src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BasicStroke;
  24 import java.awt.BorderLayout;
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.Rectangle;
  30 import java.awt.RenderingHints;
  31 import java.awt.image.BufferedImage;
  32 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  33 import java.util.Iterator;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import javax.swing.JPanel;
  37
  38 import jalview.api.SequenceRenderer;
  39 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  40 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.datamodel.VisibleContigsIterator;
  45 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  46 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  47 import jalview.util.Comparison;
  48 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  49 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  50
  51 /**
  52  * The Swing component on which the alignment sequences, and annotations (if
  53  * shown), are drawn. This includes scales above, left and right (if shown) in
  54  * Wrapped mode, but not the scale above in Unwrapped mode.
  55  *
  56  */
  57 @SuppressWarnings("serial")
  58 public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
  59 {
  60   /**
  61    * vertical gap in pixels between sequences and annotations when in wrapped
  62    * mode
  63    */
  64   static final int SEQS_ANNOTATION_GAP = 3;
  65
  66   private static final String ZEROS = "0000000000";
  67
  68   final FeatureRenderer fr;
  69
  70   BufferedImage img;
  71
  72   AlignViewport av;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   private final SequenceRenderer seqRdr;
  79
  80   boolean fastPaint = false;
  81
  82   private boolean fastpainting = false;
  83
  84   private AnnotationPanel annotations;
  85
  86   /*
  87    * measurements for drawing a wrapped alignment
  88    */
  89   private int labelWidthEast; // label right width in pixels if shown
  90
  91   private int labelWidthWest; // label left width in pixels if shown
  92
  93   int wrappedSpaceAboveAlignment; // gap between widths
  94
  95   int wrappedRepeatHeightPx; // height in pixels of wrapped width
  96
  97   private int wrappedVisibleWidths; // number of wrapped widths displayed
  98
  99   // Don't do this! Graphics handles are supposed to be transient
 100   // private Graphics2D gg;
 101
 102   /**
 103    * Creates a new SeqCanvas object.
 104    *
 105    * @param ap
 106    */
 107   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
 108   {
 109     this.av = ap.av;
 110     fr = new FeatureRenderer(ap);
 111     seqRdr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
 112     setLayout(new BorderLayout());
 113     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 114     setBackground(Color.white);
 115
 116     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 117   }
 118
 119   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 120   {
 121     return seqRdr;
 122   }
 123
 124   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 125   {
 126     return fr;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Draws the scale above a region of a wrapped alignment, consisting of a
 131    * column number every major interval (10 columns).
 132    *
 133    * @param g
 134    *          the graphics context to draw on, positioned at the start (bottom
 135    *          left) of the line on which to draw any scale marks
 136    * @param startx
 137    *          start alignment column (0..)
 138    * @param endx
 139    *          end alignment column (0..)
 140    * @param ypos
 141    *          y offset to draw at
 142    */
 143   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 144   {
 145     int charHeight = av.getCharHeight();
 146     int charWidth = av.getCharWidth();
 147
 148     /*
 149      * white fill the scale space (for the fastPaint case)
 150      */
 151     g.setColor(Color.white);
 152     g.fillRect(0, ypos - charHeight - charHeight / 2, getWidth(),
 153             charHeight * 3 / 2 + 2);
 154     g.setColor(Color.black);
 155
 156     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 157             endx);
 158     for (ScaleMark mark : marks)
 159     {
 160       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 161       if (mpos < 0)
 162       {
 163         continue;
 164       }
 165       String mstring = mark.text;
 166
 167       if (mark.major)
 168       {
 169         if (mstring != null)
 170         {
 171           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 172         }
 173
 174         /*
 175          * draw a tick mark below the column number, centred on the column;
 176          * height of tick mark is 4 pixels less than half a character
 177          */
 178         int xpos = (mpos * charWidth) + (charWidth / 2);
 179         g.drawLine(xpos, (ypos + 2) - (charHeight / 2), xpos, ypos - 2);
 180       }
 181     }
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Draw the scale to the left or right of a wrapped alignment
 186    *
 187    * @param g
 188    *          graphics context, positioned at the start of the scale to be drawn
 189    * @param startx
 190    *          first column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
 191    * @param endx
 192    *          last column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
 193    * @param ypos
 194    *          vertical offset at which to begin the scale
 195    * @param left
 196    *          if true, scale is left of residues, if false, scale is right
 197    */
 198   void drawVerticalScale(Graphics g, final int startx, final int endx,
 199           final int ypos, final boolean left)
 200   {
 201     int charHeight = av.getCharHeight();
 202     int charWidth = av.getCharWidth();
 203
 204     int yPos = ypos + charHeight;
 205     int startX = startx;
 206     int endX = endx;
 207
 208     if (av.hasHiddenColumns())
 209     {
 210       HiddenColumns hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 211       startX = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startx);
 212       endX = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(endx);
 213     }
 214     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 215
 216     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 217     {
 218       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 219
 220       /*
 221        * find sequence position of first non-gapped position -
 222        * to the right if scale left, to the left if scale right
 223        */
 224       int index = left ? startX : endX;
 225       int value = -1;
 226       while (index >= startX && index <= endX)
 227       {
 228         if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 229         {
 230           value = seq.findPosition(index);
 231           break;
 232         }
 233         if (left)
 234         {
 235           index++;
 236         }
 237         else
 238         {
 239           index--;
 240         }
 241       }
 242
 243       /*
 244        * white fill the space for the scale
 245        */
 246       g.setColor(Color.white);
 247       int y = (yPos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5);
 248       // fillRect origin is top left of rectangle
 249       g.fillRect(0, y - charHeight, left ? labelWidthWest : labelWidthEast,
 250               charHeight + 1);
 251
 252       if (value != -1)
 253       {
 254         /*
 255          * draw scale value, right justified within its width less half a
 256          * character width padding on the right
 257          */
 258         int labelSpace = left ? labelWidthWest : labelWidthEast;
 259         labelSpace -= charWidth / 2; // leave space to the right
 260         String valueAsString = String.valueOf(value);
 261         int labelLength = fm.stringWidth(valueAsString);
 262         int xOffset = labelSpace - labelLength;
 263         g.setColor(Color.black);
 264         g.drawString(valueAsString, xOffset, y);
 265       }
 266     }
 267
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Does a fast paint of an alignment in response to a scroll. Most of the
 272    * visible region is simply copied and shifted, and then any newly visible
 273    * columns or rows are drawn. The scroll may be horizontal or vertical, but
 274    * not both at once. Scrolling may be the result of
 275    * <ul>
 276    * <li>dragging a scroll bar</li>
 277    * <li>clicking in the scroll bar</li>
 278    * <li>scrolling by trackpad, middle mouse button, or other device</li>
 279    * <li>by moving the box in the Overview window</li>
 280    * <li>programmatically to make a highlighted position visible</li>
 281    * <li>pasting a block of sequences</li>
 282    * </ul>
 283    *
 284    * @param horizontal
 285    *          columns to shift right (positive) or left (negative)
 286    * @param vertical
 287    *          rows to shift down (positive) or up (negative)
 288    */
 289   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 290   {
 291
 292     // effectively:
 293     // if (horizontal != 0 && vertical != 0)
 294     // throw new InvalidArgumentException();
 295     if (fastpainting || img == null)
 296     {
 297       return;
 298     }
 299     fastpainting = true;
 300     fastPaint = true;
 301     try
 302     {
 303       int charHeight = av.getCharHeight();
 304       int charWidth = av.getCharWidth();
 305
