src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  37 {\r
  38     FeatureRenderer fr;\r
  39     SequenceRenderer sr;\r
  40     BufferedImage img;\r
  41     Graphics2D gg;\r
  42     int imgWidth;\r
  43     int imgHeight;\r
  44     AlignViewport av;\r
  45     boolean displaySearch = false;\r
  46     int[] searchResults = null;\r
  47     boolean fastPaint = false;\r
  48     int LABEL_WEST;\r
  49     int LABEL_EAST;\r
  50 \r
  51     boolean isOverview = false;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  55      *\r
  56      * @param av DOCUMENT ME!\r
  57      */\r
  58     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  59     {\r
  60         this.av = av;\r
  61         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  63         setLayout(new BorderLayout());\r
  64         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  65         setBackground(Color.white);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  69     {\r
  70       return fr;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * DOCUMENT ME!\r
  75      *\r
  76      * @param g DOCUMENT ME!\r
  77      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  78      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  79      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  80      */\r
  81     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  82     {\r
  83         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  84 \r
  85         g.setColor(Color.black);\r
  86 \r
  87         // NORTH SCALE\r
  88         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  89         {\r
  90             String string = String.valueOf(i);\r
  91             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  92                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  93 \r
  94             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  95                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  96                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  97                 2);\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @param g DOCUMENT ME!\r
 105      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 106      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 107      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 108      */\r
 109     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 110     {\r
 111         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 112         ypos += av.charHeight;\r
 113 \r
 114         // EAST SCALE\r
 115         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 116         {\r
 117             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 118             int index = startx;\r
 119             int value = -1;\r
 120 \r
 121             while (index < endx)\r
 122             {\r
 123                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 124                 {\r
 125                     index++;\r
 126 \r
 127                     continue;\r
 128                 }\r
 129 \r
 130                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 131 \r
 132                 break;\r
 133             }\r
 134 \r
 135             if (value != -1)\r
 136             {\r
 137                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 138                 g.drawString(value + "", x,\r
 139                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 140             }\r
 141         }\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param g DOCUMENT ME!\r
 148      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 149      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 150      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 151      */\r
 152     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 153     {\r
 154         ypos += av.charHeight;\r
 155 \r
 156         // EAST SCALE\r
 157         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 158         {\r
 159             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 160             int index = endx;\r
 161             int value = -1;\r
 162 \r
 163             while (index > startx)\r
 164             {\r
 165                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 166                 {\r
 167                     index--;\r
 168 \r
 169                     continue;\r
 170                 }\r
 171 \r
 172                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 173 \r
 174                 break;\r
 175             }\r
 176 \r
 177             if (value != -1)\r
 178             {\r
 179                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 180                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 181             }\r
 182         }\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 189      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 190      */\r
 191     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 192     {\r
 193         if (gg == null)\r
 194         {\r
 195             return;\r
 196         }\r
 197 \r
 198         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 199                     vertical * av.charHeight,\r
 200                     imgWidth,\r
 201                     imgHeight,\r
 202                     -horizontal * av.charWidth,\r
 203                     -vertical * av.charHeight);\r
 204 \r
 205         int sr = av.startRes;\r
 206         int er = av.endRes;\r
 207         int ss = av.startSeq;\r
 208         int es = av.endSeq;\r
 209         int transX = 0;\r
 210         int transY = 0;\r
 211 \r
 212         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 213         {\r
 214             er ++;\r
 215             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 216             sr = er - horizontal;\r
 217         }\r
 218         else if (horizontal < 0)\r
 219         {\r
 220             er = sr - horizontal-1;\r
 221         }\r
 222         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 223         {\r
 224             ss = es - vertical;\r
 225 \r
 226             if (ss < av.startSeq)\r
 227             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 228                 ss = av.startSeq;\r
 229             }\r
 230             else\r
 231             {\r
 232                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 233             }\r
 234         }\r
 235         else if (vertical < 0)\r
 236         {\r
 237             es = ss - vertical;\r
 238 \r
 239             if (es > av.endSeq)\r
 240             {\r
 241                 es = av.endSeq;\r
 242             }\r
 243         }\r
 244 \r
 245         gg.translate(transX, transY);\r
 246         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 247         gg.translate(-transX, -transY);\r
 248 \r
 249         fastPaint = true;\r
