src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
  57 {\r
  58     if(horizontal==0 && vertical==0)\r
  59    {\r
  60      return;\r
  61    }\r
  62 \r
  63 \r
  64    if (img==null || paintFlag)\r
  65    {\r
  66       repaint();\r
  67       return;\r
  68    }\r
  69 \r
  70     gg.copyArea( 0,0, imgWidth, imgHeight, -horizontal*av.charWidth, -vertical*av.charHeight );\r
  71 \r
  72  int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX=0, transY = 0;\r
  73  if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
  74  {\r
  75    transX = (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
  76    sr = er - horizontal ;\r
  77  }\r
  78  else if(horizontal<0)\r
  79  {\r
  80    er = sr-horizontal;\r
  81  }\r
  82 \r
  83 \r
  84 \r
  85 \r
  86  if(vertical>0)    // scroll down\r
  87  {\r
  88    transY = imgHeight - vertical*av.charHeight;\r
  89    ss = es - vertical;\r
  90  }\r
  91  else if(vertical<0)\r
  92  {\r
  93 \r
  94      es = ss-vertical;\r
  95 \r
  96  }\r
  97 \r
  98     gg.translate(transX, transY);\r
  99 \r
 100     drawPanel(gg, sr,er,ss,es,sr,ss,0);\r
 101 \r
 102     gg.translate( -transX, -transY );\r
 103     getGraphics().drawImage(img,0,0,this);\r
 104 \r
 105 }\r
 106 \r
 107 /**\r
 108  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 109  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 110  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 111  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 112  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 113  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 114  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 115  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 116  */\r
 117 \r
 118   public void paintComponent(Graphics g)\r
 119   {\r
 120     // this draws the whole of the alignment\r
 121 \r
 122       imgWidth  = getWidth();\r
 123       imgHeight = getHeight();\r
 124 \r
 125       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 126       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 127 \r
 128       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 129       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 130       gg.setFont(av.getFont());\r
 131       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 132       gg.setClip(0,0,imgWidth, imgHeight);\r
 133       paintFlag = false;\r
 134 \r
 135 \r
 136     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
 137     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 138 \r
 139     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 140     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 141 \r
 142     g.setColor(Color.WHITE);\r
 143     g.fillRect(0,0,getWidth(), getHeight());\r
 144 \r
 145     if (av.getWrapAlignment())\r
 146       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 147     else\r
 148       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 149 \r
 150 \r
 151     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 152 \r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 156   {\r
 157       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 158 \r
 159       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 160       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 161 \r
 162       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 163       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 164 \r
 165       while (ypos <= canvasHeight)\r
 166       {\r
 167         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 168         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 169 \r
 170         ypos += cHeight;\r
 171         startRes += cWidth;\r
 172         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 173 \r
 174         if (endx > da.getWidth())\r
 175           endx = da.getWidth();\r
 176       }\r
 177 \r
 178   }\r
 179 \r
 180 \r
 181   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 182 \r
 183 \r
 184    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 185     g.setFont(av.getFont());\r
 186     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 187 \r
 188     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 189     Vector tmpseq = new Vector();\r
 190     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 191         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 192             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 193 \r
 194     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 195         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 196 \r
 197     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 198         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 199                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 200                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 201 \r
 202 */\r
 203 \r
 204    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 205     {\r
 206        fillBackground(g,\r
 207                    Color.red,\r
 208                    (x1-startx)*charWidth,\r
 209                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 210                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 211                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 212     }*/\r
 213 \r
 214     SequenceI nextSeq;\r
 215 \r
 216     /// First draw the sequences\r
 217     /////////////////////////////\r
 218     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 219     {\r
 220      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 221 \r
 222      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 223                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 224                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 225                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 226 \r
 227      if(av.showSequenceFeatures)\r
 228      {\r
 229        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 230                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 231                        offset +\r
 232                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 233                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 234      }\r
 235     }\r
 236     //\r
 237     /////////////////////////////////////\r
 238 \r
 239     // Now outline any areas if necessary\r
 240     /////////////////////////////////////\r
 241     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 242     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 243 \r
 244     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 245     int groupIndex = -1;\r
 246     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 247     {\r
 248       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 249       groupIndex = 0;\r
 250     }\r
 251 \r
 252     if (group != null)\r
 253       do\r
 254       {\r
 255         int oldY = -1;\r
 256         int i = 0;\r
 257         boolean inGroup = false;\r
 258         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 259         {\r
 260           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 261           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 262           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 263 \r
 264           if (group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i))\r
 265               && sx < getWidth()\r
 266               && ex > 0)\r
 267           {\r
 268             if (!inGroup)\r
 269             {\r
 270               oldY = sy;\r
 271               inGroup = true;\r
 272               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 273               {\r
 274             //    g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,2f,2f}, 0f ));\r
 275                 g.setColor(Color.RED);\r
 276               }\r
 277               else\r
 278               {\r
 279                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 280                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 281               }\r
 282             }\r
 283           }\r
 284           else\r
 285           {\r
 286             if (inGroup)\r
 287             {\r
 288               g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 289               inGroup = false;\r
 290             }\r
 291           }\r
 292         }\r
 293         if (inGroup)\r
 294         {\r
 295           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 296           g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 297           inGroup = false;\r
 298         }\r
 299 \r
 300         groupIndex++;\r
 301         if (groupIndex >= groups.size())\r
 302           break;\r
 303 \r
 304         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 305 \r
 306       }\r
 307       while (groupIndex < groups.size());\r
 308 \r
 309 \r
 310     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 311     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 312     if(displaySearch)\r
 313     {\r
 314       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 315       {\r
 316         int searchSeq = searchResults[r];\r
 317         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 318         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 319 \r
 320         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 321         {\r
 322           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 323           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 324                                   searchStart,\r
 325                                   searchEnd,\r
 326                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 327                                   offset +\r
 328                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 329               av.charHeight),\r
 330                                   av.charWidth,\r
 331                                   av.charHeight);\r
 332         }\r
 333       }\r
 334     }\r
 335 \r
 336   }\r
 337 \r
 338 \r
 339   public int getChunkWidth() {\r
 340     return chunkWidth;\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 344   {\r
 345     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 346     if(results==null)\r
 347       displaySearch = false;\r
 348     else\r
 349       displaySearch = true;\r
 350 \r
 351     searchResults = results;\r
 352 \r
 353     paintFlag = true;\r
 354     repaint();\r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358 }\r