src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Graphics2D;
  34 import java.awt.RenderingHints;
  35 import java.awt.Shape;
  36 import java.awt.image.BufferedImage;
  37 import java.util.List;
  38
  39 import javax.swing.JComponent;
  40
  41 /**
  42  * DOCUMENT ME!
  43  *
  44  * @author $author$
  45  * @version $Revision$
  46  */
  47 public class SeqCanvas extends JComponent
  48 {
  49   final FeatureRenderer fr;
  50
  51   final SequenceRenderer sr;
  52
  53   BufferedImage img;
  54
  55   Graphics2D gg;
  56
  57   int imgWidth;
  58
  59   int imgHeight;
  60
  61   AlignViewport av;
  62
  63   SearchResults searchResults = null;
  64
  65   boolean fastPaint = false;
  66
  67   int LABEL_WEST;
  68
  69   int LABEL_EAST;
  70
  71   int cursorX = 0;
  72
  73   int cursorY = 0;
  74
  75   /**
  76    * Creates a new SeqCanvas object.
  77    *
  78    * @param av
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     fr = new FeatureRenderer(ap);
  85     sr = new SequenceRenderer(av);
  86     setLayout(new BorderLayout());
  87     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  88     setBackground(Color.white);
  89   }
  90
  91   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  92   {
  93     return sr;
  94   }
  95
  96   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  97   {
  98     return fr;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param g
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    * @param startx
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    * @param endx
 109    *          DOCUMENT ME!
 110    * @param ypos
 111    *          DOCUMENT ME!
 112    */
 113   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 114   {
 115     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 116
 117     g.setColor(Color.black);
 118
 119     // NORTH SCALE
 120     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 121     {
 122       int value = i;
 123       if (av.hasHiddenColumns())
 124       {
 125         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 126       }
 127
 128       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,
 129               ypos - (av.charHeight / 2));
 130
 131       g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 132               (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),
 133               ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),
 134               ypos - 2);
 135     }
 136   }
 137
 138   /**
 139    * DOCUMENT ME!
 140    *
 141    * @param g
 142    *          DOCUMENT ME!
 143    * @param startx
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param endx
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    * @param ypos
 148    *          DOCUMENT ME!
 149    */
 150   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 151   {
 152     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 153     ypos += av.charHeight;
 154
 155     if (av.hasHiddenColumns())
 156     {
 157       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 158       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 159     }
 160
 161     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 162     if (av.hasHiddenColumns())
 163     {
 164       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 165     }
 166
 167     // WEST SCALE
 168     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 169     {
 170       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 171       int index = startx;
 172       int value = -1;
 173
 174       while (index < endx)
 175       {
 176         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 177         {
 178           index++;
 179
 180           continue;
 181         }
 182
 183         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 184
 185         break;
 186       }
 187
 188       if (value != -1)
 189       {
 190         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 191                 - av.charWidth / 2;
 192         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * av.charHeight))
 193                 - (av.charHeight / 5));
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   /**
 199    * DOCUMENT ME!
 200    *
 201    * @param g
 202    *          DOCUMENT ME!
 203    * @param startx
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    * @param endx
 206    *          DOCUMENT ME!
