth()
560   {
561     int charWidth = av.getCharWidth();
562     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
563     int labelWidth = 0;
564     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
565     {
566       labelWidth = getLabelWidth(fm);
567     }
568     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
569     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
570     return labelWidthEast + labelWidthWest + charWidth;
571   }
572
573   /**
574    * Returns a pixel width sufficient to show the largest sequence coordinate
575    * (end position) in the alignment, calculated as the FontMetrics width of
576    * zeroes "0000000" limited to the number of decimal digits to be shown (3 for
577    * 1-10, 4 for 11-99 etc). One character width is added to this, to allow for
578    * half a character width space on either side.
579    * 
580    * @param fm
581    * @return
582    */
583   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
584   {
585     /*
586      * find the biggest sequence end position we need to show
587      * (note this is not necessarily the sequence length)
588      */
589     int maxWidth = 0;
590     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
591     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
592     {
593       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
594     }
595
596     int length = 0;
597     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
598     {
599       length++;
600     }
601
602     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length)) + av.getCharWidth();
603   }
604
605   /**
606    * Draws as many widths of a wrapped alignment as can fit in the visible
607    * window
608    * 
609    * @param g
610    * @param canvasWidth
611    *          available width in pixels
612    * @param canvasHeight
613    *          available height in pixels
614    * @param startColumn
615    *          the first column (0...) of the alignment to draw
616    */
617   public void drawWrappedPanel(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g,
618           int canvasWidth, int canvasHeight, final int startColumn)
619   {
620     int wrappedWidthInResidues = calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
621             canvasHeight);
622
623     av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues);
624
625     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
626     ranges.setViewportStartAndWidth(startColumn, wrappedWidthInResidues);
627
628     // we need to call this again to make sure the startColumn +
629     // wrappedWidthInResidues values are used to calculate wrappedVisibleWidths
630     // correctly.
631     calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
632
633     /*
634      * draw one width at a time (excluding any scales shown),
635      * until we have run out of either alignment or vertical space available
636      */
637     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
638     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
639
640     int start = startColumn;
641     int currentWidth = 0;
642     while ((currentWidth < wrappedVisibleWidths) && (start < maxWidth))
643     {
644       int endColumn = Math.min(maxWidth,
645               start + wrappedWidthInResidues - 1);
646       drawWrappedWidth(seqRdr, g, ypos, start, endColumn, canvasHeight);
647       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
648       start += wrappedWidthInResidues;
649       currentWidth++;
650     }
651
652     drawWrappedDecorators(g, startColumn);
653   }
654
655   /**
656    * Calculates and saves values needed when rendering a wrapped alignment.
657    * These depend on many factors, including
658    * <ul>
659    * <li>canvas width and height</li>
660    * <li>number of visible sequences, and height of annotations if shown</li>
661    * <li>font and character width</li>
662    * <li>whether scales are shown left, right or above the alignment</li>
663    * </ul>
664    * 
665    * @param canvasWidth
666    * @param canvasHeight
667    * @return the number of residue columns in each width
668    */
669   protected int calculateWrappedGeometry(int canvasWidth, int canvasHeight)
670   {
671     int charHeight = av.getCharHeight();
672
673     /*
674      * vertical space in pixels between wrapped widths of alignment
675      * - one character height, or two if scale above is drawn
676      */
677     wrappedSpaceAboveAlignment = charHeight
678             * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
679
680     /*
681      * compute height in pixels of the wrapped widths
682      * - start with space above plus sequences
683      */
684     wrappedRepeatHeightPx = wrappedSpaceAboveAlignment;
685     wrappedRepeatHeightPx += av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
686
687     /*
688      * add annotations panel height if shown
689      * also gap between sequences and annotations
690      */
691     if (av.isShowAnnotation())
692     {
693       wrappedRepeatHeightPx += getAnnotationHeight();
694       wrappedRepeatHeightPx += SEQS_ANNOTATION_GAP; // 3px
695     }
696
697     /*
698      * number of visible widths (the last one may be part height),
699      * ensuring a part height includes at least one sequence
700      */
701     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
702     wrappedVisibleWidths = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx;
703     int remainder = canvasHeight % wrappedRepeatHeightPx;
704     if (remainder >= (wrappedSpaceAboveAlignment + charHeight))
705     {
706       wrappedVisibleWidths++;
707     }
708
709     /*
710      * compute width in residues; this also sets East and West label widths
711      */
712     int wrappedWidthInResidues = getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
713     av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues); // update model accordingly
714     /*
715      *  limit visibleWidths to not exceed width of alignment
716      */
717     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
718     int startToEnd = xMax - ranges.getStartRes();
719     int maxWidths = startToEnd / wrappedWidthInResidues;
720     if (startToEnd % wrappedWidthInResidues > 0)
721     {
722       maxWidths++;
723     }
724     wrappedVisibleWidths = Math.min(wrappedVisibleWidths, maxWidths);
725
726     return wrappedWidthInResidues;
727   }
728
729   /**
730    * Draws one width of a wrapped alignment, including sequences and
731    * annnotations, if shown, but not scales or hidden column markers
732    * 
733    * @param g
734    * @param ypos
735    * @param startColumn
736    * @param endColumn
737    * @param canvasHeight
738    */
739   protected void drawWrappedWidth(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g,
740           final int ypos, final int startColumn, final int endColumn,
741           final int canvasHeight)
742   {
743     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
744     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
745
746     int endx = Math.min(startColumn + viewportWidth - 1, endColumn);
747
748     /*
749      * move right before drawing by the width of the scale left (if any)
