src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136                 startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 137 \r
 138         // EAST SCALE\r
 139         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 140         {\r
 141             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 142             int index = startx;\r
 143             int value = -1;\r
 144 \r
 145             while (index < endx)\r
 146             {\r
 147                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 148                 {\r
 149                     index++;\r
 150 \r
 151                     continue;\r
 152                 }\r
 153 \r
 154                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 155 \r
 156                 break;\r
 157             }\r
 158 \r
 159             if (value != -1)\r
 160             {\r
 161                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 162                 g.drawString(value + "", x,\r
 163                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 164             }\r
 165         }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @param g DOCUMENT ME!\r
 172      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 173      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 174      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 177     {\r
 178         ypos += av.charHeight;\r
 179 \r
 180         if(av.hasHiddenColumns)\r
 181                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 182 \r
 183         SequenceI seq;\r
 184         // EAST SCALE\r
 185         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 186         {\r
 187             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 188             int index = endx;\r
 189             int value = -1;\r
 190 \r
 191             while (index > startx)\r
 192             {\r
 193                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 194                 {\r
 195                     index--;\r
 196 \r
 197                     continue;\r
 198                 }\r
 199 \r
 200                 value = seq.findPosition(index);\r
 201 \r
 202                 break;\r
 203             }\r
 204 \r
 205             if (value != -1)\r
 206             {\r
 207                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 208                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 209             }\r
 210         }\r
 211     }\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * DOCUMENT ME!\r
 215      *\r
 216      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 217      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 218      */\r
 219     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 220     {\r
 221         if (gg == null)\r
 222         {\r
 223             return;\r
 224         }\r
 225 \r
 226 \r
 227         fastPaint = true;\r
 228 \r
 229         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 230                     vertical * av.charHeight,\r
 231                     imgWidth,\r
 232                     imgHeight,\r
 233                     -horizontal * av.charWidth,\r
 234                     -vertical * av.charHeight);\r
 235 \r
 236         int sr = av.startRes;\r
 237         int er = av.endRes;\r
 238         int ss = av.startSeq;\r
 239         int es = av.endSeq;\r
 240         int transX = 0;\r
 241         int transY = 0;\r
 242 \r
 243 \r
 244         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 245         {\r
 246             er ++;\r
 247             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 248             sr = er - horizontal;\r
 249         }\r
 250         else if (horizontal < 0)\r
 251         {\r
 252             er = sr - horizontal-1;\r
 253         }\r
 254         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 255         {\r
 256             ss = es - vertical;\r
 257 \r
 258             if (ss < av.startSeq)\r
 259             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 260                 ss = av.startSeq;\r
 261             }\r
 262             else\r
 263             {\r
 264                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 265             }\r
 266         }\r
 267         else if (vertical < 0)\r
 268         {\r
 269             es = ss - vertical;\r
 270 \r
 271             if (es > av.endSeq)\r
 272             {\r
 273                 es = av.endSeq;\r
 274             }\r
 275         }\r
 276 \r
 277         gg.translate(transX, transY);\r
 278         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 279         gg.translate(-transX, -transY);\r
 280 \r
 281         repaint();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 286      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 287      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 288      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 289      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 290      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 291      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 292      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 293      */\r
 294 \r
 295     // Set this to false to force a full panel paint\r
 296     public void paintComponent(Graphics g)\r
 297     {\r
 298         super.paintComponent(g);\r
 299 \r
 300 \r
 301 \r
 302         if ( img != null && (fastPaint\r
 303              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 304              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 305         {\r
 306             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 307             fastPaint = false;\r
 308             return;\r
 309         }\r
 310 \r
 311 \r
 312         // this draws the whole of the alignment\r
 313         imgWidth = getWidth();\r
 314         imgHeight = getHeight();\r
 315 \r
 316         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 317         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 318 \r
 319         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 320         {\r
 321             return;\r
 322         }\r
 323 \r
 324         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 325         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 326         gg.setFont(av.getFont());\r
 327 \r
 328         if (av.antiAlias)\r
 329           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 330                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 331 \r
 332         gg.setColor(Color.white);\r
 333         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 334 \r
 335 \r
 336         if (av.getWrapAlignment())\r
 337         {\r
 338             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 339         }\r
 340         else\r
 341         {\r
 342             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 343         }\r
 344 \r
 345         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 346 \r
 347         if (pdbCanvas != null)\r
 348         {\r
 349            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 350         }\r
 351 \r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 358      *\r
 359      * @return DOCUMENT ME!\r
 360      */\r
 361     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 362     {\r
 363         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 364 \r
 365         LABEL_EAST = 0;\r
 366         LABEL_WEST = 0;\r
 367 \r
 368         if (av.scaleRightWrapped)\r
 369         {\r
 370             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 371         }\r
 372 \r
 373         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 374         {\r
 375             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 376         }\r
 377 \r
 378         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 379     }\r
 380 \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Generates a string of zeroes.\r
 384      * @return String\r
 385      */\r
 386     String getMask()\r
 387     {\r
 388       String mask = "00";\r
 389       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 390       {\r
 391         mask += "0";\r
 392       }\r
 393       return mask;\r
 394     }\r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * DOCUMENT ME!\r
 398      *\r
 399      * @param g DOCUMENT ME!\r
