src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         this.av = av;\r
  57         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  58         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  59         setLayout(new BorderLayout());\r
  60         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  61         setBackground(Color.white);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  65     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  66     {\r
  67       return sr;\r
  68     }\r
  69 \r
  70     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  71     {\r
  72       return fr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  76     {\r
  77       pdbCanvas = pc;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public AlignViewport getViewport()\r
  81     {\r
  82       return av;\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @param g DOCUMENT ME!\r
  90      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  91      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  92      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  93      */\r
  94     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  95     {\r
  96         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  97 \r
  98         g.setColor(Color.black);\r
  99 \r
 100         // NORTH SCALE\r
 101         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 102         {\r
 103             int value = i;\r
 104             if(av.hasHiddenColumns)\r
 105                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 106 \r
 107             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 108                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 109 \r
 110             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 111                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 112                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 113                 2);\r
 114         }\r
 115     }\r
 116 \r
 117     /**\r
 118      * DOCUMENT ME!\r
 119      *\r
 120      * @param g DOCUMENT ME!\r
 121      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 122      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 123      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 124      */\r
 125     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 126     {\r
 127         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 128         ypos += av.charHeight;\r
 129 \r
 130         if(av.hasHiddenColumns)\r
 131                 startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 132 \r
 133         // EAST SCALE\r
 134         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 135         {\r
 136             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 137             int index = startx;\r
 138             int value = -1;\r
 139 \r
 140             while (index < endx)\r
 141             {\r
 142                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 143                 {\r
 144                     index++;\r
 145 \r
 146                     continue;\r
 147                 }\r
 148 \r
 149                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 150 \r
 151                 break;\r
 152             }\r
 153 \r
 154             if (value != -1)\r
 155             {\r
 156                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 157                 g.drawString(value + "", x,\r
 158                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 159             }\r
 160         }\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @param g DOCUMENT ME!\r
 167      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 168      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 169      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 172     {\r
 173         ypos += av.charHeight;\r
 174 \r
 175         if(av.hasHiddenColumns)\r
 176                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 177 \r
 178         // EAST SCALE\r
 179         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 180         {\r
 181             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 182             int index = endx;\r
 183             int value = -1;\r
 184 \r
 185 \r
 186 \r
 187             while (index > startx)\r
 188             {\r
 189                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 190                 {\r
 191                     index--;\r
 192 \r
 193                     continue;\r
 194                 }\r
 195 \r
 196                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 197 \r
 198                 break;\r
 199             }\r
 200 \r
 201             if (value != -1)\r
 202             {\r
 203                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 204                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 205             }\r
 206         }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * DOCUMENT ME!\r
 211      *\r
 212      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 213      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 214      */\r
 215     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 216     {\r
 217         if (gg == null)\r
 218         {\r
 219             return;\r
 220         }\r
 221 \r
 222 \r
 223         fastPaint = true;\r
 224 \r
 225         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 226                     vertical * av.charHeight,\r
 227                     imgWidth,\r
 228                     imgHeight,\r
 229                     -horizontal * av.charWidth,\r
 230                     -vertical * av.charHeight);\r
 231 \r
 232         int sr = av.startRes;\r
 233         int er = av.endRes;\r
 234         int ss = av.startSeq;\r
 235         int es = av.endSeq;\r
 236         int transX = 0;\r
 237         int transY = 0;\r
 238 \r
 239 \r
 240         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 241         {\r
 242             er ++;\r
 243             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 244             sr = er - horizontal;\r
 245         }\r
 246         else if (horizontal < 0)\r
 247         {\r
 248             er = sr - horizontal-1;\r
 249         }\r
 250         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 251         {\r
 252             ss = es - vertical;\r
 253 \r
 254             if (ss < av.startSeq)\r
 255             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 256                 ss = av.startSeq;\r
 257             }\r
 258             else\r
 259             {\r
 260                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 261             }\r
 262         }\r
 263         else if (vertical < 0)\r
 264         {\r
 265             es = ss - vertical;\r
 266 \r
 267             if (es > av.endSeq)\r
 268             {\r
 269                 es = av.endSeq;\r
 270             }\r
 271         }\r
 272 \r
