src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  31
  32 import java.awt.BasicStroke;
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Graphics2D;
  38 import java.awt.RenderingHints;
  39 import java.awt.Shape;
  40 import java.awt.image.BufferedImage;
  41 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import javax.swing.JComponent;
  45
  46 /**
  47  * DOCUMENT ME!
  48  *
  49  * @author $author$
  50  * @version $Revision$
  51  */
  52 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  53 {
  54   final FeatureRenderer fr;
  55
  56   final SequenceRenderer sr;
  57
  58   BufferedImage img;
  59
  60   Graphics2D gg;
  61
  62   int imgWidth;
  63
  64   int imgHeight;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int LABEL_WEST;
  71
  72   int LABEL_EAST;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   /**
  79    * Creates a new SeqCanvas object.
  80    *
  81    * @param av
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  85   {
  86     this.av = ap.av;
  87     updateViewport();
  88     fr = new FeatureRenderer(ap);
  89     sr = new SequenceRenderer(av);
  90     setLayout(new BorderLayout());
  91     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  92     setBackground(Color.white);
  93
  94     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  95   }
  96
  97   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  98   {
  99     return sr;
 100   }
 101
 102   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 103   {
 104     return fr;
 105   }
 106
 107   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 108
 109   private void updateViewport()
 110   {
 111     charHeight = av.getCharHeight();
 112     charWidth = av.getCharWidth();
 113   }
 114
 115   /**
 116    * DOCUMENT ME!
 117    *
 118    * @param g
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param startx
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    * @param endx
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param ypos
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    */
 127   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 128   {
 129     updateViewport();
 130     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 131             endx))
 132     {
 133       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 134       if (mpos < 0)
 135       {
 136         continue;
 137       }
 138       String mstring = mark.text;
 139
 140       if (mark.major)
 141       {
 142         if (mstring != null)
 143         {
 144           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 145         }
 146         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 147                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 148                 ypos - 2);
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153   /**
 154    * DOCUMENT ME!
 155    *
 156    * @param g
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    * @param startx
 159    *          DOCUMENT ME!
 160    * @param endx
 161    *          DOCUMENT ME!
 162    * @param ypos
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    */
 165   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 166   {
 167     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 168     ypos += charHeight;
 169
 170     if (av.hasHiddenColumns())
 171     {
 172       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 173       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 174     }
 175
 176     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 177     if (av.hasHiddenColumns())
 178     {
 179       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 180     }
 181
 182     // WEST SCALE
 183     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 184     {
 185       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 186       int index = startx;
 187       int value = -1;
 188
 189       while (index < endx)
 190       {
 191         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 192         {
 193           index++;
 194
 195           continue;
 196         }
 197
 198         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 199
 200         break;
 201       }
 202
 203       if (value != -1)
 204       {
 205         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 206                 - charWidth / 2;
 207         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 208                 - (charHeight / 5));
 209       }
 210     }
 211   }
 212
 213   /**
 214    * DOCUMENT ME!
 215    *
 216    * @param g
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    * @param startx
 219    *          DOCUMENT ME!
 220    * @param endx
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param ypos
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    */
 225   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 226   {
 227     ypos += charHeight;
 228
 229     if (av.hasHiddenColumns())
 230     {
 231       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 232     }
 233
 234     SequenceI seq;
 235     // EAST SCALE
 236     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 237     {
 238       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 239       int index = endx;
 240       int value = -1;
 241
 242       while (index > startx)
 243       {
 244         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 245         {
 246           index--;
 247
 248           continue;
 249         }
 250
 251         value = seq.findPosition(index);
 252
 253         break;
 254       }
 255
 256       if (value != -1)
 257       {
 258         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 259                 - (charHeight / 5));
 260       }
 261     }
 262   }
 263
 264   boolean fastpainting = false;
 265
 266   /**
 267    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 268    * slider adjustment
 269    *
 270    * @param horizontal
 271    *          shift along
 272    * @param vertical
 273    *          shift up or down in repaint
 274    */
 275   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 276   {
 277     if (fastpainting || gg == null)
 278     {
 279       return;
 280     }
 281     fastpainting = true;
 282     fastPaint = true;
 283     updateViewport();
 284     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 285             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 286
 287     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 288     int sr = ranges.getStartRes();
 289     int er = ranges.getEndRes();
 290     int ss = ranges.getStartSeq();
 291     int es = ranges.getEndSeq();
 292     int transX = 0;
 293     int transY = 0;
 294
 295     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 296     {
 297       er++;
 298       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 299       sr = er - horizontal;
 300     }
 301     else if (horizontal < 0)
 302     {
 303       er = sr - horizontal - 1;
 304     }
 305     else if (vertical > 0) // scroll down
 306     {
 307       ss = es - vertical;
 308
 309       if (ss < ranges.getStartSeq())
 310       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 311         ss = ranges.getStartSeq();
 312       }
 313       else
 314       {
 315         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 316       }
 317     }
 318     else if (vertical < 0)
 319     {
 320       es = ss - vertical;
 321
 322       if (es > ranges.getEndSeq())
 323       {
 324         es = ranges.getEndSeq();
 325       }
 326     }
 327
 328     gg.translate(transX, transY);
 329     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 330     gg.translate(-transX, -transY);
 331
 332     repaint();
 333     fastpainting = false;
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 338    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 339    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 340    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 341    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 342    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 343    */
 344
 345   // Set this to false to force a full panel paint
 346   @Override
 347   public void paintComponent(Graphics g)
 348   {
 349     updateViewport();
 350     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 351     // img and call later.
