src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13      FeatureRenderer fr;\r
  14     Image             img;\r
  15     Graphics          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20 \r
  21     public boolean paintFlag = false;\r
  22 \r
  23     boolean showScores = false;\r
  24     boolean displaySearch = false;\r
  25     int [] searchResults = null;\r
  26 \r
  27     int chunkHeight;\r
  28     int chunkWidth;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        setLayout(new BorderLayout());\r
  36        PaintRefresher.Register(this);\r
  37 \r
  38     }\r
  39 \r
  40   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  41       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  42 \r
  43       g.setColor(Color.black);\r
  44 \r
  45       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  46       {\r
  47           String string = String.valueOf(i);\r
  48           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  49 \r
  50           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  51                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  52 \r
  53       }\r
  54 \r
  55   }\r
  56 \r
  57 \r
  58 /**\r
  59  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  60  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  61  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  62  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  63  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  64  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  65  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  66  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  67  */\r
  68 \r
  69   public void paintComponent(Graphics g)\r
  70   {\r
  71 \r
  72     if (img==null ||  imgWidth!=getWidth() || imgHeight!=getHeight() || paintFlag)\r
  73     {\r
  74       imgWidth  = getWidth();\r
  75       imgHeight = getHeight();\r
  76       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  77       gg  = img.getGraphics();\r
  78       gg.setFont(av.getFont());\r
  79       paintFlag = false;\r
  80     }\r
  81 \r
  82 \r
  83     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  84     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  85 \r
  86     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  87     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  88 \r
  89     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  90 \r
  91     if (av.getWrapAlignment())\r
  92       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
  93     else\r
  94       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
  95 \r
  96 \r
  97     g.drawImage(img,0,0,this);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 102   {\r
 103       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 104 \r
 105       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 106       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 107 \r
 108       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 109       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 110 \r
 111       while (ypos <= canvasHeight)\r
 112       {\r
 113         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 114         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 115 \r
 116         ypos += cHeight;\r
 117         startRes += cWidth;\r
 118         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 119 \r
 120         if (endx > da.getWidth())\r
 121           endx = da.getWidth();\r
 122       }\r
 123 \r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 128 \r
 129 \r
 130     g.setFont(av.getFont());\r
 131     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 132 \r
 133     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 134     Vector tmpseq = new Vector();\r
 135     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 136         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 137             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 138 \r
 139     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 140         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 141 \r
 142     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 143         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 144                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 145                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 146 \r
 147 */\r
 148 \r
 149    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 150     {\r
 151        fillBackground(g,\r
 152                    Color.red,\r
 153                    (x1-startx)*charWidth,\r
 154                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 155                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 156                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 157     }*/\r
 158 \r
 159     SequenceI nextSeq;\r
 160     SequenceGroup group=null;\r
 161     SequenceGroup [] groups=null;\r
 162     boolean inGroup=false; // are we in a defined group?\r
 163     boolean inRB=false; //Are we in a rubberband group?\r
 164     int sx=-1, sy=-1, ex=-1, ey=-1;\r
 165     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 166     int oldRStartX=0,oldREndX=0,oldRY=0;\r
 167     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 168     {\r
 169      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 170 \r
 171      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 172      groups = av.alignment.findAllGroups( nextSeq );\r
 173 \r
 174      sr.drawSequence(g, nextSeq, groups,x1,x2,\r
 175                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 176                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 177                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 178 \r
 179      if(av.showSequenceFeatures)\r
 180      {\r
 181        fr.drawSequence(g, nextSeq, groups, x1, x2,\r
 182                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 183                        offset +\r
 184                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 185                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 186      }\r
 187 \r
 188 \r
 189 \r
 190 \r
 191      if( group!=null )\r
 192      {\r
 193 \r
 194         g.setColor(Color.lightGray);\r
 195 \r
 196         sx = (group.getStartRes()-startx)*av.charWidth;\r
 197         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 198         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*av.charWidth;\r
 199         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.charHeight);\r
 200 \r
 201 \r
 202         if (!inGroup)\r
 203         {\r
 204           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 205           inGroup=true;\r
 206         }\r
 207 \r
 208         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 209         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 210         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 211           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 212 \r
 213         oldStartX = sx;\r
 214         oldEndX = ex;\r
 215         oldY = ey;\r
 216 \r
 217      }\r
 218      else if(inGroup)\r
 219      {\r
 220        g.setColor(Color.lightGray);\r
 221        g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 222      }\r
 223      else\r
 224        inGroup = false;\r
 225 \r
 226      group = av.getRubberbandGroup();\r
 227      if( group != null && group.sequences.contains(nextSeq) )\r
 228      {\r
 229          g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 230          sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 231          sy = offset +\r
 232              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 233          ex = (group.getEndRes() + 1 - startx) * av.charWidth;\r
 234          ey = offset +\r
 235              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i + 1, av.charHeight);\r
 236 \r
 237          if (!inRB)\r
 238          {\r
 239 \r
 240            g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 241            inRB = true;\r
 242          }\r
 243 \r
 244          g.drawLine(sx, sy, sx, ey); // vertical line, left hand side\r
 245          g.drawLine(ex, sy, ex, ey); // vertical line, right hand side\r
 246          if (i == y2 - 1) // last line of alignment, seal the box\r
 247            g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 248 \r
 249           oldRStartX = sx;\r
 250           oldREndX = ex;\r
 251           oldRY = ey;\r
 252      }\r
 253      else if(inRB)\r
 254      {\r
 255        g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 256        g.drawLine(oldRStartX, oldRY, oldREndX, oldRY); // Horizontal, bottom of old box\r
 257        inRB = false;\r
 258      }\r
 259      else\r
 260        inRB = false;\r
 261 \r
 262     }\r
 263 \r
 264     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 265     if(displaySearch)\r
 266     {\r
 267       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 268       {\r
 269         int searchSeq = searchResults[r];\r
 270         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 271         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 272 \r
 273         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 274         {\r
 275           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 276           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 277                                   searchStart,\r
 278                                   searchEnd,\r
 279                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 280                                   offset +\r
 281                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 282               av.charHeight),\r
 283                                   av.charWidth,\r
 284                                   av.charHeight);\r
 285         }\r
 286       }\r
 287     }\r
 288 \r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 292     g.setColor(c);\r
 293     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 294   }\r
 295 \r
 296   public int getChunkWidth() {\r
 297     return chunkWidth;\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 301   {\r
 302     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 303     if(results==null)\r
 304       displaySearch = false;\r
 305     else\r
 306       displaySearch = true;\r
 307 \r
 308     searchResults = results;\r
 309 \r
 310     paintFlag = true;\r
 311     repaint();\r
 312   }\r
 313 \r
 314 \r
 315 }\r