 306       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 307       int startRes = ranges.getStartRes();
 308       int endRes = ranges.getEndRes();
 309       int startSeq = ranges.getStartSeq();
 310       int endSeq = ranges.getEndSeq();
 311       int transX = 0;
 312       int transY = 0;
 313
 314       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 315       {
 316         transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 317         startRes = endRes - horizontal;
 318       }
 319       else if (horizontal < 0)
 320       {
 321         endRes = startRes - horizontal;
 322       }
 323
 324       if (vertical > 0) // scroll down
 325       {
 326         startSeq = endSeq - vertical + 1;
 327
 328         if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 329         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 330           startSeq = ranges.getStartSeq();
 331         }
 332         else
 333         {
 334           transY = img.getHeight() - (vertical * charHeight);
 335         }
 336       }
 337       else if (vertical < 0) // scroll up
 338       {
 339         endSeq = startSeq - vertical - 1;
 340
 341         if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 342         {
 343           endSeq = ranges.getEndSeq();
 344         }
 345       }
 346
 347       // jalview.bin.Console.errPrintln(">>> FastPaint to " + transX + " " +
 348       // transY + " "
 349       // + horizontal + " " + vertical + " " + startRes + " " + endRes
 350       // + " " + startSeq + " " + endSeq);
 351
 352       Graphics gg = img.getGraphics();
 353       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 354               img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 355               -vertical * charHeight);
 356
 357       /** @j2sNative xxi = this.img */
 358
 359       gg.translate(transX, transY);
 360       drawPanel(seqRdr, gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 361       gg.translate(-transX, -transY);
 362       gg.dispose();
 363
 364       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 365       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
 366       // overview window and others may be adversely affected.
 367       // jalview.bin.Console.outPrintln("SeqCanvas fastPaint() repaint()
 368       // request...");
 369       av.getAlignPanel().repaint();
 370     } finally
 371     {
 372       fastpainting = false;
 373     }
 374   }
 375
 376   @Override
 377   public void paintComponent(Graphics g)
 378   {
 379
 380     int charHeight = av.getCharHeight();
 381     int charWidth = av.getCharWidth();
 382
 383     int width = getWidth();
 384     int height = getHeight();
 385
 386     width -= (width % charWidth);
 387     height -= (height % charHeight);
 388
 389     // BH 2019 can't possibly fastPaint if either width or height is 0
 390
 391     if (width == 0 || height == 0)
 392     {
 393       return;
 394     }
 395
 396     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 397     int startRes = ranges.getStartRes();
 398     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 399     int endRes = ranges.getEndRes();
 400     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 401
 402     // [JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
 403     // repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
 404     // that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
 405     // repaint request preceded two full requests, thus resulting
 406     // in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
 407     // requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
 408     // still present for the second and third request.
 409     //
 410     // This resulted in incomplete painting.
 411     //
 412     // The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
 413     // in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
 414     // components.
 415     //
 416     // BH 2019.04.22
 417     //
 418     // An initial idea; can be removed once we determine this issue is closed:
 419     // if (av.isFastPaintDisabled())
 420     // {
 421     // fastPaint = false;
 422     // }
 423
 424     Rectangle vis, clip;
 425     if (img != null
 426             && (fastPaint
 427                     || (vis = getVisibleRect()).width != (clip = g
 428                             .getClipBounds()).width
 429                     || vis.height != clip.height))
 430     {
 431       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 432       drawSelectionGroup((Graphics2D) g, startRes, endRes, startSeq,
 433               endSeq);
 434       fastPaint = false;
 435     }
 436     else
 437     {
 438       // img is a cached version of the last view we drew.
 439       // If we have no img or the size has changed, make a new one.
 440       //
 441       if (img == null || width != img.getWidth()
 442               || height != img.getHeight())
 443       {
 444         img = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 445       }
 446
 447       Graphics2D gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 448       gg.setFont(av.getFont());
 449
 450       if (av.antiAlias)
 451       {
 452         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 453                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 454       }
 455
 456       gg.setColor(Color.white);
 457       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 458
 459       if (av.getWrapAlignment())
 460       {
 461         drawWrappedPanel(seqRdr, gg, getWidth(), getHeight(),
 462                 ranges.getStartRes());
 463       }
 464       else
 465       {
 466         drawPanel(seqRdr, gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 467       }
 468
 469       drawSelectionGroup(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
 470
 471       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 472       gg.dispose();
 473     }
 474
 475     if (av.cursorMode)
 476     {
 477       drawCursor(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
 478     }
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Draw an alignment panel for printing
 483    *
 484    * @param g1
 485    *          Graphics object to draw with
 486    * @param startRes
 487    *          start residue of print area
 488    * @param endRes
 489    *          end residue of print area
 490    * @param startSeq
 491    *          start sequence of print area
 492    * @param endSeq
 493    *          end sequence of print area
 494    */
 495   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 496           int startSeq, int endSeq)
 497   {
 498     SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
 499     drawPanel(localSeqR, g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 500
 501     drawSelectionGroup((Graphics2D) g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 506    *
 507    * @param g
 508    *          Graphics object to draw with
 509    * @param canvasWidth
 510    *          width of drawing area
 511    * @param canvasHeight
 512    *          height of drawing area
 513    * @param startRes
 514    *          start residue of print area
 515    */
 516   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 517           int canvasHeight, int startRes)
 518   {
 519     SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
 520     drawWrappedPanel(localSeqR, g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 521
 522     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 523     if (group != null)
 524     {
 525       drawWrappedSelection((Graphics2D) g, group, canvasWidth, canvasHeight,
 526               startRes);
 527     }
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 532    * East or West scales (if shown)
 533    *
 534    * @param canvasWidth
 535    *          the width in pixels (possibly including scales)
 536    *
 537    * @return
 538    */
 539   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 540   {
 541     int charWidth = av.getCharWidth();
 542
 543     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 544
 545     int labelWidth = 0;
 546
 547     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 548     {
 549       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 550     }
 551
 552     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 553
 554     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 555
 556     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 557   }
 558
 559   public int getMinimumWrappedCanvasWidth()
 560   {
 561     int charWidth = av.getCharWidth();
 562     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 563     int labelWidth = 0;
 564     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 565     {
 566       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 567     }
 568     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 569     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 570     return labelWidthEast + labelWidthWest + charWidth;
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Returns a pixel width sufficient to show the largest sequence coordinate
 575    * (end position) in the alignment, calculated as the FontMetrics width of
 576    * zeroes "0000000" limited to the number of decimal digits to be shown (3 for
 577    * 1-10, 4 for 11-99 etc). One character width is added to this, to allow for
 578    * half a character width space on either side.