750      * plus column offset from left margin (usually zero, but may be non-zero
751      * when fast painting is drawing just a few columns)
752      */
753     int charWidth = av.getCharWidth();
754     int xOffset = labelWidthWest
755             + ((startColumn - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
756                     * charWidth;
757
758     g.translate(xOffset, 0);
759
760     /*
761      * white fill the region to be drawn (so incremental fast paint doesn't
762      * scribble over an existing image)
763      */
764     g.setColor(Color.white);
765     g.fillRect(0, ypos, (endx - startColumn + 1) * charWidth,
766             wrappedRepeatHeightPx);
767
768     drawPanel(seqRdr, g, startColumn, endx, 0,
769             av.getAlignment().getHeight() - 1, ypos);
770
771     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight();
772
773     if (av.isShowAnnotation())
774     {
775       final int yShift = cHeight + ypos + SEQS_ANNOTATION_GAP;
776       g.translate(0, yShift);
777       if (annotations == null)
778       {
779         annotations = new AnnotationPanel(av);
780       }
781
782       annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
783               startColumn, endx + 1);
784       g.translate(0, -yShift);
785     }
786     g.translate(-xOffset, 0);
787   }
788
789   /**
790    * Draws scales left, right and above (if shown), and any hidden column
791    * markers, on all widths of the wrapped alignment
792    * 
793    * @param g
794    * @param startColumn
795    */
796   protected void drawWrappedDecorators(Graphics g, final int startColumn)
797   {
798     int charWidth = av.getCharWidth();
799
800     g.setFont(av.getFont());
801
802     g.setColor(Color.black);
803
804     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
805     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
806     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
807     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
808     int widthsDrawn = 0;
809     int startCol = startColumn;
810
811     while (widthsDrawn < wrappedVisibleWidths)
812     {
813       int endColumn = Math.min(maxWidth, startCol + viewportWidth - 1);
814
815       if (av.getScaleLeftWrapped())
816       {
817         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn - 1, ypos, true);
818       }
819
820       if (av.getScaleRightWrapped())
821       {
822         int x = labelWidthWest + viewportWidth * charWidth;
823
824         g.translate(x, 0);
825         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn, ypos, false);
826         g.translate(-x, 0);
827       }
828
829       /*
830        * white fill region of scale above and hidden column markers
831        * (to support incremental fast paint of image)
832        */
833       g.translate(labelWidthWest, 0);
834       g.setColor(Color.white);
835       g.fillRect(0, ypos - wrappedSpaceAboveAlignment,
836               viewportWidth * charWidth + labelWidthWest,
837               wrappedSpaceAboveAlignment);
838       g.setColor(Color.black);
839       g.translate(-labelWidthWest, 0);
840
841       g.translate(labelWidthWest, 0);
842
843       if (av.getScaleAboveWrapped())
844       {
845         drawNorthScale(g, startCol, endColumn, ypos);
846       }
847
848       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
849       {
850         drawHiddenColumnMarkers(g, ypos, startCol, endColumn);
851       }
852
853       g.translate(-labelWidthWest, 0);
854
855       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
856       startCol += viewportWidth;
857       widthsDrawn++;
858     }
859   }
860
861   /**
862    * Draws markers (triangles) above hidden column positions between startColumn
863    * and endColumn.
864    * 
865    * @param g
866    * @param ypos
867    * @param startColumn
868    * @param endColumn
869    */
870   protected void drawHiddenColumnMarkers(Graphics g, int ypos,
871           int startColumn, int endColumn)
872   {
873     int charHeight = av.getCharHeight();
874     int charWidth = av.getCharWidth();
875
876     g.setColor(Color.blue);
877     int res;
878     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
879
880     Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startColumn,
881             endColumn);
882     while (it.hasNext())
883     {
884       res = it.next() - startColumn;
885
886       if (res < 0 || res > endColumn - startColumn + 1)
887       {
888         continue;
889       }
890
891       /*
892        * draw a downward-pointing triangle at the hidden columns location
893        * (before the following visible column)
894        */
895       int xMiddle = res * charWidth;
896       int[] xPoints = new int[] { xMiddle - charHeight / 4,
897           xMiddle + charHeight / 4, xMiddle };
898       int yTop = ypos - (charHeight / 2);
899       int[] yPoints = new int[] { yTop, yTop, yTop + 8 };
900       g.fillPolygon(xPoints, yPoints, 3);
901     }
902   }
903
904   /*
905    * Draw a selection group over a wrapped alignment
906    */
907   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
908           int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)
909   {
910     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
911     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
912     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
913             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
914             { 5f, 3f }, 0f));
915     g.setColor(Color.RED);
916
917     int charWidth = av.getCharWidth();
918     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
919             / charWidth;
920     int startx = startRes;
921     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
922     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
923
924     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
925     {
926       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
927       int endx = startx + cWidth - 1;
928
929       if (endx > maxwidth)
930       {
931         endx = maxwidth;
932       }
933
934       g.translate(labelWidthWest, 0);
935       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
936               av.getAlignment().getHeight() - 1, ypos);
937       g.translate(-labelWidthWest, 0);
938
939       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
940
941       startx += cWidth;
942     }
943     g.setStroke(new BasicStroke());
944   }
945
946   /**
947    * Answers zero if annotations are not shown, otherwise recalculates and
948    * answers the total height of all annotation rows in pixels
949    * 
950    * @return
951    */
952   int getAnnotationHeight()
953   {
954     if (!av.isShowAnnotation())
955     {
956       return 0;
957     }
958
959     if (annotations == null)
960     {
961       annotations = new AnnotationPanel(av);
962     }
963
964     return annotations.adjustPanelHeight();
965   }
966
967   /**
968    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
969    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
970    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
971    * marker.
