src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
  57 {\r
  58     if (horizontal == 0 && vertical == 0)\r
  59       return;\r
  60 \r
  61     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
  62                 -vertical * av.charHeight);\r
  63 \r
  64     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
  65         transX = 0, transY = 0;\r
  66     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
  67     {\r
  68       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
  69       sr = er - horizontal;\r
  70     }\r
  71     else if (horizontal < 0)\r
  72       er = sr - horizontal;\r
  73 \r
  74     else if (vertical > 0) // scroll down\r
  75     {\r
  76       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  77       ss = es - vertical;\r
  78     }\r
  79     else if (vertical < 0)\r
  80       es = ss - vertical;\r
  81 \r
  82     gg.translate(transX, transY);\r
  83 \r
  84     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
  85 \r
  86     gg.translate( -transX, -transY);\r
  87 \r
  88     fastPaint = true;\r
  89     repaint();\r
  90 \r
  91 }\r
  92 \r
  93 /**\r
  94  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  95  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  96  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  97  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  98  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  99  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 100  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 101  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 102  */\r
 103 \r
 104   public void paintComponent(Graphics g)\r
 105   {\r
 106     g.setColor(Color.white);\r
 107     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 108 \r
 109     if (fastPaint)\r
 110     {\r
 111       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 112       fastPaint = false;\r
 113       return;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     // this draws the whole of the alignment\r
 117       imgWidth  = getWidth();\r
 118       imgHeight = getHeight();\r
 119 \r
 120       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 121       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 122 \r
 123       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 124       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 125       gg.setFont(av.getFont());\r
 126       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 127 \r
 128       gg.setColor(Color.white);\r
 129       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 130 \r
 131     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
 132     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 133 \r
 134     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 135     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 136 \r
 137 \r
 138     if (av.getWrapAlignment())\r
 139       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 140     else\r
 141       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 142 \r
 143     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 144 \r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 148   {\r
 149       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 150 \r
 151       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 152       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 153 \r
 154       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 155       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 156 \r
 157       while (ypos <= canvasHeight)\r
 158       {\r
 159         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 160         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 161 \r
 162         ypos += cHeight;\r
 163         startRes += cWidth;\r
 164         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 165 \r
 166         if (endx > da.getWidth())\r
 167           endx = da.getWidth();\r
 168       }\r
 169 \r
 170   }\r
 171 \r
 172 \r
 173   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 174 \r
 175 \r
 176    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 177     g.setFont(av.getFont());\r
 178     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 179 \r
 180     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 181     Vector tmpseq = new Vector();\r
 182     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 183         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 184             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 185 \r
 186     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 187         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 188 \r
 189     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 190         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 191                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 192                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 193 \r
 194 */\r
 195 \r
 196    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 197     {\r
 198        fillBackground(g,\r
 199                    Color.red,\r
 200                    (x1-startx)*charWidth,\r
 201                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 202                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 203                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 204     }*/\r
 205 \r
 206     SequenceI nextSeq;\r
 207 \r
 208     /// First draw the sequences\r
 209     /////////////////////////////\r
 210     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 211     {\r
 212      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 213 \r
 214      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 215                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 216                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 217                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 218 \r
 219      if(av.showSequenceFeatures)\r
 220      {\r
 221        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 222                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 223                        offset +\r
 224                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 225                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 226      }\r
 227     }\r
 228     //\r
 229     /////////////////////////////////////\r
 230 \r
 231     // Now outline any areas if necessary\r
 232     /////////////////////////////////////\r
 233     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 234     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 235 \r
 236     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 237     int groupIndex = -1;\r
 238     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 239     {\r
 240       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 241       groupIndex = 0;\r
 242     }\r
 243 \r
 244     if (group != null)\r
 245       do\r
 246       {\r
 247         int oldY = -1;\r
 248         int i = 0;\r
 249         boolean inGroup = false;\r
 250         int top=-1, bottom =-1;\r
 251         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 252         {\r
 253           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 254           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 255           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 256 \r
 257 \r
 258           if (sx < getWidth()\r
 259               && ex > 0\r
 260               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 261           {\r
 262 \r
 263             if (bottom == -1 &&\r
 264                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 265               bottom = sy + av.charHeight -1;\r
 266 \r
 267             if (!inGroup)\r
 268             {\r
 269               if (top == -1 && i==0 ||\r
 270                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 271                 top = sy;\r
 272 \r
 273               oldY = sy;\r
 274               inGroup = true;\r
 275               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 276               {\r
 277                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 278                 g.setColor(Color.RED);\r
 279               }\r
 280               else\r
 281               {\r
 282                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 283                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 284               }\r
 285             }\r
 286           }\r
 287           else\r
 288           {\r
 289             if (inGroup)\r
 290             {\r
 291 \r
 292               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 293               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 294               if (top != -1)\r
 295                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 296               if (bottom != -1)\r
 297                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 298 \r
 299               inGroup = false;\r
 300             }\r
 301           }\r
 302         }\r
 303 \r
 304         if (inGroup)\r
 305         {\r
 306 \r
 307           if(top!=-1)\r
 308              g.drawLine(sx,top, sx+ex, top);\r
 309           if(bottom!=-1)\r
 310              g.drawLine(sx,bottom, sx+ex, bottom);\r
 311 \r
 312           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 313           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 314           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 315           inGroup = false;\r
 316         }\r
 317         groupIndex++;\r
 318         if (groupIndex >= groups.size())\r
 319           break;\r
 320 \r
 321         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 322 \r
 323       }\r
 324       while (groupIndex < groups.size());\r
 325 \r
 326 \r
 327     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 328     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 329     if(displaySearch)\r
 330     {\r
 331       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 332       {\r
 333         int searchSeq = searchResults[r];\r
 334         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 335         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 336 \r
 337         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 338         {\r
 339           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 340           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 341                                   searchStart,\r
 342                                   searchEnd,\r
 343                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 344                                   offset +\r
 345                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 346               av.charHeight),\r
 347                                   av.charWidth,\r
 348                                   av.charHeight);\r
 349         }\r
 350       }\r
 351     }\r
 352 \r
 353   }\r
 354 \r
 355 \r
 356   public int getChunkWidth() {\r
 357     return chunkWidth;\r
 358   }\r
 359 \r
 360   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 361   {\r
 362     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 363     if(results==null)\r
 364       displaySearch = false;\r
 365     else\r
 366       displaySearch = true;\r
 367 \r
 368     searchResults = results;\r
 369 \r
 370     repaint();\r
 371   }\r
 372 \r
 373 \r
 374 }\r