src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136                 startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 137 \r
 138         // EAST SCALE\r
 139         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 140         {\r
 141             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 142             int index = startx;\r
 143             int value = -1;\r
 144 \r
 145             while (index < endx)\r
 146             {\r
 147                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 148                 {\r
 149                     index++;\r
 150 \r
 151                     continue;\r
 152                 }\r
 153 \r
 154                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 155 \r
 156                 break;\r
 157             }\r
 158 \r
 159             if (value != -1)\r
 160             {\r
 161                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 162                 g.drawString(value + "", x,\r
 163                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 164             }\r
 165         }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @param g DOCUMENT ME!\r
 172      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 173      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 174      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 177     {\r
 178         ypos += av.charHeight;\r
 179 \r
 180         if(av.hasHiddenColumns)\r
 181                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 182 \r
 183         // EAST SCALE\r
 184         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 185         {\r
 186             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 187             int index = endx;\r
 188             int value = -1;\r
 189 \r
 190 \r
 191 \r
 192             while (index > startx)\r
 193             {\r
 194                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 195                 {\r
 196                     index--;\r
 197 \r
 198                     continue;\r
 199                 }\r
 200 \r
 201                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 202 \r
 203                 break;\r
 204             }\r
 205 \r
 206             if (value != -1)\r
 207             {\r
 208                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 209                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 210             }\r
 211         }\r
 212     }\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * DOCUMENT ME!\r
 216      *\r
 217      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 218      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 219      */\r
 220     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 221     {\r
 222         if (gg == null)\r
 223         {\r
 224             return;\r
 225         }\r
 226 \r
 227 \r
 228         fastPaint = true;\r
 229 \r
 230         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 231                     vertical * av.charHeight,\r
 232                     imgWidth,\r
 233                     imgHeight,\r
 234                     -horizontal * av.charWidth,\r
 235                     -vertical * av.charHeight);\r
 236 \r
 237         int sr = av.startRes;\r
 238         int er = av.endRes;\r
 239         int ss = av.startSeq;\r
 240         int es = av.endSeq;\r
 241         int transX = 0;\r
 242         int transY = 0;\r
 243 \r
 244 \r
 245         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 246         {\r
 247             er ++;\r
 248             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 249             sr = er - horizontal;\r
 250         }\r
 251         else if (horizontal < 0)\r
 252         {\r
 253             er = sr - horizontal-1;\r
 254         }\r
 255         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 256         {\r
 257             ss = es - vertical;\r
 258 \r
 259             if (ss < av.startSeq)\r
 260             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 261                 ss = av.startSeq;\r
 262             }\r
 263             else\r
 264             {\r
 265                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 266             }\r
 267         }\r
 268         else if (vertical < 0)\r
 269         {\r
 270             es = ss - vertical;\r
 271 \r
 272             if (es > av.endSeq)\r
 273             {\r
 274                 es = av.endSeq;\r
 275             }\r
 276         }\r
 277 \r
 278         gg.translate(transX, transY);\r
 279         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 280         gg.translate(-transX, -transY);\r
 281 \r
 282         repaint();\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 287      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 288      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 289      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 290      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 291      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 292      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 293      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 294      */\r
 295 \r
 296     // Set this to false to force a full panel paint\r
 297     public void paintComponent(Graphics g)\r
 298     {\r
 299         super.paintComponent(g);\r
 300 \r
 301 \r
 302 \r
 303         if ( img != null && (fastPaint\r
 304              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 305              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 306         {\r
 307             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 308             fastPaint = false;\r
 309             return;\r
 310         }\r
 311 \r
 312 \r
 313         // this draws the whole of the alignment\r
 314         imgWidth = getWidth();\r
 315         imgHeight = getHeight();\r
 316 \r
 317         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 318         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 319 \r
 320         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 321         {\r
 322             return;\r
 323         }\r
 324 \r
 325         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 326         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 327         gg.setFont(av.getFont());\r
 328 \r
 329         if (av.antiAlias)\r
 330           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 331                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 332 \r
 333         gg.setColor(Color.white);\r
 334         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 335 \r
 336 \r
 337         if (av.getWrapAlignment())\r
 338         {\r
 339             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 340         }\r
 341         else\r
 342         {\r
 343             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 344         }\r
 345 \r
 346         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 347 \r
 348         if (pdbCanvas != null)\r
 349         {\r
 350            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 351         }\r
 352 \r
 353     }\r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * DOCUMENT ME!\r
 357      *\r
 358      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 359      *\r
 360      * @return DOCUMENT ME!\r
 361      */\r
 362     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 363     {\r
 364         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 365 \r
 366         LABEL_EAST = 0;\r
 367         LABEL_WEST = 0;\r
 368 \r
 369         if (av.scaleRightWrapped)\r
 370         {\r
 371             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 372         }\r
 373 \r
 374         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 375         {\r
 376             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 377         }\r
 378 \r
 379         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 380     }\r
 381 \r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * Generates a string of zeroes.\r
 385      * @return String\r
 386      */\r
 387     String getMask()\r
 388     {\r
 389       String mask = "00";\r
 390       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 391       {\r