 250         repaint();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 255      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 256      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 257      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 258      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 259      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 260      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 261      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 262      */\r
 263 \r
 264     // Set this to false to force a full panel paint\r
 265     public void paintComponent(Graphics g)\r
 266     {\r
 267         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 268 \r
 269         if ((img != null) &&\r
 270                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 271                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 272         {\r
 273             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 274             fastPaint = false;\r
 275 \r
 276             return;\r
 277         }\r
 278 \r
 279         // this draws the whole of the alignment\r
 280         imgWidth = getWidth();\r
 281         imgHeight = getHeight();\r
 282 \r
 283         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 284         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 285 \r
 286         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 287         {\r
 288             return;\r
 289         }\r
 290 \r
 291 \r
 292         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 293         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 294         gg.setFont(av.getFont());\r
 295         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 296           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 297 \r
 298         gg.setColor(Color.white);\r
 299         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 300 \r
 301 \r
 302         if (av.getWrapAlignment())\r
 303         {\r
 304             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 305         }\r
 306         else\r
 307         {\r
 308             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 309                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 310         }\r
 311 \r
 312         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 313     }\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * DOCUMENT ME!\r
 317      *\r
 318      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 319      *\r
 320      * @return DOCUMENT ME!\r
 321      */\r
 322     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 323     {\r
 324         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 325 \r
 326         LABEL_EAST = 0;\r
 327         LABEL_WEST = 0;\r
 328 \r
 329         if (av.scaleRightWrapped)\r
 330         {\r
 331             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 332         }\r
 333 \r
 334         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 335         {\r
 336             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 337         }\r
 338 \r
 339         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 340     }\r
 341 \r
 342 \r
 343     /**\r
 344      * Generates a string of zeroes.\r
 345      * @return String\r
 346      */\r
 347     String getMask()\r
 348     {\r
 349       String mask = "0";\r
 350       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 351       {\r
 352         mask += "0";\r
 353       }\r
 354       return mask;\r
 355     }\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      * DOCUMENT ME!\r
 359      *\r
 360      * @param g DOCUMENT ME!\r
 361      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 362      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 363      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 364      */\r
 365     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 366         int startRes)\r
 367     {\r
 368 \r
 369         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 370 \r
 371         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 372 \r
 373         int LABEL_EAST = 0;\r
 374 \r
 375         if (av.scaleRightWrapped)\r
 376         {\r
 377             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 378         }\r
 379 \r
 380         int LABEL_WEST = 0;\r
 381 \r
 382         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 383         {\r
 384             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 385         }\r
 386 \r
 387         int hgap = av.charHeight;\r
 388         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 389           hgap += av.charHeight;\r
 390 \r
 391         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 392         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 393 \r
 394         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 395 \r
 396         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 397 \r
 398 \r
 399         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 400         int ypos = hgap;\r
 401 \r
 402 \r
 403         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 404         {\r
 405             g.setFont(av.getFont());\r
 406             g.setColor(Color.black);\r
 407 \r
 408             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 409             {\r
 410                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 411             }\r
 412 \r
 413             if (av.scaleRightWrapped)\r
 414             {\r
 415                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 416                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 417                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 418             }\r
 419 \r
 420             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 421 \r
 422             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 423             {\r
 424                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 425             }\r
 426 \r
 427             // When printing we have an extra clipped region,\r
 428             // the Printable page which we need to account for here\r
 429             Shape clip = g.getClip();\r
 430 \r
 431             if (clip == null)\r
 432             {\r
 433                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 434             }\r
 435             else\r
 436             {\r
 437                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 438                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 439             }\r
 440 \r
 441             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 442             {\r
 443               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 444             }\r
 445 \r
 446 \r
 447             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 448 \r
 449             if(av.showAnnotation)\r
 450             {\r
 451               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 452               if(annotations==null)\r
 453                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 454 \r
 455               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 456               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 457             }\r
 458             g.setClip(clip);\r
 459             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 460 \r
