src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.image.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.analysis.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  11 {\r
  12      FeatureRenderer fr;\r
  13      SequenceRenderer sr;\r
  14     BufferedImage             img;\r
  15     Graphics2D          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28     boolean fastPaint = false;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        sr = new SequenceRenderer(av);\r
  36        setLayout(new BorderLayout());\r
  37        PaintRefresher.Register(this);\r
  38 \r
  39     }\r
  40 \r
  41   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  42     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  43 \r
  44     g.setColor(Color.black);\r
  45 \r
  46     // NORTH SCALE\r
  47     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  48     {\r
  49       String string = String.valueOf(i);\r
  50       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  51                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  52 \r
  53       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  54                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  55                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  56 \r
  57     }\r
  58   }\r
  59 \r
  60   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  61   {\r
  62     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  63     ypos+= av.charHeight;\r
  64       // EAST SCALE\r
  65     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  66     {\r
  67       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  68       int index = startx;\r
  69       int value = -1;\r
  70       while (index < endx)\r
  71       {\r
  72         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  73         {\r
  74           index++;\r
  75           continue;\r
  76         }\r
  77 \r
  78         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  79         break;\r
  80       }\r
  81       if(value!=-1)\r
  82       {\r
  83         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  84         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  85       }\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  90 {\r
  91     ypos+= av.charHeight;\r
  92     // EAST SCALE\r
  93   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  94   {\r
  95     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  96     int index = endx;\r
  97     int value = -1;\r
  98     while (index > startx)\r
  99     {\r
 100       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 101       {\r
 102         index--;\r
 103         continue;\r
 104       }\r
 105 \r
 106       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 107       break;\r
 108     }\r
 109     if(value!=-1)\r
 110        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 111   }\r
 112 \r
 113 }\r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117 \r
 118 \r
 119 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 120 {\r
 121     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 122       return;\r
 123 \r
 124     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 125                 -vertical * av.charHeight);\r
 126 \r
 127     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 128         transX = 0, transY = 0;\r
 129     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 130     {\r
 131       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 132       sr = er - horizontal;\r
 133     }\r
 134     else if (horizontal < 0)\r
 135       er = sr - horizontal;\r
 136 \r
 137     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 138     {\r
 139       ss = es - vertical;\r
 140       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 141         ss = av.startSeq;\r
 142       else\r
 143         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 144     }\r
 145     else if (vertical < 0)\r
 146     {\r
 147       es = ss - vertical;\r
 148       if(es > av.endSeq)\r
 149         es = av.endSeq;\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153     gg.translate(transX, transY);\r
 154 \r
 155     gg.setColor(Color.white);\r
 156     gg.fillRect(0,0, (er-sr+1)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 157     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 158     gg.translate( -transX, -transY);\r
 159 \r
 160     fastPaint = true;\r
 161     repaint();\r
 162 \r
 163 }\r
 164 \r
 165 /**\r
 166  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 167  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 168  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 169  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 170  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 171  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 172  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 173  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 174  */\r
 175 \r
 176   public void paint(Graphics g)\r
 177   {\r
 178     g.setColor(Color.white);\r
 179     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 180 \r
 181     if (fastPaint)\r
 182     {\r
 183       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 184       fastPaint = false;\r
 185       return;\r
 186     }\r
 187 \r
 188     // this draws the whole of the alignment\r
 189       imgWidth  = getWidth();\r
 190       imgHeight = getHeight();\r
 191       if(imgWidth==0 || imgHeight==0)\r
 192         return;\r
 193 \r
 194       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 195       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 196 \r
 197       img = new BufferedImage(imgWidth,imgHeight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 198       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 199       gg.setFont(av.getFont());\r
 200       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 201 \r
 202       gg.setColor(Color.white);\r
 203       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 204 \r
 205     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 206     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 207 \r
 208     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 209     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 210 \r
 211 \r
 212     if (av.getWrapAlignment())\r
 213       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 214     else\r
 215       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 216 \r
 217     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 222   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 223   {\r
 224     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 225 \r
 226     LABEL_EAST = 0;\r
 227     LABEL_WEST = 0;\r
 228 \r
 229     if(av.scaleRightWrapped)\r
 230       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 231 \r
 232     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 233       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 234 \r
 235     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 239   {\r
 240       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 241 \r
 242       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 243 \r
 244       int LABEL_EAST = 0;\r
 245       if(av.scaleRightWrapped)\r
 246         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 247       int LABEL_WEST = 0;\r
 248       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 249         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 250 \r
 251 \r
 252       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 253       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 254 \r
 255       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 256       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 257 \r
 258       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 259       {\r
 260         g.setColor(Color.black);\r
 261 \r
 262         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 263           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 264 \r
 265         if(av.scaleRightWrapped)\r
 266         {\r