 392         mask += "0";\r
 393       }\r
 394       return mask;\r
 395     }\r
 396 \r
 397     /**\r
 398      * DOCUMENT ME!\r
 399      *\r
 400      * @param g DOCUMENT ME!\r
 401      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 402      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 403      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 404      */\r
 405     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 406         int startRes)\r
 407     {\r
 408 \r
 409         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 410 \r
 411         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 412 \r
 413         int LABEL_EAST = 0;\r
 414 \r
 415         if (av.scaleRightWrapped)\r
 416         {\r
 417             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 418         }\r
 419 \r
 420         int LABEL_WEST = 0;\r
 421 \r
 422         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 423         {\r
 424             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 425         }\r
 426 \r
 427         int hgap = av.charHeight;\r
 428         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 429           hgap += av.charHeight;\r
 430 \r
 431         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 432         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 433 \r
 434         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 435 \r
 436         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 437 \r
 438 \r
 439         int endx;\r
 440         int ypos = hgap;\r
 441 \r
 442         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 443         {\r
 444           endx = startRes + cWidth;\r
 445 \r
 446           if (endx > al.getWidth())\r
 447           {\r
 448             endx = al.getWidth();\r
 449           }\r
 450 \r
 451             g.setFont(av.getFont());\r
 452             g.setColor(Color.black);\r
 453 \r
 454             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 455             {\r
 456                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 457             }\r
 458 \r
 459             if (av.scaleRightWrapped)\r
 460             {\r
 461                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 462                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 463                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 464             }\r
 465 \r
 466             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 467 \r
 468             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469             {\r
 470                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 471             }\r
 472 \r
 473             // When printing we have an extra clipped region,\r
 474             // the Printable page which we need to account for here\r
 475             Shape clip = g.getClip();\r
 476 \r
 477             if (clip == null)\r
 478             {\r
 479                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 480             }\r
 481             else\r
 482             {\r
 483                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 484                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 485             }\r
 486 \r
 487             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 488 \r
 489             if(av.showAnnotation)\r
 490             {\r
 491               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 492               if(annotations==null)\r
 493                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 494 \r
 495               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx);\r
 496               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 497             }\r
 498             g.setClip(clip);\r
 499             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 500 \r
 501             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 502             if(av.showAnnotation)\r
 503               ypos -= 3;\r
 504 \r
 505             startRes += cWidth;\r
 506         }\r
 507     }\r
 508 \r
 509     AnnotationPanel annotations;\r
 510     int getAnnotationHeight()\r
 511     {\r
 512       if(!av.showAnnotation)\r
 513         return 0;\r
 514 \r
 515       if(annotations==null)\r
 516         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 517 \r
 518       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * DOCUMENT ME!\r
 523      *\r
 524      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 525      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 526      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 527      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 528      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 529      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 530      */\r
 531     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 532                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 533     {\r
 534       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 535       {\r
 536         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 537       }\r
 538       else\r
 539       {\r
 540         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 541 \r
 542         int screenY = 0;\r
 543         int blockStart = startRes;\r
 544         int blockEnd = endRes;\r
 545 \r
 546         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 547         {\r
 548           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 549           int hideStart = region[0];\r
 550           int hideEnd = region[1];\r
 551 \r
 552           if (hideStart <= blockStart)\r
 553           {\r
 554             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 555             continue;\r
 556           }\r
 557 \r
 558           blockEnd = hideStart - 1;\r
 559 \r
 560           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 561 \r
 562           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 563 \r
 564           g1.setColor(Color.blue);\r
 565           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 566                       startSeq + offset,\r
 567                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 568                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 569           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 570                       startSeq + offset,\r
 571                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 572                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 573 \r
 574           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 575           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 576           blockStart = hideEnd + 1;\r
 577         }\r
 578 \r
 579         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 580         {\r
 581           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 582           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 583           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 584           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 585         }\r
 586       }\r
 587 \r
 588     }\r
 589 \r
 590 \r
 591 \r
 592 \r
 593     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 594     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 595     void draw(Graphics g1,\r
 596                    int startRes, int endRes,\r
 597                    int startSeq, int endSeq,\r
 598                    int offset)\r
 599    {\r
 600 \r
 601 \r
 602       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 603       g.setFont(av.getFont());\r
 604       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 605 \r
 606       SequenceI nextSeq;\r
 607 \r
 608         /// First draw the sequences\r
 609         /////////////////////////////\r
 610         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 611         {\r
 612             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 613 \r
 614             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 615                             startRes, endRes,\r
 616                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 617 \r
 618             if (av.showSequenceFeatures)\r