972    * 
973    * @param localSeqR
974    *          - sequence renderer implementation - when null, uses the one used
975    *          for rendering interactive GUI
976    * 
977    * @param g1
978    *          the graphics context, positioned at the first residue to be drawn
979    * @param startRes
980    *          offset of the first column to draw (0..)
981    * @param endRes
982    *          offset of the last column to draw (0..)
983    * @param startSeq
984    *          offset of the first sequence to draw (0..)
985    * @param endSeq
986    *          offset of the last sequence to draw (0..)
987    * @param yOffset
988    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
989    */
990   public void drawPanel(SequenceRenderer localSeqR, Graphics g1,
991           final int startRes, final int endRes, final int startSeq,
992           final int endSeq, final int yOffset)
993   {
994     int charHeight = av.getCharHeight();
995     int charWidth = av.getCharWidth();
996
997     if (localSeqR == null)
998     {
999       localSeqR = seqRdr;
1000     }
1001     if (!av.hasHiddenColumns())
1002     {
1003       draw(localSeqR, g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
1004     }
1005     else
1006     {
1007       int screenY = 0;
1008       int blockStart;
1009       int blockEnd;
1010
1011       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1012       VisibleContigsIterator regions = hidden
1013               .getVisContigsIterator(startRes, endRes + 1, true);
1014
1015       while (regions.hasNext())
1016       {
1017         int[] region = regions.next();
1018         blockEnd = region[1];
1019         blockStart = region[0];
1020
1021         /*
1022          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
1023          * the visible region, whichever comes first
1024          */
1025         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
1026
1027         draw(localSeqR, g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq,
1028                 yOffset);
1029
1030         /*
1031          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
1032          * triangle on top) if we reached it
1033          */
1034         if (av.getShowHiddenMarkers()
1035                 && (regions.hasNext() || regions.endsAtHidden()))
1036         {
1037           g1.setColor(Color.blue);
1038
1039           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1040                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1041                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
1042         }
1043
1044         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
1045         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1046       }
1047     }
1048
1049   }
1050
1051   /**
1052    * Draws a region of the visible alignment
1053    * 
1054    * @param seqRdr
1055    * 
1056    * @param g1
1057    * @param startRes
1058    *          offset of the first column in the visible region (0..)
1059    * @param endRes
1060    *          offset of the last column in the visible region (0..)
1061    * @param startSeq
1062    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
1063    * @param endSeq
1064    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
1065    * @param yOffset
1066    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
1067    */
1068   private void draw(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g, int startRes,
1069           int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1070   {
1071     int charHeight = av.getCharHeight();
1072     int charWidth = av.getCharWidth();
1073
1074     g.setFont(av.getFont());
1075     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
1076
1077     SequenceI nextSeq;
1078
1079     // / First draw the sequences
1080     // ///////////////////////////
1081     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1082     {
1083       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1084       if (nextSeq == null)
1085       {
1086         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
1087         // empty
1088         continue;
1089       }
1090       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
1091               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1092
1093       if (av.isShowSequenceFeatures())
1094       {
1095         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
1096                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
1097       }
1098
1099       /*
1100        * highlight search Results once sequence has been drawn
1101        */
1102       if (av.hasSearchResults())
1103       {
1104         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
1105         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
1106                 endRes);
1107         if (visibleResults != null)
1108         {
1109           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
1110           {
1111             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
1112                     visibleResults[r + 1],
1113                     (visibleResults[r] - startRes) * charWidth,
1114                     offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1115           }
1116         }
1117       }
1118     }
1119
1120     if (av.getSelectionGroup() != null
1121             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1122     {
1123       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
1124     }
1125
1126   }
1127
1128   /**
1129    * Draws the outlines of any groups defined on the alignment (excluding the
1130    * current selection group, if any)
1131    * 
1132    * @param g1
1133    * @param startRes
1134    * @param endRes
1135    * @param startSeq
1136    * @param endSeq
1137    * @param offset
1138    */
1139   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
1140           int startSeq, int endSeq, int offset)
1141   {
1142     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1143
1144     SequenceGroup group = null;
1145     int groupIndex = -1;
1146
1147     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1148     {
1149       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1150       groupIndex = 0;
1151     }
1152
1153     if (group != null)
1154     {
1155       do
1156       {
1157         g.setColor(group.getOutlineColour());
1158         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1159                 endSeq, offset);
1160
1161         groupIndex++;
1162         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1163         {
1164           break;
1165         }
1166         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1167       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1168     }
1169   }
1170
1171   /**
1172    * Draws the outline of the current selection group (if any)
1173    * 
1174    * @param g
1175    * @param startRes
1176    * @param endRes
1177    * @param startSeq
1178    * @param endSeq
1179    */
1180   private void drawSelectionGroup(Graphics2D g, int startRes, int endRes,
