src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.image.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.analysis.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  11 {\r
  12      FeatureRenderer fr;\r
  13     BufferedImage             img;\r
  14     Graphics2D          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19 \r
  20     boolean showScores = false;\r
  21     boolean displaySearch = false;\r
  22     int [] searchResults = null;\r
  23 \r
  24     int chunkHeight;\r
  25     int chunkWidth;\r
  26 \r
  27     boolean fastPaint = false;\r
  28 \r
  29 \r
  30     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  31     {\r
  32         this.av         = av;\r
  33        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  34        setLayout(new BorderLayout());\r
  35        PaintRefresher.Register(this);\r
  36 \r
  37     }\r
  38 \r
  39   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  40     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  41 \r
  42     g.setColor(Color.black);\r
  43 \r
  44     // NORTH SCALE\r
  45     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  46     {\r
  47       String string = String.valueOf(i);\r
  48       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  49                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  50 \r
  51       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  52                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  53                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  54 \r
  55     }\r
  56   }\r
  57 \r
  58   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  59   {\r
  60     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  61     ypos+= av.charHeight;\r
  62       // EAST SCALE\r
  63     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  64     {\r
  65       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  66       int index = startx;\r
  67       int value = -1;\r
  68       while (index < endx)\r
  69       {\r
  70         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  71         {\r
  72           index++;\r
  73           continue;\r
  74         }\r
  75 \r
  76         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  77         break;\r
  78       }\r
  79       if(value!=-1)\r
  80       {\r
  81         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  82         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  83       }\r
  84     }\r
  85   }\r
  86 \r
  87   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  88 {\r
  89     ypos+= av.charHeight;\r
  90     // EAST SCALE\r
  91   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  92   {\r
  93     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  94     int index = endx;\r
  95     int value = -1;\r
  96     while (index > startx)\r
  97     {\r
  98       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  99       {\r
 100         index--;\r
 101         continue;\r
 102       }\r
 103 \r
 104       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 105       break;\r
 106     }\r
 107     if(value!=-1)\r
 108        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 109   }\r
 110 \r
 111 }\r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 118 {\r
 119     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 120       return;\r
 121 \r
 122     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 123                 -vertical * av.charHeight);\r
 124 \r
 125     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 126         transX = 0, transY = 0;\r
 127     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 128     {\r
 129       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 130       sr = er - horizontal;\r
 131     }\r
 132     else if (horizontal < 0)\r
 133       er = sr - horizontal;\r
 134 \r
 135     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 136     {\r
 137       ss = es - vertical;\r
 138       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 139         ss = av.startSeq;\r
 140       else\r
 141         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 142     }\r
 143     else if (vertical < 0)\r
 144     {\r
 145       es = ss - vertical;\r
 146       if(es > av.endSeq)\r
 147         es = av.endSeq;\r
 148     }\r
 149 \r
 150 \r
 151     gg.translate(transX, transY);\r
 152 \r
 153     gg.setColor(Color.white);\r
 154     gg.fillRect(0,0, (er-sr)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 155     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 156     gg.translate( -transX, -transY);\r
 157 \r
 158     fastPaint = true;\r
 159     repaint();\r
 160 \r
 161 }\r
 162 \r
 163 /**\r
 164  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 165  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 166  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 167  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 168  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 169  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 170  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 171  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 172  */\r
 173 \r
 174   public void paintComponent(Graphics g)\r
 175   {\r
 176     g.setColor(Color.white);\r
 177     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 178 \r
 179     if (fastPaint)\r
 180     {\r
 181       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 182       fastPaint = false;\r
 183       return;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     // this draws the whole of the alignment\r
 187       imgWidth  = getWidth();\r
 188       imgHeight = getHeight();\r
 189       if(imgWidth==0 || imgHeight==0)\r
 190         return;\r
 191 \r
 192       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 193       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 194 \r
 195       img = new BufferedImage(imgWidth,imgHeight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 196       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 197       gg.setFont(av.getFont());\r
 198       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 199 \r
 200       gg.setColor(Color.white);\r
 201       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 202 \r
 203     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 204     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 205 \r
 206     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 207     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 208 \r
 209 \r
 210     if (av.getWrapAlignment())\r
 211       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 212     else\r
 213       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 214 \r
 215     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 220   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 221   {\r
 222     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 223 \r
 224     LABEL_EAST = 0;\r
 225     LABEL_WEST = 0;\r
 226 \r
 227     if(av.scaleRightWrapped)\r
 228       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 229 \r
 230     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 231       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 232 \r
 233     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 237   {\r
 238       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 239 \r
 240       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 241 \r
 242       int LABEL_EAST = 0;\r
 243       if(av.scaleRightWrapped)\r
 244         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 245       int LABEL_WEST = 0;\r
 246       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 247         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 248 \r
 249 \r
 250       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 251       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 252 \r
 253       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 254       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 255 \r
