src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.image.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.analysis.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  11 {\r
  12      FeatureRenderer fr;\r
  13     BufferedImage             img;\r
  14     Graphics2D          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19 \r
  20     boolean showScores = false;\r
  21     boolean displaySearch = false;\r
  22     int [] searchResults = null;\r
  23 \r
  24     int chunkHeight;\r
  25     int chunkWidth;\r
  26 \r
  27     boolean fastPaint = false;\r
  28 \r
  29 \r
  30     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  31     {\r
  32         this.av         = av;\r
  33        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  34        setLayout(new BorderLayout());\r
  35        PaintRefresher.Register(this);\r
  36 \r
  37     }\r
  38 \r
  39   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  40     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  41 \r
  42     g.setColor(Color.black);\r
  43 \r
  44     // NORTH SCALE\r
  45     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  46     {\r
  47       String string = String.valueOf(i);\r
  48       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  49                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  50 \r
  51       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  52                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  53                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  54 \r
  55     }\r
  56   }\r
  57 \r
  58   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  59   {\r
  60     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  61     ypos+= av.charHeight;\r
  62       // EAST SCALE\r
  63     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  64     {\r
  65       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  66       int index = startx;\r
  67       int value = -1;\r
  68       while (index < endx)\r
  69       {\r
  70         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  71         {\r
  72           index++;\r
  73           continue;\r
  74         }\r
  75 \r
  76         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  77         break;\r
  78       }\r
  79       if(value!=-1)\r
  80       {\r
  81         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  82         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  83       }\r
  84     }\r
  85   }\r
  86 \r
  87   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  88 {\r
  89     ypos+= av.charHeight;\r
  90     // EAST SCALE\r
  91   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  92   {\r
  93     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  94     int index = endx;\r
  95     int value = -1;\r
  96     while (index > startx)\r
  97     {\r
  98       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  99       {\r
 100         index--;\r
 101         continue;\r
 102       }\r
 103 \r
 104       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 105       break;\r
 106     }\r
 107     if(value!=-1)\r
 108        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 109   }\r
 110 \r
 111 }\r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 118 {\r
 119     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 120       return;\r
 121 \r
 122     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 123                 -vertical * av.charHeight);\r
 124 \r
 125     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 126         transX = 0, transY = 0;\r
 127     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 128     {\r
 129       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 130       sr = er - horizontal;\r
 131     }\r
 132     else if (horizontal < 0)\r
 133       er = sr - horizontal;\r
 134 \r
 135     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 136     {\r
 137       ss = es - vertical;\r
 138       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 139         ss = av.startSeq;\r
 140       else\r
 141         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 142     }\r
 143     else if (vertical < 0)\r
 144     {\r
 145       es = ss - vertical;\r
 146       if(es > av.endSeq)\r
 147         es = av.endSeq;\r
 148     }\r
 149 \r
 150 \r
 151     gg.translate(transX, transY);\r
 152 \r
 153     gg.setColor(Color.white);\r
 154     gg.fillRect(0,0, (er-sr)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 155     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 156     gg.translate( -transX, -transY);\r
 157 \r
 158     fastPaint = true;\r
 159     repaint();\r
 160 \r
 161 }\r
 162 \r
 163 /**\r
 164  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 165  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 166  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 167  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 168  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 169  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 170  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 171  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 172  */\r
 173 \r
 174   public void paintComponent(Graphics g)\r
 175   {\r
 176     g.setColor(Color.white);\r
 177     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 178 \r
 179     if (fastPaint)\r
 180     {\r
 181       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 182       fastPaint = false;\r
 183       return;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     // this draws the whole of the alignment\r
 187       imgWidth  = getWidth();\r
 188       imgHeight = getHeight();\r
 189       if(imgWidth==0 || imgHeight==0)\r
 190         return;\r
 191 \r
 192       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 193       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 194 \r
 195       img = new BufferedImage(imgWidth,imgHeight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 196       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 197       gg.setFont(av.getFont());\r
 198       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 199 \r
 200       gg.setColor(Color.white);\r
 201       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 202 \r
 203     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 204     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 205 \r
 206     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 207     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 208 \r
 209 \r
 210     if (av.getWrapAlignment())\r
 211       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 212     else\r
 213       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 214 \r
 215     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 220   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 221   {\r
 222     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 223 \r
 224     LABEL_EAST = 0;\r
 225     LABEL_WEST = 0;\r
 226 \r
 227     if(av.scaleRightWrapped)\r
 228       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 229 \r
 230     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 231       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 232 \r
 233     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 237   {\r
 238       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 239 \r
 240       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 241 \r
 242       int LABEL_EAST = 0;\r
 243       if(av.scaleRightWrapped)\r
 244         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 245       int LABEL_WEST = 0;\r
 246       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 247         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 248 \r
 249 \r
 250       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 251       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 252 \r
 253       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 254       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 255 \r
 256       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 257       {\r
 258         g.setColor(Color.black);\r
 259 \r
 260         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 261           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 262 \r