 579    *
 580    * @param fm
 581    * @return
 582    */
 583   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 584   {
 585     /*
 586      * find the biggest sequence end position we need to show
 587      * (note this is not necessarily the sequence length)
 588      */
 589     int maxWidth = 0;
 590     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 591     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 592     {
 593       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 594     }
 595
 596     int length = 0;
 597     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 598     {
 599       length++;
 600     }
 601
 602     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length)) + av.getCharWidth();
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Draws as many widths of a wrapped alignment as can fit in the visible
 607    * window
 608    *
 609    * @param g
 610    * @param canvasWidth
 611    *          available width in pixels
 612    * @param canvasHeight
 613    *          available height in pixels
 614    * @param startColumn
 615    *          the first column (0...) of the alignment to draw
 616    */
 617   public void drawWrappedPanel(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g,
 618           int canvasWidth, int canvasHeight, final int startColumn)
 619   {
 620     int wrappedWidthInResidues = calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 621             canvasHeight);
 622
 623     av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues);
 624
 625     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 626     ranges.setViewportStartAndWidth(startColumn, wrappedWidthInResidues);
 627
 628     // we need to call this again to make sure the startColumn +
 629     // wrappedWidthInResidues values are used to calculate wrappedVisibleWidths
 630     // correctly.
 631     calculateWrappedGeometry(canvasWidth, canvasHeight);
 632
 633     /*
 634      * draw one width at a time (excluding any scales shown),
 635      * until we have run out of either alignment or vertical space available
 636      */
 637     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
 638     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 639
 640     int start = startColumn;
 641     int currentWidth = 0;
 642     while ((currentWidth < wrappedVisibleWidths) && (start < maxWidth))
 643     {
 644       int endColumn = Math.min(maxWidth,
 645               start + wrappedWidthInResidues - 1);
 646       drawWrappedWidth(seqRdr, g, ypos, start, endColumn, canvasHeight);
 647       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 648       start += wrappedWidthInResidues;
 649       currentWidth++;
 650     }
 651
 652     drawWrappedDecorators(g, startColumn);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Calculates and saves values needed when rendering a wrapped alignment.
 657    * These depend on many factors, including
 658    * <ul>
 659    * <li>canvas width and height</li>
 660    * <li>number of visible sequences, and height of annotations if shown</li>
 661    * <li>font and character width</li>
 662    * <li>whether scales are shown left, right or above the alignment</li>
 663    * </ul>
 664    *
 665    * @param canvasWidth
 666    * @param canvasHeight
 667    * @return the number of residue columns in each width
 668    */
 669   protected int calculateWrappedGeometry(int canvasWidth, int canvasHeight)
 670   {
 671     int charHeight = av.getCharHeight();
 672
 673     /*
 674      * vertical space in pixels between wrapped widths of alignment
 675      * - one character height, or two if scale above is drawn
 676      */
 677     wrappedSpaceAboveAlignment = charHeight
 678             * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
 679
 680     /*
 681      * compute height in pixels of the wrapped widths
 682      * - start with space above plus sequences
 683      */
 684     wrappedRepeatHeightPx = wrappedSpaceAboveAlignment;
 685     wrappedRepeatHeightPx += av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 686
 687     /*
 688      * add annotations panel height if shown
 689      * also gap between sequences and annotations
 690      */
 691     if (av.isShowAnnotation())
 692     {
 693       wrappedRepeatHeightPx += getAnnotationHeight();
 694       wrappedRepeatHeightPx += SEQS_ANNOTATION_GAP; // 3px
 695     }
 696
 697     /*
 698      * number of visible widths (the last one may be part height),
 699      * ensuring a part height includes at least one sequence
 700      */
 701     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 702     wrappedVisibleWidths = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx;
 703     int remainder = canvasHeight % wrappedRepeatHeightPx;
 704     if (remainder >= (wrappedSpaceAboveAlignment + charHeight))
 705     {
 706       wrappedVisibleWidths++;
 707     }
 708
 709     /*
 710      * compute width in residues; this also sets East and West label widths
 711      */
 712     int wrappedWidthInResidues = getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 713     av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues); // update model accordingly
 714     /*
 715      *  limit visibleWidths to not exceed width of alignment
 716      */
 717     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 718     int startToEnd = xMax - ranges.getStartRes();
 719     int maxWidths = startToEnd / wrappedWidthInResidues;
 720     if (startToEnd % wrappedWidthInResidues > 0)
 721     {
 722       maxWidths++;
 723     }
 724     wrappedVisibleWidths = Math.min(wrappedVisibleWidths, maxWidths);
 725
 726     return wrappedWidthInResidues;
 727   }
 728
 729   /**
 730    * Draws one width of a wrapped alignment, including sequences and
 731    * annnotations, if shown, but not scales or hidden column markers
 732    *
 733    * @param g
 734    * @param ypos
 735    * @param startColumn
 736    * @param endColumn
 737    * @param canvasHeight
 738    */
 739   protected void drawWrappedWidth(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g,
 740           final int ypos, final int startColumn, final int endColumn,
 741           final int canvasHeight)
 742   {
 743     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 744     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
 745
 746     int endx = Math.min(startColumn + viewportWidth - 1, endColumn);
 747
 748     /*
 749      * move right before drawing by the width of the scale left (if any)
 750      * plus column offset from left margin (usually zero, but may be non-zero
 751      * when fast painting is drawing just a few columns)
 752      */
 753     int charWidth = av.getCharWidth();
 754     int xOffset = labelWidthWest
 755             + ((startColumn - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
 756                     * charWidth;
 757
 758     g.translate(xOffset, 0);
 759
 760     /*
 761      * white fill the region to be drawn (so incremental fast paint doesn't
 762      * scribble over an existing image)
 763      */
 764     g.setColor(Color.white);
 765     g.fillRect(0, ypos, (endx - startColumn + 1) * charWidth,
 766             wrappedRepeatHeightPx);
 767
 768     drawPanel(seqRdr, g, startColumn, endx, 0,
 769             av.getAlignment().getHeight() - 1, ypos);
 770
 771     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight();
 772
 773     if (av.isShowAnnotation())
 774     {
 775       final int yShift = cHeight + ypos + SEQS_ANNOTATION_GAP;
 776       g.translate(0, yShift);
 777       if (annotations == null)
 778       {
 779         annotations = new AnnotationPanel(av);
 780       }
 781
 782       annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 783               startColumn, endx + 1);
 784       g.translate(0, -yShift);
 785     }
 786     g.translate(-xOffset, 0);
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Draws scales left, right and above (if shown), and any hidden column
 791    * markers, on all widths of the wrapped alignment
 792    *
 793    * @param g
 794    * @param startColumn
 795    */
 796   protected void drawWrappedDecorators(Graphics g, final int startColumn)
 797   {
 798     int charWidth = av.getCharWidth();
 799
 800     g.setFont(av.getFont());
 801
 802     g.setColor(Color.black);
 803
 804     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
 805     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 806     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
 807     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 808     int widthsDrawn = 0;
 809     int startCol = startColumn;
 810
 811     while (widthsDrawn < wrappedVisibleWidths)
 812     {
 813       int endColumn = Math.min(maxWidth, startCol + viewportWidth - 1);
 814
 815       if (av.getScaleLeftWrapped())
 816       {
 817         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn - 1, ypos, true);
 818       }
 819
 820       if (av.getScaleRightWrapped())
 821       {
 822         int x = labelWidthWest + viewportWidth * charWidth;
 823
 824         g.translate(x, 0);
 825         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn, ypos, false);
 826         g.translate(-x, 0);
 827       }
 828
 829       /*
 830        * white fill region of scale above and hidden column markers
 831        * (to support incremental fast paint of image)
 832        */
 833       g.translate(labelWidthWest, 0);
 834       g.setColor(Color.white);
 835       g.fillRect(0, ypos - wrappedSpaceAboveAlignment,
 836               viewportWidth * charWidth + labelWidthWest,
 837               wrappedSpaceAboveAlignment);
 838       g.setColor(Color.black);
 839       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 840
 841       g.translate(labelWidthWest, 0);
 842
 843       if (av.getScaleAboveWrapped())
 844       {
 845         drawNorthScale(g, startCol, endColumn, ypos);
 846       }
 847
 848       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 849       {
 850         drawHiddenColumnMarkers(g, ypos, startCol, endColumn);
 851       }
 852
 853       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 854
 855       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 856       startCol += viewportWidth;
 857       widthsDrawn++;
 858     }
 859   }
 860
 861   /**
 862    * Draws markers (triangles) above hidden column positions between startColumn
 863    * and endColumn.