 256 \r
 257       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 258       {\r
 259         g.setColor(Color.black);\r
 260 \r
 261         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 262           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 263 \r
 264         if(av.scaleRightWrapped)\r
 265         {\r
 266           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 267           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 268           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 269         }\r
 270 \r
 271         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 272         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 273           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 274 \r
 275         g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, getHeight());\r
 276         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 277         g.setClip(null);\r
 278         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 279 \r
 280         ypos += cHeight;\r
 281         startRes += cWidth;\r
 282         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 283 \r
 284         if (endx > al.getWidth())\r
 285           endx = al.getWidth();\r
 286       }\r
 287 \r
 288   }\r
 289 \r
 290 \r
 291   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 292 \r
 293     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 294     g.setFont(av.getFont());\r
 295     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 296 \r
 297     SequenceI nextSeq;\r
 298 \r
 299     /// First draw the sequences\r
 300     /////////////////////////////\r
 301     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 302     {\r
 303      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 304 \r
 305      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 306                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 307                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 308                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 309 \r
 310      if(av.showSequenceFeatures)\r
 311      {\r
 312        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 313                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 314                        offset +\r
 315                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 316                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 317      }\r
 318     }\r
 319     //\r
 320     /////////////////////////////////////\r
 321 \r
 322     // Now outline any areas if necessary\r
 323     /////////////////////////////////////\r
 324     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 325     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 326 \r
 327     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 328     int groupIndex = -1;\r
 329     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 330     {\r
 331       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 332       groupIndex = 0;\r
 333     }\r
 334 \r
 335     if (group != null)\r
 336       do\r
 337       {\r
 338         int oldY = -1;\r
 339         int i = 0;\r
 340         boolean inGroup = false;\r
 341         int top=-1, bottom =-1;\r
 342         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 343         {\r
 344           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 345           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 346           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 347 \r
 348           if (sx < getWidth()\r
 349               && ex > 0\r
 350               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 351           {\r
 352             if (bottom == -1 &&\r
 353                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 354               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 355 \r
 356             if (!inGroup)\r
 357             {\r
 358               if (top == -1 && i==0 ||\r
 359                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 360                 top = sy;\r
 361 \r
 362 \r
 363               oldY = sy;\r
 364               inGroup = true;\r
 365               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 366               {\r
 367                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 368                 g.setColor(Color.RED);\r
 369               }\r
 370               else\r
 371               {\r
 372                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 373                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 374               }\r
 375             }\r
 376           }\r
 377           else\r
 378           {\r
 379             if (inGroup)\r
 380             {\r
 381               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 382               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 383 \r
 384               if (top != -1)\r
 385               {\r
 386                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 387                 top =-1;\r
 388               }\r
 389               if (bottom != -1)\r
 390               {\r
 391                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 392                 bottom = -1;\r
 393               }\r
 394 \r
 395 \r
 396               inGroup = false;\r
 397             }\r
 398           }\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (inGroup)\r
 402         {\r
 403 \r
 404           if(top!=-1)\r
 405           {\r
 406             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 407             top =-1;\r
 408           }\r
 409           if(bottom!=-1)\r
 410            {\r
 411              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 412              bottom = -1;\r
 413 \r
 414            }\r
 415           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 416           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 417           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 418           inGroup = false;\r
 419         }\r
 420         groupIndex++;\r
 421         if (groupIndex >= groups.size())\r
 422           break;\r
 423 \r
 424         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 425 \r
 426       }\r
 427       while (groupIndex < groups.size());\r
 428 \r
 429 \r
 430     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 431     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 432     if(displaySearch)\r
 433     {\r
 434       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 435       {\r
 436         int searchSeq = searchResults[r];\r
 437         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 438         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 439 \r
 440         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 441         {\r
 442           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 443           if(searchStart<x1)\r
 444             searchStart = x1;\r
 445           if(searchEnd > x2)\r
 446             searchEnd = x2;\r
 447           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 448                                   searchStart,\r
 449                                   searchEnd,\r
 450                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 451                                   offset +\r
 452                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 453               av.charHeight),\r
 454                                   av.charWidth,\r
 455                                   av.charHeight);\r
 456         }\r
 457       }\r
 458     }\r
 459 \r
 460   }\r
 461 \r
 462 \r
 463 \r
 464   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 465   {\r
 466     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 467     if(results==null)\r
 468       displaySearch = false;\r
 469     else\r
 470       displaySearch = true;\r
 471 \r
 472     searchResults = results;\r
 473 \r
 474     repaint();\r
 475   }\r
 476 \r
 477 \r
 478 }\r