 263         if(av.scaleRightWrapped)\r
 264         {\r
 265           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 266           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 267           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 268         }\r
 269 \r
 270         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 271         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 272           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 273 \r
 274 \r
 275         // When printing we have an extra clipped region,\r
 276         // the Printable page which we need to account for here\r
 277         Shape clip = g.getClip();\r
 278         if(clip==null)\r
 279           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 280         else\r
 281           g.setClip(0,\r
 282                     (int)clip.getBounds().getY(),\r
 283                     cWidth*av.charWidth,\r
 284                     (int)clip.getBounds().getHeight()\r
 285                     );\r
 286 \r
 287         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 288         g.setClip(clip);\r
 289         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 290 \r
 291         ypos += cHeight;\r
 292         startRes += cWidth;\r
 293         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 294 \r
 295         if (endx > al.getWidth())\r
 296           endx = al.getWidth();\r
 297       }\r
 298 \r
 299   }\r
 300 \r
 301 \r
 302   synchronized public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 303 \r
 304     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 305     g.setFont(av.getFont());\r
 306     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 307 \r
 308     SequenceI nextSeq;\r
 309 \r
 310     /// First draw the sequences\r
 311     /////////////////////////////\r
 312     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 313     {\r
 314      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 315 \r
 316      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 317                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 318                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 319                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 320 \r
 321      if(av.showSequenceFeatures)\r
 322      {\r
 323        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 324                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 325                        offset +\r
 326                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 327                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 328      }\r
 329     }\r
 330     //\r
 331     /////////////////////////////////////\r
 332 \r
 333     // Now outline any areas if necessary\r
 334     /////////////////////////////////////\r
 335     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 336     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 337 \r
 338     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 339     int groupIndex = -1;\r
 340     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 341     {\r
 342       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 343       groupIndex = 0;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if (group != null)\r
 347       do\r
 348       {\r
 349         int oldY = -1;\r
 350         int i = 0;\r
 351         boolean inGroup = false;\r
 352         int top=-1, bottom =-1;\r
 353         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 354         {\r
 355           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 356           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 357           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 358 \r
 359           if (sx < getWidth()\r
 360               && ex > 0\r
 361               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 362           {\r
 363             if (bottom == -1 &&\r
 364                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 365               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 366 \r
 367             if (!inGroup)\r
 368             {\r
 369               if (top == -1 && i==0 ||\r
 370                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 371                 top = sy;\r
 372 \r
 373 \r
 374               oldY = sy;\r
 375               inGroup = true;\r
 376               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 377               {\r
 378                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 379                 g.setColor(Color.RED);\r
 380               }\r
 381               else\r
 382               {\r
 383                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 384                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 385               }\r
 386             }\r
 387           }\r
 388           else\r
 389           {\r
 390             if (inGroup)\r
 391             {\r
 392               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 393               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 394 \r
 395               if (top != -1)\r
 396               {\r
 397                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 398                 top =-1;\r
 399               }\r
 400               if (bottom != -1)\r
 401               {\r
 402                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 403                 bottom = -1;\r
 404               }\r
 405 \r
 406 \r
 407               inGroup = false;\r
 408             }\r
 409           }\r
 410         }\r
 411 \r
 412         if (inGroup)\r
 413         {\r
 414 \r
 415           if(top!=-1)\r
 416           {\r
 417             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 418             top =-1;\r
 419           }\r
 420           if(bottom!=-1)\r
 421            {\r
 422              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 423              bottom = -1;\r
 424 \r
 425            }\r
 426           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 427           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 428           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 429           inGroup = false;\r
 430         }\r
 431         groupIndex++;\r
 432         if (groupIndex >= groups.size())\r
 433           break;\r
 434 \r
 435         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 436 \r
 437       }\r
 438       while (groupIndex < groups.size());\r
 439 \r
 440 \r
 441     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 442     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 443     if(displaySearch)\r
 444     {\r
 445       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 446       {\r
 447         int searchSeq = searchResults[r];\r
 448         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 449         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 450 \r
 451         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 452         {\r
 453           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 454           if(searchStart<x1)\r
 455             searchStart = x1;\r
 456           if(searchEnd > x2)\r
 457             searchEnd = x2;\r
 458           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 459                                   searchStart,\r
 460                                   searchEnd,\r
 461                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 462                                   offset +\r
 463                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 464               av.charHeight),\r
 465                                   av.charWidth,\r
 466                                   av.charHeight);\r
 467         }\r
 468       }\r
 469     }\r
 470 \r
 471   }\r
 472 \r
 473 \r
 474 \r
 475   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 476   {\r
 477     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 478     if(results==null)\r
 479       displaySearch = false;\r
 480     else\r
 481       displaySearch = true;\r
 482 \r
 483     searchResults = results;\r
 484 \r
 485     repaint();\r
 486   }\r
 487 \r
 488 \r
 489 }\r