 207    * @param ypos
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    */
 210   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 211   {
 212     ypos += av.charHeight;
 213
 214     if (av.hasHiddenColumns())
 215     {
 216       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 217     }
 218
 219     SequenceI seq;
 220     // EAST SCALE
 221     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 222     {
 223       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 224       int index = endx;
 225       int value = -1;
 226
 227       while (index > startx)
 228       {
 229         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 230         {
 231           index--;
 232
 233           continue;
 234         }
 235
 236         value = seq.findPosition(index);
 237
 238         break;
 239       }
 240
 241       if (value != -1)
 242       {
 243         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * av.charHeight))
 244                 - (av.charHeight / 5));
 245       }
 246     }
 247   }
 248
 249   boolean fastpainting = false;
 250
 251   /**
 252    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 253    * slider adjustment
 254    *
 255    * @param horizontal
 256    *          shift along
 257    * @param vertical
 258    *          shift up or down in repaint
 259    */
 260   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 261   {
 262     if (fastpainting || gg == null)
 263     {
 264       return;
 265     }
 266     fastpainting = true;
 267     fastPaint = true;
 268
 269     gg.copyArea(horizontal * av.charWidth, vertical * av.charHeight,
 270             imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth, -vertical
 271                     * av.charHeight);
 272
 273     int sr = av.startRes;
 274     int er = av.endRes;
 275     int ss = av.startSeq;
 276     int es = av.endSeq;
 277     int transX = 0;
 278     int transY = 0;
 279
 280     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 281     {
 282       er++;
 283       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 284       sr = er - horizontal;
 285     }
 286     else if (horizontal < 0)
 287     {
 288       er = sr - horizontal - 1;
 289     }
 290     else if (vertical > 0) // scroll down
 291     {
 292       ss = es - vertical;
 293
 294       if (ss < av.startSeq)
 295       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 296         ss = av.startSeq;
 297       }
 298       else
 299       {
 300         transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);
 301       }
 302     }
 303     else if (vertical < 0)
 304     {
 305       es = ss - vertical;
 306
 307       if (es > av.endSeq)
 308       {
 309         es = av.endSeq;
 310       }
 311     }
 312
 313     gg.translate(transX, transY);
 314     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 315     gg.translate(-transX, -transY);
 316
 317     repaint();
 318     fastpainting = false;
 319   }
 320
 321   /**
 322    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 323    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 324    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 325    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 326    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 327    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 328    */
 329
 330   // Set this to false to force a full panel paint
 331   public void paintComponent(Graphics g)
 332   {
 333     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 334     // img and call later.
 335     super.paintComponent(g);
 336
 337     if (lcimg != null
 338             && (fastPaint
 339                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 340                     .getClipBounds().height)))
 341     {
 342       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 343       fastPaint = false;
 344       return;
 345     }
 346
 347     // this draws the whole of the alignment
 348     imgWidth = getWidth();
 349     imgHeight = getHeight();
 350
 351     imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);
 352     imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);
 353
 354     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 355     {
 356       return;
 357     }
 358
 359     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 360             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 361     {
 362       try
 363       {
 364         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 365                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 366         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 367         gg.setFont(av.getFont());
 368       } catch (OutOfMemoryError er)
 369       {
 370         System.gc();
 371         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 372         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 373
 374         return;
 375       }
 376     }
 377
 378     if (av.antiAlias)
 379     {
 380       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 381               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 382     }
 383
 384     gg.setColor(Color.white);
 385     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 386
 387     if (av.getWrapAlignment())
 388     {
 389       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 390     }
 391     else
 392     {
 393       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 394     }
 395
 396     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 397
 398   }
 399
 400   /**
 401    * DOCUMENT ME!
 402    *
 403    * @param cwidth
 404    *          DOCUMENT ME!
 405    *
 406    * @return DOCUMENT ME!
 407    */
 408   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 409   {
 410     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 411
 412     LABEL_EAST = 0;
 413     LABEL_WEST = 0;
 414
 415     if (av.scaleRightWrapped)
 416     {
 417       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 418     }
 419
 420     if (av.scaleLeftWrapped)
 421     {
 422       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 423     }
 424
 425     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 426   }
 427
 428   /**
 429    * Generates a string of zeroes.
 430    *
 431    * @return String
 432    */
 433   String getMask()
 434   {
 435     String mask = "00";
 436     int maxWidth = 0;
 437     int tmp;
 438     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 439     {
 440       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 441       if (tmp > maxWidth)
 442       {
 443         maxWidth = tmp;
 444       }
 445     }
 446
 447     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 448     {
 449       mask += "0";
 450     }
 451     return mask;
 452   }
 453
 454   /**
 455    * DOCUMENT ME!
 456    *
 457    * @param g
 458    *          DOCUMENT ME!
 459    * @param canvasWidth
 460    *          DOCUMENT ME!
 461    * @param canvasHeight
 462    *          DOCUMENT ME!
 463    * @param startRes
 464    *          DOCUMENT ME!