 352     super.paintComponent(g);
 353
 354     if (lcimg != null
 355             && (fastPaint
 356                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 357                     .getClipBounds().height)))
 358     {
 359       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 360       fastPaint = false;
 361       return;
 362     }
 363
 364     // this draws the whole of the alignment
 365     imgWidth = getWidth();
 366     imgHeight = getHeight();
 367
 368     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 369     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 370
 371     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 372     {
 373       return;
 374     }
 375
 376     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 377             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 378     {
 379       try
 380       {
 381         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 382                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 383         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 384         gg.setFont(av.getFont());
 385       } catch (OutOfMemoryError er)
 386       {
 387         System.gc();
 388         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 389         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 390
 391         return;
 392       }
 393     }
 394
 395     if (av.antiAlias)
 396     {
 397       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 398               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 399     }
 400
 401     gg.setColor(Color.white);
 402     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 403
 404     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 405     if (av.getWrapAlignment())
 406     {
 407       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 408     }
 409     else
 410     {
 411       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 412               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 413     }
 414
 415     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 416
 417   }
 418
 419   /**
 420    * DOCUMENT ME!
 421    *
 422    * @param cwidth
 423    *          DOCUMENT ME!
 424    *
 425    * @return DOCUMENT ME!
 426    */
 427   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 428   {
 429     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 430
 431     LABEL_EAST = 0;
 432     LABEL_WEST = 0;
 433
 434     if (av.getScaleRightWrapped())
 435     {
 436       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 437     }
 438
 439     if (av.getScaleLeftWrapped())
 440     {
 441       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 442     }
 443
 444     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Generates a string of zeroes.
 449    *
 450    * @return String
 451    */
 452   String getMask()
 453   {
 454     String mask = "00";
 455     int maxWidth = 0;
 456     int tmp;
 457     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 458     {
 459       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 460       if (tmp > maxWidth)
 461       {
 462         maxWidth = tmp;
 463       }
 464     }
 465
 466     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 467     {
 468       mask += "0";
 469     }
 470     return mask;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @param g
 477    *          DOCUMENT ME!
