src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.image.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.analysis.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  11 {\r
  12      FeatureRenderer fr;\r
  13      SequenceRenderer sr;\r
  14     BufferedImage             img;\r
  15     Graphics2D          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28     boolean fastPaint = false;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        sr = new SequenceRenderer(av);\r
  36        setLayout(new BorderLayout());\r
  37        PaintRefresher.Register(this);\r
  38 \r
  39     }\r
  40 \r
  41   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  42     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  43 \r
  44     g.setColor(Color.black);\r
  45 \r
  46     // NORTH SCALE\r
  47     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  48     {\r
  49       String string = String.valueOf(i);\r
  50       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  51                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  52 \r
  53       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  54                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  55                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  56 \r
  57     }\r
  58   }\r
  59 \r
  60   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  61   {\r
  62     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  63     ypos+= av.charHeight;\r
  64       // EAST SCALE\r
  65     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  66     {\r
  67       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  68       int index = startx;\r
  69       int value = -1;\r
  70       while (index < endx)\r
  71       {\r
  72         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  73         {\r
  74           index++;\r
  75           continue;\r
  76         }\r
  77 \r
  78         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  79         break;\r
  80       }\r
  81       if(value!=-1)\r
  82       {\r
  83         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  84         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  85       }\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  90 {\r
  91     ypos+= av.charHeight;\r
  92     // EAST SCALE\r
  93   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  94   {\r
  95     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  96     int index = endx;\r
  97     int value = -1;\r
  98     while (index > startx)\r
  99     {\r
 100       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 101       {\r
 102         index--;\r
 103         continue;\r
 104       }\r
 105 \r
 106       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 107       break;\r
 108     }\r
 109     if(value!=-1)\r
 110        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 111   }\r
 112 \r
 113 }\r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117 \r
 118 \r
 119 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 120 {\r
 121     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 122       return;\r
 123 \r
 124     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 125                 -vertical * av.charHeight);\r
 126 \r
 127     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 128         transX = 0, transY = 0;\r
 129     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 130     {\r
 131       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 132       sr = er - horizontal;\r
 133     }\r
 134     else if (horizontal < 0)\r
 135       er = sr - horizontal;\r
 136 \r
 137     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 138     {\r
 139       ss = es - vertical;\r
 140       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 141         ss = av.startSeq;\r
 142       else\r
 143         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 144     }\r
 145     else if (vertical < 0)\r
 146     {\r
 147       es = ss - vertical;\r
 148       if(es > av.endSeq)\r
 149         es = av.endSeq;\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153     gg.translate(transX, transY);\r
 154 \r
 155     gg.setColor(Color.white);\r
 156     gg.fillRect(0,0, (er-sr+1)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 157     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 158     gg.translate( -transX, -transY);\r
 159 \r
 160     fastPaint = true;\r
 161     repaint();\r
 162 \r
 163 }\r
 164 \r
 165 /**\r
 166  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 167  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 168  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 169  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 170  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 171  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 172  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 173  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 174  */\r
 175 \r
 176   public void paintComponent(Graphics g)\r
 177   {\r
 178     g.setColor(Color.white);\r
 179     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 180 \r
 181     if (fastPaint)\r
 182     {\r
 183       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 184       fastPaint = false;\r
 185       return;\r
 186     }\r
 187 \r
 188     // this draws the whole of the alignment\r
 189       imgWidth  = getWidth();\r
 190       imgHeight = getHeight();\r
 191 \r
 192       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 193       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 194 \r
 195       if(imgWidth<1 || imgHeight<1)\r
 196         return;\r
 197 \r
 198       img = new BufferedImage(imgWidth,imgHeight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 199       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 200       gg.setFont(av.getFont());\r
 201       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 202 \r
 203       gg.setColor(Color.white);\r
 204       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 205 \r
 206     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 207     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 208 \r
 209     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 210     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 211 \r
 212 \r
 213     if (av.getWrapAlignment())\r
 214       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 215     else\r
 216       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 217 \r
 218     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 219 \r
 220   }\r
 221 \r
 222   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 223   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 224   {\r
 225     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 226 \r
 227     LABEL_EAST = 0;\r
 228     LABEL_WEST = 0;\r
 229 \r
 230     if(av.scaleRightWrapped)\r
 231       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 232 \r
 233     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 234       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 235 \r
 236     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 240   {\r
 241       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 242 \r
 243       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 244 \r
 245       int LABEL_EAST = 0;\r
 246       if(av.scaleRightWrapped)\r
 247         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 248       int LABEL_WEST = 0;\r
 249       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 250         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 251 \r
 252 \r
 253       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 254       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 255 \r
 256       av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 257 \r
 258       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 259       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 260 \r
 261       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 262       {\r
 263         g.setColor(Color.black);\r
 264 \r
 265         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 266           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 267 \r