 465    */
 466   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 467           int canvasHeight, int startRes)
 468   {
 469     AlignmentI al = av.getAlignment();
 470
 471     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 472
 473     if (av.scaleRightWrapped)
 474     {
 475       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 476     }
 477
 478     if (av.scaleLeftWrapped)
 479     {
 480       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 481     }
 482
 483     int hgap = av.charHeight;
 484     if (av.scaleAboveWrapped)
 485     {
 486       hgap += av.charHeight;
 487     }
 488
 489     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;
 490     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;
 491
 492     av.setWrappedWidth(cWidth);
 493
 494     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 495
 496     int endx;
 497     int ypos = hgap;
 498     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 499
 500     if (av.hasHiddenColumns())
 501     {
 502       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 503     }
 504
 505     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 506     {
 507       endx = startRes + cWidth - 1;
 508
 509       if (endx > maxwidth)
 510       {
 511         endx = maxwidth;
 512       }
 513
 514       g.setFont(av.getFont());
 515       g.setColor(Color.black);
 516
 517       if (av.scaleLeftWrapped)
 518       {
 519         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 520       }
 521
 522       if (av.scaleRightWrapped)
 523       {
 524         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 525         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 526         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 527       }
 528
 529       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 530
 531       if (av.scaleAboveWrapped)
 532       {
 533         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 534       }
 535
 536       if (av.hasHiddenColumns() && av.showHiddenMarkers)
 537       {
 538         g.setColor(Color.blue);
 539         int res;
 540         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 541                 .size(); i++)
 542         {
 543           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 544                   - startRes;
 545
 546           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 547           {
 548             continue;
 549           }
 550
 551           gg.fillPolygon(new int[]
 552           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 553               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 554                   new int[]
 555                   { ypos - (av.charHeight / 2), ypos - (av.charHeight / 2),
 556                       ypos - (av.charHeight / 2) + 8 }, 3);
 557
 558         }
 559       }
 560
 561       // When printing we have an extra clipped region,
 562       // the Printable page which we need to account for here
 563       Shape clip = g.getClip();
 564
 565       if (clip == null)
 566       {
 567         g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);
 568       }
 569       else
 570       {
 571         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * av.charWidth,
 572                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 573       }
 574
 575       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 576
 577       if (av.showAnnotation)
 578       {
 579         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 580         if (annotations == null)
 581         {
 582           annotations = new AnnotationPanel(av);
 583         }
 584
 585         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g,
 586                 -1, startRes, endx + 1);
 587         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 588       }
 589       g.setClip(clip);
 590       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 591
 592       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 593
 594       startRes += cWidth;
 595     }
 596   }
 597
 598   AnnotationPanel annotations;
 599
 600   int getAnnotationHeight()
 601   {
 602     if (!av.showAnnotation)
 603     {
 604       return 0;
 605     }
 606
 607     if (annotations == null)
 608     {
 609       annotations = new AnnotationPanel(av);
 610     }
 611
 612     return annotations.adjustPanelHeight();
 613   }
 614
 615   /**
 616    * DOCUMENT ME!
 617    *
 618    * @param g1
 619    *          DOCUMENT ME!
 620    * @param startRes
 621    *          DOCUMENT ME!
 622    * @param endRes
 623    *          DOCUMENT ME!
 624    * @param startSeq
 625    *          DOCUMENT ME!
 626    * @param endSeq
 627    *          DOCUMENT ME!
 628    * @param offset
 629    *          DOCUMENT ME!
 630    */
 631   void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
 632           int endSeq, int offset)
 633   {
 634     if (!av.hasHiddenColumns())
 635     {
 636       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 637     }
 638     else
 639     {
 640       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 641
 642       int screenY = 0;
 643       int blockStart = startRes;
 644       int blockEnd = endRes;
 645
 646       for (int[] region : regions)
 647       {
 648         int hideStart = region[0];
 649         int hideEnd = region[1];
 650
 651         if (hideStart <= blockStart)
 652         {
 653           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 654           continue;
 655         }
 656
 657         blockEnd = hideStart - 1;
 658
 659         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 660
 661         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 662
 663         if (av.getShowHiddenMarkers())
 664         {
 665           g1.setColor(Color.blue);
 666
 667           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,
 668                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth
 669                           - 1, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);
 670         }
 671
 672         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 673         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 674         blockStart = hideEnd + 1;
 675       }
 676
 677       if (screenY <= (endRes - startRes))
 678       {
 679         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 680         g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);
 681         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 682
 683         g1.translate(-screenY * av.charWidth, 0);
 684       }
 685     }
 686
 687   }
 688
 689   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 690   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 691   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 692           int offset)
 693   {
 694     g.setFont(av.getFont());
 695     sr.prepare(g, av.renderGaps);
 696
 697     SequenceI nextSeq;
 698
 699     // / First draw the sequences
 700     // ///////////////////////////
 701     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 702     {
 703       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 704       if (nextSeq == null)
 705       {
 706         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 707         // empty
 708         continue;
 709       }
 710       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 711               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 712
 713       if (av.showSequenceFeatures)
 714       {