1181           int startSeq, int endSeq)
1182   {
1183     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1184     if (group == null)
1185     {
1186       return;
1187     }
1188
1189     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1190             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1191             { 5f, 3f }, 0f));
1192     g.setColor(Color.RED);
1193     if (!av.getWrapAlignment())
1194     {
1195       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1196               0);
1197     }
1198     else
1199     {
1200       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1201               av.getRanges().getStartRes());
1202     }
1203     g.setStroke(new BasicStroke());
1204   }
1205
1206   /**
1207    * Draw the cursor as a separate image and overlay
1208    * 
1209    * @param startRes
1210    *          start residue of area to draw cursor in
1211    * @param endRes
1212    *          end residue of area to draw cursor in
1213    * @param startSeq
1214    *          start sequence of area to draw cursor in
1215    * @param endSeq
1216    *          end sequence of are to draw cursor in
1217    * @return a transparent image of the same size as the sequence canvas, with
1218    *         the cursor drawn on it, if any
1219    */
1220   private void drawCursor(Graphics g, int startRes, int endRes,
1221           int startSeq, int endSeq)
1222   {
1223     // convert the cursorY into a position on the visible alignment
1224     int cursor_ypos = cursorY;
1225
1226     // don't do work unless we have to
1227     if (cursor_ypos >= startSeq && cursor_ypos <= endSeq)
1228     {
1229       int yoffset = 0;
1230       int xoffset = 0;
1231       int startx = startRes;
1232       int endx = endRes;
1233
1234       // convert the cursorX into a position on the visible alignment
1235       int cursor_xpos = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1236               .absoluteToVisibleColumn(cursorX);
1237
1238       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(cursorX))
1239       {
1240
1241         if (av.getWrapAlignment())
1242         {
1243           // work out the correct offsets for the cursor
1244           int charHeight = av.getCharHeight();
1245           int charWidth = av.getCharWidth();
1246           int canvasWidth = getWidth();
1247           int canvasHeight = getHeight();
1248
1249           // height gap above each panel
1250           int hgap = charHeight;
1251           if (av.getScaleAboveWrapped())
1252           {
1253             hgap += charHeight;
1254           }
1255
1256           int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
1257                   / charWidth;
1258           int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
1259
1260           endx = startx + cWidth - 1;
1261           int ypos = hgap; // vertical offset
1262
1263           // iterate down the wrapped panels
1264           while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursor_xpos))
1265           {
1266             // update vertical offset
1267             ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
1268
1269             // update horizontal offset
1270             startx += cWidth;
1271             endx = startx + cWidth - 1;
1272           }
1273           yoffset = ypos;
1274           xoffset = labelWidthWest;
1275         }
1276
1277         // now check if cursor is within range for x values
1278         if (cursor_xpos >= startx && cursor_xpos <= endx)
1279         {
1280           // get the character the cursor is drawn at
1281           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
1282           char s = seq.getCharAt(cursorX);
1283
1284           seqRdr.drawCursor(g, s,
1285                   xoffset + (cursor_xpos - startx) * av.getCharWidth(),
1286                   yoffset + (cursor_ypos - startSeq) * av.getCharHeight());
1287         }
1288       }
1289     }
1290   }
1291
1292   /**
1293    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1294    * 
1295    * @param g
1296    *          graphics object to draw with
1297    * @param group
1298    *          selection group
1299    * @param startRes
1300    *          start residue of area to draw
1301    * @param endRes
1302    *          end residue of area to draw
1303    * @param startSeq
1304    *          start sequence of area to draw
1305    * @param endSeq
1306    *          end sequence of area to draw
1307    * @param offset
1308    *          vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1309    */
1310   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1311           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1312   {
1313     int charWidth = av.getCharWidth();
1314
1315     if (!av.hasHiddenColumns())
1316     {
1317       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1318               offset);
1319     }
1320     else
1321     {
1322       // package into blocks of visible columns
1323       int screenY = 0;
1324       int blockStart;
1325       int blockEnd;
1326
1327       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1328       VisibleContigsIterator regions = hidden
1329               .getVisContigsIterator(startRes, endRes + 1, true);
1330       while (regions.hasNext())
1331       {
1332         int[] region = regions.next();
1333         blockEnd = region[1];
1334         blockStart = region[0];
1335
1336         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1337         drawPartialGroupOutline(g, group, blockStart, blockEnd, startSeq,
1338                 endSeq, offset);
1339
1340         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1341         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1342       }
1343     }
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Draws part of a selection group outline
1348    * 
1349    * @param g
1350    * @param group
1351    * @param startRes
1352    * @param endRes
1353    * @param startSeq
1354    * @param endSeq
1355    * @param verticalOffset
1356    */
1357   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1358           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1359           int verticalOffset)
1360   {
1361     int charHeight = av.getCharHeight();
1362     int charWidth = av.getCharWidth();
1363     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1364
1365     int oldY = -1;
1366     int i = 0;
1367     boolean inGroup = false;
1368     int top = -1;
1369     int bottom = -1;
1370     int sy = -1;
1371
1372     List<SequenceI> seqs = group.getSequences(null);
1373
1374     // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1375     int sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1376
1377     // width of group in pixels
1378     int xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes())
1379             * charWidth) - 1;
1380
1381     if (!(sx + xwidth < 0 || sx > visWidth))
1382     {
1383       for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1384       {
1385         sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1386
