src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         this.av = av;\r
  57         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  58         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  59         setLayout(new BorderLayout());\r
  60         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  61         setBackground(Color.white);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  65     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  66     {\r
  67       return sr;\r
  68     }\r
  69 \r
  70     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  71     {\r
  72       return fr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  76     {\r
  77       pdbCanvas = pc;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public AlignViewport getViewport()\r
  81     {\r
  82       return av;\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @param g DOCUMENT ME!\r
  90      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  91      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  92      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  93      */\r
  94     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  95     {\r
  96         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  97 \r
  98         g.setColor(Color.black);\r
  99 \r
 100         // NORTH SCALE\r
 101         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 102         {\r
 103             String string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 104             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 105                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 106 \r
 107             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 108                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 109                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 110                 2);\r
 111         }\r
 112     }\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * DOCUMENT ME!\r
 116      *\r
 117      * @param g DOCUMENT ME!\r
 118      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 119      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 120      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 121      */\r
 122     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 123     {\r
 124         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 125         ypos += av.charHeight;\r
 126 \r
 127         // EAST SCALE\r
 128         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 129         {\r
 130             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 131             int index = startx;\r
 132             int value = -1;\r
 133 \r
 134             while (index < endx)\r
 135             {\r
 136                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 137                 {\r
 138                     index++;\r
 139 \r
 140                     continue;\r
 141                 }\r
 142 \r
 143                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 144 \r
 145                 break;\r
 146             }\r
 147 \r
 148             if (value != -1)\r
 149             {\r
 150                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 151                 g.drawString(value + "", x,\r
 152                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 153             }\r
 154         }\r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * DOCUMENT ME!\r
 159      *\r
 160      * @param g DOCUMENT ME!\r
 161      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 162      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 163      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 164      */\r
 165     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 166     {\r
 167         ypos += av.charHeight;\r
 168 \r
 169         // EAST SCALE\r
 170         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 171         {\r
 172             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 173             int index = endx;\r
 174             int value = -1;\r
 175 \r
 176             while (index > startx)\r
 177             {\r
 178                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 179                 {\r
 180                     index--;\r
 181 \r
 182                     continue;\r
 183                 }\r
 184 \r
 185                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 186 \r
 187                 break;\r
 188             }\r
 189 \r
 190             if (value != -1)\r
 191             {\r
 192                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 193                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 194             }\r
 195         }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * DOCUMENT ME!\r
 200      *\r
 201      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 202      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 203      */\r
 204     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 205     {\r
 206         if (gg == null)\r
 207         {\r
 208             return;\r
 209         }\r
 210 \r
 211         fastPaint = true;\r
 212 \r
 213         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 214                     vertical * av.charHeight,\r
 215                     imgWidth,\r
 216                     imgHeight,\r
 217                     -horizontal * av.charWidth,\r
 218                     -vertical * av.charHeight);\r
 219 \r
 220         int sr = av.startRes;\r
 221         int er = av.endRes;\r
 222         int ss = av.startSeq;\r
 223         int es = av.endSeq;\r
 224         int transX = 0;\r
 225         int transY = 0;\r
 226 \r
 227         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 228         {\r
 229             er ++;\r
 230             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 231             sr = er - horizontal;\r
 232         }\r
 233         else if (horizontal < 0)\r
 234         {\r
 235             er = sr - horizontal-1;\r
 236         }\r
 237         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 238         {\r
 239             ss = es - vertical;\r
 240 \r
 241             if (ss < av.startSeq)\r
 242             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 243                 ss = av.startSeq;\r
 244             }\r
 245             else\r
 246             {\r
 247                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 248             }\r
 249         }\r
 250         else if (vertical < 0)\r
 251         {\r
 252             es = ss - vertical;\r
 253 \r
 254             if (es > av.endSeq)\r
 255             {\r
 256                 es = av.endSeq;\r
 257             }\r
 258         }\r
 259 \r
 260         gg.translate(transX, transY);\r
 261         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 262         gg.translate(-transX, -transY);\r