 619             {\r
 620                 fr.drawSequence(g1, nextSeq, startRes, endRes,\r
 621                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 622             }\r
 623 \r
 624             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 625             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 626             if (searchResults != null)\r
 627             {\r
 628               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 629               if (visibleResults != null)\r
 630                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 631                 {\r
 632                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 633                                          visibleResults[r + 1],\r
 634                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 635                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 636                 }\r
 637             }\r
 638 \r
 639             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 640                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 641             {\r
 642               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 643                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 644             }\r
 645           }\r
 646 \r
 647         //\r
 648         /////////////////////////////////////\r
 649         // Now outline any areas if necessary\r
 650         /////////////////////////////////////\r
 651         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 652 \r
 653         int sx = -1;\r
 654         int sy = -1;\r
 655         int ex = -1;\r
 656         int groupIndex = -1;\r
 657 \r
 658         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 659         {\r
 660             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 661             groupIndex = 0;\r
 662         }\r
 663 \r
 664         if (group != null)\r
 665         {\r
 666             do\r
 667             {\r
 668                 int oldY = -1;\r
 669                 int i = 0;\r
 670                 boolean inGroup = false;\r
 671                 int top = -1;\r
 672                 int bottom = -1;\r
 673 \r
 674                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 675                 {\r
 676                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 677                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 678                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 679                         1;\r
 680 \r
 681                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 682                     {\r
 683                       continue;\r
 684                     }\r
 685 \r
 686                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 687                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 688                                     i)))\r
 689                     {\r
 690                         if ((bottom == -1) &&\r
 691                                 !group.sequences.contains(\r
 692                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 693                         {\r
 694                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 695                         }\r
 696 \r
 697                         if (!inGroup)\r
 698                         {\r
 699                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 700                                     !group.sequences.contains(\r
 701                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 702                             {\r
 703                                 top = sy;\r
 704                             }\r
 705 \r
 706                             oldY = sy;\r
 707                             inGroup = true;\r
 708 \r
 709                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 710                             {\r
 711                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 712                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 713                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 714                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 715                                 g.setColor(Color.RED);\r
 716                             }\r
 717                             else\r
 718                             {\r
 719                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 720                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 721                             }\r
 722                         }\r
 723                     }\r
 724                     else\r
 725                     {\r
 726                       if (inGroup)\r
 727                       {\r
 728                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 729                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 730 \r
 731                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 732                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 733 \r
 734                         if (sx < 0)\r
 735                         {\r
 736                           ex += sx;\r
 737                           sx = 0;\r
 738                         }\r
 739 \r
 740                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 741                           ex = imgWidth;\r
 742 \r
 743                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 744                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 745 \r
 746                         if (top != -1)\r
 747                         {\r
 748                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 749                           top = -1;\r
 750                         }\r
 751 \r
 752                         if (bottom != -1)\r
 753                         {\r
 754                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 755                           bottom = -1;\r
 756                         }\r
 757 \r
 758                         inGroup = false;\r
 759                         }\r
 760                     }\r
 761                 }\r
 762 \r
 763                 if (inGroup)\r
 764                 {\r
 765                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 766                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 767                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 768 \r
 769                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 770                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 771 \r
 772                   if (sx < 0)\r
 773                   {\r
 774                     ex += sx;\r
 775                     sx = 0;\r
 776                   }\r
 777 \r
 778                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 779                     ex = imgWidth;\r
 780                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 781                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 782 \r
 783                   if (top != -1)\r
 784                   {\r
 785                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 786                     top = -1;\r
 787                   }\r
 788 \r
 789                   if (bottom != -1)\r
 790                   {\r
 791                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 792                     bottom = -1;\r
 793                   }\r
 794 \r
 795                     inGroup = false;\r
 796                 }\r
 797 \r
 798                 groupIndex++;\r
 799 \r
 800                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 801                 {\r
 802                     break;\r
 803                 }\r
 804 \r
 805                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 806             }\r
 807             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 808         }\r
 809     }\r
 810 \r
 811     /**\r
 812      * DOCUMENT ME!\r
 813      *\r
 814      * @param results DOCUMENT ME!\r
 815      */\r
 816     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 817     {\r
 818         img = null;\r
 819 \r
 820         searchResults = results;\r
 821 \r
 822         repaint();\r
 823     }\r
 824 }\r