src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     Image             img;\r
  14     Graphics          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19 \r
  20     public boolean paintFlag = false;\r
  21 \r
  22     boolean showScores = false;\r
  23     boolean displaySearch = false;\r
  24     int [] searchResults = null;\r
  25 \r
  26     int chunkHeight;\r
  27     int chunkWidth;\r
  28 \r
  29 \r
  30     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  31     {\r
  32         this.av         = av;\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34 \r
  35     }\r
  36 \r
  37   public void drawScale(int startx, int endx,int charWidth, int charHeight,int ypos) {\r
  38       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  39 \r
  40       gg.setColor(Color.black);\r
  41 \r
  42       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10) {\r
  43           String string = String.valueOf(i);\r
  44           gg.drawString(string,(int)((i-startx-1)*charWidth),ypos+15 - charHeight*(2));\r
  45       }\r
  46   }\r
  47 \r
  48 \r
  49 /**\r
  50  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  51  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  52  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  53  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  54  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  55  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  56  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  57  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  58  */\r
  59 \r
  60   public void paintComponent(Graphics g) {\r
  61 \r
  62     AlignmentI da = av.getAlignment();\r
  63 \r
  64     if (img == null ||\r
  65         imgWidth  !=  getWidth()  ||\r
  66         imgHeight !=  getHeight()\r
  67         || paintFlag)\r
  68     {\r
  69 \r
  70       imgWidth  = getWidth();\r
  71       imgHeight = getHeight();\r
  72 \r
  73       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  74       gg  = img.getGraphics();\r
  75 \r
  76       gg.setFont(av.getFont());\r
  77 \r
  78       paintFlag = false;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  82     chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  83 \r
  84     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  85     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  86 \r
  87 \r
  88 \r
  89     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  90 \r
  91     /* if (av.getWrapAlignment()) {\r
  92         int offy = av.getStartSeq();\r
  93           startx = (int)(offy/chunkWidth)*chunkWidth;\r
  94           endx   = startx + chunkWidth;\r
  95           starty = offy%chunkHeight;\r
  96           endy   = starty + da.getHeight();\r
  97 \r
  98           int ypos     = 0;\r
  99           int rowstart = starty;\r
 100 \r
 101           if (starty == 0) {\r
 102               ypos = 2*charHeight;\r
 103           } else if (starty == 1) {\r
 104               starty = 0;\r
 105               ypos = charHeight;\r
 106           }\r
 107 \r
 108           if (endy > da.getHeight()) {\r
 109               endy = da.getHeight();\r
 110           }\r
 111 \r
 112           if (endx > da.getWidth()) {\r
 113               endx = da.getWidth();\r
 114           }\r
 115 \r
 116           if (rowstart < 2) {\r
 117               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 118           }\r
 119 \r
 120           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,ypos);\r
 121 \r
 122           if (rowstart == 0) {\r
 123               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 124           } else if (rowstart == 1) {\r
 125               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 126           } else {\r
 127               ypos   = ypos + chunkHeight - rowstart*charHeight;\r
 128           }\r
 129 \r
 130           startx += chunkWidth;\r
 131           endx   = startx + chunkWidth;\r
 132           starty = 0;\r
 133 \r
 134           if (endx > da.getWidth()) {\r
 135               endx = da.getWidth();\r
 136           }\r
 137           // Draw the rest of the panels\r
 138 \r
 139           while (ypos <= getHeight()) {\r
 140               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 141               drawPanel(gg,startx,endx,0,da.getHeight(),startx,starty,ypos);\r
 142 \r
 143               ypos   += chunkHeight;\r
 144               startx += chunkWidth;\r
 145               endx   = startx + chunkWidth;\r
 146 \r
 147               if (endy > da.getHeight()) {\r
 148                   endy = da.getHeight();\r
 149               }\r
 150 \r
 151               if (endx > da.getWidth()) {\r
 152                   endx = da.getWidth();\r
 153               }\r
 154 \r
 155           }\r
 156       }\r
 157       else*/\r
 158       {\r
 159           drawPanel(gg,av.startRes,av.endRes,av.startSeq,av.endSeq,av.startRes,av.startSeq,0);\r
 160       }\r
 161 \r
 162 \r
 163   /*  if ((oldendy -oldstarty) > (getWidth() / av.getCharWidth())) {\r
 164       System.out.println("LIMITS ERROR LIMITS ERROR");\r
 165       System.out.println("Corrds " + (oldendy-oldstarty) + " " + (getWidth()/av.getCharWidth()) + " " + getWidth() + " " + av.getCharWidth());\r
 166     }*/\r
 167 \r
 168     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 169 \r
 170   }\r
 171 \r
 172 \r
 173 \r
 174 \r
 175   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 176 \r
 177 \r
 178     g.setFont(av.getFont());\r
 179     int            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 180     int            charHeight = av.getCharHeight();\r
 181     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 182 \r
 183     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 184     Vector tmpseq = new Vector();\r
 185     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 186         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 187             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 188 \r