 263 \r
 264         repaint();\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 269      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 270      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 271      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 272      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 273      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 274      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 275      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 276      */\r
 277 \r
 278     // Set this to false to force a full panel paint\r
 279     public void paintComponent(Graphics g)\r
 280     {\r
 281         super.paintComponent(g);\r
 282 \r
 283         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 284 \r
 285         if ( img != null && (fastPaint\r
 286              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 287              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 288         {\r
 289             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 290             fastPaint = false;\r
 291             return;\r
 292         }\r
 293 \r
 294 \r
 295         // this draws the whole of the alignment\r
 296         imgWidth = getWidth();\r
 297         imgHeight = getHeight();\r
 298 \r
 299         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 300         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 301 \r
 302         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 303         {\r
 304             return;\r
 305         }\r
 306 \r
 307         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 308         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 309         gg.setFont(av.getFont());\r
 310 \r
 311         if (av.antiAlias)\r
 312           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 313                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 314 \r
 315         gg.setColor(Color.white);\r
 316         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 317 \r
 318 \r
 319         if (av.getWrapAlignment())\r
 320         {\r
 321             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 322         }\r
 323         else\r
 324         {\r
 325             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 326         }\r
 327 \r
 328         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 329 \r
 330         if (pdbCanvas != null)\r
 331         {\r
 332          pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 333         }\r
 334 \r
 335     }\r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * DOCUMENT ME!\r
 339      *\r
 340      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 341      *\r
 342      * @return DOCUMENT ME!\r
 343      */\r
 344     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 345     {\r
 346         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 347 \r
 348         LABEL_EAST = 0;\r
 349         LABEL_WEST = 0;\r
 350 \r
 351         if (av.scaleRightWrapped)\r
 352         {\r
 353             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 354         }\r
 355 \r
 356         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 357         {\r
 358             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 359         }\r
 360 \r
 361         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 362     }\r
 363 \r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * Generates a string of zeroes.\r
 367      * @return String\r
 368      */\r
 369     String getMask()\r
 370     {\r
 371       String mask = "00";\r
 372       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 373       {\r
 374         mask += "0";\r
 375       }\r
 376       return mask;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * DOCUMENT ME!\r
 381      *\r
 382      * @param g DOCUMENT ME!\r
 383      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 384      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 385      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 388         int startRes)\r
 389     {\r
 390 \r
 391         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 392 \r
 393         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 394 \r
 395         int LABEL_EAST = 0;\r
 396 \r
 397         if (av.scaleRightWrapped)\r
 398         {\r
 399             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 400         }\r
 401 \r
 402         int LABEL_WEST = 0;\r
 403 \r
 404         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 405         {\r
 406             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 407         }\r
 408 \r
 409         int hgap = av.charHeight;\r
 410         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 411           hgap += av.charHeight;\r
 412 \r
 413         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 414         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 415 \r
 416         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 417 \r
 418         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 419 \r
 420 \r
 421         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 422         int ypos = hgap;\r
 423 \r
 424 \r
 425         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 426         {\r
 427             g.setFont(av.getFont());\r
 428             g.setColor(Color.black);\r
 429 \r
 430             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 431             {\r
 432                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 433             }\r
 434 \r
 435             if (av.scaleRightWrapped)\r
 436             {\r
 437                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 438                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 439                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 440             }\r
 441 \r
 442             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 443 \r
 444             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 445             {\r
 446                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 447             }\r
 448 \r
 449             // When printing we have an extra clipped region,\r
 450             // the Printable page which we need to account for here\r
 451             Shape clip = g.getClip();\r
 452 \r
 453             if (clip == null)\r
 454             {\r
 455                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 456             }\r
 457             else\r
 458             {\r
 459                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 460                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 461             }\r
 462 \r
 463             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 464             {\r
 465               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 466             }\r