1387         if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1388                 && seqs.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1389         {
1390           if ((bottom == -1)
1391                   && !seqs.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1392           {
1393             bottom = sy + charHeight;
1394           }
1395
1396           if (!inGroup)
1397           {
1398             if (((top == -1) && (i == 0)) || !seqs
1399                     .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1400             {
1401               top = sy;
1402             }
1403
1404             oldY = sy;
1405             inGroup = true;
1406           }
1407         }
1408         else if (inGroup)
1409         {
1410           drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, bottom);
1411           drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
1412
1413           // reset top and bottom
1414           top = -1;
1415           bottom = -1;
1416           inGroup = false;
1417         }
1418       }
1419       if (inGroup)
1420       {
1421         sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1422         drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY,
1423                 bottom == -1 ? sy : bottom);
1424         drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
1425       }
1426     }
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Draw horizontal selection group boundaries at top and bottom positions
1431    * 
1432    * @param g
1433    *          graphics object to draw on
1434    * @param sx
1435    *          start x position
1436    * @param xwidth
1437    *          width of gap
1438    * @param visWidth
1439    *          visWidth maximum available width
1440    * @param top
1441    *          position to draw top of group at
1442    * @param bottom
1443    *          position to draw bottom of group at
1444    */
1445   private void drawHorizontals(Graphics2D g, int sx, int xwidth,
1446           int visWidth, int top, int bottom)
1447   {
1448     int width = xwidth;
1449     int startx = sx;
1450     if (startx < 0)
1451     {
1452       width += startx;
1453       startx = 0;
1454     }
1455
1456     // don't let width extend beyond current block, or group extent
1457     // fixes JAL-2672
1458     if (startx + width >= visWidth)
1459     {
1460       width = visWidth - startx;
1461     }
1462
1463     if (top != -1)
1464     {
1465       g.drawLine(startx, top, startx + width, top);
1466     }
1467
1468     if (bottom != -1)
1469     {
1470       g.drawLine(startx, bottom - 1, startx + width, bottom - 1);
1471     }
1472   }
1473
1474   /**
1475    * Draw vertical lines at sx and sx+xwidth providing they lie within
1476    * [0,visWidth)
1477    * 
1478    * @param g
1479    *          graphics object to draw on
1480    * @param sx
1481    *          start x position
1482    * @param xwidth
1483    *          width of gap
1484    * @param visWidth
1485    *          visWidth maximum available width
1486    * @param oldY
1487    *          top y value
1488    * @param sy
1489    *          bottom y value
1490    */
1491   private void drawVerticals(Graphics2D g, int sx, int xwidth, int visWidth,
1492           int oldY, int sy)
1493   {
1494     // if start position is visible, draw vertical line to left of
1495     // group
1496     if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1497     {
1498       g.drawLine(sx, oldY, sx, sy - 1);
1499     }
1500
1501     // if end position is visible, draw vertical line to right of
1502     // group
1503     if (sx + xwidth < visWidth)
1504     {
1505       g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy - 1);
1506     }
1507   }
1508
1509   /**
1510    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1511    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1512    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1513    * set to match), else false. This method does _not_ set the 'fastPaint' flag,
1514    * so allows the next repaint to update the whole display.
1515    * 
1516    * @param results
1517    * @return
1518    */
1519   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1520   {
1521     return highlightSearchResults(results, false);
1522
1523   }
1524
1525   /**
1526    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1527    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1528    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1529    * set to match), else false.
1530    * <p>
1531    * Optionally, set the 'fastPaint' flag for a faster redraw if only the
1532    * highlighted regions are modified. This speeds up highlighting across linked
1533    * alignments.
1534    * <p>
1535    * Currently fastPaint is not implemented for scrolled wrapped alignments. If
1536    * a wrapped alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then
1537    * it should be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This
1538    * argument could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is
1539    * coded in future (JAL-2609).
1540    * 
1541    * @param results
1542    * @param doFastPaint
1543    *          if true, sets a flag so the next repaint only redraws the modified
1544    *          image
1545    * @return
1546    */
1547   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1548           boolean doFastPaint)
1549   {
1550     if (fastpainting)
1551     {
1552       return false;
1553     }
1554     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1555     try
1556     {
1557       fastPaint = doFastPaint;
1558       fastpainting = fastPaint;
1559
1560       /*
1561        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1562        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1563        * and add new ones
1564        */
1565       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1566       av.setSearchResults(results);
1567       boolean redrawn = false;
1568       boolean drawn = false;
1569       if (wrapped)
1570       {
1571         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1572         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1573         redrawn |= drawn;
1574       }
1575       else
1576       {
1577         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1578         drawn = drawMappedPositions(results);
1579         redrawn |= drawn;
1580       }
1581
1582       /*
1583        * if highlights were either removed or added, repaint
1584        */
1585       if (redrawn)
1586       {
1587         repaint();
1588       }
1589
1590       /*
1591        * return true only if highlights were added
1592        */
1593       return drawn;
1594
1595     } finally
1596     {
1597       fastpainting = false;
1598     }
1599   }
1600
1601   /**
1602    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1603    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1604    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1605    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1606    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1607    * else false.
