src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     int chunkHeight;\r
  47     int chunkWidth;\r
  48     boolean fastPaint = false;\r
  49     int LABEL_WEST;\r
  50     int LABEL_EAST;\r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  54      *\r
  55      * @param av DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  58     {\r
  59         this.av = av;\r
  60         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  62         setLayout(new BorderLayout());\r
  63         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  64         setBackground(Color.white);\r
  65     }\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * DOCUMENT ME!\r
  69      *\r
  70      * @param g DOCUMENT ME!\r
  71      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  72      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  73      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  76     {\r
  77         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  78 \r
  79         g.setColor(Color.black);\r
  80 \r
  81         // NORTH SCALE\r
  82         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  83         {\r
  84             String string = String.valueOf(i);\r
  85             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  86                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  87 \r
  88             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  89                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  90                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  91                 2);\r
  92         }\r
  93     }\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * DOCUMENT ME!\r
  97      *\r
  98      * @param g DOCUMENT ME!\r
  99      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 100      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 101      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 102      */\r
 103     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 104     {\r
 105         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 106         ypos += av.charHeight;\r
 107 \r
 108         // EAST SCALE\r
 109         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 110         {\r
 111             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 112             int index = startx;\r
 113             int value = -1;\r
 114 \r
 115             while (index < endx)\r
 116             {\r
 117                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 118                 {\r
 119                     index++;\r
 120 \r
 121                     continue;\r
 122                 }\r
 123 \r
 124                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 125 \r
 126                 break;\r
 127             }\r
 128 \r
 129             if (value != -1)\r
 130             {\r
 131                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 132                 g.drawString(value + "", x,\r
 133                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 134             }\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @param g DOCUMENT ME!\r
 142      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 143      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 144      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 147     {\r
 148         ypos += av.charHeight;\r
 149 \r
 150         // EAST SCALE\r
 151         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 152         {\r
 153             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 154             int index = endx;\r
 155             int value = -1;\r
 156 \r
 157             while (index > startx)\r
 158             {\r
 159                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 160                 {\r
 161                     index--;\r
 162 \r
 163                     continue;\r
 164                 }\r
 165 \r
 166                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 167 \r
 168                 break;\r
 169             }\r
 170 \r
 171             if (value != -1)\r
 172             {\r
 173                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 174                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 175             }\r
 176         }\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 183      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 186     {\r
 187         if (((horizontal == 0) && (vertical == 0)) || (gg == null))\r
 188         {\r
 189             return;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 193             -vertical * av.charHeight);\r
 194 \r
 195         int sr = av.startRes;\r
 196         int er = av.endRes;\r
 197         int ss = av.startSeq;\r
 198         int es = av.endSeq;\r
 199         int transX = 0;\r
 200         int transY = 0;\r
 201 \r
 202         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 203         {\r
 204             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 205             sr = er - horizontal;\r
 206         }\r
 207         else if (horizontal < 0)\r
 208         {\r
 209             er = sr - horizontal;\r
 210         }\r
 211         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 212         {\r
 213             ss = es - vertical;\r
 214 \r
 215             if (ss < av.startSeq)\r
 216             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 217                 ss = av.startSeq;\r
 218             }\r
 219             else\r
 220             {\r
 221                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 222             }\r
 223         }\r
 224         else if (vertical < 0)\r
 225         {\r
 226             es = ss - vertical;\r
 227 \r
 228             if (es > av.endSeq)\r
 229             {\r
 230                 es = av.endSeq;\r
 231             }\r
 232         }\r
 233 \r
 234         gg.translate(transX, transY);\r
 235 \r
 236         gg.setColor(Color.white);\r
 237         gg.fillRect(0, 0, (er - sr + 1) * av.charWidth,\r
 238             (es - ss) * av.charHeight);\r
 239         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 240         gg.translate(-transX, -transY);\r
 241 \r
 242         fastPaint = true;\r
 243         repaint();\r
 244     }\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 248      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 249      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 250      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 251      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 252      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 253      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 254      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 255      */\r
 256 \r
 257     // Set this to false to force a full panel paint\r
 258     public void paintComponent(Graphics g)\r
 259     {\r
 260         if ((img != null) &&\r
 261                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 262                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 263         {\r
 264             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 265             fastPaint = false;\r
 266 \r
 267             return;\r
 268         }\r
 269 \r
 270         // this draws the whole of the alignment\r
 271         imgWidth = getWidth();\r
 272         imgHeight = getHeight();\r
 273 \r
 274         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 275         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 276 \r
 277         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 278         {\r
