src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19  //   public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28     boolean fastPaint = false;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        setLayout(new BorderLayout());\r
  36        PaintRefresher.Register(this);\r
  37 \r
  38     }\r
  39 \r
  40   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  41       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  42 \r
  43       g.setColor(Color.black);\r
  44 \r
  45       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  46       {\r
  47           String string = String.valueOf(i);\r
  48           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  49 \r
  50           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  51                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  52 \r
  53       }\r
  54 \r
  55   }\r
  56 \r
  57 \r
  58 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
  59 {\r
  60     if (horizontal == 0 && vertical == 0)\r
  61       return;\r
  62 \r
  63     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
  64                 -vertical * av.charHeight);\r
  65 \r
  66     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
  67         transX = 0, transY = 0;\r
  68     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
  69     {\r
  70       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
  71       sr = er - horizontal;\r
  72     }\r
  73     else if (horizontal < 0)\r
  74       er = sr - horizontal;\r
  75 \r
  76     else if (vertical > 0) // scroll down\r
  77     {\r
  78       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  79       ss = es - vertical;\r
  80     }\r
  81     else if (vertical < 0)\r
  82       es = ss - vertical;\r
  83 \r
  84     gg.translate(transX, transY);\r
  85 \r
  86     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
  87 \r
  88     gg.translate( -transX, -transY);\r
  89 \r
  90     fastPaint = true;\r
  91     repaint();\r
  92 \r
  93 }\r
  94 \r
  95 /**\r
  96  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  97  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  98  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  99  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 100  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 101  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 102  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 103  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 104  */\r
 105 \r
 106   public void paintComponent(Graphics g)\r
 107   {\r
 108     g.setColor(Color.white);\r
 109     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 110 \r
 111     if (fastPaint)\r
 112     {\r
 113       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 114       fastPaint = false;\r
 115       return;\r
 116     }\r
 117 \r
 118     // this draws the whole of the alignment\r
 119       imgWidth  = getWidth();\r
 120       imgHeight = getHeight();\r
 121 \r
 122       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 123       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 124 \r
 125       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 126       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 127       gg.setFont(av.getFont());\r
 128       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 129 \r
 130       gg.setColor(Color.white);\r
 131       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 132 \r
 133     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
 134     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 135 \r
 136     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 137     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 138 \r
 139 \r
 140     if (av.getWrapAlignment())\r
 141       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 142     else\r
 143       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 144 \r
 145     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 146 \r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 150   {\r
 151       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 152 \r
 153       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 154       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 155 \r
 156       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 157       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 158 \r
 159       while (ypos <= canvasHeight)\r
 160       {\r
 161         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 162         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 163 \r
 164         ypos += cHeight;\r
 165         startRes += cWidth;\r
 166         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 167 \r
 168         if (endx > da.getWidth())\r
 169           endx = da.getWidth();\r
 170       }\r
 171 \r
 172   }\r
 173 \r
 174 \r
 175   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 176 \r
 177 \r
 178    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 179     g.setFont(av.getFont());\r
 180     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 181 \r
 182     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 183     Vector tmpseq = new Vector();\r
 184     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 185         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 186             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 187 \r
 188     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 189         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 190 \r
 191     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 192         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 193                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 194                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 195 \r
 196 */\r
 197 \r
 198    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 199     {\r
 200        fillBackground(g,\r
 201                    Color.red,\r
 202                    (x1-startx)*charWidth,\r
 203                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 204                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 205                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 206     }*/\r
 207 \r
 208     SequenceI nextSeq;\r
 209 \r
 210     /// First draw the sequences\r
 211     /////////////////////////////\r
 212     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 213     {\r
 214      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 215 \r
 216      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 217                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 218                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 219                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 220 \r
 221      if(av.showSequenceFeatures)\r
 222      {\r
 223        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 224                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 225                        offset +\r
 226                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 227                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 228      }\r
 229     }\r
 230     //\r
 231     /////////////////////////////////////\r
 232 \r
 233     // Now outline any areas if necessary\r
 234     /////////////////////////////////////\r
 235     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 236     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 237 \r
 238     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 239     int groupIndex = -1;\r
 240     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 241     {\r
 242       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 243       groupIndex = 0;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (group != null)\r
 247       do\r
 248       {\r
 249         int oldY = -1;\r
 250         int i = 0;\r
 251         boolean inGroup = false;\r
 252         int top=-1, bottom =-1;\r
 253         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 254         {\r
 255           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 256           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 257           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 258 \r
 259 \r
 260           if (sx < getWidth()\r
 261               && ex > 0\r
 262               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 263           {\r
 264 \r
 265             if (bottom == -1 &&\r
 266                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 267               bottom = sy + av.charHeight -1;\r
 268 \r
 269             if (!inGroup)\r
 270             {\r
 271               if (top == -1 && i==0 ||\r
 272                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 273                 top = sy;\r
 274 \r
 275               oldY = sy;\r
 276               inGroup = true;\r
 277               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 278               {\r
 279                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 280                 g.setColor(Color.RED);\r
 281               }\r
 282               else\r
 283               {\r
 284                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 285                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 286               }\r
 287             }\r
 288           }\r
 289           else\r
 290           {\r
 291             if (inGroup)\r
 292             {\r
 293 \r
 294               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 295               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 296               if (top != -1)\r
 297                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 298               if (bottom != -1)\r
 299                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 300 \r
 301               inGroup = false;\r
 302             }\r
 303           }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         if (inGroup)\r
 307         {\r
 308 \r
 309           if(top!=-1)\r
 310              g.drawLine(sx,top, sx+ex, top);\r
 311           if(bottom!=-1)\r
 312              g.drawLine(sx,bottom, sx+ex, bottom);\r
 313 \r
 314           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 315           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 316           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 317           inGroup = false;\r
 318         }\r
 319         groupIndex++;\r
 320         if (groupIndex >= groups.size())\r
 321           break;\r
 322 \r
 323         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 324 \r
 325       }\r
 326       while (groupIndex < groups.size());\r
 327 \r
 328 \r
 329     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 330     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 331     if(displaySearch)\r
 332     {\r
 333       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 334       {\r
 335         int searchSeq = searchResults[r];\r
 336         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 337         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 338 \r
 339         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 340         {\r
 341           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 342           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 343                                   searchStart,\r
 344                                   searchEnd,\r
 345                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 346                                   offset +\r
 347                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 348               av.charHeight),\r
 349                                   av.charWidth,\r
 350                                   av.charHeight);\r
 351         }\r
 352       }\r
 353     }\r
 354 \r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358   public int getChunkWidth() {\r
 359     return chunkWidth;\r
 360   }\r
 361 \r
 362   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 363   {\r
 364     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 365     if(results==null)\r
 366       displaySearch = false;\r
 367     else\r
 368       displaySearch = true;\r
 369 \r
 370     searchResults = results;\r
 371 \r
 372     repaint();\r
 373   }\r
 374 \r
 375 \r
 376 }\r