 864    *
 865    * @param g
 866    * @param ypos
 867    * @param startColumn
 868    * @param endColumn
 869    */
 870   protected void drawHiddenColumnMarkers(Graphics g, int ypos,
 871           int startColumn, int endColumn)
 872   {
 873     int charHeight = av.getCharHeight();
 874     int charWidth = av.getCharWidth();
 875
 876     g.setColor(Color.blue);
 877     int res;
 878     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 879
 880     Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startColumn,
 881             endColumn);
 882     while (it.hasNext())
 883     {
 884       res = it.next() - startColumn;
 885
 886       if (res < 0 || res > endColumn - startColumn + 1)
 887       {
 888         continue;
 889       }
 890
 891       /*
 892        * draw a downward-pointing triangle at the hidden columns location
 893        * (before the following visible column)
 894        */
 895       int xMiddle = res * charWidth;
 896       int[] xPoints = new int[] { xMiddle - charHeight / 4,
 897           xMiddle + charHeight / 4, xMiddle };
 898       int yTop = ypos - (charHeight / 2);
 899       int[] yPoints = new int[] { yTop, yTop, yTop + 8 };
 900       g.fillPolygon(xPoints, yPoints, 3);
 901     }
 902   }
 903
 904   /*
 905    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 906    */
 907   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 908           int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)
 909   {
 910     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 911     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 912     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 913             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 914             { 5f, 3f }, 0f));
 915     g.setColor(Color.RED);
 916
 917     int charWidth = av.getCharWidth();
 918     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 919             / charWidth;
 920     int startx = startRes;
 921     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 922     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
 923
 924     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 925     {
 926       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 927       int endx = startx + cWidth - 1;
 928
 929       if (endx > maxwidth)
 930       {
 931         endx = maxwidth;
 932       }
 933
 934       g.translate(labelWidthWest, 0);
 935       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 936               av.getAlignment().getHeight() - 1, ypos);
 937       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 938
 939       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 940
 941       startx += cWidth;
 942     }
 943     g.setStroke(new BasicStroke());
 944   }
 945
 946   /**
 947    * Answers zero if annotations are not shown, otherwise recalculates and
 948    * answers the total height of all annotation rows in pixels
 949    *
 950    * @return
 951    */
 952   int getAnnotationHeight()
 953   {
 954     if (!av.isShowAnnotation())
 955     {
 956       return 0;
 957     }
 958
 959     if (annotations == null)
 960     {
 961       annotations = new AnnotationPanel(av);
 962     }
 963
 964     return annotations.adjustPanelHeight();
 965   }
 966
 967   /**
 968    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 969    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 970    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 971    * marker.
 972    *
 973    * @param localSeqR
 974    *          - sequence renderer implementation - when null, uses the one used
 975    *          for rendering interactive GUI
 976    *
 977    * @param g1
 978    *          the graphics context, positioned at the first residue to be drawn
 979    * @param startRes
 980    *          offset of the first column to draw (0..)
 981    * @param endRes
 982    *          offset of the last column to draw (0..)
 983    * @param startSeq
 984    *          offset of the first sequence to draw (0..)
 985    * @param endSeq
 986    *          offset of the last sequence to draw (0..)
 987    * @param yOffset
 988    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 989    */
 990   public void drawPanel(SequenceRenderer localSeqR, Graphics g1,
 991           final int startRes, final int endRes, final int startSeq,
 992           final int endSeq, final int yOffset)
 993   {
 994     int charHeight = av.getCharHeight();
 995     int charWidth = av.getCharWidth();
 996
 997     if (localSeqR == null)
 998     {
 999       localSeqR = seqRdr;
1000     }
1001     if (!av.hasHiddenColumns())
1002     {
1003       draw(localSeqR, g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
1004     }
1005     else
1006     {
1007       int screenY = 0;
1008       int blockStart;
1009       int blockEnd;
1010
1011       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1012       VisibleContigsIterator regions = hidden
1013               .getVisContigsIterator(startRes, endRes + 1, true);
1014
1015       while (regions.hasNext())
1016       {
1017         int[] region = regions.next();
1018         blockEnd = region[1];
1019         blockStart = region[0];
1020
1021         /*
1022          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
1023          * the visible region, whichever comes first
1024          */
1025         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
1026
1027         draw(localSeqR, g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq,
1028                 yOffset);
1029
1030         /*
1031          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
1032          * triangle on top) if we reached it
1033          */
1034         if (av.getShowHiddenMarkers()
1035                 && (regions.hasNext() || regions.endsAtHidden()))
1036         {
1037           g1.setColor(Color.blue);
1038
1039           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1040                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1041                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
1042         }
1043
1044         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
1045         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1046       }
1047     }
1048
1049   }
1050
1051   /**
1052    * Draws a region of the visible alignment
1053    *
1054    * @param seqRdr
1055    *
1056    * @param g1
1057    * @param startRes
1058    *          offset of the first column in the visible region (0..)
1059    * @param endRes
1060    *          offset of the last column in the visible region (0..)