 279             return;\r
 280         }\r
 281 \r
 282         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 283         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 284         gg.setFont(av.getFont());\r
 285         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 286             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 287 \r
 288         gg.setColor(Color.white);\r
 289         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 290 \r
 291         chunkWidth = getWrappedCanvasWidth(getWidth());\r
 292         chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 293 \r
 294         av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 295         av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 296 \r
 297         if (av.getWrapAlignment())\r
 298         {\r
 299             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 300         }\r
 301         else\r
 302         {\r
 303             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 304                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 305         }\r
 306 \r
 307         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 308     }\r
 309 \r
 310     /**\r
 311      * DOCUMENT ME!\r
 312      *\r
 313      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 314      *\r
 315      * @return DOCUMENT ME!\r
 316      */\r
 317     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 318     {\r
 319         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 320 \r
 321         LABEL_EAST = 0;\r
 322         LABEL_WEST = 0;\r
 323 \r
 324         if (av.scaleRightWrapped)\r
 325         {\r
 326             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 327         }\r
 328 \r
 329         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 330         {\r
 331             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 332         }\r
 333 \r
 334         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 335     }\r
 336 \r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * Generates a string of zeroes.\r
 340      * @return String\r
 341      */\r
 342     String getMask()\r
 343     {\r
 344       String mask = "0";\r
 345       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 346       {\r
 347         mask += "0";\r
 348       }\r
 349       return mask;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * DOCUMENT ME!\r
 354      *\r
 355      * @param g DOCUMENT ME!\r
 356      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 357      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 358      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 359      */\r
 360     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 361         int startRes)\r
 362     {\r
 363 \r
 364         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 365 \r
 366         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 367 \r
 368         int LABEL_EAST = 0;\r
 369 \r
 370         if (av.scaleRightWrapped)\r
 371         {\r
 372             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 373         }\r
 374 \r
 375         int LABEL_WEST = 0;\r
 376 \r
 377         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 378         {\r
 379             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 380         }\r
 381 \r
 382         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 383         int cHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 384 \r
 385         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 386 \r
 387         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 388         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 389 \r
 390         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 391         {\r
 392             g.setColor(Color.black);\r
 393 \r
 394             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 395             {\r
 396                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 397             }\r
 398 \r
 399             if (av.scaleRightWrapped)\r
 400             {\r
 401                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 402                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 403                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 404             }\r
 405 \r
 406             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 407 \r
 408             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 409             {\r
 410                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 411             }\r
 412 \r
 413             // When printing we have an extra clipped region,\r
 414             // the Printable page which we need to account for here\r
 415             Shape clip = g.getClip();\r
 416 \r
 417             if (clip == null)\r
 418             {\r
 419                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 420             }\r
 421             else\r
 422             {\r
 423                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 424                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 425             }\r
 426 \r
 427             if(av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 428             {\r
 429               endx = av.vconsensus.size()-2;\r
 430             }\r
 431 \r
 432             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 433             g.setClip(clip);\r
 434             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 435 \r
 436             ypos += cHeight;\r
 437             startRes += cWidth;\r
 438             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 439 \r
 440             if (endx > al.getWidth())\r
 441             {\r
 442                 endx = al.getWidth();\r
 443             }\r
 444         }\r
 445     }\r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * DOCUMENT ME!\r
 449      *\r
 450      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 451      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 452      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 453      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 454      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 455      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 456      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 457      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 458      */\r
 459     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 460         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 461     {\r
 462         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 463         g.setFont(av.getFont());\r
 464         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 465 \r
 466         SequenceI nextSeq;\r
 467 \r
 468         /// First draw the sequences\r
 469         /////////////////////////////\r
 470         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 471         {\r
 472             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 473 \r
 474             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 475                 x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 476                 offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 477                 av.charHeight);\r
 478 \r
 479             if (av.showSequenceFeatures)\r
 480             {\r
 481                 fr.drawSequence(g, nextSeq,\r
 482                     av.alignment.findAllGroups(nextSeq), x1, x2,\r