1608    * 
1609    * @param results
1610    * @return
1611    */
1612   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1613   {
1614     if ((results == null) || (img == null)) // JAL-2784 check gg is not null
1615     {
1616       return false;
1617     }
1618
1619     /*
1620      * calculate the minimal rectangle to redraw that 
1621      * includes both new and existing search results
1622      */
1623     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1624     int lastSeq = -1;
1625     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1626     int lastCol = -1;
1627     boolean matchFound = false;
1628
1629     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1630     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1631     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1632     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1633     if (av.hasHiddenColumns())
1634     {
1635       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1636               .visibleToAbsoluteColumn(firstVisibleColumn);
1637       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1638               .visibleToAbsoluteColumn(lastVisibleColumn);
1639     }
1640
1641     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1642             .getEndSeq(); seqNo++)
1643     {
1644       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1645
1646       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1647               lastVisibleColumn);
1648       if (visibleResults != null)
1649       {
1650         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1651         {
1652           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1653           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1654           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1655                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1656           {
1657             /*
1658              * found a search results match in the visible region - 
1659              * remember the first and last sequence matched, and the first
1660              * and last visible columns in the matched positions
1661              */
1662             matchFound = true;
1663             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1664             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1665             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1666                     firstVisibleColumn);
1667             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1668                     lastVisibleColumn);
1669             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1670             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1671           }
1672         }
1673       }
1674     }
1675
1676     if (matchFound)
1677     {
1678       if (av.hasHiddenColumns())
1679       {
1680         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1681                 .absoluteToVisibleColumn(firstCol);
1682         lastCol = alignment.getHiddenColumns()
1683                 .absoluteToVisibleColumn(lastCol);
1684       }
1685       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1686       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1687       Graphics gg = img.getGraphics();
1688       gg.translate(transX, transY);
1689       drawPanel(seqRdr, gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1690       gg.translate(-transX, -transY);
1691       gg.dispose();
1692     }
1693
1694     return matchFound;
1695   }
1696
1697   @Override
1698   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1699   {
1700     String eventName = evt.getPropertyName();
1701     // jalview.bin.Console.errPrintln(">>SeqCanvas propertyChange " +
1702     // eventName);
1703     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1704     {
1705       fastPaint = true;
1706       repaint();
1707       return;
1708     }
1709     else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
1710     {
1711       fastPaint = false;
1712       // jalview.bin.Console.errPrintln("!!!! fastPaint false from
1713       // MOVE_VIEWPORT");
1714       repaint();
1715       return;
1716     }
1717
1718     int scrollX = 0;
1719     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
1720             || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1721     {
1722       // Make sure we're not trying to draw a panel
1723       // larger than the visible window
1724       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1725       {
1726         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1727       }
1728       else
1729       {
1730         scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
1731                 - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
1732       }
1733       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1734
1735       int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes() + 1;
1736       if (scrollX > range)
1737       {
1738         scrollX = range;
1739       }
1740       else if (scrollX < -range)
1741       {
1742         scrollX = -range;
1743       }
1744     }
1745     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1746     // both start and end points, but resize only changes end values.
1747     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1748     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1749     // vertical start value.
1750     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1751     {
1752       if (av.getWrapAlignment())
1753       {
1754         fastPaintWrapped(scrollX);
1755       }
1756       else
1757       {
1758         fastPaint(scrollX, 0);
1759       }
1760     }
1761     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1762     {
1763       // scroll
1764       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1765     }
1766     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1767     {
1768       if (av.getWrapAlignment())
1769       {
1770         fastPaintWrapped(scrollX);
1771       }
1772       else
1773       {
1774         fastPaint(scrollX, 0);
1775       }
1776     }
1777     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1778     {
1779       // scroll
1780       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1781     }
1782     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1783     {
1784       if (av.getWrapAlignment())
1785       {
1786         fastPaintWrapped(scrollX);
1787       }
1788     }
1789   }
1790
1791   /**
1792    * Does a minimal update of the image for a scroll movement. This method
1793    * handles scroll movements of up to one width of the wrapped alignment (one
1794    * click in the vertical scrollbar). Larger movements (for example after a
1795    * scroll to highlight a mapped position) trigger a full redraw instead.