 478    * @param canvasWidth
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    * @param canvasHeight
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    * @param startRes
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    */
 485   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 486           int canvasHeight, int startRes)
 487   {
 488     updateViewport();
 489     AlignmentI al = av.getAlignment();
 490
 491     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 492
 493     if (av.getScaleRightWrapped())
 494     {
 495       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 496     }
 497
 498     if (av.getScaleLeftWrapped())
 499     {
 500       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 501     }
 502
 503     int hgap = charHeight;
 504     if (av.getScaleAboveWrapped())
 505     {
 506       hgap += charHeight;
 507     }
 508
 509     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 510     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 511
 512     av.setWrappedWidth(cWidth);
 513
 514     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth);
 515
 516     int endx;
 517     int ypos = hgap;
 518     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 519
 520     if (av.hasHiddenColumns())
 521     {
 522       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 523     }
 524
 525     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 526     {
 527       endx = startRes + cWidth - 1;
 528
 529       if (endx > maxwidth)
 530       {
 531         endx = maxwidth;
 532       }
 533
 534       g.setFont(av.getFont());
 535       g.setColor(Color.black);
 536
 537       if (av.getScaleLeftWrapped())
 538       {
 539         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 540       }
 541
 542       if (av.getScaleRightWrapped())
 543       {
 544         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 545         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 546         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 547       }
 548
 549       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 550
 551       if (av.getScaleAboveWrapped())
 552       {
 553         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 554       }
 555
 556       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 557       {
 558         g.setColor(Color.blue);
 559         int res;
 560         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 561                 .size(); i++)
 562         {
 563           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 564                   - startRes;
 565
 566           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 567           {
 568             continue;
 569           }
 570
 571           gg.fillPolygon(
 572                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 573                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 574                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 575                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 576                   3);
 577
 578         }
 579       }
 580
 581       // When printing we have an extra clipped region,
 582       // the Printable page which we need to account for here
 583       Shape clip = g.getClip();
 584
 585       if (clip == null)
 586       {
 587         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 588       }
 589       else
 590       {
 591         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 592                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 593       }
 594
 595       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 596
 597       if (av.isShowAnnotation())
 598       {
 599         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 600         if (annotations == null)
 601         {
 602           annotations = new AnnotationPanel(av);
 603         }
 604
 605         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 606                 startRes, endx + 1);
 607         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 608       }
 609       g.setClip(clip);
 610       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 611
 612       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 613
 614       startRes += cWidth;
 615     }
 616   }
 617
 618   AnnotationPanel annotations;
 619
 620   int getAnnotationHeight()
 621   {
 622     if (!av.isShowAnnotation())
 623     {
 624       return 0;
 625     }
 626
 627     if (annotations == null)
 628     {
 629       annotations = new AnnotationPanel(av);
 630     }
 631
 632     return annotations.adjustPanelHeight();
 633   }
 634
 635   /**
 636    * DOCUMENT ME!
 637    *
 638    * @param g1
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    * @param startRes
 641    *          DOCUMENT ME!
 642    * @param endRes
 643    *          DOCUMENT ME!
 644    * @param startSeq
 645    *          DOCUMENT ME!
 646    * @param endSeq
 647    *          DOCUMENT ME!
 648    * @param offset
 649    *          DOCUMENT ME!
 650    */
 651   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 652           int startSeq, int endSeq, int offset)
 653   {
 654     updateViewport();
 655     if (!av.hasHiddenColumns())
 656     {
 657       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 658     }
 659     else
 660     {
 661       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 662
 663       int screenY = 0;
 664       int blockStart = startRes;
 665       int blockEnd = endRes;
 666
 667       for (int[] region : regions)
 668       {
 669         int hideStart = region[0];
 670         int hideEnd = region[1];
 671
 672         if (hideStart <= blockStart)
 673         {
 674           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 675           continue;
 676         }
 677
 678         blockEnd = hideStart - 1;
 679
 680         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 681
 682         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 683
 684         if (av.getShowHiddenMarkers())
 685         {
 686           g1.setColor(Color.blue);
 687
 688           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 689                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 690                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 691         }
 692
 693         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 694         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 695         blockStart = hideEnd + 1;
 696
 697         if (screenY > (endRes - startRes))
 698         {
 699           // already rendered last block
 700           return;
 701         }
 702       }
 703
 704       if (screenY <= (endRes - startRes))
 705       {
 706         // remaining visible region to render
 707         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 708         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 709         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 710
 711         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 712       }
 713     }
 714
 715   }
 716
 717   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 718   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 719   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 720           int endSeq, int offset)
 721   {
 722     g.setFont(av.getFont());
 723     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 724
 725     SequenceI nextSeq;
 726
 727     // / First draw the sequences
 728     // ///////////////////////////
 729     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 730     {
 731       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 732       if (nextSeq == null)
 733       {
 734         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 735         // empty
 736         continue;
 737       }
 738       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 739               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 740
 741       if (av.isShowSequenceFeatures())
 742       {
 743         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 744                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 745       }
 746
