src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         this.av = av;\r
  57         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  58         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  59         setLayout(new BorderLayout());\r
  60         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  61         setBackground(Color.white);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  65     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  66     {\r
  67       return sr;\r
  68     }\r
  69 \r
  70     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  71     {\r
  72       return fr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  76     {\r
  77       pdbCanvas = pc;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public AlignViewport getViewport()\r
  81     {\r
  82       return av;\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * DOCUMENT ME!\r
  88      *\r
  89      * @param g DOCUMENT ME!\r
  90      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  91      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  92      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  93      */\r
  94     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  95     {\r
  96         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  97 \r
  98         g.setColor(Color.black);\r
  99 \r
 100         // NORTH SCALE\r
 101         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 102         {\r
 103             String string = String.valueOf(i);\r
 104             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 105                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 106 \r
 107             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 108                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 109                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 110                 2);\r
 111         }\r
 112     }\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * DOCUMENT ME!\r
 116      *\r
 117      * @param g DOCUMENT ME!\r
 118      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 119      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 120      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 121      */\r
 122     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 123     {\r
 124         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 125         ypos += av.charHeight;\r
 126 \r
 127         // EAST SCALE\r
 128         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 129         {\r
 130             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 131             int index = startx;\r
 132             int value = -1;\r
 133 \r
 134             while (index < endx)\r
 135             {\r
 136                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 137                 {\r
 138                     index++;\r
 139 \r
 140                     continue;\r
 141                 }\r
 142 \r
 143                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 144 \r
 145                 break;\r
 146             }\r
 147 \r
 148             if (value != -1)\r
 149             {\r
 150                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 151                 g.drawString(value + "", x,\r
 152                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 153             }\r
 154         }\r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * DOCUMENT ME!\r
 159      *\r
 160      * @param g DOCUMENT ME!\r
 161      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 162      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 163      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 164      */\r
 165     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 166     {\r
 167         ypos += av.charHeight;\r
 168 \r
 169         // EAST SCALE\r
 170         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 171         {\r
 172             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 173             int index = endx;\r
 174             int value = -1;\r
 175 \r
 176             while (index > startx)\r
 177             {\r
 178                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 179                 {\r
 180                     index--;\r
 181 \r
 182                     continue;\r
 183                 }\r
 184 \r
 185                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 186 \r
 187                 break;\r
 188             }\r
 189 \r
 190             if (value != -1)\r
 191             {\r
 192                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 193                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 194             }\r
 195         }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * DOCUMENT ME!\r
 200      *\r
 201      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 202      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 203      */\r
 204     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 205     {\r
 206         if (fastPaint  || gg == null)\r
 207         {\r
 208             return;\r
 209         }\r
 210 \r
 211         fastPaint = true;\r
 212 \r
 213         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 214                     vertical * av.charHeight,\r
 215                     imgWidth,\r
 216                     imgHeight,\r
 217                     -horizontal * av.charWidth,\r
 218                     -vertical * av.charHeight);\r
 219 \r
 220         int sr = av.startRes;\r
 221         int er = av.endRes;\r
 222         int ss = av.startSeq;\r
 223         int es = av.endSeq;\r
 224         int transX = 0;\r
 225         int transY = 0;\r
 226 \r
 227         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 228         {\r
 229             er ++;\r
 230             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 231             sr = er - horizontal;\r
 232         }\r
 233         else if (horizontal < 0)\r
 234         {\r
 235             er = sr - horizontal-1;\r
 236         }\r
 237         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 238         {\r
 239             ss = es - vertical;\r
 240 \r
 241             if (ss < av.startSeq)\r
 242             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 243                 ss = av.startSeq;\r
 244             }\r
 245             else\r
 246             {\r
 247                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 248             }\r
 249         }\r
 250         else if (vertical < 0)\r
 251         {\r
 252             es = ss - vertical;\r
 253 \r
 254             if (es > av.endSeq)\r
 255             {\r
 256                 es = av.endSeq;\r
 257             }\r
 258         }\r
 259 \r
 260         gg.translate(transX, transY);\r
 261         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 262         gg.translate(-transX, -transY);\r
 263 \r