1061    * @param startSeq
1062    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
1063    * @param endSeq
1064    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
1065    * @param yOffset
1066    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
1067    */
1068   private void draw(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g, int startRes,
1069           int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1070   {
1071     int charHeight = av.getCharHeight();
1072     int charWidth = av.getCharWidth();
1073
1074     g.setFont(av.getFont());
1075     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
1076
1077     SequenceI nextSeq;
1078
1079     // / First draw the sequences
1080     // ///////////////////////////
1081     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1082     {
1083       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1084       if (nextSeq == null)
1085       {
1086         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
1087         // empty
1088         continue;
1089       }
1090       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
1091               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1092
1093       if (av.isShowSequenceFeatures())
1094       {
1095         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
1096                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
1097       }
1098
1099       /*
1100        * highlight search Results once sequence has been drawn
1101        */
1102       if (av.hasSearchResults())
1103       {
1104         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
1105         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
1106                 endRes);
1107         if (visibleResults != null)
1108         {
1109           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
1110           {
1111             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
1112                     visibleResults[r + 1],
1113                     (visibleResults[r] - startRes) * charWidth,
1114                     offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1115           }
1116         }
1117       }
1118     }
1119
1120     if (av.getSelectionGroup() != null
1121             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1122     {
1123       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
1124     }
1125
1126   }
1127
1128   /**
1129    * Draws the outlines of any groups defined on the alignment (excluding the
1130    * current selection group, if any)
1131    *
1132    * @param g1
1133    * @param startRes
1134    * @param endRes
1135    * @param startSeq
1136    * @param endSeq
1137    * @param offset
1138    */
1139   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
1140           int startSeq, int endSeq, int offset)
1141   {
1142     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1143
1144     SequenceGroup group = null;
1145     int groupIndex = -1;
1146
1147     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1148     {
1149       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1150       groupIndex = 0;
1151     }
1152
1153     if (group != null)
1154     {
1155       do
1156       {
1157         g.setColor(group.getOutlineColour());
1158         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1159                 endSeq, offset);
1160
1161         groupIndex++;
1162         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1163         {
1164           break;
1165         }
1166         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1167       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1168     }
1169   }
1170
1171   /**
1172    * Draws the outline of the current selection group (if any)
1173    *
1174    * @param g
1175    * @param startRes
1176    * @param endRes
1177    * @param startSeq
1178    * @param endSeq
1179    */
1180   private void drawSelectionGroup(Graphics2D g, int startRes, int endRes,
1181           int startSeq, int endSeq)
1182   {
1183     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1184     if (group == null)
1185     {
1186       return;
1187     }
1188
1189     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1190             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1191             { 5f, 3f }, 0f));
1192     g.setColor(Color.RED);
1193     if (!av.getWrapAlignment())
1194     {
1195       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1196               0);
1197     }
1198     else
1199     {
1200       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1201               av.getRanges().getStartRes());
1202     }
1203     g.setStroke(new BasicStroke());
1204   }
1205
1206   /**
1207    * Draw the cursor as a separate image and overlay
1208    *
1209    * @param startRes
1210    *          start residue of area to draw cursor in
1211    * @param endRes
1212    *          end residue of area to draw cursor in
1213    * @param startSeq
1214    *          start sequence of area to draw cursor in
1215    * @param endSeq
1216    *          end sequence of are to draw cursor in
1217    * @return a transparent image of the same size as the sequence canvas, with
1218    *         the cursor drawn on it, if any
1219    */
1220   private void drawCursor(Graphics g, int startRes, int endRes,
1221           int startSeq, int endSeq)
1222   {
1223     // convert the cursorY into a position on the visible alignment
1224     int cursor_ypos = cursorY;
1225
1226     // don't do work unless we have to
1227     if (cursor_ypos >= startSeq && cursor_ypos <= endSeq)
1228     {
1229       int yoffset = 0;
1230       int xoffset = 0;
1231       int startx = startRes;
1232       int endx = endRes;
1233
1234       // convert the cursorX into a position on the visible alignment
1235       int cursor_xpos = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1236               .absoluteToVisibleColumn(cursorX);
1237
1238       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(cursorX))
1239       {
1240
1241         if (av.getWrapAlignment())
1242         {
1243           // work out the correct offsets for the cursor
1244           int charHeight = av.getCharHeight();
1245           int charWidth = av.getCharWidth();
1246           int canvasWidth = getWidth();
1247           int canvasHeight = getHeight();
1248
1249           // height gap above each panel
1250           int hgap = charHeight;
1251           if (av.getScaleAboveWrapped())
1252           {
1253             hgap += charHeight;
1254           }
1255
1256           int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
1257                   / charWidth;
1258           int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
1259
1260           endx = startx + cWidth - 1;
1261           int ypos = hgap; // vertical offset
1262
1263           // iterate down the wrapped panels
1264           while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursor_xpos))
1265           {
1266             // update vertical offset
1267             ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
1268
1269             // update horizontal offset
1270             startx += cWidth;
1271             endx = startx + cWidth - 1;
1272           }
1273           yoffset = ypos;
1274           xoffset = labelWidthWest;
1275         }
1276
1277         // now check if cursor is within range for x values
1278         if (cursor_xpos >= startx && cursor_xpos <= endx)
1279         {
1280           // get the character the cursor is drawn at
1281           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
1282           char s = seq.getCharAt(cursorX);
1283
1284           seqRdr.drawCursor(g, s,
1285                   xoffset + (cursor_xpos - startx) * av.getCharWidth(),
1286                   yoffset + (cursor_ypos - startSeq) * av.getCharHeight());
1287         }
1288       }
1289     }
1290   }
1291
1292   /**
1293    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1294    *
1295    * @param g
1296    *          graphics object to draw with
1297    * @param group
1298    *          selection group
1299    * @param startRes
1300    *          start residue of area to draw
1301    * @param endRes
1302    *          end residue of area to draw
1303    * @param startSeq
1304    *          start sequence of area to draw
1305    * @param endSeq
1306    *          end sequence of area to draw
1307    * @param offset
1308    *          vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1309    */
1310   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1311           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1312   {
1313     int charWidth = av.getCharWidth();
1314
1315     if (!av.hasHiddenColumns())
1316     {
1317       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1318               offset);
1319     }
1320     else
1321     {
1322       // package into blocks of visible columns
1323       int screenY = 0;
1324       int blockStart;
1325       int blockEnd;
1326
1327       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1328       VisibleContigsIterator regions = hidden