 400      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 401      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 402      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 403      */\r
 404     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 405         int startRes)\r
 406     {\r
 407 \r
 408         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 409 \r
 410         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 411 \r
 412 \r
 413         if (av.scaleRightWrapped)\r
 414         {\r
 415             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 416         }\r
 417 \r
 418 \r
 419         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 420         {\r
 421             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 422         }\r
 423 \r
 424         int hgap = av.charHeight;\r
 425         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 426           hgap += av.charHeight;\r
 427 \r
 428         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 429         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 430 \r
 431         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 432 \r
 433         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 434 \r
 435 \r
 436         int endx;\r
 437         int ypos = hgap;\r
 438 \r
 439         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 440         {\r
 441           endx = startRes + cWidth -1;\r
 442 \r
 443           if (endx > al.getWidth())\r
 444           {\r
 445             endx = al.getWidth();\r
 446           }\r
 447 \r
 448             g.setFont(av.getFont());\r
 449             g.setColor(Color.black);\r
 450 \r
 451             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 452             {\r
 453                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 454             }\r
 455 \r
 456             if (av.scaleRightWrapped)\r
 457             {\r
 458                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 459                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 460                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 461             }\r
 462 \r
 463             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 464 \r
 465             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 466             {\r
 467                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 468             }\r
 469 \r
 470             // When printing we have an extra clipped region,\r
 471             // the Printable page which we need to account for here\r
 472             Shape clip = g.getClip();\r
 473 \r
 474             if (clip == null)\r
 475             {\r
 476                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 477             }\r
 478             else\r
 479             {\r
 480                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 481                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 482             }\r
 483 \r
 484             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 485 \r
 486             if(av.showAnnotation)\r
 487             {\r
 488               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 489               if(annotations==null)\r
 490                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 491 \r
 492               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx+1);\r
 493               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 494             }\r
 495             g.setClip(clip);\r
 496             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 497 \r
 498             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 499             if(av.showAnnotation)\r
 500               ypos -= 3;\r
 501 \r
 502             startRes += cWidth;\r
 503         }\r
 504     }\r
 505 \r
 506     AnnotationPanel annotations;\r
 507     int getAnnotationHeight()\r
 508     {\r
 509       if(!av.showAnnotation)\r
 510         return 0;\r
 511 \r
 512       if(annotations==null)\r
 513         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 514 \r
 515       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * DOCUMENT ME!\r
 520      *\r
 521      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 522      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 523      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 524      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 525      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 526      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 527      */\r
 528     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 529                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 530     {\r
 531       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 532       {\r
 533         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 534       }\r
 535       else\r
 536       {\r
 537         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 538 \r
 539         int screenY = 0;\r
 540         int blockStart = startRes;\r
 541         int blockEnd = endRes;\r
 542 \r
 543         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 544         {\r
 545           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 546           int hideStart = region[0];\r
 547           int hideEnd = region[1];\r
 548 \r
 549           if (hideStart <= blockStart)\r
 550           {\r
 551             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 552             continue;\r
 553           }\r
 554 \r
 555           blockEnd = hideStart - 1;\r
 556 \r
 557           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 558 \r
 559           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 560 \r
 561           g1.setColor(Color.blue);\r
 562           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 563                       startSeq + offset,\r
 564                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 565                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 566           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 567                       startSeq + offset,\r
 568                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 569                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 570 \r
 571           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 572           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 573           blockStart = hideEnd + 1;\r
 574         }\r
 575 \r
 576         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 577         {\r
 578           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 579           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 580           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 581           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 582         }\r
 583       }\r
 584 \r
 585     }\r
 586 \r
 587 \r
 588 \r
 589 \r
 590     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 591     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 592     void draw(Graphics g,\r
 593                    int startRes, int endRes,\r
 594                    int startSeq, int endSeq,\r
 595                    int offset)\r
 596    {\r
 597       g.setFont(av.getFont());\r
 598       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 599 \r
 600       SequenceI nextSeq;\r
 601 \r
 602         /// First draw the sequences\r
 603         /////////////////////////////\r
 604         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 605         {\r
 606             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 607 \r
 608             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 609                             startRes, endRes,\r
 610                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 611 \r
 612             if (av.showSequenceFeatures)\r
 613             {\r
 614                 fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,\r
 615                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 616             }\r
 617 \r
 618             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 619             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 620             if (searchResults != null)\r
 621             {\r