 273         gg.translate(transX, transY);\r
 274         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 275         gg.translate(-transX, -transY);\r
 276 \r
 277         repaint();\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 282      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 283      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 284      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 285      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 286      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 287      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 288      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 289      */\r
 290 \r
 291     // Set this to false to force a full panel paint\r
 292     public void paintComponent(Graphics g)\r
 293     {\r
 294         super.paintComponent(g);\r
 295 \r
 296 \r
 297 \r
 298         if ( img != null && (fastPaint\r
 299              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 300              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 301         {\r
 302             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 303             fastPaint = false;\r
 304             return;\r
 305         }\r
 306 \r
 307 \r
 308         // this draws the whole of the alignment\r
 309         imgWidth = getWidth();\r
 310         imgHeight = getHeight();\r
 311 \r
 312         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 313         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 314 \r
 315         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 316         {\r
 317             return;\r
 318         }\r
 319 \r
 320         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 321         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 322         gg.setFont(av.getFont());\r
 323 \r
 324         if (av.antiAlias)\r
 325           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 326                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 327 \r
 328         gg.setColor(Color.white);\r
 329         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 330 \r
 331 \r
 332         if (av.getWrapAlignment())\r
 333         {\r
 334             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 335         }\r
 336         else\r
 337         {\r
 338             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 339         }\r
 340 \r
 341         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 342 \r
 343         if (pdbCanvas != null)\r
 344         {\r
 345          pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 346         }\r
 347 \r
 348     }\r
 349 \r
 350     /**\r
 351      * DOCUMENT ME!\r
 352      *\r
 353      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 354      *\r
 355      * @return DOCUMENT ME!\r
 356      */\r
 357     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 358     {\r
 359         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 360 \r
 361         LABEL_EAST = 0;\r
 362         LABEL_WEST = 0;\r
 363 \r
 364         if (av.scaleRightWrapped)\r
 365         {\r
 366             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 367         }\r
 368 \r
 369         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 370         {\r
 371             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 372         }\r
 373 \r
 374         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 375     }\r
 376 \r
 377 \r
 378     /**\r
 379      * Generates a string of zeroes.\r
 380      * @return String\r
 381      */\r
 382     String getMask()\r
 383     {\r
 384       String mask = "00";\r
 385       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 386       {\r
 387         mask += "0";\r
 388       }\r
 389       return mask;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * DOCUMENT ME!\r
 394      *\r
 395      * @param g DOCUMENT ME!\r
 396      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 397      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 398      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 399      */\r
 400     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 401         int startRes)\r
 402     {\r
 403 \r
 404         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 405 \r
 406         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 407 \r
 408         int LABEL_EAST = 0;\r
 409 \r
 410         if (av.scaleRightWrapped)\r
 411         {\r
 412             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 413         }\r
 414 \r
 415         int LABEL_WEST = 0;\r
 416 \r
 417         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 418         {\r
 419             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 420         }\r
 421 \r
 422         int hgap = av.charHeight;\r
 423         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 424           hgap += av.charHeight;\r
 425 \r
 426         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 427         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 428 \r
 429         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 430 \r
 431         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 432 \r
 433 \r
 434         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 435         int ypos = hgap;\r
 436 \r
 437         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 438         {\r
 439             g.setFont(av.getFont());\r
 440             g.setColor(Color.black);\r
 441 \r
 442             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 443             {\r
 444                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 445             }\r
 446 \r
 447             if (av.scaleRightWrapped)\r
 448             {\r
 449                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 450                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 451                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 452             }\r
 453 \r
 454             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 455 \r
 456             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 457             {\r
 458                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 459             }\r
 460 \r
 461             // When printing we have an extra clipped region,\r
 462             // the Printable page which we need to account for here\r
 463             Shape clip = g.getClip();\r
 464 \r
 465             if (clip == null)\r
 466             {\r
 467                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 468             }\r
 469             else\r
 470             {\r
 471                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 472                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 473             }\r
 474 \r
 475             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 476             {\r