 264         repaint();\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 269      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 270      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 271      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 272      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 273      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 274      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 275      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 276      */\r
 277 \r
 278     // Set this to false to force a full panel paint\r
 279     public void paintComponent(Graphics g)\r
 280     {\r
 281         super.paintComponent(g);\r
 282 \r
 283         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 284 \r
 285         if ( img != null && (fastPaint\r
 286              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 287              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 288         {\r
 289             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 290             fastPaint = false;\r
 291             return;\r
 292         }\r
 293 \r
 294 \r
 295         // this draws the whole of the alignment\r
 296         imgWidth = getWidth();\r
 297         imgHeight = getHeight();\r
 298 \r
 299         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 300         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 301 \r
 302         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 303         {\r
 304             return;\r
 305         }\r
 306 \r
 307         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 308         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 309         gg.setFont(av.getFont());\r
 310 \r
 311         if (av.antiAlias)\r
 312           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 313                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 314 \r
 315         gg.setColor(Color.white);\r
 316         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 317 \r
 318 \r
 319         if (av.getWrapAlignment())\r
 320         {\r
 321             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 322         }\r
 323         else\r
 324         {\r
 325             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 326                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 327         }\r
 328 \r
 329         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 330 \r
 331         if (pdbCanvas != null)\r
 332         {\r
 333          pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 334         }\r
 335 \r
 336     }\r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * DOCUMENT ME!\r
 340      *\r
 341      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 342      *\r
 343      * @return DOCUMENT ME!\r
 344      */\r
 345     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 346     {\r
 347         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 348 \r
 349         LABEL_EAST = 0;\r
 350         LABEL_WEST = 0;\r
 351 \r
 352         if (av.scaleRightWrapped)\r
 353         {\r
 354             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 355         }\r
 356 \r
 357         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 358         {\r
 359             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 360         }\r
 361 \r
 362         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 363     }\r
 364 \r
 365 \r
 366     /**\r
 367      * Generates a string of zeroes.\r
 368      * @return String\r
 369      */\r
 370     String getMask()\r
 371     {\r
 372       String mask = "00";\r
 373       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 374       {\r
 375         mask += "0";\r
 376       }\r
 377       return mask;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * DOCUMENT ME!\r
 382      *\r
 383      * @param g DOCUMENT ME!\r
 384      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 385      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 386      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 387      */\r
 388     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 389         int startRes)\r
 390     {\r
 391 \r
 392         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 393 \r
 394         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 395 \r
 396         int LABEL_EAST = 0;\r
 397 \r
 398         if (av.scaleRightWrapped)\r
 399         {\r
 400             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 401         }\r
 402 \r
 403         int LABEL_WEST = 0;\r
 404 \r
 405         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 406         {\r
 407             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 408         }\r
 409 \r
 410         int hgap = av.charHeight;\r
 411         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 412           hgap += av.charHeight;\r
 413 \r
 414         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 415         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 416 \r
 417         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 418 \r
 419         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 420 \r
 421 \r
 422         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 423         int ypos = hgap;\r
 424 \r
 425 \r
 426         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 427         {\r
 428             g.setFont(av.getFont());\r
 429             g.setColor(Color.black);\r
 430 \r
 431             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 432             {\r
 433                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 434             }\r
 435 \r
 436             if (av.scaleRightWrapped)\r
 437             {\r
 438                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 439                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 440                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 441             }\r
 442 \r
 443             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 444 \r
 445             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 446             {\r
 447                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 448             }\r
 449 \r
 450             // When printing we have an extra clipped region,\r
 451             // the Printable page which we need to account for here\r
 452             Shape clip = g.getClip();\r
 453 \r
 454             if (clip == null)\r
 455             {\r
 456                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 457             }\r
 458             else\r
 459             {\r
 460                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 461                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 462             }\r
 463 \r
 464             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 465             {\r
 466               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 467             }\r