 461             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 462             if(av.showAnnotation)\r
 463               ypos -= 3;\r
 464 \r
 465             startRes += cWidth;\r
 466             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 467 \r
 468             if (endx > al.getWidth())\r
 469             {\r
 470                 endx = al.getWidth();\r
 471             }\r
 472         }\r
 473     }\r
 474 \r
 475     AnnotationPanel annotations;\r
 476     int getAnnotationHeight()\r
 477     {\r
 478       if(!av.showAnnotation)\r
 479         return 0;\r
 480 \r
 481       if(annotations==null)\r
 482         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 483 \r
 484       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 485     }\r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * DOCUMENT ME!\r
 489      *\r
 490      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 491      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 492      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 493      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 494      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 495      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 496      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 497      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 498      */\r
 499 \r
 500     float aaRatio = 2f/3f;\r
 501     public void increaseAARatio()\r
 502     {\r
 503       aaRatio += .025;\r
 504       if(aaRatio>1)\r
 505         aaRatio = 1;\r
 506 \r
 507       repaint();\r
 508     }\r
 509 \r
 510     public void decreaseAARation()\r
 511     {\r
 512       aaRatio -= .025;\r
 513       if(aaRatio<0)\r
 514         aaRatio = 0;\r
 515 \r
 516       repaint();\r
 517     }\r
 518 \r
 519     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 520         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 521     {\r
 522       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 523       g.setFont(av.getFont());\r
 524 \r
 525       SequenceI nextSeq, dna = null;\r
 526       int aaHeight = av.charHeight, dnaHeight = av.charHeight;\r
 527       Font dnafont = null, aafont = av.getFont();\r
 528 \r
 529  /*     if (av.getShowTranslation())\r
 530       {\r
 531         aaHeight = (int) (av.getCharHeight() * aaRatio);\r
 532         dnaHeight = (int) (av.getCharHeight() * (1 - aaRatio));\r
 533         java.awt.geom.AffineTransform transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 534         transform.scale(1f / 3f, 1);\r
 535         dnafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 536                                 dnaHeight);\r
 537         dnafont = dnafont.deriveFont(transform);\r
 538 \r
 539         aafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 540                                aaHeight);\r
 541         transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 542         transform.scale(1 / aaRatio, 1);\r
 543         aafont = aafont.deriveFont(transform);\r
 544       }\r
 545 */\r
 546 \r
 547       ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 548 \r
 549         /// First draw the sequences\r
 550         /////////////////////////////\r
 551         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 552         {\r
 553             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 554             g.setFont(aafont);\r
 555          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 556             {\r
 557               dna = nextSeq;\r
 558               StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 559               for(int r = 0; r<nextSeq.getLength(); r+=3)\r
 560               {\r
 561                 String codon = nextSeq.getSequence(r, r+3);\r
 562                 codon = codon.replace('U', 'T');\r
 563                 String res = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
 564                 if(res !=null )\r
 565                 {\r
 566                   if (res.equals("STOP"))\r
 567                     sb.append("X");\r
 568                   else\r
 569                     sb.append(res);\r
 570                 }\r
 571               }\r
 572               nextSeq = new Sequence("d", sb.toString());\r
 573             }*/\r
 574 \r
 575             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 576                             x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 577                             offset + ( (i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 578                             aaHeight);\r
 579 \r
 580          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 581             {\r
 582               av.setGlobalColourScheme(new NucleotideColourScheme());\r
 583               g.setFont(dnafont);\r
 584               sr.drawSequence(g, dna, null,\r
 585                               x1*3, (x2+2) * 3, ( (x1 - startx) * av.charWidth) / 3,\r
 586                               offset + ( (i - starty) * av.charHeight) + aaHeight,\r
 587                               av.charWidth / 3,\r
 588                               dnaHeight);\r
 589               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 590             }*/\r
 591 \r
 592             if (av.showSequenceFeatures)\r
 593             {\r
 594                 fr.drawSequence(g, nextSeq, x1, x2,\r
 595                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 596                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 597                     av.charHeight);\r
 598             }\r
 599         }\r
 600 \r
 601         //\r
 602         /////////////////////////////////////\r
 603         // Now outline any areas if necessary\r
 604         /////////////////////////////////////\r
 605         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 606 \r
 607         int sx = -1;\r
 608         int sy = -1;\r
 609         int ex = -1;\r
 610         int groupIndex = -1;\r
 611 \r
 612         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 613         {\r
 614             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 615             groupIndex = 0;\r
 616         }\r
 617 \r
 618         if (group != null && !isOverview)\r
 619         {\r
 620             do\r
 621             {\r
 622                 int oldY = -1;\r
 623                 int i = 0;\r
 624                 boolean inGroup = false;\r
 625                 int top = -1;\r
 626                 int bottom = -1;\r
 627 \r
 628                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 629                 {\r
 630                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 631                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 632                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 633                         1;\r
 634 \r
 635                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 636                     {\r
 637                       continue;\r
 638                     }\r
 639 \r
