src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13      FeatureRenderer fr;\r
  14     Image             img;\r
  15     Graphics          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20 \r
  21     public boolean paintFlag = false;\r
  22 \r
  23     boolean showScores = false;\r
  24     boolean displaySearch = false;\r
  25     int [] searchResults = null;\r
  26 \r
  27     int chunkHeight;\r
  28     int chunkWidth;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        setLayout(new BorderLayout());\r
  36        PaintRefresher.Register(this);\r
  37 \r
  38     }\r
  39 \r
  40   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  41       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  42 \r
  43       g.setColor(Color.black);\r
  44 \r
  45       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  46       {\r
  47           String string = String.valueOf(i);\r
  48           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  49 \r
  50           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  51                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  52 \r
  53       }\r
  54 \r
  55   }\r
  56 \r
  57 \r
  58 /**\r
  59  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  60  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  61  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  62  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  63  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  64  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  65  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  66  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  67  */\r
  68 \r
  69   public void paintComponent(Graphics g)\r
  70   {\r
  71 \r
  72     if (img==null ||  imgWidth!=getWidth() || imgHeight!=getHeight() || paintFlag)\r
  73     {\r
  74       imgWidth  = getWidth();\r
  75       imgHeight = getHeight();\r
  76       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  77       gg  = img.getGraphics();\r
  78       gg.setFont(av.getFont());\r
  79       paintFlag = false;\r
  80     }\r
  81 \r
  82 \r
  83     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  84     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  85 \r
  86     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  87     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  88 \r
  89     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  90 \r
  91     if (av.getWrapAlignment())\r
  92       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
  93     else\r
  94       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
  95 \r
  96 \r
  97     g.drawImage(img,0,0,this);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 102   {\r
 103       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 104 \r
 105       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 106       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 107 \r
 108       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 109       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 110 \r
 111       while (ypos <= canvasHeight)\r
 112       {\r
 113         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 114         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 115 \r
 116         ypos += cHeight;\r
 117         startRes += cWidth;\r
 118         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 119 \r
 120         if (endx > da.getWidth())\r
 121           endx = da.getWidth();\r
 122       }\r
 123 \r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 128 \r
 129 \r
 130     g.setFont(av.getFont());\r
 131     int            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 132     int            charHeight = av.getCharHeight();\r
 133     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 134 \r
 135     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 136     Vector tmpseq = new Vector();\r
 137     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 138         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 139             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 140 \r
 141     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 142         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 143 \r
 144     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 145         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 146                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 147                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 148 \r
 149 */\r
 150 \r
 151    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 152     {\r
 153        fillBackground(g,\r
 154                    Color.red,\r
 155                    (x1-startx)*charWidth,\r
 156                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 157                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 158                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 159     }*/\r
 160 \r
 161     SequenceI nextSeq;\r
 162     SequenceGroup group=null;\r
 163     SequenceGroup [] groups=null;\r
 164     boolean inGroup=false; // are we in a defined group?\r
 165     boolean inRB=false; //Are we in a rubberband group?\r
 166     int sx=-1, sy=-1, ex=-1, ey=-1;\r
 167     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 168     int oldRStartX=0,oldREndX=0,oldRY=0;\r
 169     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 170     {\r
 171      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 172 \r
 173      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 174      groups = av.alignment.findAllGroups( nextSeq );\r
 175 \r
 176      sr.drawSequence(g, nextSeq, groups,x1,x2,\r
 177                  (x1 - startx) * charWidth,\r
 178                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 179                  charWidth,charHeight,null, i);\r
 180 \r
 181      if(av.showSequenceFeatures)\r
 182      {\r
 183        fr.drawSequence(g, nextSeq, groups, x1, x2,\r
 184                        (x1 - startx) * charWidth,\r
 185                        offset +\r
 186                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 187                        charWidth, charHeight, null, i);\r
 188      }\r
 189 \r
 190 \r
 191 \r
 192 \r
 193      if( group!=null )\r
 194      {\r
 195 \r
 196         g.setColor(Color.lightGray);\r
 197 \r
 198         sx = (group.getStartRes()-startx)*charWidth;\r
 199         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 200         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*charWidth;\r
 201         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.getCharHeight());\r
 202 \r
 203 \r
 204         if (!inGroup)\r
 205         {\r
 206           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 207           inGroup=true;\r
 208         }\r
 209 \r
 210         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 211         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 212         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 213           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 214 \r
 215         oldStartX = sx;\r
 216         oldEndX = ex;\r
 217         oldY = ey;\r
 218 \r
 219      }\r
 220      else if(inGroup)\r
 221      {\r
 222        g.setColor(Color.lightGray);\r
 223        g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 224      }\r
 225      else\r
 226        inGroup = false;\r
 227 \r
 228      group = av.getRubberbandGroup();\r
 229      if( group != null && group.sequences.contains(nextSeq) )\r
 230      {\r
 231          g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 232          sx = (group.getStartRes() - startx) * charWidth;\r
 233          sy = offset +\r
 234              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 235          ex = (group.getEndRes() + 1 - startx) * charWidth;\r
 236          ey = offset +\r
 237              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i + 1, av.getCharHeight());\r
 238 \r
 239          if (!inRB)\r
 240          {\r
 241 \r
 242            g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 243            inRB = true;\r
 244          }\r
 245 \r
 246          g.drawLine(sx, sy, sx, ey); // vertical line, left hand side\r
 247          g.drawLine(ex, sy, ex, ey); // vertical line, right hand side\r
 248          if (i == y2 - 1) // last line of alignment, seal the box\r
 249            g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 250 \r
 251           oldRStartX = sx;\r
 252           oldREndX = ex;\r
 253           oldRY = ey;\r
 254      }\r
 255      else if(inRB)\r
 256      {\r
 257        g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 258        g.drawLine(oldRStartX, oldRY, oldREndX, oldRY); // Horizontal, bottom of old box\r
 259        inRB = false;\r
 260      }\r
 261      else\r
 262        inRB = false;\r
 263 \r
 264     }\r
 265 \r
 266     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 267     if(displaySearch)\r
 268     {\r
 269       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 270       {\r
 271         int searchSeq = searchResults[r];\r
 272         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 273         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 274 \r
 275         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 276         {\r
 277           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 278           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 279                                   searchStart,\r
 280                                   searchEnd,\r
 281                                   (searchStart - startx) * charWidth,\r
 282                                   offset +\r
 283                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 284               charHeight),\r
 285                                   charWidth,\r
 286                                   charHeight);\r
 287         }\r
 288       }\r
 289     }\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 294     g.setColor(c);\r
 295     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 296   }\r
 297 \r
 298   public int getChunkWidth() {\r
 299     return chunkWidth;\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 303   {\r
 304     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 305     if(results==null)\r
 306       displaySearch = false;\r
 307     else\r
 308       displaySearch = true;\r
 309 \r
 310     searchResults = results;\r
 311 \r
 312     paintFlag = true;\r
 313     repaint();\r
 314   }\r
 315 \r
 316 \r
 317 }\r