 477               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 478             }\r
 479 \r
 480 \r
 481             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 482 \r
 483             if(av.showAnnotation)\r
 484             {\r
 485               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 486               if(annotations==null)\r
 487                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 488 \r
 489               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 490               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 491             }\r
 492             g.setClip(clip);\r
 493             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 494 \r
 495             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 496             if(av.showAnnotation)\r
 497               ypos -= 3;\r
 498 \r
 499             startRes += cWidth;\r
 500             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 501 \r
 502             if (endx > al.getWidth())\r
 503             {\r
 504                 endx = al.getWidth();\r
 505             }\r
 506         }\r
 507     }\r
 508 \r
 509     AnnotationPanel annotations;\r
 510     int getAnnotationHeight()\r
 511     {\r
 512       if(!av.showAnnotation)\r
 513         return 0;\r
 514 \r
 515       if(annotations==null)\r
 516         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 517 \r
 518       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * DOCUMENT ME!\r
 523      *\r
 524      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 525      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 526      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 527      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 528      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 529      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 530      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 531      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 532      */\r
 533 \r
 534     float aaRatio = 2f/3f;\r
 535     public void increaseAARatio()\r
 536     {\r
 537       aaRatio += .025;\r
 538       if(aaRatio>1)\r
 539         aaRatio = 1;\r
 540 \r
 541       repaint();\r
 542     }\r
 543 \r
 544     public void decreaseAARation()\r
 545     {\r
 546       aaRatio -= .025;\r
 547       if(aaRatio<0)\r
 548         aaRatio = 0;\r
 549 \r
 550       repaint();\r
 551     }\r
 552 \r
 553 \r
 554     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 555                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 556     {\r
 557       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 558       {\r
 559         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 560       }\r
 561       else\r
 562       {\r
 563         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 564 \r
 565         int screenY = 0;\r
 566         int blockStart = startRes;\r
 567         int blockEnd = endRes;\r
 568 \r
 569         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 570         {\r
 571           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 572           int hideStart = region[0];\r
 573           int hideEnd = region[1];\r
 574 \r
 575           if (hideStart <= blockStart)\r
 576           {\r
 577             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 578             continue;\r
 579           }\r
 580 \r
 581           blockEnd = hideStart - 1;\r
 582 \r
 583           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 584 \r
 585           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 586 \r
 587           g1.setColor(Color.blue);\r
 588           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 589                       startSeq + offset,\r
 590                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 591                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 592           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 593                       startSeq + offset,\r
 594                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 595                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 596 \r
 597           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 598           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 599           blockStart = hideEnd + 1;\r
 600         }\r
 601 \r
 602         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 603         {\r
 604           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 605           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 606           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 607           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 608         }\r
 609       }\r
 610 \r
 611     }\r
 612 \r
 613 \r
 614 \r
 615 \r
 616     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 617     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 618     void draw(Graphics g1,\r
 619                    int startRes, int endRes,\r
 620                    int startSeq, int endSeq,\r
 621                    int offset)\r
 622    {\r
 623 \r
 624       sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 625       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 626       g.setFont(av.getFont());\r
 627 \r
 628       SequenceI nextSeq;\r
 629 \r
 630         /// First draw the sequences\r
 631         /////////////////////////////\r
 632         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 633         {\r
 634             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 635 \r
 636             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 637                             startRes, endRes,\r
 638                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 639 \r
 640             if (av.showSequenceFeatures)\r
 641             {\r
 642                 fr.drawSequence(g1, nextSeq, startRes, endRes,\r
 643                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 644                     av.charHeight);\r
 645             }\r
 646 \r
 647             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 648             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 649             if (searchResults != null)\r
 650             {\r
 651               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 652               if (visibleResults != null)\r
 653                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 654                 {\r
 655                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 656                                          visibleResults[r + 1],\r
 657                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 658                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight),\r
 659                                          av.charWidth, av.charHeight);\r
 660                 }\r
 661             }\r
 662           }\r
 663 \r
