src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 /**\r
  57  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  58  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  59  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  60  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  61  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  62  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  63  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  64  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  65  */\r
  66 \r
  67   public void paintComponent(Graphics g)\r
  68   {\r
  69 \r
  70     if (img==null ||  imgWidth!=getWidth() || imgHeight!=getHeight() || paintFlag)\r
  71     {\r
  72       imgWidth  = getWidth();\r
  73       imgHeight = getHeight();\r
  74       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  75       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
  76       gg.setFont(av.getFont());\r
  77       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
  78       paintFlag = false;\r
  79     }\r
  80 \r
  81 \r
  82     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  83     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  84 \r
  85     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  86     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  87 \r
  88     gg.setColor(Color.WHITE);\r
  89     gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  90 \r
  91     if (av.getWrapAlignment())\r
  92       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
  93     else\r
  94       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
  95 \r
  96 \r
  97     g.drawImage(img,0,0,this);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 102   {\r
 103       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 104 \r
 105       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 106       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 107 \r
 108       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 109       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 110 \r
 111       while (ypos <= canvasHeight)\r
 112       {\r
 113         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 114         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 115 \r
 116         ypos += cHeight;\r
 117         startRes += cWidth;\r
 118         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 119 \r
 120         if (endx > da.getWidth())\r
 121           endx = da.getWidth();\r
 122       }\r
 123 \r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 128 \r
 129 \r
 130    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 131     g.setFont(av.getFont());\r
 132     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 133 \r
 134     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 135     Vector tmpseq = new Vector();\r
 136     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 137         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 138             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 139 \r
 140     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 141         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 142 \r
 143     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 144         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 145                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 146                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 147 \r
 148 */\r
 149 \r
 150    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 151     {\r
 152        fillBackground(g,\r
 153                    Color.red,\r
 154                    (x1-startx)*charWidth,\r
 155                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 156                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 157                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 158     }*/\r
 159 \r
 160     SequenceI nextSeq;\r
 161 \r
 162     /// First draw the sequences\r
 163     /////////////////////////////\r
 164     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 165     {\r
 166      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 167 \r
 168      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 169                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 170                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 171                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 172 \r
 173      if(av.showSequenceFeatures)\r
 174      {\r
 175        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 176                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 177                        offset +\r
 178                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 179                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 180      }\r
 181     }\r
 182     //\r
 183     /////////////////////////////////////\r
 184 \r
 185     // Now outline any areas if necessary\r
 186     /////////////////////////////////////\r
 187     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 188     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 189 \r
 190     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 191     int groupIndex = -1;\r
 192     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 193     {\r
 194       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 195       groupIndex = 0;\r
 196     }\r
 197 \r
 198     if (group != null)\r
 199       do\r
 200       {\r
 201         int oldY = -1;\r
 202         int i = 0;\r
 203         boolean inGroup = false;\r
 204         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 205         {\r
 206           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 207           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 208           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 209 \r
 210           if (group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i))\r
 211               && sx < getWidth()\r
 212               && ex > 0)\r
 213           {\r
 214             if (!inGroup)\r
 215             {\r
 216               oldY = sy;\r
 217               inGroup = true;\r
 218               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 219               {\r
 220                 g.setStroke(new BasicStroke(2, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,2f,2f}, 0f ));\r
 221                 g.setColor(Color.RED);\r
 222               }\r
 223               else\r
 224               {\r
 225                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 226                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 227               }\r
 228             }\r
 229           }\r
 230           else\r
 231           {\r
 232             if (inGroup)\r
 233             {\r
 234               g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 235               inGroup = false;\r
 236             }\r
 237           }\r
 238         }\r
 239         if (inGroup)\r
 240         {\r
 241           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 242           g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 243           inGroup = false;\r
 244         }\r
 245 \r
 246         groupIndex++;\r
 247         if (groupIndex >= groups.size())\r
 248           break;\r
 249 \r
 250         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 251 \r
 252       }\r
 253       while (groupIndex < groups.size());\r
 254 \r
 255 \r
 256     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 257     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 258     if(displaySearch)\r
 259     {\r
 260       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 261       {\r
 262         int searchSeq = searchResults[r];\r
 263         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 264         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 265 \r
 266         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 267         {\r
 268           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 269           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 270                                   searchStart,\r
 271                                   searchEnd,\r
 272                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 273                                   offset +\r
 274                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 275               av.charHeight),\r
 276                                   av.charWidth,\r
 277                                   av.charHeight);\r
 278         }\r
 279       }\r
 280     }\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284 \r
 285   public int getChunkWidth() {\r
 286     return chunkWidth;\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 290   {\r
 291     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 292     if(results==null)\r
 293       displaySearch = false;\r
 294     else\r
 295       displaySearch = true;\r
 296 \r
 297     searchResults = results;\r
 298 \r
 299     paintFlag = true;\r
 300     repaint();\r
 301   }\r
 302 \r
 303 \r
 304 }\r