1329               .getVisContigsIterator(startRes, endRes + 1, true);
1330       while (regions.hasNext())
1331       {
1332         int[] region = regions.next();
1333         blockEnd = region[1];
1334         blockStart = region[0];
1335
1336         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1337         drawPartialGroupOutline(g, group, blockStart, blockEnd, startSeq,
1338                 endSeq, offset);
1339
1340         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1341         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1342       }
1343     }
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Draws part of a selection group outline
1348    *
1349    * @param g
1350    * @param group
1351    * @param startRes
1352    * @param endRes
1353    * @param startSeq
1354    * @param endSeq
1355    * @param verticalOffset
1356    */
1357   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1358           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1359           int verticalOffset)
1360   {
1361     int charHeight = av.getCharHeight();
1362     int charWidth = av.getCharWidth();
1363     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1364
1365     int oldY = -1;
1366     int i = 0;
1367     boolean inGroup = false;
1368     int top = -1;
1369     int bottom = -1;
1370     int sy = -1;
1371
1372     List<SequenceI> seqs = group.getSequences(null);
1373
1374     // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1375     int sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1376
1377     // width of group in pixels
1378     int xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes())
1379             * charWidth) - 1;
1380
1381     if (!(sx + xwidth < 0 || sx > visWidth))
1382     {
1383       for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1384       {
1385         sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1386
1387         if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1388                 && seqs.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1389         {
1390           if ((bottom == -1)
1391                   && !seqs.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1392           {
1393             bottom = sy + charHeight;
1394           }
1395
1396           if (!inGroup)
1397           {
1398             if (((top == -1) && (i == 0)) || !seqs
1399                     .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1400             {
1401               top = sy;
1402             }
1403
1404             oldY = sy;
1405             inGroup = true;
1406           }
1407         }
1408         else if (inGroup)
1409         {
1410           drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, bottom);
1411           drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
1412
1413           // reset top and bottom
1414           top = -1;
1415           bottom = -1;
1416           inGroup = false;
1417         }
1418       }
1419       if (inGroup)
1420       {
1421         sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1422         drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY,
1423                 bottom == -1 ? sy : bottom);
1424         drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
1425       }
1426     }
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Draw horizontal selection group boundaries at top and bottom positions
1431    *
1432    * @param g
1433    *          graphics object to draw on
1434    * @param sx
1435    *          start x position
1436    * @param xwidth
1437    *          width of gap
1438    * @param visWidth
1439    *          visWidth maximum available width
1440    * @param top
1441    *          position to draw top of group at
1442    * @param bottom
1443    *          position to draw bottom of group at
1444    */
1445   private void drawHorizontals(Graphics2D g, int sx, int xwidth,
1446           int visWidth, int top, int bottom)
1447   {
1448     int width = xwidth;
1449     int startx = sx;
1450     if (startx < 0)
1451     {
1452       width += startx;
1453       startx = 0;
1454     }
1455
1456     // don't let width extend beyond current block, or group extent
1457     // fixes JAL-2672
1458     if (startx + width >= visWidth)
1459     {
1460       width = visWidth - startx;
1461     }
1462
1463     if (top != -1)
1464     {
1465       g.drawLine(startx, top, startx + width, top);
1466     }
1467
1468     if (bottom != -1)
1469     {
1470       g.drawLine(startx, bottom - 1, startx + width, bottom - 1);
1471     }
1472   }
1473
1474   /**
1475    * Draw vertical lines at sx and sx+xwidth providing they lie within
1476    * [0,visWidth)
1477    *
1478    * @param g
1479    *          graphics object to draw on
1480    * @param sx
1481    *          start x position
1482    * @param xwidth
1483    *          width of gap
1484    * @param visWidth
1485    *          visWidth maximum available width
1486    * @param oldY
1487    *          top y value
1488    * @param sy
1489    *          bottom y value
1490    */
1491   private void drawVerticals(Graphics2D g, int sx, int xwidth, int visWidth,
1492           int oldY, int sy)
1493   {
1494     // if start position is visible, draw vertical line to left of
1495     // group
1496     if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1497     {
1498       g.drawLine(sx, oldY, sx, sy - 1);
1499     }
1500
1501     // if end position is visible, draw vertical line to right of
1502     // group
1503     if (sx + xwidth < visWidth)
1504     {
1505       g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy - 1);
1506     }
1507   }
1508
1509   /**
1510    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1511    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1512    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1513    * set to match), else false. This method does _not_ set the 'fastPaint' flag,
1514    * so allows the next repaint to update the whole display.
1515    *
1516    * @param results
1517    * @return
1518    */
1519   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1520   {
1521     return highlightSearchResults(results, false);
1522
1523   }
1524
1525   /**
1526    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1527    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1528    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1529    * set to match), else false.
1530    * <p>
1531    * Optionally, set the 'fastPaint' flag for a faster redraw if only the
1532    * highlighted regions are modified. This speeds up highlighting across linked
1533    * alignments.
1534    * <p>
1535    * Currently fastPaint is not implemented for scrolled wrapped alignments. If
1536    * a wrapped alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then
1537    * it should be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This
1538    * argument could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is
1539    * coded in future (JAL-2609).
1540    *
1541    * @param results
1542    * @param doFastPaint
1543    *          if true, sets a flag so the next repaint only redraws the modified
1544    *          image
1545    * @return
1546    */
1547   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1548           boolean doFastPaint)
1549   {
1550     if (fastpainting)
1551     {
1552       return false;
1553     }
1554     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1555     try
1556     {
1557       fastPaint = doFastPaint;
1558       fastpainting = fastPaint;
1559
1560       /*
1561        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1562        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1563        * and add new ones
1564        */
1565       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1566       av.setSearchResults(results);
1567       boolean redrawn = false;
1568       boolean drawn = false;
1569       if (wrapped)
1570       {
1571         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1572         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1573         redrawn |= drawn;
1574       }
1575       else
1576       {
1577         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1578         drawn = drawMappedPositions(results);
1579         redrawn |= drawn;
1580       }
1581
1582       /*
1583        * if highlights were either removed or added, repaint
1584        */
1585       if (redrawn)
1586       {
1587         repaint();
1588       }
1589
1590       /*
1591        * return true only if highlights were added
1592        */
1593       return drawn;
1594
1595     } finally
1596     {
1597       fastpainting = false;
1598     }
1599   }
1600
1601   /**
1602    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1603    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1604    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1605    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1606    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1607    * else false.