 715         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 716                 + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 717       }
 718
 719       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 720       // ////////////////////////////////////////////////////////
 721       if (searchResults != null)
 722       {
 723         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 724                 endRes);
 725         if (visibleResults != null)
 726         {
 727           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 728           {
 729             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 730                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 731                             * av.charWidth, offset
 732                             + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 733           }
 734         }
 735       }
 736
 737       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 738               && cursorX <= endRes)
 739       {
 740         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX,
 741                 (cursorX - startRes) * av.charWidth, offset
 742                         + ((i - startSeq) * av.charHeight));
 743       }
 744     }
 745
 746     if (av.getSelectionGroup() != null
 747             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 748     {
 749       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 750     }
 751
 752   }
 753
 754   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 755           int startSeq, int endSeq, int offset)
 756   {
 757     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 758     //
 759     // ///////////////////////////////////
 760     // Now outline any areas if necessary
 761     // ///////////////////////////////////
 762     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 763
 764     int sx = -1;
 765     int sy = -1;
 766     int ex = -1;
 767     int groupIndex = -1;
 768     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 769
 770     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 771     {
 772       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 773       groupIndex = 0;
 774     }
 775
 776     if (group != null)
 777     {
 778       do
 779       {
 780         int oldY = -1;
 781         int i = 0;
 782         boolean inGroup = false;
 783         int top = -1;
 784         int bottom = -1;
 785
 786         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 787         {
 788           sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;
 789           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 790           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) - 1;
 791
 792           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 793           {
 794             continue;
 795           }
 796
 797           if ((sx <= (endRes - startRes) * av.charWidth)
 798                   && group.getSequences(null).contains(
 799                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 800           {
 801             if ((bottom == -1)
 802                     && !group.getSequences(null).contains(
 803                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 804             {
 805               bottom = sy + av.charHeight;
 806             }
 807
 808             if (!inGroup)
 809             {
 810               if (((top == -1) && (i == 0))
 811                       || !group.getSequences(null).contains(
 812                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 813               {
 814                 top = sy;
 815               }
 816
 817               oldY = sy;
 818               inGroup = true;
 819
 820               if (group == av.getSelectionGroup())
 821               {
 822                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 823                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 824                         { 5f, 3f }, 0f));
 825                 g.setColor(Color.RED);
 826               }
 827               else
 828               {
 829                 g.setStroke(new BasicStroke());
 830                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 831               }
 832             }
 833           }
 834           else
 835           {
 836             if (inGroup)
 837             {
 838               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 839               {
 840                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 841               }
 842
 843               if (sx + ex < visWidth)
 844               {
 845                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 846               }
 847
 848               if (sx < 0)
 849               {
 850                 ex += sx;
 851                 sx = 0;
 852               }
 853
 854               if (sx + ex > visWidth)
 855               {
 856                 ex = visWidth;
 857               }
 858
 859               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 860               {
 861                 ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 862               }
 863
 864               if (top != -1)
 865               {
 866                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 867                 top = -1;
 868               }
 869
 870               if (bottom != -1)
 871               {
 872                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 873                 bottom = -1;
 874               }
 875
 876               inGroup = false;
 877             }
 878           }
 879         }
 880
 881         if (inGroup)
 882         {
 883           sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);
 884           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 885           {
 886             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 887           }
 888
 889           if (sx + ex < visWidth)
 890           {
 891             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 892           }
 893
 894           if (sx < 0)
 895           {
 896             ex += sx;
 897             sx = 0;
 898           }
 899
 900           if (sx + ex > visWidth)
 901           {
 902             ex = visWidth;
 903           }
 904           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)
 905           {
 906             ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;
 907           }
 908
 909           if (top != -1)
 910           {
 911             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 912             top = -1;
 913           }
 914
 915           if (bottom != -1)
 916           {
 917             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 918             bottom = -1;
 919           }
 920
 921           inGroup = false;
 922         }
 923
 924         groupIndex++;
 925
 926         g.setStroke(new BasicStroke());
 927
 928         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 929         {
 930           break;
 931         }
 932
 933         group = av.getAlignment().getGroups()
 934                 .get(groupIndex);
 935
 936       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 937
 938     }
 939
 940   }
 941
 942   /**
 943    * DOCUMENT ME!
 944    *
 945    * @param results
 946    *          DOCUMENT ME!
 947    */
 948   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 949   {
 950     img = null;
 951
 952     searchResults = results;
 953
 954     repaint();
 955   }
 956 }