 268         if(av.scaleRightWrapped)\r
 269         {\r
 270           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 271           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 272           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 273         }\r
 274 \r
 275         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 276         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 277           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 278 \r
 279 \r
 280         // When printing we have an extra clipped region,\r
 281         // the Printable page which we need to account for here\r
 282         Shape clip = g.getClip();\r
 283         if(clip==null)\r
 284           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 285         else\r
 286           g.setClip(0,\r
 287                     (int)clip.getBounds().getY(),\r
 288                     cWidth*av.charWidth,\r
 289                     (int)clip.getBounds().getHeight()\r
 290                     );\r
 291 \r
 292         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 293         g.setClip(clip);\r
 294         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 295 \r
 296         ypos += cHeight;\r
 297         startRes += cWidth;\r
 298         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 299 \r
 300         if (endx > al.getWidth())\r
 301           endx = al.getWidth();\r
 302       }\r
 303 \r
 304   }\r
 305 \r
 306 \r
 307   synchronized public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 308 \r
 309     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 310     g.setFont(av.getFont());\r
 311     sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 312 \r
 313 \r
 314     SequenceI nextSeq;\r
 315 \r
 316     /// First draw the sequences\r
 317     /////////////////////////////\r
 318     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 319     {\r
 320      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 321 \r
 322      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 323                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 324                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 325                  av.charWidth,av.charHeight);\r
 326 \r
 327      if(av.showSequenceFeatures)\r
 328      {\r
 329        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 330                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 331                        offset +\r
 332                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 333                        av.charWidth, av.charHeight);\r
 334      }\r
 335     }\r
 336     //\r
 337     /////////////////////////////////////\r
 338 \r
 339     // Now outline any areas if necessary\r
 340     /////////////////////////////////////\r
 341     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 342     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 343 \r
 344     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 345     int groupIndex = -1;\r
 346     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 347     {\r
 348       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 349       groupIndex = 0;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     if (group != null)\r
 353       do\r
 354       {\r
 355         int oldY = -1;\r
 356         int i = 0;\r
 357         boolean inGroup = false;\r
 358         int top=-1, bottom =-1;\r
 359         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 360         {\r
 361           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 362           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 363           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 364 \r
 365           if (sx < getWidth()\r
 366               && ex > 0\r
 367               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 368           {\r
 369             if (bottom == -1 &&\r
 370                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 371               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 372 \r
 373             if (!inGroup)\r
 374             {\r
 375               if (top == -1 && i==0 ||\r
 376                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 377                 top = sy;\r
 378 \r
 379 \r
 380               oldY = sy;\r
 381               inGroup = true;\r
 382               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 383               {\r
 384                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 385                 g.setColor(Color.RED);\r
 386               }\r
 387               else\r
 388               {\r
 389                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 390                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 391               }\r
 392             }\r
 393           }\r
 394           else\r
 395           {\r
 396             if (inGroup)\r
 397             {\r
 398               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 399               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 400 \r
 401               if (top != -1)\r
 402               {\r
 403                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 404                 top =-1;\r
 405               }\r
 406               if (bottom != -1)\r
 407               {\r
 408                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 409                 bottom = -1;\r
 410               }\r
 411 \r
 412 \r
 413               inGroup = false;\r
 414             }\r
 415           }\r
 416         }\r
 417 \r
 418         if (inGroup)\r
 419         {\r
 420 \r
 421           if(top!=-1)\r
 422           {\r
 423             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 424             top =-1;\r
 425           }\r
 426           if(bottom!=-1)\r
 427            {\r
 428              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 429              bottom = -1;\r
 430 \r
 431            }\r
 432           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 433           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 434           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 435           inGroup = false;\r
 436         }\r
 437         groupIndex++;\r
 438         if (groupIndex >= groups.size())\r
 439           break;\r
 440 \r
 441         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 442 \r
 443       }\r
 444       while (groupIndex < groups.size());\r
 445 \r
 446 \r
 447     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 448     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 449     if(displaySearch)\r
 450     {\r
 451       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 452       {\r
 453         int searchSeq = searchResults[r];\r
 454 \r
 455         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 456         {\r
 457           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 458 \r
 459           int searchStart = seq.findIndex( searchResults[r+1] )-1;\r
 460           int searchEnd =  seq.findIndex(  searchResults[r+2] )-1;\r
 461 \r
 462           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 463           if(searchStart<x1)\r
 464             searchStart = x1;\r
 465           if(searchEnd > x2)\r
 466             searchEnd = x2;\r
 467 \r
 468           ssr.drawHighlightedText(seq,\r
 469                                   searchStart,\r
 470                                   searchEnd,\r
 471                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 472                                   offset +\r
 473                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 474               av.charHeight),\r
 475                                   av.charWidth,\r
 476                                   av.charHeight);\r
 477         }\r
 478       }\r
 479     }\r
 480 \r
 481   }\r
 482 \r
 483 \r
 484 \r
 485   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 486   {\r
 487     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 488     if(results==null)\r
 489       displaySearch = false;\r
 490     else\r
 491       displaySearch = true;\r
 492 \r
 493     searchResults = results;\r
 494 \r
 495     repaint();\r
 496   }\r
 497 \r
 498 \r
 499 }\r