1608    *
1609    * @param results
1610    * @return
1611    */
1612   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1613   {
1614     if ((results == null) || (img == null)) // JAL-2784 check gg is not null
1615     {
1616       return false;
1617     }
1618
1619     /*
1620      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1621      * includes both new and existing search results
1622      */
1623     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1624     int lastSeq = -1;
1625     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1626     int lastCol = -1;
1627     boolean matchFound = false;
1628
1629     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1630     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1631     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1632     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1633     if (av.hasHiddenColumns())
1634     {
1635       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1636               .visibleToAbsoluteColumn(firstVisibleColumn);
1637       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1638               .visibleToAbsoluteColumn(lastVisibleColumn);
1639     }
1640
1641     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1642             .getEndSeq(); seqNo++)
1643     {
1644       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1645
1646       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1647               lastVisibleColumn);
1648       if (visibleResults != null)
1649       {
1650         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1651         {
1652           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1653           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1654           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1655                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1656           {
1657             /*
1658              * found a search results match in the visible region -
1659              * remember the first and last sequence matched, and the first
1660              * and last visible columns in the matched positions
1661              */
1662             matchFound = true;
1663             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1664             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1665             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1666                     firstVisibleColumn);
1667             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1668                     lastVisibleColumn);
1669             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1670             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1671           }
1672         }
1673       }
1674     }
1675
1676     if (matchFound)
1677     {
1678       if (av.hasHiddenColumns())
1679       {
1680         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1681                 .absoluteToVisibleColumn(firstCol);
1682         lastCol = alignment.getHiddenColumns()
1683                 .absoluteToVisibleColumn(lastCol);
1684       }
1685       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1686       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1687       Graphics gg = img.getGraphics();
1688       gg.translate(transX, transY);
1689       drawPanel(seqRdr, gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1690       gg.translate(-transX, -transY);
1691       gg.dispose();
1692     }
1693
1694     return matchFound;
1695   }
1696
1697   @Override
1698   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1699   {
1700     String eventName = evt.getPropertyName();
1701     // jalview.bin.Console.errPrintln(">>SeqCanvas propertyChange " +
1702     // eventName);
1703     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1704     {
1705       fastPaint = true;
1706       repaint();
1707       return;
1708     }
1709     else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
1710     {
1711       fastPaint = false;
1712       // jalview.bin.Console.errPrintln("!!!! fastPaint false from
1713       // MOVE_VIEWPORT");
1714       repaint();
1715       return;
1716     }
1717
1718     int scrollX = 0;
1719     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
1720             || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1721     {
1722       // Make sure we're not trying to draw a panel
1723       // larger than the visible window
1724       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1725       {
1726         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1727       }
1728       else
1729       {
1730         scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
1731                 - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
1732       }
1733       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1734
1735       int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes() + 1;
1736       if (scrollX > range)
1737       {
1738         scrollX = range;
1739       }
1740       else if (scrollX < -range)
1741       {
1742         scrollX = -range;
1743       }
1744     }
1745     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1746     // both start and end points, but resize only changes end values.
1747     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1748     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1749     // vertical start value.
1750     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1751     {
1752       if (av.getWrapAlignment())
1753       {
1754         fastPaintWrapped(scrollX);
1755       }
1756       else
1757       {
1758         fastPaint(scrollX, 0);
1759       }
1760     }
1761     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1762     {
1763       // scroll
1764       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1765     }
1766     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1767     {
1768       if (av.getWrapAlignment())
1769       {
1770         fastPaintWrapped(scrollX);
1771       }
1772       else
1773       {
1774         fastPaint(scrollX, 0);
1775       }
1776     }
1777     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1778     {
1779       // scroll
1780       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1781     }
1782     else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1783     {
1784       if (av.getWrapAlignment())
1785       {
1786         fastPaintWrapped(scrollX);
1787       }
1788     }
1789   }
1790
1791   /**
1792    * Does a minimal update of the image for a scroll movement. This method
1793    * handles scroll movements of up to one width of the wrapped alignment (one
1794    * click in the vertical scrollbar). Larger movements (for example after a
1795    * scroll to highlight a mapped position) trigger a full redraw instead.
1796    *
1797    * @param scrollX
1798    *          number of positions scrolled (right if positive, left if negative)
1799    */
1800   protected void fastPaintWrapped(int scrollX)
1801   {
1802     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1803
1804     if (Math.abs(scrollX) >= ranges.getViewportWidth())
1805     {
1806       /*
1807        * shift of one view width or more is
1808        * overcomplicated to handle in this method
1809        */
1810       fastPaint = false;
1811       repaint();
1812       return;
1813     }
1814
1815     if (fastpainting || img == null)
1816     {
1817       return;
1818     }
1819
1820     fastPaint = true;
1821     fastpainting = true;
1822
1823     try
1824     {
1825
1826       Graphics gg = img.getGraphics();
1827
1828       calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
1829
1830       /*
1831        * relocate the regions of the alignment that are still visible
1832        */
1833       shiftWrappedAlignment(-scrollX);
1834
1835       /*
1836        * add new columns (sequence, annotation)
1837        * - at top left if scrollX < 0
1838        * - at right of last two widths if scrollX > 0
1839        */
1840       if (scrollX < 0)
1841       {
1842         int startRes = ranges.getStartRes();
1843         drawWrappedWidth(seqRdr, gg, wrappedSpaceAboveAlignment, startRes,
1844                 startRes - scrollX - 1, getHeight());
1845       }
1846       else
1847       {
1848         fastPaintWrappedAddRight(scrollX);
1849       }
1850
1851       /*
1852        * draw all scales (if  shown) and hidden column markers
1853        */
1854       drawWrappedDecorators(gg, ranges.getStartRes());
1855
1856       gg.dispose();
1857
1858       repaint();
1859     } finally
1860     {
1861       fastpainting = false;
1862     }
1863   }
1864
1865   /**
1866    * Draws the specified number of columns at the 'end' (bottom right) of a
1867    * wrapped alignment view, including sequences and annotations if shown, but
1868    * not scales. Also draws the same number of columns at the right hand end of
1869    * the second last width shown, if the last width is not full height (so
1870    * cannot simply be copied from the graphics image).
1871    *
1872    * @param columns
1873    */
1874   protected void fastPaintWrappedAddRight(int columns)
1875   {
1876     if (columns == 0)
1877     {
1878       return;
1879     }
1880
1881     Graphics gg = img.getGraphics();
1882
1883     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1884     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
1885     int charWidth = av.getCharWidth();
1886
1887     /**
1888      * draw full height alignment in the second last row, last columns, if the
1889      * last row was not full height
1890      */
1891     int visibleWidths = wrappedVisibleWidths;
1892     int canvasHeight = getHeight();
1893     boolean lastWidthPartHeight = (wrappedVisibleWidths
1894             * wrappedRepeatHeightPx) > canvasHeight;
1895
1896     if (lastWidthPartHeight)
1897     {
1898       int widthsAbove = Math.max(0, visibleWidths - 2);
1899       int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1900               + wrappedSpaceAboveAlignment;
1901       int endRes = ranges.getEndRes();
1902       endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1903       int startRes = endRes - columns;
1904       int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1905               * charWidth;
1906
1907       /*
1908        * white fill first to erase annotations
1909        */
1910
1911       gg.translate(xOffset, 0);
1912       gg.setColor(Color.white);
1913       gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, (endRes - startRes + 1) * charWidth,
1914               wrappedRepeatHeightPx);
1915       gg.translate(-xOffset, 0);
1916
1917       drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1918
1919     }
1920
1921     /*
1922      * draw newly visible columns in last wrapped width (none if we
1923      * have reached the end of the alignment)
1924      * y-offset for drawing last width is height of widths above,
1925      * plus one gap row
1926      */
1927     int widthsAbove = visibleWidths - 1;
1928     int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1929             + wrappedSpaceAboveAlignment;
1930     int endRes = ranges.getEndRes();
1931     endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1932     int startRes = endRes - columns + 1;
1933
1934     /*
1935      * white fill first to erase annotations
1936      */
1937     int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1938             * charWidth;
1939     gg.translate(xOffset, 0);
1940     gg.setColor(Color.white);
1941     int width = viewportWidth * charWidth - xOffset;
1942     gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, width, wrappedRepeatHeightPx);
1943     gg.translate(-xOffset, 0);
1944
1945     gg.setFont(av.getFont());
1946     gg.setColor(Color.black);
1947
1948     if (startRes < ranges.getVisibleAlignmentWidth())
1949     {
1950       drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1951     }
1952
1953     /*
1954      * and finally, white fill any space below the visible alignment
1955      */
1956     int heightBelow = canvasHeight - visibleWidths * wrappedRepeatHeightPx;
1957     if (heightBelow > 0)
1958     {
1959       gg.setColor(Color.white);
1960       gg.fillRect(0, canvasHeight - heightBelow, getWidth(), heightBelow);
1961     }
1962     gg.dispose();
1963   }
1964
1965   /**
1966    * Shifts the visible alignment by the specified number of columns - left if
1967    * negative, right if positive. Copies and moves sequences and annotations (if
1968    * shown). Scales, hidden column markers and any newly visible columns must be
1969    * drawn separately.