 468 \r
 469 \r
 470             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 471 \r
 472             if(av.showAnnotation)\r
 473             {\r
 474               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 475               if(annotations==null)\r
 476                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 477 \r
 478               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 479               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 480             }\r
 481             g.setClip(clip);\r
 482             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 483 \r
 484             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 485             if(av.showAnnotation)\r
 486               ypos -= 3;\r
 487 \r
 488             startRes += cWidth;\r
 489             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 490 \r
 491             if (endx > al.getWidth())\r
 492             {\r
 493                 endx = al.getWidth();\r
 494             }\r
 495         }\r
 496     }\r
 497 \r
 498     AnnotationPanel annotations;\r
 499     int getAnnotationHeight()\r
 500     {\r
 501       if(!av.showAnnotation)\r
 502         return 0;\r
 503 \r
 504       if(annotations==null)\r
 505         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 506 \r
 507       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 508     }\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * DOCUMENT ME!\r
 512      *\r
 513      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 514      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 515      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 516      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 517      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 518      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 519      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 520      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 521      */\r
 522 \r
 523     float aaRatio = 2f/3f;\r
 524     public void increaseAARatio()\r
 525     {\r
 526       aaRatio += .025;\r
 527       if(aaRatio>1)\r
 528         aaRatio = 1;\r
 529 \r
 530       repaint();\r
 531     }\r
 532 \r
 533     public void decreaseAARation()\r
 534     {\r
 535       aaRatio -= .025;\r
 536       if(aaRatio<0)\r
 537         aaRatio = 0;\r
 538 \r
 539       repaint();\r
 540     }\r
 541 \r
 542 \r
 543     void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 544     {\r
 545       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 546       g.setFont(av.getFont());\r
 547 \r
 548       SequenceI nextSeq;\r
 549      // int aaHeight = av.charHeight;\r
 550      // Font  aafont = av.getFont();\r
 551 \r
 552  /*   dnafont = null, , dna = null, dnaHeight = av.charHeight\r
 553    if (av.getShowTranslation())\r
 554       {\r
 555         aaHeight = (int) (av.getCharHeight() * aaRatio);\r
 556         dnaHeight = (int) (av.getCharHeight() * (1 - aaRatio));\r
 557         java.awt.geom.AffineTransform transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 558         transform.scale(1f / 3f, 1);\r
 559         dnafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 560                                 dnaHeight);\r
 561         dnafont = dnafont.deriveFont(transform);\r
 562 \r
 563         aafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 564                                aaHeight);\r
 565         transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 566         transform.scale(1 / aaRatio, 1);\r
 567         aafont = aafont.deriveFont(transform);\r
 568       }\r
 569 */\r
 570 \r
 571 \r
 572         /// First draw the sequences\r
 573         /////////////////////////////\r
 574         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 575         {\r
 576             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 577 \r
 578          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 579             {\r
 580               dna = nextSeq;\r
 581               StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 582               for(int r = 0; r<nextSeq.getLength(); r+=3)\r
 583               {\r
 584                 String codon = nextSeq.getSequence(r, r+3);\r
 585                 codon = codon.replace('U', 'T');\r
 586                 String res = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
 587                 if(res !=null )\r
 588                 {\r
 589                   if (res.equals("STOP"))\r
 590                     sb.append("X");\r
 591                   else\r
 592                     sb.append(res);\r
 593                 }\r
 594               }\r
 595               nextSeq = new Sequence("d", sb.toString());\r
 596             }*/\r
 597 \r
 598             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 599                             x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 600                             offset + ( (i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 601                             av.charHeight);\r
 602 \r
 603          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 604             {\r
 605               av.setGlobalColourScheme(new NucleotideColourScheme());\r
 606               g.setFont(dnafont);\r
 607               sr.drawSequence(g, dna, null,\r
 608                               x1*3, (x2+2) * 3, ( (x1 - startx) * av.charWidth) / 3,\r
 609                               offset + ( (i - starty) * av.charHeight) + aaHeight,\r
 610                               av.charWidth / 3,\r
 611                               dnaHeight);\r
 612               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 613             }*/\r
 614 \r
 615             if (av.showSequenceFeatures)\r
 616             {\r
 617                 fr.drawSequence(g, nextSeq, x1, x2,\r
 618                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 619                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 620                     av.charHeight);\r
 621             }\r
 622 \r
 623             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 624             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 625             if (searchResults != null)\r
 626             {\r
 627               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, x1, x2);\r
 628               if (visibleResults != null)\r
 629                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 630                 {\r
 631                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 632                                          visibleResults[r + 1],\r
 633                                          (visibleResults[r] - startx) * av.charWidth,\r
 634                                          offset + ( (i - starty) * av.charHeight),\r
 635                                          av.charWidth, av.charHeight);\r
 636                 }\r
 637             }\r