1796    * 
1797    * @param scrollX
1798    *          number of positions scrolled (right if positive, left if negative)
1799    */
1800   protected void fastPaintWrapped(int scrollX)
1801   {
1802     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1803
1804     if (Math.abs(scrollX) >= ranges.getViewportWidth())
1805     {
1806       /*
1807        * shift of one view width or more is 
1808        * overcomplicated to handle in this method
1809        */
1810       fastPaint = false;
1811       repaint();
1812       return;
1813     }
1814
1815     if (fastpainting || img == null)
1816     {
1817       return;
1818     }
1819
1820     fastPaint = true;
1821     fastpainting = true;
1822
1823     try
1824     {
1825
1826       Graphics gg = img.getGraphics();
1827
1828       calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
1829
1830       /*
1831        * relocate the regions of the alignment that are still visible
1832        */
1833       shiftWrappedAlignment(-scrollX);
1834
1835       /*
1836        * add new columns (sequence, annotation)
1837        * - at top left if scrollX < 0 
1838        * - at right of last two widths if scrollX > 0
1839        */
1840       if (scrollX < 0)
1841       {
1842         int startRes = ranges.getStartRes();
1843         drawWrappedWidth(seqRdr, gg, wrappedSpaceAboveAlignment, startRes,
1844                 startRes - scrollX - 1, getHeight());
1845       }
1846       else
1847       {
1848         fastPaintWrappedAddRight(scrollX);
1849       }
1850
1851       /*
1852        * draw all scales (if  shown) and hidden column markers
1853        */
1854       drawWrappedDecorators(gg, ranges.getStartRes());
1855
1856       gg.dispose();
1857
1858       repaint();
1859     } finally
1860     {
1861       fastpainting = false;
1862     }
1863   }
1864
1865   /**
1866    * Draws the specified number of columns at the 'end' (bottom right) of a
1867    * wrapped alignment view, including sequences and annotations if shown, but
1868    * not scales. Also draws the same number of columns at the right hand end of
1869    * the second last width shown, if the last width is not full height (so
1870    * cannot simply be copied from the graphics image).
1871    * 
1872    * @param columns
1873    */
1874   protected void fastPaintWrappedAddRight(int columns)
1875   {
1876     if (columns == 0)
1877     {
1878       return;
1879     }
1880
1881     Graphics gg = img.getGraphics();
1882
1883     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1884     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
1885     int charWidth = av.getCharWidth();
1886
1887     /**
1888      * draw full height alignment in the second last row, last columns, if the
1889      * last row was not full height
1890      */
1891     int visibleWidths = wrappedVisibleWidths;
1892     int canvasHeight = getHeight();
1893     boolean lastWidthPartHeight = (wrappedVisibleWidths
1894             * wrappedRepeatHeightPx) > canvasHeight;
1895
1896     if (lastWidthPartHeight)
1897     {
1898       int widthsAbove = Math.max(0, visibleWidths - 2);
1899       int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1900               + wrappedSpaceAboveAlignment;
1901       int endRes = ranges.getEndRes();
1902       endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1903       int startRes = endRes - columns;
1904       int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1905               * charWidth;
1906
1907       /*
1908        * white fill first to erase annotations
1909        */
1910
1911       gg.translate(xOffset, 0);
1912       gg.setColor(Color.white);
1913       gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, (endRes - startRes + 1) * charWidth,
1914               wrappedRepeatHeightPx);
1915       gg.translate(-xOffset, 0);
1916
1917       drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1918
1919     }
1920
1921     /*
1922      * draw newly visible columns in last wrapped width (none if we
1923      * have reached the end of the alignment)
1924      * y-offset for drawing last width is height of widths above,
1925      * plus one gap row
1926      */
1927     int widthsAbove = visibleWidths - 1;
1928     int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1929             + wrappedSpaceAboveAlignment;
1930     int endRes = ranges.getEndRes();
1931     endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1932     int startRes = endRes - columns + 1;
1933
1934     /*
1935      * white fill first to erase annotations
1936      */
1937     int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1938             * charWidth;
1939     gg.translate(xOffset, 0);
1940     gg.setColor(Color.white);
1941     int width = viewportWidth * charWidth - xOffset;
1942     gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, width, wrappedRepeatHeightPx);
1943     gg.translate(-xOffset, 0);
1944
1945     gg.setFont(av.getFont());
1946     gg.setColor(Color.black);
1947
1948     if (startRes < ranges.getVisibleAlignmentWidth())
1949     {
1950       drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1951     }
1952
1953     /*
1954      * and finally, white fill any space below the visible alignment
1955      */
1956     int heightBelow = canvasHeight - visibleWidths * wrappedRepeatHeightPx;
1957     if (heightBelow > 0)
1958     {
1959       gg.setColor(Color.white);
1960       gg.fillRect(0, canvasHeight - heightBelow, getWidth(), heightBelow);
1961     }
1962     gg.dispose();
1963   }
1964
1965   /**
1966    * Shifts the visible alignment by the specified number of columns - left if
1967    * negative, right if positive. Copies and moves sequences and annotations (if
1968    * shown). Scales, hidden column markers and any newly visible columns must be
1969    * drawn separately.