1970    *
1971    * @param positions
1972    */
1973   protected void shiftWrappedAlignment(int positions)
1974   {
1975     if (positions == 0)
1976     {
1977       return;
1978     }
1979
1980     Graphics gg = img.getGraphics();
1981
1982     int charWidth = av.getCharWidth();
1983
1984     int canvasHeight = getHeight();
1985     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1986     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
1987     int widthToCopy = (ranges.getViewportWidth() - Math.abs(positions))
1988             * charWidth;
1989     int heightToCopy = wrappedRepeatHeightPx - wrappedSpaceAboveAlignment;
1990     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
1991
1992     if (positions > 0)
1993     {
1994       /*
1995        * shift right (after scroll left)
1996        * for each wrapped width (starting with the last), copy (width-positions)
1997        * columns from the left margin to the right margin, and copy positions
1998        * columns from the right margin of the row above (if any) to the
1999        * left margin of the current row
2000        */
2001
2002       /*
2003        * get y-offset of last wrapped width, first row of sequences
2004        */
2005       int y = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx * wrappedRepeatHeightPx;
2006       y += wrappedSpaceAboveAlignment;
2007       int copyFromLeftStart = labelWidthWest;
2008       int copyFromRightStart = copyFromLeftStart + widthToCopy;
2009
2010       while (y >= 0)
2011       {
2012         /*
2013          * shift 'widthToCopy' residues by 'positions' places to the right
2014          */
2015         gg.copyArea(copyFromLeftStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2016                 positions * charWidth, 0);
2017         if (y > 0)
2018         {
2019           /*
2020            * copy 'positions' residue from the row above (right hand end)
2021            * to this row's left hand end
2022            */
2023           gg.copyArea(copyFromRightStart, y - wrappedRepeatHeightPx,
2024                   positions * charWidth, heightToCopy, -widthToCopy,
2025                   wrappedRepeatHeightPx);
2026         }
2027
2028         y -= wrappedRepeatHeightPx;
2029       }
2030     }
2031     else
2032     {
2033       /*
2034        * shift left (after scroll right)
2035        * for each wrapped width (starting with the first), copy (width-positions)
2036        * columns from the right margin to the left margin, and copy positions
2037        * columns from the left margin of the row below (if any) to the
2038        * right margin of the current row
2039        */
2040       int xpos = av.getRanges().getStartRes();
2041       int y = wrappedSpaceAboveAlignment;
2042       int copyFromRightStart = labelWidthWest - positions * charWidth;
2043
2044       while (y < canvasHeight)
2045       {
2046         gg.copyArea(copyFromRightStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2047                 positions * charWidth, 0);
2048         if (y + wrappedRepeatHeightPx < canvasHeight - wrappedRepeatHeightPx
2049                 && (xpos + viewportWidth <= xMax))
2050         {
2051           gg.copyArea(labelWidthWest, y + wrappedRepeatHeightPx,
2052                   -positions * charWidth, heightToCopy, widthToCopy,
2053                   -wrappedRepeatHeightPx);
2054         }
2055         y += wrappedRepeatHeightPx;
2056         xpos += viewportWidth;
2057       }
2058     }
2059     gg.dispose();
2060   }
2061
2062   /**
2063    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
2064    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
2065    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
2066    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
2067    * search results), or to draw new highlights.
2068    *
2069    * @param results
2070    * @return
2071    */
2072   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
2073   {
2074     if ((results == null) || (img == null)) // JAL-2784 check gg is not null
2075     {
2076       return false;
2077     }
2078     int charHeight = av.getCharHeight();
2079
2080     boolean matchFound = false;
2081
2082     calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
2083     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
2084     int wrappedHeight = wrappedRepeatHeightPx;
2085
2086     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
2087     int canvasHeight = getHeight();
2088     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
2089     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
2090     {
2091       repeats++;
2092     }
2093
2094     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
2095     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes()
2096             + repeats * ranges.getViewportWidth() - 1;
2097
2098     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
2099     if (av.hasHiddenColumns())
2100     {
2101       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2102               .visibleToAbsoluteColumn(firstVisibleColumn);
2103       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2104               .visibleToAbsoluteColumn(lastVisibleColumn);
2105     }
2106
2107     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
2108
2109     Graphics gg = img.getGraphics();
2110
2111     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
2112             .getEndSeq(); seqNo++)
2113     {
2114       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
2115
2116       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
2117               lastVisibleColumn);
2118       if (visibleResults != null)
2119       {
2120         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
2121         {
2122           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
2123           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
2124           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
2125                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
2126           {
2127             /*
2128              * found a search results match in the visible region
2129              */
2130             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
2131                     firstVisibleColumn);
2132             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
2133                     lastVisibleColumn);
2134
2135             /*
2136              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
2137              * wrap across lines)
2138              */
2139             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
2140             {
2141               int displayColumn = mappedPos;
2142               if (av.hasHiddenColumns())
2143               {
2144                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
2145                         .absoluteToVisibleColumn(displayColumn);
2146               }
2147
2148               /*
2149                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
2150                */
2151               int transX = labelWidthWest
2152                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes())
2153                               % wrappedWidth) * av.getCharWidth();
2154
2155               /*
2156                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
2157                */
2158               int transY = gapHeight;
2159               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
2160                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
2161               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
2162
2163               /*
2164                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
2165                */
2166               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
2167               if (transY < getHeight())
2168               {
2169                 matchFound = true;
2170                 gg.translate(transX, transY);
2171                 drawPanel(seqRdr, gg, displayColumn, displayColumn, seqNo,
2172                         seqNo, yOffset);
2173                 gg.translate(-transX, -transY);
2174               }
2175             }
2176           }
2177         }
2178       }
2179     }
2180
2181     gg.dispose();
2182
2183     return matchFound;
2184   }
2185
2186   /**
2187    * Answers the width in pixels of the left scale labels (0 if not shown)
2188    *
2189    * @return
2190    */
2191   int getLabelWidthWest()
2192   {
2193     return labelWidthWest;
2194   }
2195
2196 }