 467 \r
 468 \r
 469             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 470 \r
 471             if(av.showAnnotation)\r
 472             {\r
 473               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 474               if(annotations==null)\r
 475                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 476 \r
 477               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 478               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 479             }\r
 480             g.setClip(clip);\r
 481             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 482 \r
 483             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 484             if(av.showAnnotation)\r
 485               ypos -= 3;\r
 486 \r
 487             startRes += cWidth;\r
 488             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 489 \r
 490             if (endx > al.getWidth())\r
 491             {\r
 492                 endx = al.getWidth();\r
 493             }\r
 494         }\r
 495     }\r
 496 \r
 497     AnnotationPanel annotations;\r
 498     int getAnnotationHeight()\r
 499     {\r
 500       if(!av.showAnnotation)\r
 501         return 0;\r
 502 \r
 503       if(annotations==null)\r
 504         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 505 \r
 506       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 507     }\r
 508 \r
 509     /**\r
 510      * DOCUMENT ME!\r
 511      *\r
 512      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 513      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 514      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 515      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 516      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 517      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 518      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 519      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 520      */\r
 521 \r
 522     float aaRatio = 2f/3f;\r
 523     public void increaseAARatio()\r
 524     {\r
 525       aaRatio += .025;\r
 526       if(aaRatio>1)\r
 527         aaRatio = 1;\r
 528 \r
 529       repaint();\r
 530     }\r
 531 \r
 532     public void decreaseAARation()\r
 533     {\r
 534       aaRatio -= .025;\r
 535       if(aaRatio<0)\r
 536         aaRatio = 0;\r
 537 \r
 538       repaint();\r
 539     }\r
 540 \r
 541 \r
 542     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 543                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 544     {\r
 545       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 546       {\r
 547         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 548       }\r
 549       else\r
 550       {\r
 551         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 552 \r
 553         int screenY = 0;\r
 554         int blockStart = startRes;\r
 555         int blockEnd = endRes;\r
 556 \r
 557         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 558         {\r
 559           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 560           int hideStart = region[0];\r
 561           int hideEnd = region[1];\r
 562 \r
 563           if (hideStart <= blockStart)\r
 564           {\r
 565             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 566             continue;\r
 567           }\r
 568 \r
 569           blockEnd = hideStart - 1;\r
 570 \r
 571           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 572 \r
 573           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 574 \r
 575           g1.setColor(Color.blue);\r
 576           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 577                       startSeq + offset,\r
 578                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 579                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 580           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 581                       startSeq + offset,\r
 582                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 583                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 584 \r
 585           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 586           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 587           blockStart = hideEnd + 1;\r
 588         }\r
 589 \r
 590         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 591         {\r
 592           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 593           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 594           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 595           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 596         }\r
 597       }\r
 598 \r
 599     }\r
 600 \r
 601 \r
 602 \r
 603 \r
 604     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 605     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 606     void draw(Graphics g1,\r
 607                    int startRes, int endRes,\r
 608                    int startSeq, int endSeq,\r
 609                    int offset)\r
 610    {\r
 611       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 612       g.setFont(av.getFont());\r
 613 \r
 614       SequenceI nextSeq;\r
 615 \r
 616         /// First draw the sequences\r
 617         /////////////////////////////\r
 618         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 619         {\r
 620             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 621 \r
 622             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 623                             startRes, endRes,\r
 624                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 625 \r
 626             if (av.showSequenceFeatures)\r
 627             {\r
 628                 fr.drawSequence(g1, nextSeq, startRes, endRes,\r
 629                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 630                     av.charHeight);\r
 631             }\r
 632 \r
 633             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 634             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 635             if (searchResults != null)\r
 636             {\r
 637               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 638               if (visibleResults != null)\r
 639                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 640                 {\r
 641                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 642                                          visibleResults[r + 1],\r
 643                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 644                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight),\r
 645                                          av.charWidth, av.charHeight);\r
 646                 }\r
 647             }\r
 648           }\r
 649 \r
 650         //\r
 651         /////////////////////////////////////\r