 640                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 641                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 642                                     i)))\r
 643                     {\r
 644                         if ((bottom == -1) &&\r
 645                                 !group.sequences.contains(\r
 646                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 647                         {\r
 648                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 649                         }\r
 650 \r
 651                         if (!inGroup)\r
 652                         {\r
 653                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 654                                     !group.sequences.contains(\r
 655                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 656                             {\r
 657                                 top = sy;\r
 658                             }\r
 659 \r
 660                             oldY = sy;\r
 661                             inGroup = true;\r
 662 \r
 663                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 664                             {\r
 665                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 666                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 667                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 668                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 669                                 g.setColor(Color.RED);\r
 670                             }\r
 671                             else\r
 672                             {\r
 673                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 674                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 675                             }\r
 676                         }\r
 677                     }\r
 678                     else\r
 679                     {\r
 680                       if (inGroup)\r
 681                       {\r
 682                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 683                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 684 \r
 685                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 686                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 687 \r
 688                         if (sx < 0)\r
 689                         {\r
 690                           ex += sx;\r
 691                           sx = 0;\r
 692                         }\r
 693 \r
 694                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 695                           ex = imgWidth;\r
 696 \r
 697                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 698                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 699 \r
 700                         if (top != -1)\r
 701                         {\r
 702                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 703                           top = -1;\r
 704                         }\r
 705 \r
 706                         if (bottom != -1)\r
 707                         {\r
 708                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 709                           bottom = -1;\r
 710                         }\r
 711 \r
 712                         inGroup = false;\r
 713                         }\r
 714                     }\r
 715                 }\r
 716 \r
 717                 if (inGroup)\r
 718                 {\r
 719                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 720                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 721                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 722 \r
 723                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 724                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 725 \r
 726                   if (sx < 0)\r
 727                   {\r
 728                     ex += sx;\r
 729                     sx = 0;\r
 730                   }\r
 731 \r
 732                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 733                     ex = imgWidth;\r
 734                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 735                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 736 \r
 737                   if (top != -1)\r
 738                   {\r
 739                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 740                     top = -1;\r
 741                   }\r
 742 \r
 743                   if (bottom != -1)\r
 744                   {\r
 745                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 746                     bottom = -1;\r
 747                   }\r
 748 \r
 749                     inGroup = false;\r
 750                 }\r
 751 \r
 752                 groupIndex++;\r
 753 \r
 754                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 755                 {\r
 756                     break;\r
 757                 }\r
 758 \r
 759                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 760             }\r
 761             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 762         }\r
 763 \r
 764         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 765         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 766         if (displaySearch)\r
 767         {\r
 768             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 769             {\r
 770                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 771 \r
 772                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 773                 {\r
 774                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 775 \r
 776                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 777                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 778 \r
 779                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 780 \r
 781                     if (searchStart < x1)\r
 782                     {\r
 783                         searchStart = x1;\r
 784                     }\r
 785 \r
 786                     if (searchEnd > x2)\r
 787                     {\r
 788                         searchEnd = x2;\r
 789                     }\r
 790 \r
 791                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 792                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 793                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 794                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 795                 }\r
 796             }\r
 797         }\r
 798     }\r
 799 \r
 800     /**\r
 801      * DOCUMENT ME!\r
 802      *\r
 803      * @param results DOCUMENT ME!\r
 804      */\r
 805     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 806     {\r
 807         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 808         if (results == null)\r
 809         {\r
 810             displaySearch = false;\r
 811         }\r
 812         else\r
 813         {\r
 814             displaySearch = true;\r
 815         }\r
 816 \r
 817         searchResults = results;\r
 818 \r
 819         repaint();\r
 820     }\r
 821 }\r