 267           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 268           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 269           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 270         }\r
 271 \r
 272         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 273         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 274           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 275 \r
 276 \r
 277         // When printing we have an extra clipped region,\r
 278         // the Printable page which we need to account for here\r
 279         Shape clip = g.getClip();\r
 280         if(clip==null)\r
 281           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 282         else\r
 283           g.setClip(0,\r
 284                     (int)clip.getBounds().getY(),\r
 285                     cWidth*av.charWidth,\r
 286                     (int)clip.getBounds().getHeight()\r
 287                     );\r
 288 \r
 289         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 290         g.setClip(clip);\r
 291         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 292 \r
 293         ypos += cHeight;\r
 294         startRes += cWidth;\r
 295         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 296 \r
 297         if (endx > al.getWidth())\r
 298           endx = al.getWidth();\r
 299       }\r
 300 \r
 301   }\r
 302 \r
 303 \r
 304   synchronized public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 305 \r
 306     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 307     g.setFont(av.getFont());\r
 308     sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 309 \r
 310 \r
 311     SequenceI nextSeq;\r
 312 \r
 313     /// First draw the sequences\r
 314     /////////////////////////////\r
 315     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 316     {\r
 317      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 318 \r
 319      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 320                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 321                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 322                  av.charWidth,av.charHeight);\r
 323 \r
 324      if(av.showSequenceFeatures)\r
 325      {\r
 326        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 327                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 328                        offset +\r
 329                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 330                        av.charWidth, av.charHeight);\r
 331      }\r
 332     }\r
 333     //\r
 334     /////////////////////////////////////\r
 335 \r
 336     // Now outline any areas if necessary\r
 337     /////////////////////////////////////\r
 338     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 339     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 340 \r
 341     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 342     int groupIndex = -1;\r
 343     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 344     {\r
 345       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 346       groupIndex = 0;\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (group != null)\r
 350       do\r
 351       {\r
 352         int oldY = -1;\r
 353         int i = 0;\r
 354         boolean inGroup = false;\r
 355         int top=-1, bottom =-1;\r
 356         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 357         {\r
 358           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 359           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 360           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 361 \r
 362           if (sx < getWidth()\r
 363               && ex > 0\r
 364               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 365           {\r
 366             if (bottom == -1 &&\r
 367                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 368               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 369 \r
 370             if (!inGroup)\r
 371             {\r
 372               if (top == -1 && i==0 ||\r
 373                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 374                 top = sy;\r
 375 \r
 376 \r
 377               oldY = sy;\r
 378               inGroup = true;\r
 379               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 380               {\r
 381                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 382                 g.setColor(Color.RED);\r
 383               }\r
 384               else\r
 385               {\r
 386                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 387                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 388               }\r
 389             }\r
 390           }\r
 391           else\r
 392           {\r
 393             if (inGroup)\r
 394             {\r
 395               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 396               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 397 \r
 398               if (top != -1)\r
 399               {\r
 400                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 401                 top =-1;\r
 402               }\r
 403               if (bottom != -1)\r
 404               {\r
 405                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 406                 bottom = -1;\r
 407               }\r
 408 \r
 409 \r
 410               inGroup = false;\r
 411             }\r
 412           }\r
 413         }\r
 414 \r
 415         if (inGroup)\r
 416         {\r
 417 \r
 418           if(top!=-1)\r
 419           {\r
 420             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 421             top =-1;\r
 422           }\r
 423           if(bottom!=-1)\r
 424            {\r
 425              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 426              bottom = -1;\r
 427 \r
 428            }\r
 429           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 430           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 431           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 432           inGroup = false;\r
 433         }\r
 434         groupIndex++;\r
 435         if (groupIndex >= groups.size())\r
 436           break;\r
 437 \r
 438         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 439 \r
 440       }\r
 441       while (groupIndex < groups.size());\r
 442 \r
 443 \r
 444     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 445     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 446     if(displaySearch)\r
 447     {\r
 448       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 449       {\r
 450         int searchSeq = searchResults[r];\r
 451         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 452         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 453 \r
 454         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 455         {\r
 456           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 457           if(searchStart<x1)\r
 458             searchStart = x1;\r
 459           if(searchEnd > x2)\r
 460             searchEnd = x2;\r
 461           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 462                                   searchStart,\r
 463                                   searchEnd,\r
 464                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 465                                   offset +\r
 466                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 467               av.charHeight),\r
 468                                   av.charWidth,\r
 469                                   av.charHeight);\r
 470         }\r
 471       }\r
 472     }\r
 473 \r
 474   }\r
 475 \r
 476 \r
 477 \r
 478   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 479   {\r
 480     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 481     if(results==null)\r
 482       displaySearch = false;\r
 483     else\r
 484       displaySearch = true;\r
 485 \r
 486     searchResults = results;\r
 487 \r
 488     repaint();\r
 489   }\r
 490 \r
 491 \r
 492 }\r