1970    * 
1971    * @param positions
1972    */
1973   protected void shiftWrappedAlignment(int positions)
1974   {
1975     if (positions == 0)
1976     {
1977       return;
1978     }
1979
1980     Graphics gg = img.getGraphics();
1981
1982     int charWidth = av.getCharWidth();
1983
1984     int canvasHeight = getHeight();
1985     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1986     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
1987     int widthToCopy = (ranges.getViewportWidth() - Math.abs(positions))
1988             * charWidth;
1989     int heightToCopy = wrappedRepeatHeightPx - wrappedSpaceAboveAlignment;
1990     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
1991
1992     if (positions > 0)
1993     {
1994       /*
1995        * shift right (after scroll left)
1996        * for each wrapped width (starting with the last), copy (width-positions) 
1997        * columns from the left margin to the right margin, and copy positions 
1998        * columns from the right margin of the row above (if any) to the 
1999        * left margin of the current row
2000        */
2001
2002       /*
2003        * get y-offset of last wrapped width, first row of sequences
2004        */
2005       int y = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx * wrappedRepeatHeightPx;
2006       y += wrappedSpaceAboveAlignment;
2007       int copyFromLeftStart = labelWidthWest;
2008       int copyFromRightStart = copyFromLeftStart + widthToCopy;
2009
2010       while (y >= 0)
2011       {
2012         /*
2013          * shift 'widthToCopy' residues by 'positions' places to the right
2014          */
2015         gg.copyArea(copyFromLeftStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2016                 positions * charWidth, 0);
2017         if (y > 0)
2018         {
2019           /*
2020            * copy 'positions' residue from the row above (right hand end)
2021            * to this row's left hand end
2022            */
2023           gg.copyArea(copyFromRightStart, y - wrappedRepeatHeightPx,
2024                   positions * charWidth, heightToCopy, -widthToCopy,
2025                   wrappedRepeatHeightPx);
2026         }
2027
2028         y -= wrappedRepeatHeightPx;
2029       }
2030     }
2031     else
2032     {
2033       /*
2034        * shift left (after scroll right)
2035        * for each wrapped width (starting with the first), copy (width-positions) 
2036        * columns from the right margin to the left margin, and copy positions 
2037        * columns from the left margin of the row below (if any) to the 
2038        * right margin of the current row
2039        */
2040       int xpos = av.getRanges().getStartRes();
2041       int y = wrappedSpaceAboveAlignment;
2042       int copyFromRightStart = labelWidthWest - positions * charWidth;
2043
2044       while (y < canvasHeight)
2045       {
2046         gg.copyArea(copyFromRightStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2047                 positions * charWidth, 0);
2048         if (y + wrappedRepeatHeightPx < canvasHeight - wrappedRepeatHeightPx
2049                 && (xpos + viewportWidth <= xMax))
2050         {
2051           gg.copyArea(labelWidthWest, y + wrappedRepeatHeightPx,
2052                   -positions * charWidth, heightToCopy, widthToCopy,
2053                   -wrappedRepeatHeightPx);
2054         }
2055         y += wrappedRepeatHeightPx;
2056         xpos += viewportWidth;
2057       }
2058     }
2059     gg.dispose();
2060   }
2061
2062   /**
2063    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
2064    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
2065    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
2066    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
2067    * search results), or to draw new highlights.
2068    * 
2069    * @param results
2070    * @return
2071    */
2072   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
2073   {
2074     if ((results == null) || (img == null)) // JAL-2784 check gg is not null
2075     {
2076       return false;
2077     }
2078     int charHeight = av.getCharHeight();
2079
2080     boolean matchFound = false;
2081
2082     calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
2083     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
2084     int wrappedHeight = wrappedRepeatHeightPx;
2085
2086     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
2087     int canvasHeight = getHeight();
2088     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
2089     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
2090     {
2091       repeats++;
2092     }
2093
2094     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
2095     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes()
2096             + repeats * ranges.getViewportWidth() - 1;
2097
2098     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
2099     if (av.hasHiddenColumns())
2100     {
2101       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2102               .visibleToAbsoluteColumn(firstVisibleColumn);
2103       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2104               .visibleToAbsoluteColumn(lastVisibleColumn);
2105     }
2106
2107     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
2108
2109     Graphics gg = img.getGraphics();
2110
2111     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
2112             .getEndSeq(); seqNo++)
2113     {
2114       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
2115
2116       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
2117               lastVisibleColumn);
2118       if (visibleResults != null)
2119       {
2120         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
2121         {
2122           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
2123           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
2124           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
2125                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
2126           {
2127             /*
2128              * found a search results match in the visible region
2129              */
2130             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
2131                     firstVisibleColumn);
2132             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
2133                     lastVisibleColumn);
2134
2135             /*
2136              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
2137              * wrap across lines)
2138              */
2139             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
2140             {
2141               int displayColumn = mappedPos;
2142               if (av.hasHiddenColumns())
2143               {
2144                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
2145                         .absoluteToVisibleColumn(displayColumn);
2146               }
2147
2148               /*
2149                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
2150                */
2151               int transX = labelWidthWest
2152                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes())
2153                               % wrappedWidth) * av.getCharWidth();
2154
2155               /*
2156                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
2157                */
2158               int transY = gapHeight;
2159               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
2160                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
2161               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
2162
2163               /*
2164                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
2165                */
2166               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
2167               if (transY < getHeight())
2168               {
2169                 matchFound = true;
2170                 gg.translate(transX, transY);
2171                 drawPanel(seqRdr, gg, displayColumn, displayColumn, seqNo,
2172                         seqNo, yOffset);
2173                 gg.translate(-transX, -transY);
2174               }
2175             }
2176           }
2177         }
2178       }
2179     }
2180
2181     gg.dispose();
2182
2183     return matchFound;
2184   }
2185
2186   /**
2187    * Answers the width in pixels of the left scale labels (0 if not shown)
2188    * 
2189    * @return
2190    */
2191   int getLabelWidthWest()
2192   {
2193     return labelWidthWest;
2194   }
2195
2196 }