 638           }\r
 639 \r
 640         //\r
 641         /////////////////////////////////////\r
 642         // Now outline any areas if necessary\r
 643         /////////////////////////////////////\r
 644         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 645 \r
 646         int sx = -1;\r
 647         int sy = -1;\r
 648         int ex = -1;\r
 649         int groupIndex = -1;\r
 650 \r
 651         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 652         {\r
 653             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 654             groupIndex = 0;\r
 655         }\r
 656 \r
 657         if (group != null)\r
 658         {\r
 659             do\r
 660             {\r
 661                 int oldY = -1;\r
 662                 int i = 0;\r
 663                 boolean inGroup = false;\r
 664                 int top = -1;\r
 665                 int bottom = -1;\r
 666 \r
 667                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 668                 {\r
 669                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 670                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 671                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 672                         1;\r
 673 \r
 674                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 675                     {\r
 676                       continue;\r
 677                     }\r
 678 \r
 679                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 680                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 681                                     i)))\r
 682                     {\r
 683                         if ((bottom == -1) &&\r
 684                                 !group.sequences.contains(\r
 685                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 686                         {\r
 687                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 688                         }\r
 689 \r
 690                         if (!inGroup)\r
 691                         {\r
 692                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 693                                     !group.sequences.contains(\r
 694                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 695                             {\r
 696                                 top = sy;\r
 697                             }\r
 698 \r
 699                             oldY = sy;\r
 700                             inGroup = true;\r
 701 \r
 702                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 703                             {\r
 704                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 705                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 706                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 707                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 708                                 g.setColor(Color.RED);\r
 709                             }\r
 710                             else\r
 711                             {\r
 712                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 713                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 714                             }\r
 715                         }\r
 716                     }\r
 717                     else\r
 718                     {\r
 719                       if (inGroup)\r
 720                       {\r
 721                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 722                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 723 \r
 724                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 725                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 726 \r
 727                         if (sx < 0)\r
 728                         {\r
 729                           ex += sx;\r
 730                           sx = 0;\r
 731                         }\r
 732 \r
 733                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 734                           ex = imgWidth;\r
 735 \r
 736                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 737                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 738 \r
 739                         if (top != -1)\r
 740                         {\r
 741                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 742                           top = -1;\r
 743                         }\r
 744 \r
 745                         if (bottom != -1)\r
 746                         {\r
 747                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 748                           bottom = -1;\r
 749                         }\r
 750 \r
 751                         inGroup = false;\r
 752                         }\r
 753                     }\r
 754                 }\r
 755 \r
 756                 if (inGroup)\r
 757                 {\r
 758                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 759                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 760                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 761 \r
 762                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 763                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 764 \r
 765                   if (sx < 0)\r
 766                   {\r
 767                     ex += sx;\r
 768                     sx = 0;\r
 769                   }\r
 770 \r
 771                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 772                     ex = imgWidth;\r
 773                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 774                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 775 \r
 776                   if (top != -1)\r
 777                   {\r
 778                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 779                     top = -1;\r
 780                   }\r
 781 \r
 782                   if (bottom != -1)\r
 783                   {\r
 784                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 785                     bottom = -1;\r
 786                   }\r
 787 \r
 788                     inGroup = false;\r
 789                 }\r
 790 \r
 791                 groupIndex++;\r
 792 \r
 793                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 794                 {\r
 795                     break;\r
 796                 }\r
 797 \r
 798                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 799             }\r
 800             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 801         }\r
 802     }\r
 803 \r
 804     /**\r
 805      * DOCUMENT ME!\r
 806      *\r
 807      * @param results DOCUMENT ME!\r
 808      */\r
 809     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 810     {\r
 811         img = null;\r
 812 \r
 813         searchResults = results;\r
 814 \r
 815         repaint();\r
 816     }\r
 817 }\r