 189     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 190         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 191 \r
 192     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 193         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 194                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 195                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 196 \r
 197 */\r
 198 \r
 199     if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 200     {\r
 201        fillBackground(g,\r
 202                    Color.red,\r
 203                    (x1-startx)*charWidth,\r
 204                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 205                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 206                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 207     }\r
 208 \r
 209     SequenceI nextSeq;\r
 210     SequenceGroup group=null;\r
 211     boolean inGroup=false; // are we in a defined group?\r
 212     boolean inRB=false; //Are we in a rubberband group?\r
 213     int sx=-1, sy=-1, ex=-1, ey=-1;\r
 214     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 215     int oldRStartX=0,oldREndX=0,oldRY=0;\r
 216     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 217     {\r
 218      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 219 \r
 220      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 221 \r
 222      sr.drawSequence(g, nextSeq, group,x1,x2,\r
 223                  (x1 - startx) * charWidth,\r
 224                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 225                  charWidth,charHeight,null, i);\r
 226 \r
 227 \r
 228      if( group!=null )\r
 229      {\r
 230 \r
 231         g.setColor(Color.lightGray);\r
 232 \r
 233         sx = (group.getStartRes()-startx)*charWidth;\r
 234         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 235         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*charWidth;\r
 236         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.getCharHeight());\r
 237 \r
 238 \r
 239         if (!inGroup)\r
 240         {\r
 241           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 242           inGroup=true;\r
 243         }\r
 244 \r
 245         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 246         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 247         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 248           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 249 \r
 250         oldStartX = sx;\r
 251         oldEndX = ex;\r
 252         oldY = ey;\r
 253 \r
 254      }\r
 255      else if(inGroup)\r
 256      {\r
 257        g.setColor(Color.lightGray);\r
 258        g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 259      }\r
 260      else\r
 261        inGroup = false;\r
 262 \r
 263      group = av.getRubberbandGroup();\r
 264      if( group != null && group.sequences.contains(nextSeq) )\r
 265      {\r
 266          g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 267          sx = (group.getStartRes() - startx) * charWidth;\r
 268          sy = offset +\r
 269              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 270          ex = (group.getEndRes() + 1 - startx) * charWidth;\r
 271          ey = offset +\r
 272              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i + 1, av.getCharHeight());\r
 273 \r
 274          if (!inRB)\r
 275          {\r
 276 \r
 277            g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 278            inRB = true;\r
 279          }\r
 280 \r
 281          g.drawLine(sx, sy, sx, ey); // vertical line, left hand side\r
 282          g.drawLine(ex, sy, ex, ey); // vertical line, right hand side\r
 283          if (i == y2 - 1) // last line of alignment, seal the box\r
 284            g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 285 \r
 286           oldRStartX = sx;\r
 287           oldREndX = ex;\r
 288           oldRY = ey;\r
 289      }\r
 290      else if(inRB)\r
 291      {\r
 292        g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 293        g.drawLine(oldRStartX, oldRY, oldREndX, oldRY); // Horizontal, bottom of old box\r
 294        inRB = false;\r
 295      }\r
 296      else\r
 297        inRB = false;\r
 298 \r
 299     }\r
 300 \r
 301     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 302     if(displaySearch)\r
 303     {\r
 304       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 305       {\r
 306         int searchSeq = searchResults[r];\r
 307         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 308         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 309 \r
 310         if (searchSeq >= y1 && searchSeq <= y2)\r
 311         {\r
 312           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 313           ssr.drawHighlightedText(g, av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 314                                   searchStart,\r
 315                                   searchEnd,\r
 316                                   (searchStart - startx) * charWidth,\r
 317                                   offset +\r
 318                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 319               charHeight),\r
 320                                   charWidth,\r
 321                                   charHeight);\r
 322         }\r
 323       }\r
 324     }\r
 325 \r
 326   }\r
 327 \r
 328   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 329     g.setColor(c);\r
 330     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 331   }\r
 332 \r
 333   public int getChunkWidth() {\r
 334     return chunkWidth;\r
 335   }\r
 336 \r
 337   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 338   {\r
 339     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 340     if(results==null)\r
 341       displaySearch = false;\r
 342     else\r
 343       displaySearch = true;\r
 344 \r
 345     searchResults = results;\r
 346 \r
 347     paintFlag = true;\r
 348     repaint();\r
 349   }\r
 350 \r
 351 \r
 352 }\r