 622               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 623               if (visibleResults != null)\r
 624                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 625                 {\r
 626                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 627                                          visibleResults[r + 1],\r
 628                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 629                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 630                 }\r
 631             }\r
 632 \r
 633             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 634                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 635             {\r
 636               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 637                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 638             }\r
 639           }\r
 640 \r
 641           if(av.getSelectionGroup()!=null || av.alignment.getGroups().size()>0)\r
 642             drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 643 \r
 644    }\r
 645 \r
 646    void drawGroupsBoundaries(Graphics g1,\r
 647                    int startRes, int endRes,\r
 648                    int startSeq, int endSeq,\r
 649                    int offset)\r
 650    {\r
 651        Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 652         //\r
 653         /////////////////////////////////////\r
 654         // Now outline any areas if necessary\r
 655         /////////////////////////////////////\r
 656         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 657 \r
 658         int sx = -1;\r
 659         int sy = -1;\r
 660         int ex = -1;\r
 661         int groupIndex = -1;\r
 662 \r
 663         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 664         {\r
 665             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 666             groupIndex = 0;\r
 667         }\r
 668 \r
 669         if (group != null)\r
 670         {\r
 671             do\r
 672             {\r
 673                 int oldY = -1;\r
 674                 int i = 0;\r
 675                 boolean inGroup = false;\r
 676                 int top = -1;\r
 677                 int bottom = -1;\r
 678 \r
 679                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 680                 {\r
 681                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 682                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 683                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 684                         1;\r
 685 \r
 686                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 687                     {\r
 688                       continue;\r
 689                     }\r
 690 \r
 691                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 692                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 693                                     i)))\r
 694                     {\r
 695                         if ((bottom == -1) &&\r
 696                                 !group.sequences.contains(\r
 697                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 698                         {\r
 699                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 700                         }\r
 701 \r
 702                         if (!inGroup)\r
 703                         {\r
 704                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 705                                     !group.sequences.contains(\r
 706                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 707                             {\r
 708                                 top = sy;\r
 709                             }\r
 710 \r
 711                             oldY = sy;\r
 712                             inGroup = true;\r
 713 \r
 714                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 715                             {\r
 716                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 717                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 718                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 719                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 720                                 g.setColor(Color.RED);\r
 721                             }\r
 722                             else\r
 723                             {\r
 724                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 725                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 726                             }\r
 727                         }\r
 728                     }\r
 729                     else\r
 730                     {\r
 731                       if (inGroup)\r
 732                       {\r
 733                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 734                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 735 \r
 736                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 737                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 738 \r
 739                         if (sx < 0)\r
 740                         {\r
 741                           ex += sx;\r
 742                           sx = 0;\r
 743                         }\r
 744 \r
 745                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 746                           ex = imgWidth;\r
 747 \r
 748                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 749                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 750 \r
 751                         if (top != -1)\r
 752                         {\r
 753                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 754                           top = -1;\r
 755                         }\r
 756 \r
 757                         if (bottom != -1)\r
 758                         {\r
 759                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 760                           bottom = -1;\r
 761                         }\r
 762 \r
 763                         inGroup = false;\r
 764                         }\r
 765                     }\r
 766                 }\r
 767 \r
 768                 if (inGroup)\r
 769                 {\r
 770                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 771                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 772                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 773 \r
 774                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 775                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 776 \r
 777                   if (sx < 0)\r
 778                   {\r
 779                     ex += sx;\r
 780                     sx = 0;\r
 781                   }\r
 782 \r
 783                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 784                     ex = imgWidth;\r
 785                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 786                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 787 \r
 788                   if (top != -1)\r
 789                   {\r
 790                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 791                     top = -1;\r
 792                   }\r
 793 \r
 794                   if (bottom != -1)\r
 795                   {\r
 796                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 797                     bottom = -1;\r
 798                   }\r
 799 \r
 800                     inGroup = false;\r
 801                 }\r
 802 \r
 803                 groupIndex++;\r
 804 \r
 805                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 806                 {\r
 807                     break;\r
 808                 }\r
 809 \r
 810                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 811 \r
 812                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 813             }\r
 814             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 815 \r
 816         }\r
 817 \r
 818     }\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * DOCUMENT ME!\r
 822      *\r
 823      * @param results DOCUMENT ME!\r
 824      */\r
 825     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 826     {\r
 827         img = null;\r
 828 \r
 829         searchResults = results;\r
 830 \r
 831         repaint();\r
 832     }\r
 833 }\r