 652         // Now outline any areas if necessary\r
 653         /////////////////////////////////////\r
 654         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 655 \r
 656         int sx = -1;\r
 657         int sy = -1;\r
 658         int ex = -1;\r
 659         int groupIndex = -1;\r
 660 \r
 661         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 662         {\r
 663             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 664             groupIndex = 0;\r
 665         }\r
 666 \r
 667         if (group != null)\r
 668         {\r
 669             do\r
 670             {\r
 671                 int oldY = -1;\r
 672                 int i = 0;\r
 673                 boolean inGroup = false;\r
 674                 int top = -1;\r
 675                 int bottom = -1;\r
 676 \r
 677                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 678                 {\r
 679                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 680                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 681                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 682                         1;\r
 683 \r
 684                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 685                     {\r
 686                       continue;\r
 687                     }\r
 688 \r
 689                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 690                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 691                                     i)))\r
 692                     {\r
 693                         if ((bottom == -1) &&\r
 694                                 !group.sequences.contains(\r
 695                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 696                         {\r
 697                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 698                         }\r
 699 \r
 700                         if (!inGroup)\r
 701                         {\r
 702                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 703                                     !group.sequences.contains(\r
 704                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 705                             {\r
 706                                 top = sy;\r
 707                             }\r
 708 \r
 709                             oldY = sy;\r
 710                             inGroup = true;\r
 711 \r
 712                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 713                             {\r
 714                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 715                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 716                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 717                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 718                                 g.setColor(Color.RED);\r
 719                             }\r
 720                             else\r
 721                             {\r
 722                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 723                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 724                             }\r
 725                         }\r
 726                     }\r
 727                     else\r
 728                     {\r
 729                       if (inGroup)\r
 730                       {\r
 731                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 732                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 733 \r
 734                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 735                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 736 \r
 737                         if (sx < 0)\r
 738                         {\r
 739                           ex += sx;\r
 740                           sx = 0;\r
 741                         }\r
 742 \r
 743                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 744                           ex = imgWidth;\r
 745 \r
 746                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 747                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 748 \r
 749                         if (top != -1)\r
 750                         {\r
 751                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 752                           top = -1;\r
 753                         }\r
 754 \r
 755                         if (bottom != -1)\r
 756                         {\r
 757                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 758                           bottom = -1;\r
 759                         }\r
 760 \r
 761                         inGroup = false;\r
 762                         }\r
 763                     }\r
 764                 }\r
 765 \r
 766                 if (inGroup)\r
 767                 {\r
 768                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 769                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 770                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 771 \r
 772                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 773                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 774 \r
 775                   if (sx < 0)\r
 776                   {\r
 777                     ex += sx;\r
 778                     sx = 0;\r
 779                   }\r
 780 \r
 781                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 782                     ex = imgWidth;\r
 783                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 784                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 785 \r
 786                   if (top != -1)\r
 787                   {\r
 788                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 789                     top = -1;\r
 790                   }\r
 791 \r
 792                   if (bottom != -1)\r
 793                   {\r
 794                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 795                     bottom = -1;\r
 796                   }\r
 797 \r
 798                     inGroup = false;\r
 799                 }\r
 800 \r
 801                 groupIndex++;\r
 802 \r
 803                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 804                 {\r
 805                     break;\r
 806                 }\r
 807 \r
 808                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 809             }\r
 810             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 811         }\r
 812     }\r
 813 \r
 814     /**\r
 815      * DOCUMENT ME!\r
 816      *\r
 817      * @param results DOCUMENT ME!\r
 818      */\r
 819     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 820     {\r
 821         img = null;\r
 822 \r
 823         searchResults = results;\r
 824 \r
 825         repaint();\r
 826     }\r
 827 }\r