 483                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 484                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 485                     av.charHeight);\r
 486             }\r
 487         }\r
 488 \r
 489         //\r
 490         /////////////////////////////////////\r
 491         // Now outline any areas if necessary\r
 492         /////////////////////////////////////\r
 493         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 494         java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 495 \r
 496         int sx = -1;\r
 497         int sy = -1;\r
 498         int ex = -1;\r
 499         int groupIndex = -1;\r
 500 \r
 501         if ((group == null) && (groups.size() > 0))\r
 502         {\r
 503             group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 504             groupIndex = 0;\r
 505         }\r
 506 \r
 507 \r
 508         if (group != null)\r
 509         {\r
 510             do\r
 511             {\r
 512                 int oldY = -1;\r
 513                 int i = 0;\r
 514                 boolean inGroup = false;\r
 515                 int top = -1;\r
 516                 int bottom = -1;\r
 517 \r
 518                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 519                 {\r
 520                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 521                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 522                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 523                         1;\r
 524 \r
 525 \r
 526                     if ((sx < (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 527                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 528                                     i)))\r
 529                     {\r
 530                         if ((bottom == -1) &&\r
 531                                 !group.sequences.contains(\r
 532                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 533                         {\r
 534                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 535                         }\r
 536 \r
 537                         if (!inGroup)\r
 538                         {\r
 539                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 540                                     !group.sequences.contains(\r
 541                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 542                             {\r
 543                                 top = sy;\r
 544                             }\r
 545 \r
 546                             oldY = sy;\r
 547                             inGroup = true;\r
 548 \r
 549                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 550                             {\r
 551                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 552                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 553                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 554                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 555                                 g.setColor(Color.RED);\r
 556                             }\r
 557                             else\r
 558                             {\r
 559                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 560                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 561                             }\r
 562                         }\r
 563                     }\r
 564                     else\r
 565                     {\r
 566                         if (inGroup)\r
 567                         {\r
 568                             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 569                             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 570 \r
 571                             if (top != -1)\r
 572                             {\r
 573                                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 574                                 top = -1;\r
 575                             }\r
 576 \r
 577                             if (bottom != -1)\r
 578                             {\r
 579                                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 580                                 bottom = -1;\r
 581                             }\r
 582 \r
 583                             inGroup = false;\r
 584                         }\r
 585                     }\r
 586                 }\r
 587 \r
 588 \r
 589                 if (inGroup)\r
 590                 {\r
 591                     if (top != -1)\r
 592                     {\r
 593                         g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 594                         top = -1;\r
 595                     }\r
 596 \r
 597                     if (bottom != -1)\r
 598                     {\r
 599                         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 600                         bottom = -1;\r
 601                     }\r
 602 \r
 603                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 604                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 605                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 606                     inGroup = false;\r
 607                 }\r
 608 \r
 609                 groupIndex++;\r
 610 \r
 611                 if (groupIndex >= groups.size())\r
 612                 {\r
 613                     break;\r
 614                 }\r
 615 \r
 616                 group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 617             }\r
 618             while (groupIndex < groups.size());\r
 619         }\r
 620 \r
 621         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 622         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 623         if (displaySearch)\r
 624         {\r
 625             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 626             {\r
 627                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 628 \r
 629                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 630                 {\r
 631                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 632 \r
 633                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 634                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 635 \r
 636                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 637 \r
 638                     if (searchStart < x1)\r
 639                     {\r
 640                         searchStart = x1;\r
 641                     }\r
 642 \r
 643                     if (searchEnd > x2)\r
 644                     {\r
 645                         searchEnd = x2;\r
 646                     }\r
 647 \r
 648                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 649                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 650                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 651                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 652                 }\r
 653             }\r
 654         }\r
 655     }\r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * DOCUMENT ME!\r
 659      *\r
 660      * @param results DOCUMENT ME!\r
 661      */\r
 662     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 663     {\r
 664         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 665         if (results == null)\r
 666         {\r
 667             displaySearch = false;\r
 668         }\r
 669         else\r
 670         {\r
 671             displaySearch = true;\r
 672         }\r
 673 \r
 674         searchResults = results;\r
 675 \r
 676         repaint();\r
 677     }\r
 678 }\r