 664         //\r
 665         /////////////////////////////////////\r
 666         // Now outline any areas if necessary\r
 667         /////////////////////////////////////\r
 668         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 669 \r
 670         int sx = -1;\r
 671         int sy = -1;\r
 672         int ex = -1;\r
 673         int groupIndex = -1;\r
 674 \r
 675         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 676         {\r
 677             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 678             groupIndex = 0;\r
 679         }\r
 680 \r
 681         if (group != null)\r
 682         {\r
 683             do\r
 684             {\r
 685                 int oldY = -1;\r
 686                 int i = 0;\r
 687                 boolean inGroup = false;\r
 688                 int top = -1;\r
 689                 int bottom = -1;\r
 690 \r
 691                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 692                 {\r
 693                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 694                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 695                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 696                         1;\r
 697 \r
 698                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 699                     {\r
 700                       continue;\r
 701                     }\r
 702 \r
 703                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 704                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 705                                     i)))\r
 706                     {\r
 707                         if ((bottom == -1) &&\r
 708                                 !group.sequences.contains(\r
 709                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 710                         {\r
 711                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 712                         }\r
 713 \r
 714                         if (!inGroup)\r
 715                         {\r
 716                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 717                                     !group.sequences.contains(\r
 718                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 719                             {\r
 720                                 top = sy;\r
 721                             }\r
 722 \r
 723                             oldY = sy;\r
 724                             inGroup = true;\r
 725 \r
 726                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 727                             {\r
 728                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 729                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 730                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 731                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 732                                 g.setColor(Color.RED);\r
 733                             }\r
 734                             else\r
 735                             {\r
 736                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 737                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 738                             }\r
 739                         }\r
 740                     }\r
 741                     else\r
 742                     {\r
 743                       if (inGroup)\r
 744                       {\r
 745                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 746                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 747 \r
 748                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 749                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 750 \r
 751                         if (sx < 0)\r
 752                         {\r
 753                           ex += sx;\r
 754                           sx = 0;\r
 755                         }\r
 756 \r
 757                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 758                           ex = imgWidth;\r
 759 \r
 760                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 761                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 762 \r
 763                         if (top != -1)\r
 764                         {\r
 765                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 766                           top = -1;\r
 767                         }\r
 768 \r
 769                         if (bottom != -1)\r
 770                         {\r
 771                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 772                           bottom = -1;\r
 773                         }\r
 774 \r
 775                         inGroup = false;\r
 776                         }\r
 777                     }\r
 778                 }\r
 779 \r
 780                 if (inGroup)\r
 781                 {\r
 782                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 783                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 784                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 785 \r
 786                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 787                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 788 \r
 789                   if (sx < 0)\r
 790                   {\r
 791                     ex += sx;\r
 792                     sx = 0;\r
 793                   }\r
 794 \r
 795                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 796                     ex = imgWidth;\r
 797                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 798                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 799 \r
 800                   if (top != -1)\r
 801                   {\r
 802                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 803                     top = -1;\r
 804                   }\r
 805 \r
 806                   if (bottom != -1)\r
 807                   {\r
 808                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 809                     bottom = -1;\r
 810                   }\r
 811 \r
 812                     inGroup = false;\r
 813                 }\r
 814 \r
 815                 groupIndex++;\r
 816 \r
 817                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 818                 {\r
 819                     break;\r
 820                 }\r
 821 \r
 822                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 823             }\r
 824             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 825         }\r
 826     }\r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * DOCUMENT ME!\r
 830      *\r
 831      * @param results DOCUMENT ME!\r
 832      */\r
 833     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 834     {\r
 835         img = null;\r
 836 \r
 837         searchResults = results;\r
 838 \r
 839         repaint();\r
 840     }\r
 841 }\r