 747       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 748       // ////////////////////////////////////////////////////////
 749       if (av.hasSearchResults())
 750       {
 751         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 752                 startRes, endRes);
 753         if (visibleResults != null)
 754         {
 755           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 756           {
 757             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 758                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 759                             * charWidth, offset
 760                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 761           }
 762         }
 763       }
 764
 765       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 766               && cursorX <= endRes)
 767       {
 768         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 769                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 770       }
 771     }
 772
 773     if (av.getSelectionGroup() != null
 774             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 775     {
 776       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 777     }
 778
 779   }
 780
 781   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 782           int startSeq, int endSeq, int offset)
 783   {
 784     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 785     //
 786     // ///////////////////////////////////
 787     // Now outline any areas if necessary
 788     // ///////////////////////////////////
 789     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 790
 791     int sx = -1;
 792     int sy = -1;
 793     int ex = -1;
 794     int groupIndex = -1;
 795     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 796
 797     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 798     {
 799       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 800       groupIndex = 0;
 801     }
 802
 803     if (group != null)
 804     {
 805       do
 806       {
 807         int oldY = -1;
 808         int i = 0;
 809         boolean inGroup = false;
 810         int top = -1;
 811         int bottom = -1;
 812
 813         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 814         {
 815           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 816           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 817           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 818
 819           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 820           {
 821             continue;
 822           }
 823
 824           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 825                   && group.getSequences(null).contains(
 826                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 827           {
 828             if ((bottom == -1)
 829                     && !group.getSequences(null).contains(
 830                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 831             {
 832               bottom = sy + charHeight;
 833             }
 834
 835             if (!inGroup)
 836             {
 837               if (((top == -1) && (i == 0))
 838                       || !group.getSequences(null).contains(
 839                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 840               {
 841                 top = sy;
 842               }
 843
 844               oldY = sy;
 845               inGroup = true;
 846
 847               if (group == av.getSelectionGroup())
 848               {
 849                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 850                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 851                         0f));
 852                 g.setColor(Color.RED);
 853               }
 854               else
 855               {
 856                 g.setStroke(new BasicStroke());
 857                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 858               }
 859             }
 860           }
 861           else
 862           {
 863             if (inGroup)
 864             {
 865               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 866               {
 867                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 868               }
 869
 870               if (sx + ex < visWidth)
 871               {
 872                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 873               }
 874
 875               if (sx < 0)
 876               {
 877                 ex += sx;
 878                 sx = 0;
 879               }
 880
 881               if (sx + ex > visWidth)
 882               {
 883                 ex = visWidth;
 884               }
 885
 886               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 887               {
 888                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 889               }
 890
 891               if (top != -1)
 892               {
 893                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 894                 top = -1;
 895               }
 896
 897               if (bottom != -1)
 898               {
 899                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 900                 bottom = -1;
 901               }
 902
 903               inGroup = false;
 904             }
 905           }
 906         }
 907
 908         if (inGroup)
 909         {
 910           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 911           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 912           {
 913             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 914           }
 915
 916           if (sx + ex < visWidth)
 917           {
 918             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 919           }
 920
 921           if (sx < 0)
 922           {
 923             ex += sx;
 924             sx = 0;
 925           }
 926
 927           if (sx + ex > visWidth)
 928           {
 929             ex = visWidth;
 930           }
 931           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 932           {
 933             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 934           }
 935
 936           if (top != -1)
 937           {
 938             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 939             top = -1;
 940           }
 941
 942           if (bottom != -1)
 943           {
 944             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 945             bottom = -1;
 946           }
 947
 948           inGroup = false;
 949         }
 950
 951         groupIndex++;
 952
 953         g.setStroke(new BasicStroke());
 954
 955         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 956         {
 957           break;
 958         }
 959
 960         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 961
 962       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 963
 964     }
 965
 966   }
 967
 968   /**
 969    * DOCUMENT ME!
 970    *
 971    * @param results
 972    *          DOCUMENT ME!
 973    */
 974   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 975   {
 976     img = null;
 977
 978     av.setSearchResults(results);
 979
 980     repaint();
 981   }
 982
 983   @Override
 984   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 985   {
 986
 987     if (evt.getPropertyName().equals("startres")
 988             || evt.getPropertyName().equals("endres"))
 989     {
 990       // Make sure we're not trying to draw a panel
 991       // larger than the visible window
 992       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 993       int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 994       if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
 995       {
 996         scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 997       }
 998       else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
 999       {
1000         scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1001       }
1002       fastPaint(scrollX, 0);
1003     }
1004     else if (evt.getPropertyName() == "startseq"
1005             || evt.getPropertyName() == "endseq")
1006     {
1007       fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1008     }
1009
1010   }
1011 }